src/tools/do_dssp.c

   1 /*  -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include "sysstuff.h"
  41 #include "typedefs.h"
  42 #include "string2.h"
  43 #include "strdb.h"
  44 #include "macros.h"
  45 #include "smalloc.h"
  46 #include "mshift.h"
  47 #include "statutil.h"
  48 #include "copyrite.h"
  49 #include "pdbio.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "xvgr.h"
  52 #include "matio.h"
  53 #include "index.h"
  54 #include "gstat.h"
  55 #include "tpxio.h"
  56 #include "viewit.h"
  57
  58
  59 static int strip_dssp(char *dsspfile,int nres,
  60                        gmx_bool bPhobres[],real t,
  61                        real *acc,FILE *fTArea,
  62                        t_matrix *mat,int average_area[],
  63                        const output_env_t oenv)
  64 {
  65   static gmx_bool bFirst=TRUE;
  66   static char *ssbuf;
  67   FILE *tapeout;
  68   static int xsize,frame;
  69   char buf[STRLEN+1];
  70   char SSTP;
  71   int  i,nr,iacc,nresidues;
  72   int  naccf,naccb; /* Count hydrophobic and hydrophilic residues */
  73   real iaccf,iaccb;
  74   t_xpmelmt c;
  75
  76   tapeout=ffopen(dsspfile,"r");
  77
  78   /* Skip header */
  79   do {
  80     fgets2(buf,STRLEN,tapeout);
  81   } while (strstr(buf,"KAPPA") == NULL);
  82   if (bFirst) {
  83     /* Since we also have empty lines in the dssp output (temp) file,
  84      * and some line content is saved to the ssbuf variable,
  85      * we need more memory than just nres elements. To be shure,
  86      * we allocate 2*nres-1, since for each chain there is a
  87      * separating line in the temp file. (At most each residue
  88      * could have been defined as a separate chain.) */
  89     snew(ssbuf,2*nres-1);
  90   }
  91
  92   iaccb=iaccf=0;
  93   nresidues = 0;
  94   naccf = 0;
  95   naccb = 0;
  96   for(nr=0; (fgets2(buf,STRLEN,tapeout) != NULL); nr++) {
  97       if (buf[13] == '!')   /* Chain separator line has '!' at pos. 13 */
  98           SSTP='=';         /* Chain separator sign '=' */
  99       else
 100           SSTP=buf[16]==' ' ? '~' : buf[16];
 101     ssbuf[nr]=SSTP;
 102
 103     buf[39]='\0';
 104
 105     /* Only calculate solvent accessible area if needed */
 106     if ((NULL != acc) && (buf[13] != '!'))
 107     {
 108       sscanf(&(buf[34]),"%d",&iacc);
 109       acc[nr]=iacc;
 110       /* average_area and bPhobres are counted from 0...nres-1 */
 111       average_area[nresidues]+=iacc;
 112       if (bPhobres[nresidues])
 113       {
 114         naccb++;
 115         iaccb+=iacc;
 116       }
 117       else
 118       {
 119         naccf++;
 120         iaccf+=iacc;
 121       }
 122       /* Keep track of the residue number (do not count chain separator lines '!') */
 123       nresidues++;
 124     }
 125   }
 126   ssbuf[nr]='\0';
 127
 128   if (bFirst) {
 129     if (0 != acc)
 130         fprintf(stderr, "%d residues were classified as hydrophobic and %d as hydrophilic.\n", naccb, naccf);
 131
 132     sprintf(mat->title,"Secondary structure");
 133     mat->legend[0]=0;
 134     sprintf(mat->label_x,"%s",output_env_get_time_label(oenv));
 135     sprintf(mat->label_y,"Residue");
 136     mat->bDiscrete=TRUE;
 137     mat->ny=nr;
 138     snew(mat->axis_y,nr);
 139     for(i=0; i<nr; i++)
 140       mat->axis_y[i]=i+1;
 141     mat->axis_x=NULL;
 142     mat->matrix=NULL;
 143     xsize=0;
 144     frame=0;
 145     bFirst=FALSE;
 146   }
 147   if (frame>=xsize) {
 148     xsize+=10;
 149     srenew(mat->axis_x,xsize);
 150     srenew(mat->matrix,xsize);
 151   }
 152   mat->axis_x[frame]=t;
 153   snew(mat->matrix[frame],nr);
 154   c.c2=0;
 155   for(i=0; i<nr; i++) {
 156     c.c1=ssbuf[i];
 157     mat->matrix[frame][i] = max(0,searchcmap(mat->nmap,mat->map,c));
 158   }
 159   frame++;
 160   mat->nx=frame;
 161
 162   if (fTArea)
 163     fprintf(fTArea,"%10g  %10g  %10g\n",t,0.01*iaccb,0.01*iaccf);
 164   ffclose(tapeout);
 165
 166   /* Return the number of lines found in the dssp file (i.e. number
 167    * of redidues plus chain separator lines).
