Merge 'origin/release-2019' into release-2020
[alexxy/gromacs.git] / cmake / gmxCFlags.cmake
index 5dd6d3cd988eda981f798435fd04a60005c37b70..a7a68a617cb06d72e97057b2146d38aa5d884c54 100644 (file)
@@ -39,7 +39,7 @@ MACRO(GMX_TEST_CFLAG VARIABLE FLAGS CFLAGSVAR)
         CHECK_C_COMPILER_FLAG("${FLAGS}" ${VARIABLE})
     ENDIF()
     IF (${VARIABLE})
-        SET (${CFLAGSVAR} "${FLAGS} ${${CFLAGSVAR}}")
+        list(APPEND ${CFLAGSVAR} "${FLAGS}")
     ENDIF ()
 ENDMACRO(GMX_TEST_CFLAG VARIABLE FLAGS CFLAGSVAR)
 
@@ -50,51 +50,129 @@ MACRO(GMX_TEST_CXXFLAG VARIABLE FLAGS CXXFLAGSVAR)
         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("${FLAGS}" ${VARIABLE})
     ENDIF()
     IF (${VARIABLE})
-        SET (${CXXFLAGSVAR} "${FLAGS} ${${CXXFLAGSVAR}}")
+        list(APPEND ${CXXFLAGSVAR} "${FLAGS}")
     ENDIF ()
 ENDMACRO(GMX_TEST_CXXFLAG VARIABLE FLAGS CXXFLAGSVAR)
 
-# Set the real CMake variables for compiler flags. This should be a function
-# so we can have proper local variables while avoiding duplicating code.
-function(gmx_set_cmake_compiler_flags)
-    foreach(language C CXX)
-        # Copy the flags for the release build type to the build types
-        # that are modified forms of it. Ideally, the list of build
-        # types that are modifications of the Release build type would
-        # be set up elsewhere and passed to this function, but it is
-        # inconvenient in CMake to pass more than one list, and such a
-        # list is only used here.
-        foreach(build_type RELWITHDEBINFO RELWITHASSERT MINSIZEREL PROFILE)
-            set(GMXC_${language}FLAGS_${build_type} "${GMXC_${language}FLAGS_RELEASE} ${GMXC_${language}FLAGS_${build_type}}")
-        endforeach()
-        # Copy the flags that are only used by the real Release build
-        # type. Used for, e.g., -Wno-array-bounds in Release to work around
-        # gcc-4.8 being a little too vocal about some perfectly good code,
-        # while using RelWithAssert (ie. without that suppression) in Jenkins.
-        set(GMXC_${language}FLAGS_RELEASE "${GMXC_${language}FLAGS_RELEASE} ${GMXC_${language}FLAGS_RELEASE_ONLY}")
+# Prepare some local variables so CUDA and non-CUDA code in targets
+# works the same way.
+function(gmx_target_compile_options_inner)
+    set (CFLAGS "${SIMD_C_FLAGS};${MPI_COMPILE_FLAGS};${EXTRA_C_FLAGS};${GMXC_CFLAGS}" PARENT_SCOPE)
+    set (CXXFLAGS "${SIMD_CXX_FLAGS};${MPI_COMPILE_FLAGS};${EXTRA_CXX_FLAGS};${GMXC_CXXFLAGS}" PARENT_SCOPE)
+endfunction()
 
