src/tools/calcpot.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 extern FILE *init_calcpot(const char *log,const char *tpx,const char *table,
  40                           gmx_mtop_t *mtop,
  41                           gmx_localtop_t *top,t_inputrec *inputrec,
  42                           t_commrec **cr,
  43                           t_graph **graph,t_mdatoms **mdatoms,
  44                           t_forcerec **fr,
  45                           gmx_enerdata_t *enerdata,
  46                           real **coulomb,
  47                           matrix box,rvec **x, const output_env_t oenv);
  48
  49 extern void calc_pot(FILE *logf,t_commrec *cr,
  50                      gmx_mtop_t *mtop,
  51                      t_inputrec *inputrec,gmx_localtop_t *top,rvec x[],
  52                      t_forcerec *fr,gmx_enerdata_t *enerd,
  53                      t_mdatoms *mdatoms,real coulomb[],matrix box,t_graph *graph);
  54
  55 extern void write_pdb_coul();
  56
  57 extern void delete_atom(gmx_localtop_t *top,int inr);
  58 /* Delete an atom from a topology */
  59
  60 extern void replace_atom(gmx_localtop_t *top,int inr,char *anm,char *resnm,
  61                          real q,real m,int type);
  62 /* Replace an atom in a topology by someting else */
  63