biod.pnpi.spb.ru / alexxy / gromacs.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Release 4.5.6
[alexxy/gromacs.git] / scripts / completion.bash
diff --git a/scripts/completion.bash b/scripts/completion.bash
index dce133137a24f92005c56fdc4ffae2dac8568218..dc795e2b461ec5fe87ccac6a1a7ac2aa815bf188 100644 (file)
--- a/scripts/completion.bash
+++ b/scripts/completion.bash
@@ -22,7 +22,7 @@ shopt -s extglob
 _editconf_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -mead -bf -h -version -nice -w -ndef -bt -box -angles -d -c -center -aligncenter -align -translate -rotate -princ -scale -density -pbc -grasp -rvdw -sig56 -vdwread -atom -legend -label -conect' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -mead -bf -h -version -nice -w -ndef -bt -box -angles -d -c -center -aligncenter -align -translate -rotate -princ -scale -density -pbc -resnr -grasp -rvdw -sig56 -vdwread -atom -legend -label -conect' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -bt) COMPREPLY=( $(compgen -W ' triclinic cubic dodecahedron octahedron ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -36,7 +36,7 @@ shopt -s extglob
 _eneconv_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -version -nice -b -e -dt -offset -settime -nosort -scalefac -noerror' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -version -nice -b -e -dt -offset -settime -nosort -rmdh -scalefac -noerror' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -91,7 +91,7 @@ case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -errbar) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none stddev error 90 ' -- $c ));;
 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
--fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
+-fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -msd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -112,7 +112,7 @@ case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' angle dihedral improper ryckaert-bellemans ' -- $c ));;
 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
--fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
+-fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -128,14 +128,14 @@ shopt -s extglob
 _g_bar_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -oi -oh -g -h -version -nice -w -xvg -b -e -temp -prec -nbmin -nbmax -nbin' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -g -o -oi -oh -h -version -nice -w -xvg -b -e -temp -prec -nbmin -nbmax -nbin' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -oi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 esac }
 complete -F _g_bar_compl g_bar
 shopt -s extglob
@@ -185,7 +185,7 @@ case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -maxchi) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 4 5 6 ' -- $c ));;
 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
--fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
+-fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -204,7 +204,7 @@ shopt -s extglob
 _g_cluster_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -dm -o -g -dist -ev -sz -tr -ntr -clid -cl -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -dista -nlevels -cutoff -nofit -max -skip -av -wcl -nst -rmsmin -method -minstruct -binary -M -P -seed -niter -kT' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -dm -o -g -dist -ev -sz -tr -ntr -clid -cl -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -dista -nlevels -cutoff -nofit -max -skip -av -wcl -nst -rmsmin -method -minstruct -binary -M -P -seed -niter -kT -nopbc' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
@@ -328,13 +328,29 @@ case "$p" in
 esac }
 complete -F _g_densmap_compl g_densmap
 shopt -s extglob
+_g_densorder_compl() {
+local p c
+COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -o -or -og -Spect -h -version -nice -b -e -dt -w -1d -bw -bwn -order -axis -method -d1 -d2 -tblock -nlevel' -- $c)); return 0; fi
+case "$p" in
+-method) COMPREPLY=( $(compgen -W ' bisect functional ' -- $c ));;
+-s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-og) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-Spect) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+esac }
+complete -F _g_densorder_compl g_densorder
+shopt -s extglob
 _g_dielectric_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -d -o -c -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -fft -nox1 -eint -bfit -efit -tail -A -tau1 -tau2 -eps0 -epsRF -fix -ffn -nsmooth' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
--ffn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
+-ffn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -361,7 +377,7 @@ case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none mol molsep total ' -- $c ));;
 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
--fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
+-fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 -en) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -416,6 +432,24 @@ case "$p" in
 esac }
 complete -F _g_dist_compl g_dist
 shopt -s extglob
+_g_dos_compl() {
+local p c
+COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -vacf -mvacf -dos -g -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -nov -recip -abs -normdos -T -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