-        # Modify the real CMake variables for compiler flags for all
-        # builds and language types, and also those common to all
-        # build types.
-        foreach(build_type "" ${build_types_with_explicit_flags})
-            if("${build_type}" STREQUAL "")
-                set(punctuation "") # for general compiler flags (e.g.) CMAKE_CXX_FLAGS
-            else()
-                set(punctuation "_") # for build-type-specific compiler flags (e.g.) CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE
-            endif()
+# Implementation function to add compiler flags expected for all
+# GROMACS build configurations, and those expected for the current
+# CMake build type (e.g. Release) to TARGET. Other GROMACS CMake code
+# is expected to use either gmx_target_compile_options(name_of_target)
+# or gmx_cuda_target_compile_options(name_of_variable) because CUDA
+# compilation has special requirements.
+#
+# Most targets (ie. libraries, executables) need compiler flags that
+# are characteristic of the build configuration. This function
+# provides a central point for adding such flags. This approach is
+# more flexible than e.g. setting CMAKE_CXX_FLAGS globally, because
+# that setting will apply globally, which means it applies also to
+# "external" code that the build of GROMACS might also build.
+function(gmx_target_compile_options TARGET)
+    if (GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
+        return()
+    endif()
+
+    # Prepare the generic compiler options
+    gmx_target_compile_options_inner()
+    target_compile_options(${TARGET}
+        PRIVATE
+        $<$<COMPILE_LANGUAGE:C>:${CFLAGS}>
+        $<$<COMPILE_LANGUAGE:CXX>:${CXXFLAGS}>
+        )
+    # Add compiler options for the build types
+    foreach(build_type ${build_types_with_explicit_flags})
+        target_compile_options(${TARGET}
+            BEFORE PRIVATE
+            $<$<AND:$<COMPILE_LANGUAGE:C>,$<CONFIG:${build_type}>>:${GMXC_CFLAGS_${build_type}}>
+            $<$<AND:$<COMPILE_LANGUAGE:CXX>,$<CONFIG:${build_type}>>:${GMXC_CXXFLAGS_${build_type}}>
+            )
+    endforeach()
+    # Add the release-configuration compiler options to build
+    # configurations that derive from it.
+    foreach(build_type RELWITHDEBINFO RELWITHASSERT MINSIZEREL PROFILE)
+        target_compile_options(${TARGET}
+            BEFORE PRIVATE
+            $<$<AND:$<COMPILE_LANGUAGE:C>,$<CONFIG:${build_type}>>:${GMXC_CFLAGS_RELEASE}>
+            $<$<AND:$<COMPILE_LANGUAGE:CXX>,$<CONFIG:${build_type}>>:${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}>
+            )
+    endforeach()
+    # Add those flags that we only want in the proper release build
+    # configuration.
+    target_compile_options(${TARGET}
+        BEFORE PRIVATE
+        $<$<AND:$<COMPILE_LANGUAGE:C>,$<CONFIG:RELEASE>>:${GMXC_CFLAGS_RELEASE_ONLY}>
+        $<$<AND:$<COMPILE_LANGUAGE:CXX>,$<CONFIG:RELEASE>>:${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE_ONLY}>
+        )
+endfunction()
+
+# The approach taken by FindCUDA.cmake is to require that the compiler
+# flags are known and present in a variable before creating the target
+# for the library. (Those get embedded in files that are generated at
+# the point of calling cuda_add_library, which does not create a
+# target that one could later call target_compile_options upon.) So,
+# this function instead returns appropriate content in
+# ${VARIABLE_NAME}, along with other such variables that are
+# specialized for the various build_types. Hopefully this will improve
+# when we use native CUDA language support in our CMake.
+function(gmx_cuda_target_compile_options VARIABLE_NAME)
+    if (GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
+        set (CXXFLAGS "")
+    else()
+        gmx_target_compile_options_inner()
+    endif()
+
+    # Only C++ compilation is supported with CUDA code in GROMACS
+    set(${VARIABLE_NAME} ${CXXFLAGS} PARENT_SCOPE)
 
-            # Append to the variables for the given build type for
-            # each language, in the parent scope. We add our new variables at the end, so
-            # compiler-specific choices are more likely to override default CMake choices.
-            # This is for instance useful for RelWithDebInfo builds, where we want to use the full
-            # set of our optimization flags detected in this file, rather than having -O2 override them.
-            set(CMAKE_${language}_FLAGS${punctuation}${build_type}
-                "${CMAKE_${language}_FLAGS${punctuation}${build_type}} ${GMXC_${language}FLAGS${punctuation}${build_type}}"
-                PARENT_SCOPE)
-        endforeach()
+    # Now organize the flags for different build
+    # configurations. First, the debug configuration.
+    set(${VARIABLE_NAME}_DEBUG "${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}" PARENT_SCOPE)
+    # Add those flags that we only want in the proper release build
+    # configuration.
+    set(${VARIABLE_NAME}_RELEASE "${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE};${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE_ONLY}" PARENT_SCOPE)
+    # Add the release flags to build configurations that derive from it
+    foreach(build_type RELWITHDEBINFO RELWITHASSERT MINSIZEREL PROFILE)
+        set(${VARIABLE_NAME}_${build_type} "${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE};${GMXC_CXXFLAGS_${build_type}}" PARENT_SCOPE)
     endforeach()
 endfunction()
 
