src/spacetimecorr.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements gmx::analysismodules::Freevolume.
  38  *
  39  * \author Titov Anatoly <Wapuk-cobaka@yandex.ru>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42
  43 #include <iostream>
  44 #include <chrono>
  45 #include <omp.h>
  46 #include <thread>
  47 #include <string>
  48 #include <algorithm>
  49
  50 #include <gromacs/trajectoryanalysis.h>
  51 #include <gromacs/pbcutil/pbc.h>
  52 #include <gromacs/pbcutil/rmpbc.h>
  53 #include <gromacs/utility/smalloc.h>
  54 #include <gromacs/math/vectypes.h>
  55 #include <gromacs/math/vec.h>
  56 #include <gromacs/math/do_fit.h>
  57
  58 #include "gromacs/analysisdata/analysisdata.h"
  59 #include "gromacs/analysisdata/modules/average.h"
  60 #include "gromacs/analysisdata/modules/histogram.h"
  61 #include "gromacs/analysisdata/modules/plot.h"
  62 #include "gromacs/math/vec.h"
  63 #include "gromacs/options/basicoptions.h"
  64 #include "gromacs/options/filenameoption.h"
  65 #include "gromacs/options/ioptionscontainer.h"
  66 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  67 #include "gromacs/selection/selection.h"
  68 #include "gromacs/selection/selectionoption.h"
  69 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  70 #include "gromacs/trajectoryanalysis/analysissettings.h"
  71 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  72 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  73 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  74
  75 using namespace gmx;
  76
  77 using gmx::RVec;
  78
  79 void make_pdb_trajectory(std::vector< std::vector< RVec > > trajectory, const char* file_name)
  80 {
  81     FILE *file;
  82     file = std::fopen(file_name, "w+");
  83     for (int i = 1; i < trajectory.size(); i++) {
  84         std::fprintf(file, "MODEL%9d\n", i);
  85         for (int j = 0; j < trajectory[i].size(); j++) {
  86             std::fprintf(file, "ATOM  %5d   CA LYS     1    %8.3f%8.3f%8.3f  1.00  0.00\n", j, trajectory[i][j][0] * 10, trajectory[i][j][1] * 10, trajectory[i][j][2] * 10);
  87         }
  88         std::fprintf(file, "ENDMDL\n");
  89     }
  90 }
  91 /*
  92 1 -  6        Record name     "ATOM  "
  93 7 - 11        Integer         Atom serial number.
  94 13 - 16        Atom            Atom name.
  95 17             Character       Alternate location indicator.
  96 18 - 20        Residue name    Residue name.
  97 22             Character       Chain identifier.
  98 23 - 26        Integer         Residue sequence number.
  99 27             AChar           Code for insertion of residues.
 100 31 - 38        Real(8.3)       Orthogonal coordinates for X in Angstroms.
 101 39 - 46        Real(8.3)       Orthogonal coordinates for Y in Angstroms.
 102 47 - 54        Real(8.3)       Orthogonal coordinates for Z in Angstroms.
 103 55 - 60        Real(6.2)       Occupancy.
 104 61 - 66        Real(6.2)       Temperature factor (Default = 0.0).
 105 73 - 76        LString(4)      Segment identifier, left-justified.
 106 77 - 78        LString(2)      Element symbol, right-justified.
 107 79 - 80        LString(2)      Charge on the atom.