 168    * This is the number of y elements needed for the area xpm file */
 169   return nr;
 170 }
 171
 172 static gmx_bool *bPhobics(t_atoms *atoms)
 173 {
 174     int       i,nb;
 175     char      **cb;
 176     gmx_bool  *bb;
 177
 178
 179     nb = get_strings("phbres.dat",&cb);
 180     snew(bb,atoms->nres);
 181
 182     for (i=0; (i<atoms->nres); i++)
 183     {
 184         if ( -1 != search_str(nb,cb,*atoms->resinfo[i].name) )
 185         {
 186             bb[i]=TRUE;
 187         }
 188     }
 189     return bb;
 190 }
 191
 192 static void check_oo(t_atoms *atoms)
 193 {
 194   char *OOO;
 195
 196   int i;
 197
 198   OOO=strdup("O");
 199
 200   for(i=0; (i<atoms->nr); i++) {
 201     if (strcmp(*(atoms->atomname[i]),"OXT")==0)
 202        *atoms->atomname[i]=OOO;
 203     else if (strcmp(*(atoms->atomname[i]),"O1")==0)
 204       *atoms->atomname[i]=OOO;
 205     else if (strcmp(*(atoms->atomname[i]),"OC1")==0)
 206       *atoms->atomname[i]=OOO;
 207   }
 208 }
 209
 210 static void norm_acc(t_atoms *atoms, int nres,
 211                      real av_area[], real norm_av_area[])
 212 {
 213   int i,n,n_surf;
 214
 215   char surffn[]="surface.dat";
 216   char **surf_res, **surf_lines;
 217   double *surf;
 218
 219   n_surf = get_lines(surffn, &surf_lines);
 220   snew(surf, n_surf);
 221   snew(surf_res, n_surf);
 222   for(i=0; (i<n_surf); i++) {
 223     snew(surf_res[i], 5);
 224     sscanf(surf_lines[i],"%s %lf",surf_res[i],&surf[i]);
 225   }
 226
 227   for(i=0; (i<nres); i++) {
 228     n = search_str(n_surf,surf_res,*atoms->resinfo[i].name);
 229     if ( n != -1)
 230       norm_av_area[i] = av_area[i] / surf[n];
 231     else
 232       fprintf(stderr,"Residue %s not found in surface database (%s)\n",
 233               *atoms->resinfo[i].name,surffn);
 234   }
 235 }
 236
 237 void prune_ss_legend(t_matrix *mat)
 238 {
 239   gmx_bool *present;
 240   int  *newnum;
 241   int i,r,f,newnmap;
 242   t_mapping *newmap;
 243
 244   snew(present,mat->nmap);
 245   snew(newnum,mat->nmap);
 246
 247   for(f=0; f<mat->nx; f++)
 248     for(r=0; r<mat->ny; r++)
 249       present[mat->matrix[f][r]]=TRUE;
 250
 251   newnmap=0;
 252   newmap=NULL;
 253   for (i=0; i<mat->nmap; i++) {
 254     newnum[i]=-1;
 255     if (present[i]) {
 256       newnum[i]=newnmap;
 257       newnmap++;
 258       srenew(newmap,newnmap);
 259       newmap[newnmap-1]=mat->map[i];
 260     }
 261   }
 262   if (newnmap!=mat->nmap) {
 263     mat->nmap=newnmap;
 264     mat->map=newmap;
 265     for(f=0; f<mat->nx; f++)
 266       for(r=0; r<mat->ny; r++)
 267         mat->matrix[f][r]=newnum[mat->matrix[f][r]];
 268   }
 269 }
 270
 271 void write_sas_mat(const char *fn,real **accr,int nframe,int nres,t_matrix *mat)
 272 {
 273   real lo,hi;
 274   int i,j,nlev;
 275   t_rgb rlo={1,1,1}, rhi={0,0,0};
 276   FILE *fp;
 277
 278   if(fn) {
 279     hi=lo=accr[0][0];
 280     for(i=0; i<nframe; i++)
 281       for(j=0; j<nres; j++) {
 282         lo=min(lo,accr[i][j]);
 283         hi=max(hi,accr[i][j]);
 284       }
 285     fp=ffopen(fn,"w");
 286     nlev=hi-lo+1;