+# Add the WARNING_FLAG to the compile options for TARGET if the
+# compiler supports that flag. VARNAME is used to cache the result of
+# the check whether the compiler supports that flag, as multiple
+# targets may use the same suppression.
+#
+# This is generally used to suppress warnings judged not worth fixing
+# in code external to, or generated by, GROMACS, or code that is
+# more efficient to work around and later replace, rather than fix.
+function(gmx_target_warning_suppression TARGET WARNING_FLAG VARNAME)
+    check_cxx_compiler_flag(${WARNING_FLAG} ${VARNAME})
+    if(${VARNAME})
+        target_compile_options(${TARGET} PRIVATE $<$<COMPILE_LANGUAGE:CXX>:${WARNING_FLAG}>)
+    endif()
+endfunction()
+
+# Add the WARNING_FLAG to the compile flags for SOURCE_FILE if the
+# compiler supports that flag. VARNAME is used to cache the result of
+# the check whether the compiler supports that flag, as multiple
+# targets may use the same suppression.
+#
+# This is generally used to suppress warnings judged not worth fixing
+# in code external to, or generated by, GROMACS, or code that is
+# more efficient to work around and later replace, rather than fix.
+function(gmx_source_file_warning_suppression SOURCE_FILE WARNING_FLAG VARNAME)
+    check_cxx_compiler_flag(${WARNING_FLAG} ${VARNAME})
+    if(${VARNAME})
+        set_source_files_properties(${SOURCE_FILE} PROPERTIES COMPILE_FLAGS ${WARNING_FLAG})
+    endif()
+endfunction()
+
 # This is the actual exported function to be called
 macro (gmx_c_flags)
 
