biod.pnpi.spb.ru / alexxy / gromacs.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Use correct c0 parameter in Me2PO4 in OPLSAA
[alexxy/gromacs.git] / share / top / oplsaa.ff / ffbonded.itp
diff --git a/share/top/oplsaa.ff/ffbonded.itp b/share/top/oplsaa.ff/ffbonded.itp
index 357af4d8fd84e8aac0f15008cf67b2ec56de908a..944e9c82913333def13ab6b17a7bb5d8248016fc 100644 (file)
--- a/share/top/oplsaa.ff/ffbonded.itp
+++ b/share/top/oplsaa.ff/ffbonded.itp
@@ -1666,7 +1666,7 @@
   CT     OS     C      HC      3     31.20637  -9.76754 -21.43881   0.00000   0.00000   0.00000 ; esters
   CT     OS     P      CT      3     -3.34720   2.09200  13.80720 -12.55200   0.00000   0.00000 ; phosphonates
   CT     OS     P      O2      3      1.17570   3.52711   0.00000  -4.70281   0.00000   0.00000 ; Me2PO4 (-)
-  CT     OS     P      OS      3      1.04600   3.13800  10.04160  -4.18400   0.00000   0.00000 ; Me2PO4 (-), from Amber.
+  CT     OS     P      OS      3      -8.9956   3.13800  10.04160  -4.18400   0.00000   0.00000 ; Me2PO4 (-), from Amber.
   CT     OS     CM     HC      3      1.58992   4.76976   0.00000  -6.35968   0.00000   0.00000 ; ethers AA
   CT     OS     CO     HC      3      1.58992   4.76976   0.00000  -6.35968   0.00000   0.00000 ; ethers AA
   CT     OS     CO     OH      3     -6.45801   0.80961   5.68187  -0.03347   0.00000   0.00000 ; hexopyranoses
@@ -2357,101 +2357,6 @@
   C3     CT     NT     C_2     3      1.78866   3.49154   0.53555  -5.81576   0.00000   0.00000 ; (From wildcard) amine all-atom
   C3     CT     NT     C_3     3      1.78866   3.49154   0.53555  -5.81576   0.00000   0.00000 ; (From wildcard) amine all-atom
   C3     CT     NT     C3      3      1.78866   3.49154   0.53555  -5.81576   0.00000   0.00000 ; (From wildcard) amine all-atom
-  CA     CA     N      X       3      8.78640   0.00000  -8.78640   0.00000   0.00000   0.00000 ; N-phenylamide
-  CT     CT     CK     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  CA     CA     CT     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; ethyl benzene
-  NZ     CZ     CT     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; nitriles
-  O      C      CT     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; peptides
-  CT     CT     C*     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  CT     CT     CQ     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  CT     CT     CR     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  CT     CT     CS     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  CT     CT     CU     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  CT     CT     CV     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  OY     SY     N      X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; sulfonamide
-  OY     SY     C3     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; sulfonamide
-  OY     SY     CA     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; sulfonamide
-  OY     SY     OY     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; sulfonamide
-  OY     SY     NT     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; sulfonamide
-  OY     SY     CT     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; sulfonamide
-  CT     CT     CW     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  CZ     CZ     CT     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; alkynes
-  Cl     CT     CS     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; chloromethyl aromatic
-  Cl     CT     CW     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; chloromethyl aromatic
-  F      CT     CS     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; fluoromethyl aromatic
-  H      N      CT     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; peptides
-  F      CT     CW     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; fluoromethyl aromatic
-  H      N      CT_2   X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; peptides  H-N-CA-X
-  H      N2     CA     X       3      8.49352   0.00000  -8.49352   0.00000   0.00000   0.00000 ; aniline-like
-  H      N2     CQ     X       3      8.49352   0.00000  -8.49352   0.00000   0.00000   0.00000 ; aniline-like
-  H      NA     CB     X       3     13.38880   0.00000 -13.38880   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  H      NA     CR     X       3     13.38880   0.00000 -13.38880   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  H      NA     CW     X       3     13.38880   0.00000 -13.38880   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  HA     CR     NA     X       3     41.84000   0.00000 -41.84000   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  HC     CT     C*     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  HC     CT     CK     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  HC     CT     CQ     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  HC     CT     CR     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  HC     CT     CS     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  HC     CT     CU     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  HC     CT     CV     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  HC     CT     CW     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatics    
-  N      SY     CT     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; sulfonamide
-  X      C      CB     X       3     29.28800   0.00000 -29.28800   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      C      CS     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      C*     CB     X       3     14.01640   0.00000 -14.01640   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      C*     CW     X       3     54.60120   0.00000 -54.60120   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CA     S      X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring with S 