 287     write_xpm(fp,0,"Solvent Accessible Surface","Surface (A^2)",
 288               "Time","Residue Index",nframe,nres,
 289               mat->axis_x,mat->axis_y,accr,lo,hi,rlo,rhi,&nlev);
 290     ffclose(fp);
 291   }
 292 }
 293
 294 void analyse_ss(const char *outfile, t_matrix *mat, const char *ss_string,
 295                 const output_env_t oenv)
 296 {
 297     FILE *fp;
 298     t_mapping *map;
 299     int f,r,*count,*total,ss_count,total_count;
 300     size_t s;
 301     const char** leg;
 302
 303     map=mat->map;
 304     snew(count,mat->nmap);
 305     snew(total,mat->nmap);
 306     snew(leg,mat->nmap+1);
 307     leg[0]="Structure";
 308     for(s=0; s<mat->nmap; s++)
 309     {
 310         leg[s+1]=strdup(map[s].desc);
 311     }
 312
 313     fp=xvgropen(outfile,"Secondary Structure",
 314                 output_env_get_xvgr_tlabel(oenv),"Number of Residues",oenv);
 315     if (output_env_get_print_xvgr_codes(oenv))
 316     {
 317         fprintf(fp,"@ subtitle \"Structure = ");
 318     }
 319     for(s=0; s<strlen(ss_string); s++)
 320     {
 321         if (s>0)
 322         {
 323             fprintf(fp," + ");
 324         }
 325         for(f=0; f<mat->nmap; f++)
 326         {
 327             if (ss_string[s]==map[f].code.c1)
 328             {
 329                 fprintf(fp,"%s",map[f].desc);
 330             }
 331         }
 332     }
 333     fprintf(fp,"\"\n");
 334     xvgr_legend(fp,mat->nmap+1,leg,oenv);
 335
 336     total_count = 0;
 337     for(s=0; s<mat->nmap; s++)
 338     {
 339         total[s]=0;
 340     }
 341     for(f=0; f<mat->nx; f++)
 342     {
 343         ss_count=0;
 344         for(s=0; s<mat->nmap; s++)
 345         {
 346             count[s]=0;
 347         }
 348         for(r=0; r<mat->ny; r++)
 349         {
 350             count[mat->matrix[f][r]]++;
 351             total[mat->matrix[f][r]]++;
 352         }
 353         for(s=0; s<mat->nmap; s++)
 354         {
 355             if (strchr(ss_string,map[s].code.c1))
 356             {
 357                 ss_count+=count[s];
 358                 total_count += count[s];
 359             }
 360         }
 361         fprintf(fp,"%8g %5d",mat->axis_x[f],ss_count);
 362         for(s=0; s<mat->nmap; s++)
 363         {
 364             fprintf(fp," %5d",count[s]);
 365         }
 366         fprintf(fp,"\n");
 367     }
 368     /* now print column totals */
 369     fprintf(fp, "%-8s %5d", "# Totals", total_count);
 370     for(s=0; s<mat->nmap; s++)
 371     {
 372         fprintf(fp," %5d",total[s]);
 373     }
 374     fprintf(fp,"\n");
 375
 376     /* now print percentages */
 377     fprintf(fp, "%-8s %5.2f", "# SS %", total_count / (real) (mat->nx * mat->ny));
 378     for(s=0; s<mat->nmap; s++)
 379     {
 380         fprintf(fp," %5.2f",total[s] / (real) (mat->nx * mat->ny));
 381     }
 382     fprintf(fp,"\n");
 383
 384     ffclose(fp);
 385     sfree(leg);
 386     sfree(count);
 387 }
 388
 389 int main(int argc,char *argv[])
 390 {
 391   const char *desc[] = {
 392     "[TT]do_dssp[tt] ",
 393     "reads a trajectory file and computes the secondary structure for",