 108 */
 109
 110 void make_correlation_file(std::vector< std::vector< std::vector< double > > > correlations, char* file_name, int start)
 111 {
 112     FILE *file;
 113     file = std::fopen(file_name, "w+");
 114     for (int i = start; i < correlations.size(); i++) {
 115         if (correlations.size() - start > 1) {
 116             std::fprintf(file, "correlation between 'n' and 'n + %d' frames\n", i);
 117         }
 118         if (i % 50 == 0) {
 119             std::cout << "correlation between 'n' and 'n + " << i << "' frames\n";
 120         }
 121         for (int j = 0; j < correlations[i].size(); j++) {
 122             for (int f = 0; f < correlations[i][j].size(); f++) {
 123                 std::fprintf(file, "%3.2f ", correlations[i][j][f]);
 124             }
 125             std::fprintf(file, "\n");
 126         }
 127     }
 128 }
 129
 130 void make_rout_file(std::vector< int > indx, std::vector< std::vector< int > > rout, const char* file_name)
 131 {
 132     FILE *file;
 133     file = std::fopen(file_name, "w+");
 134     for (int i = 0; i < rout.size(); i++) {
 135         for (int j = 0; j < rout[i].size(); j++) {
 136             std::fprintf(file, "%3d ", indx[rout[i][j]]);
 137         }
 138         std::fprintf(file, "\n");
 139     }
 140 }
 141
 142 int dive_in(std::vector< std::vector< std::pair< int, int > > > graph, int start, int steps, int frames, int depth, int depth_go, std::vector< std::pair< int, int > > path)
 143 {
 144     int steps_old = 0, steps_new = 0;
 145     if (depth > frames) {
 146         return steps;
 147     }
 148     bool flag = true;
 149     for (int i = 0; i < path.size(); i++) {
 150         if (path[i].first == start) {
 151             flag = false;
 152         }
 153     }
 154     if (flag) {
 155         path.push_back(std::make_pair(start, depth_go));
 156     }
 157     for (int i = 0; i < graph[start].size(); i++) {
 158         flag = true;
 159         for (int j = 0; j < path.size(); j++) {
 160             if (path[j].first == graph[start][i].first) {
 161                 flag = false;
 162             }
 163         }
 164         if (flag) {
 165             steps_new = dive_in(graph, graph[start][i].first, steps + 1, frames, depth + graph[start][i].second, graph[start][i].second, path);
 166             if (steps_old < steps_new) {
 167                 steps_old = steps_new;
 168             }
 169         }
 170     }
 171     return (std::max(steps_old, steps));
 172 }
 173
 174 bool mysortfunc (std::vector<int> a, std::vector<int> b) { return (a.size() > b.size()); }
 175
 176 /*! \brief
 177  * Class used to compute free volume in a simulations box.
 178  *
 179  * Inherits TrajectoryAnalysisModule and all functions from there.
 180  * Does not implement any new functionality.
 181  *
 182  * \ingroup module_trajectoryanalysis
 183  */
 184
 185
 186 class Domains : public TrajectoryAnalysisModule
 187 {
 188     public:
 189
 190         Domains();
 191         virtual ~Domains();
 192
 193         //! Set the options and setting
 194         virtual void initOptions(IOptionsContainer          *options,
 195                                  TrajectoryAnalysisSettings *settings);
 196
 197         //! First routine called by the analysis framework
 198         // virtual void initAnalysis(const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc);
 199         virtual void initAnalysis(const TrajectoryAnalysisSettings &settings,
 200                                   const TopologyInformation        &top);
 201
 202         virtual void initAfterFirstFrame(const TrajectoryAnalysisSettings   &settings,
 203                                          const t_trxframe                   &fr);
 204
 205         //! Call for each frame of the trajectory
 206         // virtual void analyzeFrame(const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc);
 207         virtual void analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
 208                                   TrajectoryAnalysisModuleData *pdata);
 209
 210         //! Last routine called by the analysis framework
 211         // virtual void finishAnalysis(t_pbc *pbc);
 212         virtual void finishAnalysis(int nframes);
 213
 214         //! Routine to write output, that is additional over the built-in
 215         virtual void writeOutput();
 216
 217     private:
 218
 219         std::string                                                 fnNdx_;
 220         SelectionList                                               sel_;
 221
 222         std::vector< std::vector< int > >                           domains;
 223         std::vector< std::vector< int > >                           domains_local;
 224         std::vector< std::vector< RVec > >                          trajectory;
 225         std::vector< std::vector< RVec > >                          frankenstein_trajectory;
 226
 227
 228         std::vector< int >                                          index;
 229         std::vector< int >                                          numbers;
 230         int                                                         frames              = 0;
 231         int                                                         basic_frame         = 0;
 232         int                                                         tau                 = 0;
 233         double                                                      crl_border          = 0;
 234         real                                                        **w_rls;
 235
 236         int                                                         domains_ePBC;
 237         // Copy and assign disallowed by base.
