src/tools/gmx_rama.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <math.h>
  43 #include "sysstuff.h"
  44 #include <string.h>
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "smalloc.h"
  47 #include "macros.h"
  48 #include "vec.h"
  49 #include "xvgr.h"
  50 #include "physics.h"
  51 #include "pbc.h"
  52 #include "copyrite.h"
  53 #include "futil.h"
  54 #include "statutil.h"
  55 #include "index.h"
  56 #include "nrama.h"
  57 #include "gmx_ana.h"
  58
  59
  60 static void plot_rama(FILE *out, t_xrama *xr)
  61 {
  62     int  i;
  63     real phi, psi;
  64
  65     for (i = 0; (i < xr->npp); i++)
  66     {
  67         phi = xr->dih[xr->pp[i].iphi].ang*RAD2DEG;
  68         psi = xr->dih[xr->pp[i].ipsi].ang*RAD2DEG;
  69         fprintf(out, "%g  %g  %s\n", phi, psi, xr->pp[i].label);
  70     }
  71 }
  72
  73 int gmx_rama(int argc, char *argv[])
  74 {
  75     const char  *desc[] = {
  76         "[TT]g_rama[tt] selects the [GRK]phi[grk]/[GRK]psi[grk] dihedral combinations from your topology file",
  77         "and computes these as a function of time.",
  78         "Using simple Unix tools such as [IT]grep[it] you can select out",
  79         "specific residues."
  80     };
  81
  82     FILE        *out;
  83     t_xrama     *xr;
  84     int          j;
  85     output_env_t oenv;
  86     t_filenm     fnm[] = {
  87         { efTRX, "-f", NULL,  ffREAD },
  88         { efTPX, NULL, NULL,  ffREAD },
  89         { efXVG, NULL, "rama", ffWRITE }
  90     };
  91 #define NFILE asize(fnm)
  92
  93     CopyRight(stderr, argv[0]);
  94     parse_common_args(&argc, argv, PCA_CAN_VIEW | PCA_CAN_TIME | PCA_BE_NICE,
  95                       NFILE, fnm, 0, NULL, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv);
  96
  97
  98     snew(xr, 1);
  99     init_rama(oenv, ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm), ftp2fn(efTPX, NFILE, fnm), xr, 3);
 100
 101     out = xvgropen(ftp2fn(efXVG, NFILE, fnm), "Ramachandran Plot", "Phi", "Psi", oenv);
 102     xvgr_line_props(out, 0, elNone, ecFrank, oenv);
 103     xvgr_view(out, 0.2, 0.2, 0.8, 0.8, oenv);
 104     xvgr_world(out, -180, -180, 180, 180, oenv);
 105     if(output_env_get_print_xvgr_codes(oenv))
 106     {
 107         fprintf(out, "@    xaxis  tick on\n@    xaxis  tick major 60\n@    xaxis  tick minor 30\n");
 108         fprintf(out, "@    yaxis  tick on\n@    yaxis  tick major 60\n@    yaxis  tick minor 30\n");
 109         fprintf(out, "@ s0 symbol 2\n@ s0 symbol size 0.4\n@ s0 symbol fill 1\n");
 110     }
 111     j = 0;
 112     do
 113     {
 114         plot_rama(out, xr);
 115         j++;
 116     }
 117     while (new_data(xr));
 118     fprintf(stderr, "\n");
 119     ffclose(out);
 120
 121     do_view(oenv, ftp2fn(efXVG, NFILE, fnm), NULL);
 122
 123     thanx(stderr);
 124
 125     return 0;
 126 }