-  X      CA     CA     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CA     CB     X       3     29.28800   0.00000 -29.28800   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CA     CN     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CA     CR     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CA     CS     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CA     CU     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CA     CW     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CA     NC     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CA     OS     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring with O
-  X      CB     N      X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CB     CB     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CB     CN     X       3     25.10400   0.00000 -25.10400   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CB     CS     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CB     NA     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CB     NB     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CB     NC     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CK     NA     X       3     41.84000   0.00000 -41.84000   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CK     NB     X       3     41.84000   0.00000 -41.84000   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CK     NC     X       3     41.84000   0.00000 -41.84000   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CM     CM     X       3     58.57600   0.00000 -58.57600   0.00000   0.00000   0.00000 ; alkene
-  X      CN     NA     X       3     12.76120   0.00000 -12.76120   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CQ     N      X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CQ     NC     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CR     S      X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring thiazole
-  X      CR     CS     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CR     NA     X       3     19.45560   0.00000 -19.45560   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CR     NB     X       3     41.84000   0.00000 -41.84000   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CR     NC     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CR     OS     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring oxazole
-  X      CS     CS     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CS     CW     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CU     NB     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CV     CW     X       3     44.97800   0.00000 -44.97800   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CV     NA     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      CV     NB     X       3     20.08320   0.00000 -20.08320   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CW     S      X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring thiazole
-  X      CW     CW     X       3     44.97800   0.00000 -44.97800   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CW     NA     X       3     11.71520   0.00000 -11.71520   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CW     NB     X       3     41.84000   0.00000 -41.84000   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      CW     OS     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring furan
-  X      CY     S      X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; small ring
-  X      CY     CY     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; small ring
-  X      CZ     CZ     X       3      0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; alkynes
-  X      NA     S      X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring with S
-  X      NA     NB     X       3     41.84000   0.00000 -41.84000   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
-  X      NA     OS     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring with O
-  X      NB     OS     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring isoxazole
-  X      NC     NC     X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring
-  X      OS     S      X       3     30.33400   0.00000 -30.33400   0.00000   0.00000   0.00000 ; aromatic ring with S
-  X      CX     CX     X       3     44.97800   0.00000 -44.97800   0.00000   0.00000   0.00000 ; 
 ; Residue-specific sidechain dihedrals, and sidechain acids. Use explicitly in rtp or top files.
 ; Chi-1 N-C-C-O in SER & THR
 #define dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O             9.89307  -4.71746   3.67774  -8.85335   0.00000   0.00000
@@ -2666,28 +2571,6 @@
 #define improper_Z_CA_X_Y       180.0      4.60240   2
 
 
-; 
-; This bit added by DvdS for quartz simulation 2005-05-07
-; These parameters are taken from GROMOS and were also used in
-; Wensink et al. Langmuir 16 (2000) pp. 7392-7400
-;
-[ bondtypes ]
-; i    j  func       b0          kb
-  SI    OS      1    0.16300     251040.  ; From GROMACS
-  SI    OH      1    0.16300     251040.  ;
-  
-[ angletypes ]
-;  i    j    k  func       th0       cth
-   SI   OS   SI    1   155.000     397.480
-   OS   SI   OS    1   109.500     397.480
-   OH   SI   OS    1   109.500     397.480
-   SI   OH   HO    1   109.500     397.480
-   
-[ dihedraltypes ]
-;  i    j    k    l   func     coefficients
-; Added DvdS for Quartz simulations
-   SI   OS    1     0.000       3.766      3
-   SI   OH    1     0.000       3.766      3
 
 ; Added by DvdS for DMSO 17/06/2006
  [ bondtypes ]
Local GROMACS mirror with custom stuff