 394     "each time frame ",
 395     "calling the dssp program. If you do not have the dssp program,",
 396     "get it from http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp. [TT]do_dssp[tt] assumes ",
 397     "that the dssp executable is located in ",
 398     "[TT]/usr/local/bin/dssp[tt]. If this is not the case, then you should",
 399     "set an environment variable [TT]DSSP[tt] pointing to the dssp",
 400     "executable, e.g.: [PAR]",
 401     "[TT]setenv DSSP /opt/dssp/bin/dssp[tt][PAR]",
 402     "The structure assignment for each residue and time is written to an",
 403     "[TT].xpm[tt] matrix file. This file can be visualized with for instance",
 404     "[TT]xv[tt] and can be converted to postscript with [TT]xpm2ps[tt].",
 405     "Individual chains are separated by light grey lines in the [TT].xpm[tt] and",
 406     "postscript files.",
 407     "The number of residues with each secondary structure type and the",
 408     "total secondary structure ([TT]-sss[tt]) count as a function of",
 409     "time are also written to file ([TT]-sc[tt]).[PAR]",
 410     "Solvent accessible surface (SAS) per residue can be calculated, both in",
 411     "absolute values (A^2) and in fractions of the maximal accessible",
 412     "surface of a residue. The maximal accessible surface is defined as",
 413     "the accessible surface of a residue in a chain of glycines.",
 414     "[BB]Note[bb] that the program [TT]g_sas[tt] can also compute SAS",
 415     "and that is more efficient.[PAR]",
 416     "Finally, this program can dump the secondary structure in a special file",
 417     "[TT]ssdump.dat[tt] for usage in the program [TT]g_chi[tt]. Together",
 418     "these two programs can be used to analyze dihedral properties as a",
 419     "function of secondary structure type."
 420   };
 421   static gmx_bool bVerbose;
 422   static const char *ss_string="HEBT";
 423   t_pargs pa[] = {
 424     { "-v",  FALSE, etBOOL, {&bVerbose},
 425       "HIDDENGenerate miles of useless information" },
 426     { "-sss", FALSE, etSTR, {&ss_string},
 427       "Secondary structures for structure count"}
 428   };
 429
 430   t_trxstatus *status;
 431   FILE       *tapein;
 432   FILE       *ss,*acc,*fTArea,*tmpf;
 433   const char *fnSCount,*fnArea,*fnTArea,*fnAArea;
 434   const char *leg[] = { "Phobic", "Phylic" };
 435   t_topology top;
 436   int        ePBC;
 437   t_atoms    *atoms;
 438   t_matrix   mat;
 439   int        nres,nr0,naccr,nres_plus_separators;
 440   gmx_bool       *bPhbres,bDoAccSurf;
 441   real       t;
 442   int        i,j,natoms,nframe=0;
 443   matrix     box;
 444   int        gnx;
 445   char       *grpnm,*ss_str;
 446   atom_id    *index;
 447   rvec       *xp,*x;
 448   int        *average_area;
 449   real       **accr,*accr_ptr=NULL,*av_area, *norm_av_area;
 450   char       pdbfile[32],tmpfile[32],title[256];
 451   char       dssp[256];
 452   const char *dptr;
 453   output_env_t oenv;
 454   gmx_rmpbc_t  gpbc=NULL;
 455
 456   t_filenm   fnm[] = {
 457     { efTRX, "-f",   NULL,      ffREAD },
 458     { efTPS, NULL,   NULL,      ffREAD },