 238 };
 239
 240 Domains::Domains(): TrajectoryAnalysisModule()
 241 {
 242 }
 243
 244 Domains::~Domains()
 245 {
 246 }
 247
 248 void
 249 Domains::initOptions(IOptionsContainer          *options,
 250                      TrajectoryAnalysisSettings *settings)
 251 {
 252     static const char *const desc[] = {
 253         "[THISMODULE] to be done"
 254     };
 255     // Add the descriptive text (program help text) to the options
 256     settings->setHelpText(desc);
 257     // Add option for output file name
 258     options->addOption(FileNameOption("on").filetype(eftIndex).outputFile()
 259                             .store(&fnNdx_).defaultBasename("domains")
 260                             .description("Index file from the domains"));
 261     // Add option for tau constant
 262     options->addOption(gmx::IntegerOption("tau")
 263                             .store(&tau)
 264                             .description("number of frames for time travel"));
 265     // Add option for crl_border constant
 266     options->addOption(DoubleOption("crl")
 267                             .store(&crl_border)
 268                             .description("make graph based on corrs > constant"));
 269     // Add option for selection list
 270     options->addOption(SelectionOption("select_domains_and_residue").storeVector(&sel_)
 271                            .required().dynamicMask().multiValue()
 272                            .description("Domains to form rigid skeleton"));
 273     // Control input settings
 274     settings->setFlags(TrajectoryAnalysisSettings::efNoUserPBC);
 275     settings->setPBC(true);
 276 }
 277
 278 void
 279 Domains::initAnalysis(const TrajectoryAnalysisSettings &settings,
 280                       const TopologyInformation        &top)
 281 {
 282     domains_ePBC = top.ePBC();
 283 }
 284
 285 void
 286 Domains::initAfterFirstFrame(const TrajectoryAnalysisSettings       &settings,
 287                              const t_trxframe                       &fr)
 288 {
 289     ConstArrayRef< int > atomind  = sel_[0].atomIndices();
 290     index.resize(0);
 291     for (ConstArrayRef<int>::iterator ai = atomind.begin(); (ai < atomind.end()); ai++) {
 292         index.push_back(*ai);
 293     }
 294
 295     trajectory.resize(1);
 296     trajectory.back().resize(index.size());
 297
 298     for (int i = 0; i < index.size(); i++) {
 299         trajectory.back()[i] = fr.x[index[i]];
 300     }
 301
 302     domains.resize(sel_.size());
 303     for (int i = 1; i < sel_.size(); i++) {
 304         atomind  = sel_[i].atomIndices();
 305         for (ConstArrayRef<int>::iterator ai = atomind.begin(); (ai < atomind.end()); ai++) {
 306             domains[i].push_back(*ai);
 307         }
 308     }
 309
 310     for (int i = 0; i < domains.size(); i++) {
 311         for (int j = 0; j < domains[i].size(); j++) {
 312             int k = 0;
 313             while (index[k] != domains[i][j]) {
 314                 k++;
 315             }
 316             domains[i][j] = k;
 317         }
 318     }
 319
 320     for (int i = 0; i < domains.size(); i++) {
 321         if (domains[i].size() >= 2) {
 322             domains_local.push_back(domains[i]);
 323             for (int k = 0; k < domains[i].size(); k++) {
 324                 for (int j = i + 1; j < domains.size(); j++) {
 325                     for (int x = 0; x < domains[j].size(); x++) {
 326                         if (domains[j][x] == domains[i][k]) {
 327                             domains[j].erase(domains[j].begin() + x);
 328                         }
 329                     }
 330                 }
 331             }
 332         }
 333     }
 334
 335     domains.resize(0);
 336     domains = domains_local;
 337
 338     std::vector< bool >                 flags;
 339     flags.resize(index.size(), true);
 340
 341     for (int i = 0; i < domains.size(); i++) {
 342         for (int j = 0; j < domains[i].size(); j++) {
 343             flags[domains[i][j]] = false;
 344         }
 345     }
 346
 347     for (int i = 0; i < index.size(); i++) {
 348         if (flags[i]) {
 349             int a, b, dist = 90000001;
 350             rvec temp;
 351                 for (int j = 0; j < domains.size(); j++) {
 352                     for (int k = 0; k < domains[j].size(); k++) {
 353                         rvec_sub(trajectory.back()[i], trajectory.back()[domains[j][k]], temp);
 354                         if (norm(temp) <= dist) {
 355                             dist = norm(temp);