+case "$p" in
+-xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
+-P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
+-fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
+-f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-vacf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-mvacf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-dos) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+esac }
+complete -F _g_dos_compl g_dos
+shopt -s extglob
 _g_dyndom_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
@@ -427,6 +461,30 @@ case "$p" in
 esac }
 complete -F _g_dyndom_compl g_dyndom
 shopt -s extglob
+_genbox_compl() {
+local p c
+COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -cp -cs -ci -o -p -h -version -nice -box -nmol -try -seed -vdwd -shell -maxsol -vel' -- $c)); return 0; fi
+case "$p" in
+-cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-cs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-ci) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+esac }
+complete -F _genbox_compl genbox
+shopt -s extglob
+_genconf_compl() {
+local p c
+COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -trj -h -version -nice -nbox -dist -seed -rot -shuffle -sort -block -nmolat -maxrot -norenumber' -- $c)); return 0; fi
+case "$p" in
+-f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-trj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+esac }
+complete -F _genconf_compl genconf
+shopt -s extglob
 _g_enemat_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
@@ -444,11 +502,11 @@ shopt -s extglob
 _g_energy_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -s -o -viol -pairs -ora -ort -oda -odr -odt -oten -corr -vis -ravg -h -version -nice -b -e -w -xvg -fee -fetemp -zero -sum -dp -nbmin -nbmax -mutot -skip -aver -nmol -nconstr -fluc -orinst -ovec -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -s -o -viol -pairs -ora -ort -oda -odr -odt -oten -corr -vis -ravg -odh -h -version -nice -b -e -w -xvg -fee -fetemp -zero -sum -dp -nbmin -nbmax -mutot -skip -aver -nmol -fluct_props -driftcorr -fluc -orinst -ovec -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
--fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
+-fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -464,9 +522,38 @@ case "$p" in
 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -vis) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -ravg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-odh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 esac }
 complete -F _g_energy_compl g_energy
 shopt -s extglob
+_genion_compl() {
+local p c
+COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -table -n -o -g -pot -p -h -version -nice -xvg -np -pname -pq -nn -nname -nq -rmin -norandom -seed -scale -conc -neutral' -- $c)); return 0; fi
+case "$p" in
+-xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
+-s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-pot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+esac }
+complete -F _genion_compl genion
+shopt -s extglob
+_genrestr_compl() {
+local p c
+COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -of -h -version -nice -fc -freeze -disre -disre_dist -disre_frac -disre_up2 -cutoff -constr' -- $c)); return 0; fi
+case "$p" in
+-f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+esac }
+complete -F _genrestr_compl genrestr
+shopt -s extglob
 _g_filter_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
@@ -487,7 +574,7 @@ if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
--fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
+-fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -513,12 +600,13 @@ shopt -s extglob
 _g_hbond_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -num -g -ac -dist -ang -hx -hbn -hbm -don -dan -life -nhbdist -h -version -nice -b -e -dt -xvg -a -r -noda -r2 -abin -rbin -nonitacc -contact -shell -fitstart -fitstart -temp -smooth -dump -max_hb -nomerge -geminate -diff -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -num -g -ac -dist -ang -hx -hbn -hbm -don -dan -life -nhbdist -h -version -nice -b -e -dt -tu -xvg -a -r -noda -r2 -abin -rbin -nonitacc -contact -shell -fitstart -fitstart -temp -smooth -dump -max_hb -nomerge -geminate -diff -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
+-tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -geminate) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none dd ad aa a4 ' -- $c ));;
 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
--fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
+-fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -572,6 +660,21 @@ case "$p" in
 esac }
 complete -F _g_helixorient_compl g_helixorient
 shopt -s extglob
+_g_hydorder_compl() {
+local p c
+COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -or -Spect -h -version -nice -b -e -dt -w -d -bw -sgang1 -sgang2 -tblock -nlevel' -- $c)); return 0; fi
+case "$p" in
+-d) COMPREPLY=( $(compgen -W ' z x y ' -- $c ));;
+-f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-Spect) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+esac }
