src/tools/cmat.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _cmat_h
  40 #define _cmat_h
  41
  42 #include "typedefs.h"
  43
  44 typedef struct {
  45   int  i,j;
  46   real dist;
  47 } t_dist;
  48
  49 typedef struct {
  50   int  conf,clust;
  51 } t_clustid;
  52
  53 typedef struct {
  54   int  n1,nn;
  55   int  *m_ind;
  56   gmx_bool b1D;
  57   real emat,minrms,maxrms,sumrms;
  58   real *erow;
  59   real **mat;
  60 } t_mat;
  61
  62 /* The matrix is indexed using the matrix index */
  63 #define EROW(m,i)  m->erow[i]
  64
  65 extern t_mat *init_mat(int n1,gmx_bool b1D);
  66
  67 extern void enlarge_mat(t_mat *m,int deltan);
  68
  69 extern void reset_index(t_mat *m);
  70
  71 extern void swap_rows(t_mat *m,int isw,int jsw);
  72
  73 extern void set_mat_entry(t_mat *m,int i,int j,real val);
  74
  75 extern void done_mat(t_mat **m);
  76
  77 extern real row_energy(int n1,int row,real *mat);
  78
  79 extern real mat_energy(t_mat *mat);
  80
  81 extern void swap_mat(t_mat *m);
  82
  83 extern void low_rmsd_dist(const char *fn,real maxrms,int nn,real **mat,
  84                           const output_env_t oenv);
  85
  86 extern void rmsd_distribution(const char *fn,t_mat *m,const output_env_t oenv);
  87
  88 extern t_clustid *new_clustid(int n1);
  89
  90 #endif