 356                             a = j;
 357                             b = k;
 358                         }
 359                     }
 360                 }
 361             domains_local[a].push_back(i);
 362             flags[i] = false;
 363         }
 364     }
 365
 366     frankenstein_trajectory.resize(trajectory.size());
 367     frankenstein_trajectory.back() = trajectory.back();
 368
 369     frames++;
 370 }
 371
 372 void
 373 Domains::analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
 374                       TrajectoryAnalysisModuleData *pdata)
 375 {
 376     trajectory.resize(trajectory.size() + 1);
 377     trajectory.back().resize(index.size());
 378
 379     for (int i = 0; i < index.size(); i++) {
 380         trajectory.back()[i] = fr.x[index[i]];
 381     }
 382
 383     snew(w_rls, domains_local.size() + 1);
 384     for (int i = 0; i < domains_local.size(); i++) {
 385         snew(w_rls[i], index.size());
 386         for (int j = 0; j < index.size(); j++) {
 387             w_rls[i][j] = 0;
 388         }
 389         for (int j = 0; j < domains_local[i].size(); j++) {
 390             w_rls[i][domains_local[i][j]] = 1;
 391         }
 392     }
 393     snew(w_rls[domains_local.size()], index.size());
 394     for (int i = 0; i < index.size(); i++) {
 395         w_rls[domains_local.size()][i] = 1;
 396     }
 397
 398     frankenstein_trajectory.resize(trajectory.size());
 399     frankenstein_trajectory.back().resize(index.size());
 400
 401     for (int i = 0; i < domains_local.size(); i++) {
 402         rvec *basic, *traj;
 403         snew(basic, index.size());
 404         for (int k = 0; k < index.size(); k++) {
 405             copy_rvec(trajectory[basic_frame][k].as_vec(), basic[k]);
 406         }
 407         snew(traj, index.size());
 408         for (int k = 0; k < index.size(); k++) {
 409             copy_rvec(trajectory.back()[k].as_vec(), traj[k]);
 410         }
 411         reset_x(index.size(), NULL, index.size(), NULL, basic, w_rls[i]);
 412         reset_x(index.size(), NULL, index.size(), NULL, traj, w_rls[i]);
 413         do_fit(index.size(), w_rls[i], basic, traj);
 414
 415         for (int j = 0; j < index.size(); j++) {
 416             if (w_rls[i][j] == 0) {
 417                 copy_rvec(basic[j], traj[j]);
 418             }
 419         }
 420         reset_x(index.size(), NULL, index.size(), NULL, traj, w_rls[domains_local.size()]);
 421
 422         for (int j = 0; j < domains_local[i].size(); j++) {
 423             frankenstein_trajectory.back()[domains_local[i][j]] = traj[domains_local[i][j]];
 424         }
 425
 426         sfree(basic);
 427         sfree(traj);
 428     }
 429
 430     frames++;
 431 }
 432
 433 //spacetimecorr -s '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/reca_rd.mono.tpr' -f '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/reca_rd.mono.xtc' -n '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/test.ndx'
 434
 435 void
 436 Domains::finishAnalysis(int nframes)
 437 {
 438     //make_pdb_trajectory(frankenstein_trajectory, "/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/10k_frames.pdb");
 439
 440     //frankenstein_trajectory = trajectory;
 441
 442     std::vector< std::vector< std::vector< double > > > crltns;
 443     int k = 1000, m = 0;
 444     if (tau > 0) {
 445         k = tau;
 446     }
 447     crltns.resize(k + 1);
 448     for (int i = 0; i < crltns.size(); i++) {
 449         crltns[i].resize(index.size());
 450         for (int j = 0; j < crltns[i].size(); j++) {
 451             crltns[i][j].resize(index.size(), 0);
 452         }
 453     }
 454
 455     std::cout << "\n" ;
 456     #pragma omp parallel
 457     {
 458         #pragma omp for schedule(dynamic)
 459         for (int i = m; i <= k; i += 1) {
 460             std::cout << " k = " << i << " ";
 461
 462             rvec *medx, *medy, temp_zero;
 463             snew(medx, index.size());
 464             snew(medy, index.size());
 465             temp_zero[0] = 0;
 466             temp_zero[1] = 0;
 467             temp_zero[2] = 0;
 468             for (int i = 0; i < index.size(); i++) {
 469                 copy_rvec(temp_zero, medx[i]);
 470                 copy_rvec(temp_zero, medy[i]);
 471             }
 472
 473             for (int j = 0; j < frankenstein_trajectory.size() - i; j++) {
 474                 for (int f = 0; f < index.size(); f++) {
 475                     rvec temp;
 476
 477                     rvec_sub(frankenstein_trajectory[basic_frame][f], frankenstein_trajectory[j][f], temp);