 459     { efNDX, NULL,   NULL,      ffOPTRD },
 460     { efDAT, "-ssdump", "ssdump", ffOPTWR },
 461     { efMAP, "-map", "ss",      ffLIBRD },
 462     { efXPM, "-o",   "ss",      ffWRITE },
 463     { efXVG, "-sc",  "scount",  ffWRITE },
 464     { efXPM, "-a",   "area",    ffOPTWR },
 465     { efXVG, "-ta",  "totarea", ffOPTWR },
 466     { efXVG, "-aa",  "averarea",ffOPTWR }
 467   };
 468 #define NFILE asize(fnm)
 469
 470   CopyRight(stderr,argv[0]);
 471   parse_common_args(&argc,argv,
 472                     PCA_CAN_TIME | PCA_CAN_VIEW | PCA_TIME_UNIT | PCA_BE_NICE ,
 473                     NFILE,fnm, asize(pa),pa, asize(desc),desc,0,NULL,&oenv);
 474   fnSCount= opt2fn("-sc",NFILE,fnm);
 475   fnArea  = opt2fn_null("-a", NFILE,fnm);
 476   fnTArea = opt2fn_null("-ta",NFILE,fnm);
 477   fnAArea = opt2fn_null("-aa",NFILE,fnm);
 478   bDoAccSurf=(fnArea || fnTArea || fnAArea);
 479
 480   read_tps_conf(ftp2fn(efTPS,NFILE,fnm),title,&top,&ePBC,&xp,NULL,box,FALSE);
 481   atoms=&(top.atoms);
 482   check_oo(atoms);
 483   bPhbres = bPhobics(atoms);
 484
 485   get_index(atoms,ftp2fn_null(efNDX,NFILE,fnm),1,&gnx,&index,&grpnm);
 486   nres=0;
 487   nr0=-1;
 488   for(i=0; (i<gnx); i++) {
 489     if (atoms->atom[index[i]].resind != nr0) {
 490       nr0=atoms->atom[index[i]].resind;
 491       nres++;
 492     }
 493   }
 494   fprintf(stderr,"There are %d residues in your selected group\n",nres);
 495
 496   strcpy(pdbfile,"ddXXXXXX");
 497   gmx_tmpnam(pdbfile);
 498   if ((tmpf = fopen(pdbfile,"w")) == NULL) {
 499     sprintf(pdbfile,"%ctmp%cfilterXXXXXX",DIR_SEPARATOR,DIR_SEPARATOR);
 500     gmx_tmpnam(pdbfile);
 501     if ((tmpf = fopen(pdbfile,"w")) == NULL)
 502       gmx_fatal(FARGS,"Can not open tmp file %s",pdbfile);
 503   }
 504   else
 505     fclose(tmpf);
 506
 507   strcpy(tmpfile,"ddXXXXXX");
 508   gmx_tmpnam(tmpfile);
 509   if ((tmpf = fopen(tmpfile,"w")) == NULL) {
 510     sprintf(tmpfile,"%ctmp%cfilterXXXXXX",DIR_SEPARATOR,DIR_SEPARATOR);
 511     gmx_tmpnam(tmpfile);
 512     if ((tmpf = fopen(tmpfile,"w")) == NULL)
 513       gmx_fatal(FARGS,"Can not open tmp file %s",tmpfile);
 514   }
 515   else
 516     fclose(tmpf);
 517
 518   if ((dptr=getenv("DSSP")) == NULL)
 519     dptr="/usr/local/bin/dssp";
 520   if (!gmx_fexist(dptr))
 521     gmx_fatal(FARGS,"DSSP executable (%s) does not exist (use setenv DSSP)",
 522                 dptr);
 523   sprintf(dssp,"%s %s %s %s > /dev/null %s",
 524           dptr,bDoAccSurf?"":"-na",pdbfile,tmpfile,bVerbose?"":"2> /dev/null");
 525   if (bVerbose)
 526     fprintf(stderr,"dssp cmd='%s'\n",dssp);
 527
 528   if (fnTArea) {
 529     fTArea=xvgropen(fnTArea,"Solvent Accessible Surface Area",
 530                     output_env_get_xvgr_tlabel(oenv),"Area (nm\\S2\\N)",oenv);
 531     xvgr_legend(fTArea,2,leg,oenv);
 532   } else
 533     fTArea=NULL;
 534
 535   mat.map=NULL;
 536   mat.nmap=getcmap(libopen(opt2fn("-map",NFILE,fnm)),
 537                    opt2fn("-map",NFILE,fnm),&(mat.map));
 538
 539   natoms=read_first_x(oenv,&status,ftp2fn(efTRX,NFILE,fnm),&t,&x,box);
 540   if (natoms > atoms->nr)