@@ -108,11 +186,9 @@ macro (gmx_c_flags)
             GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_PRAGMA "-Wno-unknown-pragmas" GMXC_CFLAGS)
         endif()
         if (GMX_COMPILER_WARNINGS)
-            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "-Wall -Wno-unused -Wunused-value -Wunused-parameter" GMXC_CFLAGS)
-            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN_EXTRA "-Wextra -Wno-missing-field-initializers -Wno-sign-compare -Wpointer-arith" GMXC_CFLAGS)
+            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "-Wall;-Wno-unused;-Wunused-value;-Wunused-parameter" GMXC_CFLAGS)
+            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN_EXTRA "-Wextra;-Wno-missing-field-initializers;-Wno-sign-compare;-Wpointer-arith" GMXC_CFLAGS)
             GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN_UNDEF "-Wundef" GMXC_CFLAGS)
-            # Since 4.8 on by default. For previous version disabling is a no-op. Only disabling for Release because with assert
-            # the warnings are OK.
             GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN_REL "-Wno-array-bounds" GMXC_CFLAGS_RELEASE_ONLY)
             if(CYGWIN)
                 GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN_SUBSCRIPT "-Wno-char-subscripts" GMXC_CFLAGS)
@@ -134,7 +210,7 @@ macro (gmx_c_flags)
             GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "-Wall" GMXC_CXXFLAGS)
             # Problematic with CUDA
             # GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN_EFFCXX "-Wnon-virtual-dtor" GMXC_CXXFLAGS)
-            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN_EXTRA "-Wextra -Wno-missing-field-initializers -Wpointer-arith -Wmissing-declarations" GMXC_CXXFLAGS)
+            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN_EXTRA "-Wextra;-Wno-missing-field-initializers;-Wpointer-arith;-Wmissing-declarations" GMXC_CXXFLAGS)
             # CUDA versions prior to 7.5 come with a header (math_functions.h) which uses the _MSC_VER macro
             # unconditionally, so we don't use -Wundef for earlier CUDA versions.
             if(NOT(GMX_GPU AND CUDA_VERSION VERSION_LESS "7.5"))
@@ -163,6 +239,7 @@ macro (gmx_c_flags)
             if (GMX_COMPILER_WARNINGS)
 # -w3 enables a lot of useful diagnostics but we don't care about all. -wd disables some selectively.
 # 177: function/variable ".." was declared but never referenced
+# 280: selector expression is constant
 # 411: class defines no constructor to initialize the following (incorrect for struct, initializer list works)
 # 593: variable ".." was set but never used
 # 981: operands are evaluated in unspecified order
@@ -177,12 +254,15 @@ macro (gmx_c_flags)
 #3280: declaration hides member ".."
 #11074: Inlining inhibited by limit max-size(/max-total-size)
 #11076: To get full report use -opt-report=3 -opt-report-phase ipo (shown for previous remark)
-                GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "-w3 -wd177 -wd411 -wd593 -wd981 -wd1418 -wd1419 -wd1572 -wd1599 -wd2259 -wd2415 -wd2547 -wd2557 -wd3280 -wd11074 -wd11076" GMXC_CFLAGS)
+                GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "-w3;-wd177;-wd280;-wd411;-wd593;-wd981;-wd1418;-wd1419;-wd1572;-wd1599;-wd2259;-wd2415;-wd2547;-wd2557;-wd3280;-wd11074;-wd11076" GMXC_CFLAGS)
             endif()
             GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_STDGNU "-std=gnu99" GMXC_CFLAGS)
-            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_OPT "-ip -funroll-all-loops -alias-const -ansi-alias -no-prec-div -fimf-domain-exclusion=14 -qoverride-limits" GMXC_CFLAGS_RELEASE)
+            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_OPT "-ip;-funroll-all-loops;-alias-const;-ansi-alias;-no-prec-div;-fimf-domain-exclusion=14;-qoverride-limits" GMXC_CFLAGS_RELEASE)
             GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_DEBUG "-O0" GMXC_CFLAGS_DEBUG) #icc defaults to -O2 even with -g
-            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_FP_RELASSERT "-fp-model except -fp-model precise" GMXC_CFLAGS_RELWITHASSERT)
+            # The "except" fp-model requires something other than the
+            # default "fast" model, so we test and use it with
+            # "precise".
+            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_FP_MODEL_RELASSERT "-fp-model=except;-fp-model=precise" GMXC_CFLAGS_RELWITHASSERT)
         else()
             if(NOT GMX_OPENMP)
                 GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_PRAGMA "/wd3180" GMXC_CFLAGS)
@@ -191,7 +271,7 @@ macro (gmx_c_flags)
 #only on Windows
 #161: unrecognized pragma
 #1786 function was declared deprecated (is issued for stdlib function such as strncpy which have a _s version)
-GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "/W3 /wd161 /wd177 /wd411 /wd593 /wd981 /wd1418 /wd1419 /wd1572 /wd1599 /wd1786 /wd2259 /wd2415 /wd2547 /wd2557 /wd3280" GMXC_CFLAGS)
+GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "/W3;/wd161;/wd177;/wd411;/wd593;/wd981;/wd1418;/wd1419;/wd1572;/wd1599;/wd1786;/wd2259;/wd2415;/wd2547;/wd2557;/wd3280" GMXC_CFLAGS)
             endif()
             GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_OPT "/Qip" GMXC_CFLAGS_RELEASE)
         endif()
@@ -203,26 +283,20 @@ GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "/W3 /wd161 /wd177 /wd411 /wd593 /wd981 /wd1418 /wd14
                 GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_PRAGMA "-wd3180" GMXC_CXXFLAGS)
             endif()
             if (GMX_COMPILER_WARNINGS)
-                if (GMX_GPU)
-# Suppress warnings from CUDA headers
-# 7:   unrecognized token
-# 82:  storage class is not first
-# The below are also required for math_functions.h / math_functions.hpp at least until CUDA 8.0-RC
-# 193: zero used for undefined preprocessing identifer
-# 3346:dynamic exception specifiers are deprecated
-                    GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN_OLD_GPU "-wd7 -wd82 -wd193 -wd3346" GMXC_CXXFLAGS)
-                endif()
 #All but the following warnings are identical for the C-compiler (see above)
 # 304: access control not specified
 # 383: value copied to temporary, reference to temporary used
 # 444: destructor for base class ".." is not virtual
 # 869: was never referenced (false positives)
 #2282: unrecognized GCC pragma
-                GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "-w3 -wd177 -wd304 -wd383 -wd411 -wd444 -wd869 -wd981 -wd1418 -wd1572 -wd1599 -wd2259 -wd2547 -wd3280 -wd11074 -wd11076 -wd2282" GMXC_CXXFLAGS)
+                GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "-w3;-wd177;-wd280;-wd304;-wd383;-wd411;-wd444;-wd869;-wd981;-wd1418;-wd1572;-wd1599;-wd2259;-wd2547;-wd3280;-wd11074;-wd11076;-wd2282" GMXC_CXXFLAGS)
             endif()
-            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_OPT "-ip -funroll-all-loops -alias-const -ansi-alias -no-prec-div -fimf-domain-exclusion=14 -qoverride-limits" GMXC_CXXFLAGS_RELEASE)
+            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_OPT "-ip;-funroll-all-loops;-alias-const;-ansi-alias;-no-prec-div;-fimf-domain-exclusion=14;-qoverride-limits" GMXC_CXXFLAGS_RELEASE)
             GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_DEBUG "-O0" GMXC_CXXFLAGS_DEBUG)
-            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_FP_RELASSERT "-fp-model except -fp-model precise" GMXC_CXXFLAGS_RELWITHASSERT)
+            # The "except" fp-model requires something other than the
+            # default "fast" model, so we test and use it with
+            # "precise".
+            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_FP_MODEL_RELASSERT "-fp-model=except;-fp-model=precise" GMXC_CXXFLAGS_RELWITHASSERT)
         else()
             if(NOT GMX_OPENMP)
                 GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_PRAGMA "/wd3180" GMXC_CFLAGS)
@@ -230,7 +304,7 @@ GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "/W3 /wd161 /wd177 /wd411 /wd593 /wd981 /wd1418 /wd14
             if (GMX_COMPILER_WARNINGS)
 #161: unrecognized pragma
 #809: exception specification for virtual function X is incompatible with that of overridden function
-                GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "/W3 /wd161 /wd177 /wd304 /wd383 /wd411 /wd444 /wd809 /wd869 /wd981 /wd1418 /wd1572 /wd1599 /wd1786 /wd2259 /wd2547 /wd3280 /wd11074 /wd11076 /wd2282" GMXC_CXXFLAGS)
+                GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "/W3;/wd161;/wd177;/wd280;/wd304;/wd383;/wd411;/wd444;/wd809;/wd869;/wd981;/wd1418;/wd1572;/wd1599;/wd1786;/wd2259;/wd2547;/wd3280;/wd11074;/wd11076;/wd2282" GMXC_CXXFLAGS)
             endif()
             GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_OPT "/Qip" GMXC_CXXFLAGS_RELEASE)
         endif()
@@ -256,9 +330,9 @@ GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "/W3 /wd161 /wd177 /wd411 /wd593 /wd981 /wd1418 /wd14
             GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_PRAGMA "-Wno-unknown-pragmas" GMXC_CFLAGS)
         endif()
         if (GMX_COMPILER_WARNINGS)
-            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "-Wall -Wno-unused -Wunused-value" GMXC_CFLAGS)
+            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "-Wall;-Wno-unused;-Wunused-value" GMXC_CFLAGS)
         endif()
-        GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_OPT "-OPT:Ofast -fno-math-errno -ffast-math"
+        GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_OPT "-OPT:Ofast;-fno-math-errno;-ffast-math"
                          GMXC_CFLAGS_RELEASE)
         GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_LANG "-std=gnu99" GMXC_CFLAGS)
     endif()
@@ -267,9 +341,9 @@ GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "/W3 /wd161 /wd177 /wd411 /wd593 /wd981 /wd1418 /wd14
             GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_PRAGMA "-Wno-unknown-pragmas" GMXC_CXXFLAGS)
         endif()
         if (GMX_COMPILER_WARNINGS)
-            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "-Wall -Wno-unused -Wunused-value" GMXC_CXXFLAGS)
+            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "-Wall;-Wno-unused;-Wunused-value" GMXC_CXXFLAGS)
         endif()
-        GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_OPT "-OPT:Ofast -fno-math-errno -ffast-math"
+        GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_OPT "-OPT:Ofast;-fno-math-errno;-ffast-math"
                          GMXC_CXXFLAGS_RELEASE)
     endif()
 