 478                     rvec_inc(medx[f], temp);
 479                     rvec_sub(frankenstein_trajectory[basic_frame][f], frankenstein_trajectory[j + i][f], temp);
 480                     rvec_inc(medy[f], temp);
 481                 }
 482             }
 483
 484             for (int j = 0; j < index.size(); j++) {
 485                 rvec temp;
 486                 real temp2 = frankenstein_trajectory.size();
 487                 temp2 -= i;
 488                 temp2 = 1 / temp2;
 489                 copy_rvec(medx[j], temp);
 490                 svmul(temp2, temp, medx[j]);
 491                 copy_rvec(medy[j], temp);
 492                 svmul(temp2, temp, medy[j]);
 493             }
 494
 495             std::vector< std::vector< double > > a, b, c;
 496             a.resize(index.size());
 497             b.resize(index.size());
 498             c.resize(index.size());
 499             for (int j = 0; j < index.size(); j++) {
 500                 a[j].resize(index.size(), 0);
 501                 b[j].resize(index.size(), 0);
 502                 c[j].resize(index.size(), 0);
 503             }
 504             for (int j = 0; j < frankenstein_trajectory.size() - i; j++) {
 505                 for (int f1 = 0; f1 < index.size(); f1++) {
 506                     for (int f2 = f1; f2 < index.size(); f2++) {
 507                         rvec temp1, temp2;
 508                         rvec_sub(frankenstein_trajectory[basic_frame][f1], frankenstein_trajectory[j][f1], temp1);
 509                         rvec_dec(temp1, medx[f1]);
 510                         rvec_sub(frankenstein_trajectory[basic_frame][f2], frankenstein_trajectory[j + i][f2], temp2);
 511                         rvec_dec(temp2, medy[f2]);
 512                         a[f1][f2] += (temp1[0] * temp2[0] + temp1[1] * temp2[1] + temp1[2] * temp2[2]);
 513                         b[f1][f2] += (temp1[0] * temp1[0] + temp1[1] * temp1[1] + temp1[2] * temp1[2]);
 514                         c[f1][f2] += (temp2[0] * temp2[0] + temp2[1] * temp2[1] + temp2[2] * temp2[2]);
 515                     }
 516                 }
 517             }
 518             for (int j = 0; j < index.size(); j++) {
 519                 for (int f = j; f < index.size(); f++) {
 520                     crltns[i][j][f] = a[j][f] / (std::sqrt(b[j][f] * c[j][f]));
 521                 }
 522             }
 523             sfree(medx);
 524             sfree(medy);
 525         }
 526     }
 527     std::cout << "\n" ;
 528
 529     //make_correlation_file(crltns, "corrs.txt", m);
 530
 531     for (int i1 = 0; i1 < 100; i1++) {
 532         int i5 = 0;
 533         for (int i2 = 1; i2 < crltns.size(); i2++) {
 534             for (int i3 = 0; i3 < crltns[i2].size(); i3++) {
 535                 for (int i4 = 0; i4 < crltns[i2][i3].size(); i4++) {
 536                     if (crltns[i2][i3][i4] >= (double)i1 / 100) {
 537                         i5++;
 538                     }
 539                 }
 540             }
 541         }
 542         std::cout << i1 << " - " << i5 << "   ";
 543         if (i % 10 == 0) {
 544             std::cout << "\n" ;
 545         }
 546     }
 547
 548     std::cout << "\n\n";
 549
 550     std::vector< std::vector< int > > graph;
 551     graph.resize(index.size());
 552     for (int i = 1; i <= k; i++) {
 553         for (int j = 0; j < index.size(); j++) {
 554             for (int f = 0; f < index.size(); f++) {
 555                 if (std::abs(crltns[i][j][f]) >= crl_border) {
 556                     bool local_flag = true;
 557                     for (int f2 = 0; f2 < graph[j].size(); f2++) {
 558                         if (graph[j][f2] == f) {
 559                             local_flag = false;
 560                         }
 561                     }
 562                     if (local_flag) {
 563                         graph[j].push_back(f);
 564                     }
 565                 }
 566             }
 567         }
 568     }
 569
 570     /*for (int i = 0; i < index.size(); i++) {
 571         if (graph[i].size() > 0) {
 572             std::cout << i << " - " << graph[i].size() << "\n";
 573         }
 574     }*/
 575
 576     std::cout << "\n";
 577     std::vector< std::vector < int > > rout_old, rout_new;
 578     bool flag = true;
 579     rout_new.resize(0);
 580     rout_old.resize(index.size());
 581     for (int i = 0; i < index.size(); i++) {
 582         rout_old[i].resize(1, i);
 583     }
 584