 541     gmx_fatal(FARGS,"\nTrajectory does not match topology!");
 542   if (gnx > natoms)
 543     gmx_fatal(FARGS,"\nTrajectory does not match selected group!");
 544
 545   snew(average_area, atoms->nres);
 546   snew(av_area     , atoms->nres);
 547   snew(norm_av_area, atoms->nres);
 548   accr=NULL;
 549   naccr=0;
 550
 551   gpbc = gmx_rmpbc_init(&top.idef,ePBC,natoms,box);
 552   do {
 553     t = output_env_conv_time(oenv,t);
 554     if (bDoAccSurf && nframe>=naccr) {
 555       naccr+=10;
 556       srenew(accr,naccr);
 557       for(i=naccr-10; i<naccr; i++)
 558         snew(accr[i],2*atoms->nres-1);
 559     }
 560     gmx_rmpbc(gpbc,natoms,box,x);
 561     tapein=ffopen(pdbfile,"w");
 562     write_pdbfile_indexed(tapein,NULL,atoms,x,ePBC,box,' ',-1,gnx,index,NULL,TRUE);
 563     ffclose(tapein);
 564
 565 #ifdef GMX_NO_SYSTEM
 566     printf("Warning-- No calls to system(3) supported on this platform.");
 567     printf("Warning-- Skipping execution of 'system(\"%s\")'.", dssp);
 568     exit(1);
 569 #else
 570     if(0 != system(dssp))
 571     {
 572         gmx_fatal(FARGS,"Failed to execute command: %s",dssp);
 573     }
 574 #endif
 575
 576     /* strip_dssp returns the number of lines found in the dssp file, i.e.
 577      * the number of residues plus the separator lines */
 578
 579     if (bDoAccSurf)
 580         accr_ptr = accr[nframe];
 581
 582     nres_plus_separators = strip_dssp(tmpfile,nres,bPhbres,t,
 583                                       accr_ptr,fTArea,&mat,average_area,oenv);
 584     remove(tmpfile);
 585     remove(pdbfile);
 586     nframe++;
 587   } while(read_next_x(oenv,status,&t,natoms,x,box));
 588   fprintf(stderr,"\n");
 589   close_trj(status);
 590   if (fTArea)
 591     ffclose(fTArea);
 592   gmx_rmpbc_done(gpbc);
 593
 594   prune_ss_legend(&mat);
 595
 596   ss=opt2FILE("-o",NFILE,fnm,"w");
 597   mat.flags = 0;
 598   write_xpm_m(ss,mat);
 599   ffclose(ss);
 600
 601   if (opt2bSet("-ssdump",NFILE,fnm))
 602   {
 603       ss = opt2FILE("-ssdump",NFILE,fnm,"w");
 604       snew(ss_str,nres+1);
 605       fprintf(ss,"%d\n",nres);
 606       for(j=0; j<mat.nx; j++)
 607       {
 608           for(i=0; (i<mat.ny); i++)
 609           {
 610               ss_str[i] = mat.map[mat.matrix[j][i]].code.c1;
 611           }
 612           ss_str[i] = '\0';
 613           fprintf(ss,"%s\n",ss_str);
 614       }
 615       ffclose(ss);
 616       sfree(ss_str);
 617   }
 618   analyse_ss(fnSCount,&mat,ss_string,oenv);
 619
 620   if (bDoAccSurf) {
 621     write_sas_mat(fnArea,accr,nframe,nres_plus_separators,&mat);
 622
 623     for(i=0; i<atoms->nres; i++)
 624       av_area[i] = (average_area[i] / (real)nframe);
 625
 626     norm_acc(atoms, nres, av_area, norm_av_area);
 627
 628     if (fnAArea) {
 629       acc=xvgropen(fnAArea,"Average Accessible Area",
 630                    "Residue","A\\S2",oenv);
 631       for(i=0; (i<nres); i++)
 632         fprintf(acc,"%5d  %10g %10g\n",i+1,av_area[i], norm_av_area[i]);
 633       ffclose(acc);
 634     }
 635   }
 636
 637   view_all(oenv, NFILE, fnm);
 638
 639   thanx(stderr);
 640
 641   return 0;
 642 }