src/tools/gmx_rama.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <math.h>
  40 #include "sysstuff.h"
  41 #include <string.h>
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "macros.h"
  45 #include "vec.h"
  46 #include "xvgr.h"
  47 #include "physics.h"
  48 #include "pbc.h"
  49 #include "copyrite.h"
  50 #include "futil.h"
  51 #include "statutil.h"
  52 #include "index.h"
  53 #include "nrama.h"
  54 #include "gmx_ana.h"
  55
  56
  57 static void plot_rama(FILE *out,t_xrama *xr)
  58 {
  59   int i;
  60   real phi,psi;
  61
  62   for(i=0; (i<xr->npp); i++) {
  63     phi=xr->dih[xr->pp[i].iphi].ang*RAD2DEG;
  64     psi=xr->dih[xr->pp[i].ipsi].ang*RAD2DEG;
  65     fprintf(out,"%g  %g  %s\n",phi,psi,xr->pp[i].label);
  66   }
  67 }
  68
  69 int gmx_rama(int argc,char *argv[])
  70 {
  71   const char *desc[] = {
  72     "[TT]g_rama[tt] selects the [GRK]phi[grk]/[GRK]psi[grk] dihedral combinations from your topology file",
  73     "and computes these as a function of time.",
  74     "Using simple Unix tools such as [IT]grep[it] you can select out",
  75     "specific residues."
  76   };
  77
  78   FILE      *out;
  79   t_xrama   *xr;
  80   int       j;
  81   output_env_t oenv;
  82   t_filenm  fnm[] = {
  83     { efTRX, "-f", NULL,  ffREAD },
  84     { efTPX, NULL, NULL,  ffREAD },
  85     { efXVG, NULL, "rama",ffWRITE }
  86   };
  87 #define NFILE asize(fnm)
  88
  89   CopyRight(stderr,argv[0]);
  90   parse_common_args(&argc,argv,PCA_CAN_VIEW | PCA_CAN_TIME | PCA_BE_NICE,
  91                     NFILE,fnm,0,NULL,asize(desc),desc,0,NULL,&oenv);
  92
  93
  94   snew(xr,1);
  95   init_rama(oenv,ftp2fn(efTRX,NFILE,fnm),ftp2fn(efTPX,NFILE,fnm),xr,3);
  96
  97   out=xvgropen(ftp2fn(efXVG,NFILE,fnm),"Ramachandran Plot","Phi","Psi",oenv);
  98   xvgr_line_props(out,0,elNone,ecFrank,oenv);
  99   xvgr_view(out,0.2,0.2,0.8,0.8,oenv);
 100   xvgr_world(out,-180,-180,180,180,oenv);
 101   fprintf(out,"@    xaxis  tick on\n@    xaxis  tick major 60\n@    xaxis  tick minor 30\n");
 102   fprintf(out,"@    yaxis  tick on\n@    yaxis  tick major 60\n@    yaxis  tick minor 30\n");
 103   fprintf(out,"@ s0 symbol 2\n@ s0 symbol size 0.4\n@ s0 symbol fill 1\n");
 104
 105   j=0;
 106   do {
 107     plot_rama(out,xr);
 108     j++;
 109   } while (new_data(xr));
 110   fprintf(stderr,"\n");
 111   ffclose(out);
 112
 113   do_view(oenv,ftp2fn(efXVG,NFILE,fnm),NULL);
 114
 115   thanx(stderr);
 116
 117   return 0;
 118 }