@@ -279,15 +353,15 @@ GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "/W3 /wd161 /wd177 /wd411 /wd593 /wd981 /wd1418 /wd14
     # 1500-010: (W) about correct PBC-related use of maximum array indices of DIM-sized C arrays
     # 1500-030: (I) Additional optimization may be attained by recompiling and specifying MAXMEM option with a value greater than 8192.
     if (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "XL")
-        GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_ARCH "-qarch=auto -qtune=auto" GMXC_CFLAGS)
+        GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_ARCH "-qarch=auto;-qtune=auto" GMXC_CFLAGS)
         GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_OPT  "-O3" GMXC_CFLAGS_RELEASE)
         GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_LANG "-qlanglvl=extc99" GMXC_CFLAGS)
-        GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_LANG "-qsuppress=1500-036 -qsuppress=1500-010 -qsuppress=1500-030" GMXC_CFLAGS)
+        GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_LANG "-qsuppress=1500-036;-qsuppress=1500-010;-qsuppress=1500-030" GMXC_CFLAGS)
     endif()
     if (CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "XL")
-        GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_ARCH "-qarch=auto -qtune=auto" GMXC_CXXFLAGS)
+        GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_ARCH "-qarch=auto;-qtune=auto" GMXC_CXXFLAGS)
         GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_OPT "-O3" GMXC_CXXFLAGS_RELEASE)
-        GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_LANG "-qsuppress=1500-036 -qsuppress=1500-010 -qsuppress=1500-030" GMXC_CXXFLAGS)
+        GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_LANG "-qsuppress=1500-036;-qsuppress=1500-010;-qsuppress=1500-030" GMXC_CXXFLAGS)
     endif()
 