+complete -F _g_hydorder_compl g_hydorder
+shopt -s extglob
 _g_lie_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
@@ -601,7 +704,7 @@ shopt -s extglob
 _g_membed_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -p -o -x -cpi -cpo -c -e -g -ei -rerun -table -tablep -tableb -dhdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -h -version -nice -deffnm -xvg -xyinit -xyend -zinit -zend -nxy -nz -rad -pieces -asymmetry -ndiff -maxwarn -nocompact -v' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -p -o -x -cpi -cpo -c -e -g -ei -rerun -table -tablep -tableb -dhdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -multidir -h -version -nice -deffnm -xvg -xyinit -xyend -zinit -zend -nxy -nz -rad -pieces -asymmetry -ndiff -maxwarn -nocompact -v' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -638,6 +741,7 @@ case "$p" in
 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-multidir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.rundir*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 esac }
 complete -F _g_membed_compl g_membed
 shopt -s extglob
@@ -691,16 +795,49 @@ case "$p" in
 esac }
 complete -F _g_msd_compl g_msd
 shopt -s extglob
+_gmxcheck_compl() {
+local p c
+COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -s1 -s2 -c -e -e2 -n -m -h -version -nice -vdwfac -bonlo -bonhi -rmsd -tol -abstol -ab -lastener' -- $c)); return 0; fi
+case "$p" in
+-f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-s1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-s2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-e2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.tex*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+esac }
+complete -F _gmxcheck_compl gmxcheck
+shopt -s extglob
+_gmxdump_compl() {
+local p c
+COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -e -cp -p -mtx -om -h -version -nice -nonr -sys' -- $c)); return 0; fi
+case "$p" in
+-s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+esac }
+complete -F _gmxdump_compl gmxdump
+shopt -s extglob
 _g_nmeig_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -of -ol -v -h -version -nice -xvg -nom -first -last' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -of -ol -qc -v -h -version -nice -xvg -nom -first -last -T -constr' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-qc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 esac }
 complete -F _g_nmeig_compl g_nmeig
@@ -730,6 +867,14 @@ case "$p" in
 esac }
 complete -F _g_nmtraj_compl g_nmtraj
 shopt -s extglob
+_g_options_compl() {
+local p c
+COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -h -version -nice' -- $c)); return 0; fi
+case "$p" in
+esac }
+complete -F _g_options_compl g_options
+shopt -s extglob
 _g_order_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
@@ -752,6 +897,17 @@ case "$p" in
 esac }
 complete -F _g_order_compl g_order
 shopt -s extglob
+_g_pme_error_compl() {
+local p c
+COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -o -so -h -version -nice -beta -tune -self -seed -v' -- $c)); return 0; fi
+case "$p" in
+-s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-so) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+esac }
+complete -F _g_pme_error_compl g_pme_error
+shopt -s extglob
 _g_polystat_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
@@ -905,6 +1061,25 @@ case "$p" in
 esac }
 complete -F _g_rmsf_compl g_rmsf
 shopt -s extglob
+_grompp_compl() {
+local p c
+COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -po -c -r -rb -n -p -pp -o -t -e -h -version -nice -v -time -normvsbds -maxwarn -zero -norenum' -- $c)); return 0; fi
+case "$p" in
+-f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-po) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-rb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-pp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-t) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+esac }
+complete -F _grompp_compl grompp
+shopt -s extglob
 _g_rotacf_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
@@ -912,7 +1087,7 @@ if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
--fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
+-fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -962,19 +1137,6 @@ case "$p" in
 esac }
 complete -F _g_sas_compl g_sas
 shopt -s extglob
-_g_sdf_compl() {
-local p c
-COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -r -h -version -nice -b -e -dt -mode -triangle -dtri -bin -grid' -- $c)); return 0; fi
-case "$p" in
--f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
-esac }
-complete -F _g_sdf_compl g_sdf
-shopt -s extglob
 _g_select_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
@@ -1093,7 +1255,7 @@ if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
--fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
+-fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -1109,7 +1271,7 @@ shopt -s extglob
