src/tools/edittop.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include "smalloc.h"
  43 #include "string2.h"
  44 #include "gmx_fatal.h"
  45 #include "symtab.h"
  46
  47 void replace_atom(t_topology *top,int inr,char *anm,char *resnm,
  48                   real q,real m,int type)
  49 {
  50   t_atoms *atoms;
  51
  52   atoms = &(top->atoms);
  53
  54   /* Replace important properties of an atom by other properties */
  55   if ((inr < 0) || (inr > atoms->nr))
  56     gmx_fatal(FARGS,"Replace_atom: inr (%d) not in %d .. %d",inr,0,atoms->nr);
  57   if (debug)
  58     fprintf(debug,"Replacing atom %d ... ",inr);
  59   /* Charge, mass and type */
  60   atoms->atom[inr].q    = atoms->atom[inr].qB    = q;
  61   atoms->atom[inr].m    = atoms->atom[inr].mB    = m;
  62   atoms->atom[inr].type = atoms->atom[inr].typeB = type;
  63
  64   /* Residue name */
  65   atoms->resinfo[atoms->atom[inr].resind].name = put_symtab(&top->symtab,resnm);
  66   /* Atom name */
  67   atoms->atomname[inr] = put_symtab(&top->symtab,anm);
  68   if (debug)
  69     fprintf(debug," done\n");
  70 }
  71
  72 static void delete_from_interactions(t_idef *idef,int inr)
  73 {
  74   int  i,j,k,nra,nnr;
  75   t_iatom *niatoms;
  76   gmx_bool bDel;
  77
  78   /* Delete interactions including atom inr from lists */
  79   for(i=0; (i<F_NRE); i++) {
  80     nra = interaction_function[i].nratoms;
  81     nnr = 0;
  82     snew(niatoms,idef->il[i].nr);
  83     for(j=0; (j<idef->il[i].nr); j+=nra+1) {
  84       bDel = FALSE;
  85       for(k=0; (k<nra); k++)
  86         if (idef->il[i].iatoms[j+k+1] == inr)
  87           bDel = TRUE;
  88       if (!bDel) {
  89         /* If this does not need to be deleted, then copy it to temp array */
  90         for(k=0; (k<nra+1); k++)
  91           niatoms[nnr+k] = idef->il[i].iatoms[j+k];
  92         nnr+=nra+1;
  93       }
  94     }
  95     /* Copy temp array back */
  96     for(j=0; (j<nnr); j++)
  97       idef->il[i].iatoms[j] = niatoms[j];
  98     idef->il[i].nr = nnr;
  99     sfree(niatoms);
 100   }
 101 }
 102
 103 static void delete_from_block(t_block *block,int inr)
 104 {
 105   /* Update block data structure */
 106   int i,i1,j1,j,k;
 107
 108   for(i=0; (i<block->nr); i++) {
 109     for(j=block->index[i]; (j<block->index[i+1]); j++) {
 110       if (j == inr) {
 111         /* This atom has to go */
 112         /* Change indices too */
 113         for(i1=i+1; (i1<=block->nr); i1++)
 114           block->index[i1]--;
 115       }
 116     }
 117   }
 118 }
 119
 120 static void delete_from_blocka(t_blocka *block,int inr)
 121 {
 122   /* Update block data structure */
 123   int i,i1,j1,j,k;
 124
 125   for(i=0; (i<block->nr); i++) {
 126     for(j=block->index[i]; (j<block->index[i+1]); j++) {
 127       k = block->a[j];
 128       if (k == inr) {
 129         /* This atom has to go */
 130         for(j1=j; (j1<block->nra-1); j1++)
 131           block->a[j1] = block->a[j1+1];
 132         block->nra--;
 133         /* Change indices too */
 134         for(i1=i+1; (i1<=block->nr); i1++)
 135           block->index[i1]--;
 136       }
 137     }
 138   }
 139 }
 140
 141 static void delete_from_atoms(t_atoms *atoms,int inr)
 142 {
 143   int i;
 144
 145   /* Shift the atomnames down */
 146   for(i=inr; (i<atoms->nr-1); i++)
 147     atoms->atomname[i] = atoms->atomname[i+1];
 148
 149   /* Shift the atom struct down */
 150   for(i=inr; (i<atoms->nr-1); i++)
 151     atoms->atom[i] = atoms->atom[i+1];
 152
 153   if (atoms->pdbinfo) {
 154     /* Shift the pdbatom struct down */
 155     for(i=inr; (i<atoms->nr-1); i++)
 156       atoms->pdbinfo[i] = atoms->pdbinfo[i+1];
 157   }
 158   atoms->nr--;
 159 }
 160
 161 void delete_atom(t_topology *top,int inr)
 162 {
 163   int k;
 164
 165   if ((inr < 0) || (inr >= top->atoms.nr))
 166     gmx_fatal(FARGS,"Delete_atom: inr (%d) not in %d .. %d",inr,0,
 167                 top->atoms.nr);
 168   if (debug)
 169     fprintf(debug,"Deleting atom %d ...",inr);
 170
 171   /* First remove bonds etc. */
 172   delete_from_interactions(&top->idef,inr);
 173   /* Now charge groups etc. */
 174   delete_from_block(&(top->cgs),inr);
 175   delete_from_block(&(top->mols),inr);
 176   delete_from_blocka(&(top->excls),inr);
 177   /* Now from the atoms struct */
 178   delete_from_atoms(&top->atoms,inr);
 179   if (debug)
 180     fprintf(debug," done\n");
 181 }