     # msvc
@@ -296,17 +370,18 @@ GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "/W3 /wd161 /wd177 /wd411 /wd593 /wd981 /wd1418 /wd14
         #      forcing value to bool
         #      "this" in initializer list
         #      deprecated (posix, secure) functions
-        #      truncation (double -> float)
-        #      conversion from 'double' to 'real', possible loss of data
+        #      C4305: truncation (double -> float)
+        #      C4244: conversion from '.*' to '.*', possible loss of data
         #      unreferenced local variable (only C)
-        #      conversion from 'size_t' to 'int', possible loss of data
+        #      C4267: conversion from 'size_t' to 'int', possible loss of data
         #      conversion from 'const char*' to 'void*', different 'const' qualifiers (only C)
         #      unknown pragma (4068)
+        #      remark #280: selector expression is constant
         if(NOT CMAKE_CONFIGURATION_TYPES)
-            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "/wd4800 /wd4355 /wd4996 /wd4305 /wd4244 /wd4101 /wd4267 /wd4090 /wd4068" GMXC_CFLAGS)
-            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "/wd4800 /wd4355 /wd4996 /wd4305 /wd4244 /wd4267 /wd4068" GMXC_CXXFLAGS)
+            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "/wd4800;/wd4355;/wd4996;/wd4305;/wd4244;/wd4101;/wd4267;/wd4090;/wd4068;" GMXC_CFLAGS)
+            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "/wd4800;/wd4355;/wd4996;/wd4305;/wd4244;/wd4267;/wd4068;" GMXC_CXXFLAGS)
         else() # MSVC projects only use the C++ flags
-            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "/wd4800 /wd4355 /wd4996 /wd4305 /wd4244 /wd4101 /wd4267 /wd4090 /wd4068" GMXC_CXXFLAGS)
+            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "/wd4800;/wd4355;/wd4996;/wd4305;/wd4244;/wd4101;/wd4267;/wd4090;/wd4068;" GMXC_CXXFLAGS)
         endif()
     endif()
 
@@ -315,22 +390,47 @@ GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "/W3 /wd161 /wd177 /wd411 /wd593 /wd981 /wd1418 /wd14
             GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_PRAGMA "-Wno-unknown-pragmas" GMXC_CFLAGS)
         endif()
         if (GMX_COMPILER_WARNINGS)
-            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "-Wall -Wno-unused -Wunused-value -Wunused-parameter" GMXC_CFLAGS)
+            GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "-Wall;-Wno-unused;-Wunused-value;-Wunused-parameter" GMXC_CFLAGS)
             GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN_EXTRA "-Wpointer-arith" GMXC_CFLAGS_EXTRA)
         endif()
     endif()
 