 _g_traj_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ox -oxt -ov -of -ob -ot -ekt -ekr -vd -cv -cf -av -af -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -com -nopbc -mol -nojump -nox -noy -noz -ng -len -fp -bin -scale' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ox -oxt -ov -of -ob -ot -ekt -ekr -vd -cv -cf -av -af -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -com -nopbc -mol -nojump -nox -noy -noz -ng -len -fp -bin -ctime -scale' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
@@ -1135,7 +1297,7 @@ shopt -s extglob
 _g_tune_pme_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -p -err -so -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dhdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -bo -bx -bcpo -bc -be -bg -beo -bdhdl -bfield -btpi -btpid -bjo -bffout -bdevout -brunav -bpx -bpf -bmtx -bdn -h -version -nice -xvg -np -npstring -nt -r -max -min -npme -upfac -downfac -ntpr -four -steps -resetstep -simsteps -launch -deffnm -ddorder -noddcheck -rdd -rcon -dlb -dds -gcom -v -nocompact -seppot -pforce -reprod -cpt -cpnum -noappend -maxh -multi -replex -reseed -ionize' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -p -err -so -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dhdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -bo -bx -bcpo -bc -be -bg -beo -bdhdl -bfield -btpi -btpid -bjo -bffout -bdevout -brunav -bpx -bpf -bmtx -bdn -h -version -nice -xvg -np -npstring -nt -r -max -min -npme -fix -upfac -downfac -ntpr -four -steps -resetstep -simsteps -launch -deffnm -ddorder -noddcheck -rdd -rcon -dlb -dds -gcom -v -nocompact -seppot -pforce -reprod -cpt -cpnum -noappend -maxh -multi -replex -reseed -ionize' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -npstring) COMPREPLY=( $(compgen -W ' -np -n none ' -- $c ));;
@@ -1216,7 +1378,7 @@ if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
--fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
+-fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 erffit ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -1227,21 +1389,22 @@ shopt -s extglob
 _g_wham_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -ix -if -it -ip -o -hist -bsres -bsprof -tab -wcorr -h -version -nice -xvg -min -max -noauto -bins -temp -tol -v -b -e -dt -histonly -boundsonly -nolog -unit -zprof0 -cycl -alpha -flip -hist-eq -nBootstrap -bs-dt -bs-seed -nohistbs -histbs-block -vbs' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -ix -if -it -ip -o -hist -oiact -iiact -bsres -bsprof -tab -h -version -nice -xvg -min -max -noauto -bins -temp -tol -v -b -e -dt -histonly -boundsonly -nolog -unit -zprof0 -cycl -sym -ac -acsig -ac-trestart -nBootstrap -bs-method -bs-tau -bs-seed -histbs-block -vbs' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -unit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' kJ kCal kT ' -- $c ));;
--cycl) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no yes weighted ' -- $c ));;
+-bs-method) COMPREPLY=( $(compgen -W ' b-hist hist traj traj-gauss ' -- $c ));;
 -ix) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -if) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -it) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -ip) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -hist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-oiact) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-iiact) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -bsres) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -bsprof) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -tab) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--wcorr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 esac }
 complete -F _g_wham_compl g_wham
 shopt -s extglob
@@ -1276,113 +1439,10 @@ case "$p" in
 esac }
 complete -F _g_xrama_compl g_xrama
 shopt -s extglob
-_genbox_compl() {
-local p c
-COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -cp -cs -ci -o -p -h -version -nice -box -nmol -try -seed -vdwd -shell -maxsol -vel' -- $c)); return 0; fi
-case "$p" in
--cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--cs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--ci) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
-esac }
-complete -F _genbox_compl genbox
-shopt -s extglob
-_genconf_compl() {
-local p c
-COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -trj -h -version -nice -nbox -dist -seed -rot -shuffle -sort -block -nmolat -maxrot -norenumber' -- $c)); return 0; fi
-case "$p" in
--f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--trj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
-esac }
-complete -F _genconf_compl genconf
-shopt -s extglob
-_genion_compl() {
-local p c
-COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -table -n -o -g -pot -p -h -version -nice -xvg -np -pname -pq -nn -nname -nq -rmin -norandom -seed -scale -conc -neutral' -- $c)); return 0; fi
-case "$p" in
--xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
--s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--pot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
-esac }
-complete -F _genion_compl genion
-shopt -s extglob
-_genrestr_compl() {
-local p c
-COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -of -h -version -nice -fc -freeze -disre -disre_dist -disre_frac -disre_up2 -cutoff -constr' -- $c)); return 0; fi
-case "$p" in
--f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