 585     std::cout << "building routs\n\n" ;
 586
 587     while (flag) {
 588         flag = false;
 589         std::vector < int > flag3;
 590         for (long int i = 0; i < rout_old.size(); i++) {
 591             if (graph[rout_old[i].back()].size() == 0 && rout_old[i].size() > 2) {
 592                 rout_new.push_back(rout_old[i]);
 593             } else {
 594                 bool flag222 = true;
 595                 for (long int j = 0; j < graph[rout_old[i].back()].size(); j++) {
 596                     bool flag2 = true, flag22 = true;
 597                     flag3 = rout_old[i];
 598                     for (int f = 0; f < flag3.size(); f++) {
 599                         if (flag3[f] == graph[rout_old[i].back()][j]) {
 600                             flag22 = false;
 601                         }
 602                     }
 603                     if (flag22) {
 604                         flag3.push_back(graph[rout_old[i].back()][j]);
 605                         for (int f = 0; f < rout_new.size(); f++) {
 606                             if (rout_new[f] == flag3) {
 607                                 flag2 = false;
 608                             }
 609                         }
 610                         if (flag2) {
 611                             rout_new.push_back(flag3);
 612                             flag = true;
 613                             flag222 = false;
 614
 615                         }
 616                     }
 617                 }
 618                 if (flag222 && rout_old[i].size() > 2) {
 619                     rout_new.push_back(rout_old[i]);
 620                 }
 621             }
 622         }
 623         if (rout_new.size() != 0) {
 624             std::cout << rout_old.size() << " -> " << rout_new.size() << "\n";
 625             rout_old = rout_new;
 626             rout_new.resize(0);
 627         }
 628     }
 629
 630     std::sort(rout_old.begin(), rout_old.end(), mysortfunc);
 631
 632     std::cout << "\nfinished routs\n\n" ;
 633
 634     /*graph.resize(0);
 635     graph.resize(index.size());
 636     rout_new.resize(0);
 637
 638     for (int i = 0; i < rout_old.size(); i++) {
 639         int lflag2 = false;
 640         for (int j = 0; j < rout_old[i].size() - 1; j++) {
 641             int lflag1 = true;
 642             for (int f = 0; f < graph[rout_old[i][j]].size(); f++) {
 643                 if (graph[rout_old[i][j]][f] == rout_old[i][j + 1]) {
 644                     lflag1 = false;
 645                 }
 646             }
 647             if (lflag1) {
 648                 graph[rout_old[i][j]].push_back(rout_old[i][j + 1]);
 649                 lflag2 = true;
 650             }
 651         }
 652         if (lflag2) {
 653             rout_new.push_back(rout_old[i]);
 654         }
 655     }*/
 656
 657
 658     /*std::cout << "\n test old \n";
 659     for (int i = 0; i < rout_old.size(); i++) {
 660         for (int j = 0; j < rout_old[i].size(); j++) {
 661             std::cout << index[rout_old[i][j]] << " ";
 662         }
 663         std::cout << "\n";
 664     }
 665
 666     std::cout << "\n test new \n";*/
 667
 668     rout_new.resize(0);
 669     for (int i = rout_old.size() - 1; i >= 0; i--) {
 670         bool lflag1 = true;
 671         for (int j = 0; j < i; j++) {
 672             if (rout_old[i].size() < rout_old[j].size()) {
 673                 int la = 0;
 674                 for (int f = 0; f < rout_old[j].size(); f++) {
 675                     if (rout_old[j][f] == rout_old[i][la]) {
 676                         la++;
 677                     }
 678                 }
 679                 if (la == rout_old[i].size()) {
 680                     lflag1 = false;
 681                 }
 682             }
 683         }
 684         if (lflag1) {
 685             rout_new.push_back(rout_old[i]);
 686         }
 687     }
 688
 689     //make_rout_file(index, rout_new, "routs.txt");
 690
 691     for (int i = 0; i < rout_new.size(); i++) {
 692         for (int j = 0; j < rout_new[i].size(); j++) {
 693             std::cout << index[rout_new[i][j]] << " ";
 694         }
 695         std::cout << "\n";
 696     }
 697
 698     std::cout << "\n\n\n job done \n\n\n";
 699 }
 700
 701 void
 702 Domains::writeOutput()
 703 {
 704
 705 }
 706
 707
 708 /*! \brief
 709  * The main function for the analysis template.
 710  */
 711 int
 712 main(int argc, char *argv[])
 713 {
 714     return gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner::runAsMain<Domains>(argc, argv);
 715 }