     if (CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "Clang")
-        if(NOT GMX_OPENMP)
-            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_PRAGMA "-Wno-unknown-pragmas" GMXC_CXXFLAGS)
-        endif()
         if (GMX_COMPILER_WARNINGS)
+            # If used, -Wall should precede other options that silence warnings it enables
+            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "-Wall" GMXC_CXXFLAGS)
             if(CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "6.0") #LLVM BUG #21629
                 GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN_NO_BRACES "-Wno-missing-braces" GMXC_CXXFLAGS)
             endif()
-            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN "-Wall" GMXC_CXXFLAGS)
-            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN_EXTRA "-Wextra -Wno-missing-field-initializers -Wpointer-arith -Wmissing-prototypes" GMXC_CXXFLAGS)
+            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_WARN_EXTRA "-Wextra;-Wno-missing-field-initializers;-Wpointer-arith;-Wmissing-prototypes" GMXC_CXXFLAGS)
             GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_DEPRECATED "-Wdeprecated" GMXC_CXXFLAGS)
+            # Functions placed in headers for inlining are not always
+            # used in every translation unit that includes the files,
+            # so we must disable the warning that there are such
+            # functions that are unused.
+            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_NO_UNUSED_FUNCTION "-Wno-unused-function" GMXC_CXXFLAGS)
+        endif()
+        if(NOT GMX_OPENMP)
+            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAGS_PRAGMA "-Wno-unknown-pragmas" GMXC_CXXFLAGS)
+        endif()
+    endif()
+
+    # Apple bastardized version of Clang
+    if(${CMAKE_C_COMPILER_ID} MATCHES "AppleClang")
+        if(${CMAKE_C_COMPILER_VERSION} VERSION_GREATER 11.0)
+            # Mac OS Catalina ships with a horribly broken compiler (version 11.0.0.11000033)
+            # that checks stack alignment by default, but their own C library
+            # does not align the stack properly. Embarrassing, Apple...
+            GMX_TEST_CFLAG(CFLAG_NO_STACK_CHECK "-fno-stack-check" GMXC_CFLAGS)
+        endif()
+    endif()
+
+    if(${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} MATCHES "AppleClang")
+        if(${CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION} VERSION_GREATER 11.0)
+            # Mac OS Catalina ships with a horribly broken compiler (version 11.0.0.11000033)
+            # that checks stack alignment by default, but their own C library
+            # does not align the stack properly. Embarrassing, Apple...
+            GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAG_NO_STACK_CHECK "-fno-stack-check" GMXC_CXXFLAGS)
         endif()
     endif()
 
@@ -356,19 +456,14 @@ GMX_TEST_CFLAG(CFLAGS_WARN "/W3 /wd161 /wd177 /wd411 /wd593 /wd981 /wd1418 /wd14
     # Fujitsu compilers on PrimeHPC/Sparc64
     if(${CMAKE_C_COMPILER_ID} MATCHES Fujitsu OR
        (${CMAKE_C_COMPILER_ID} MATCHES unknown AND ${CMAKE_C_COMPILER} MATCHES ^fcc))
-        GMX_TEST_CFLAG(CFLAG_GNUCOMPAT "-Xg -w" GMXC_CFLAGS)
-        GMX_TEST_CFLAG(CFLAG_OPT "-Kfast,reduction,swp,simd=2,uxsimd,fsimple -x100" GMXC_CFLAGS)
+        GMX_TEST_CFLAG(CFLAG_GNUCOMPAT "-Xg;-w" GMXC_CFLAGS)
+        GMX_TEST_CFLAG(CFLAG_OPT "-Kfast,reduction,swp,simd=2,uxsimd,fsimple;-x100" GMXC_CFLAGS)
     endif()
 
     if(${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} MATCHES Fujitsu OR
        (${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} MATCHES unknown AND ${CMAKE_CXX_COMPILER} MATCHES ^FCC))
-        GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAG_GNUCOMPAT "-Xg -w" GMXC_CXXFLAGS)
-        GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAG_OPT "-Kfast,reduction,swp,simd=2,uxsimd,fsimple -x100" GMXC_CXXFLAGS)
-    endif()
-
-    # now actually set the flags:
-    if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
-        gmx_set_cmake_compiler_flags()
+        GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAG_GNUCOMPAT "-Xg;-w" GMXC_CXXFLAGS)
+        GMX_TEST_CXXFLAG(CXXFLAG_OPT "-Kfast,reduction,swp,simd=2,uxsimd,fsimple;-x100" GMXC_CXXFLAGS)
     endif()
 
 endmacro()