-esac }
-complete -F _genrestr_compl genrestr
-shopt -s extglob
-_gmxcheck_compl() {
-local p c
-COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -s1 -s2 -c -e -e2 -n -m -h -version -nice -vdwfac -bonlo -bonhi -rmsd -tol -abstol -ab -lastener' -- $c)); return 0; fi
-case "$p" in
--f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--s1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--s2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--e2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.tex*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
-esac }
-complete -F _gmxcheck_compl gmxcheck
-shopt -s extglob
-_gmxdump_compl() {
-local p c
-COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -e -cp -p -mtx -om -h -version -nice -nonr -sys' -- $c)); return 0; fi
-case "$p" in
--s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
-esac }
-complete -F _gmxdump_compl gmxdump
-shopt -s extglob
-_grompp_compl() {
-local p c
-COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -po -c -r -rb -n -p -pp -o -t -e -h -version -nice -v -time -normvsbds -maxwarn -zero -norenum' -- $c)); return 0; fi
-case "$p" in
--f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--po) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--rb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--pp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--t) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
--e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
-esac }
-complete -F _grompp_compl grompp
-shopt -s extglob
 _make_edi_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -eig -s -n -tar -ori -o -h -version -nice -xvg -mon -linfix -linacc -flood -radfix -radacc -radcon -outfrq -slope -maxedsteps -deltaF0 -deltaF -tau -eqsteps -Eflnull -T -alpha -linstep -accdir -radstep -restrain -hessian -harmonic' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -eig -s -n -tar -ori -o -h -version -nice -xvg -mon -linfix -linacc -radfix -radacc -radcon -flood -outfrq -slope -linstep -accdir -radstep -maxedsteps -eqsteps -deltaF0 -deltaF -tau -Eflnull -T -alpha -restrain -hessian -harmonic -constF' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -1409,7 +1469,7 @@ shopt -s extglob
 _mdrun_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dhdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -h -version -nice -deffnm -xvg -pd -dd -nt -npme -ddorder -noddcheck -rdd -rcon -dlb -dds -gcom -v -nocompact -seppot -pforce -reprod -cpt -cpnum -noappend -maxh -multi -replex -reseed -ionize' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dhdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -multidir -h -version -nice -deffnm -xvg -pd -dd -nt -npme -ddorder -noddcheck -rdd -rcon -dlb -dds -gcom -v -nocompact -seppot -pforce -reprod -cpt -cpnum -noappend -maxh -multi -replex -reseed -ionize' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 -ddorder) COMPREPLY=( $(compgen -W ' interleave pp_pme cartesian ' -- $c ));;
@@ -1441,6 +1501,7 @@ case "$p" in
 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
+-multidir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.rundir*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 esac }
 complete -F _mdrun_compl mdrun
 shopt -s extglob
@@ -1469,9 +1530,10 @@ shopt -s extglob
 _pdb2gmx_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -p -i -n -q -h -version -nice -chainsep -ff -water -inter -ss -ter -lys -arg -asp -glu -gln -his -angle -dist -una -ignh -missing -v -posrefc -vsite -heavyh -deuterate -nochargegrp -nocmap -renum -rtpres' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -p -i -n -q -h -version -nice -chainsep -merge -ff -water -inter -ss -ter -lys -arg -asp -glu -gln -his -angle -dist -una -ignh -missing -v -posrefc -vsite -heavyh -deuterate -nochargegrp -nocmap -renum -rtpres' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -chainsep) COMPREPLY=( $(compgen -W ' id_or_ter id_and_ter ter id interactive ' -- $c ));;
+-merge) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no all interactive ' -- $c ));;
 -water) COMPREPLY=( $(compgen -W ' select none spc spce tip3p tip4p tip5p ' -- $c ));;
 -vsite) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none hydrogens aromatics ' -- $c ));;
 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
@@ -1513,7 +1575,7 @@ shopt -s extglob
 _trjconv_compl() {
 local p c
 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
-if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -s -n -fr -sub -drop -h -version -nice -b -e -tu -w -xvg -skip -dt -round -dump -t0 -timestep -pbc -ur -center -boxcenter -box -trans -shift -fit -ndec -novel -force -trunc -exec -app -split -sep -nzero -dropunder -dropover -conect' -- $c)); return 0; fi
+if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -s -n -fr -sub -drop -h -version -nice -b -e -tu -w -xvg -skip -dt -round -dump -t0 -timestep -pbc -ur -center -boxcenter -box -clustercenter -trans -shift -fit -ndec -novel -force -trunc -exec -app -split -sep -nzero -dropunder -dropover -conect' -- $c)); return 0; fi
 case "$p" in
 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
Local GROMACS mirror with custom stuff