src/spacetimecorr.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements gmx::analysismodules::Freevolume.
  38  *
  39  * \author Titov Anatoly <Wapuk-cobaka@yandex.ru>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42
  43
  44 #include <iostream>
  45 #include <algorithm>
  46 #include <vector>
  47 #include <math.h>
  48 #include <omp.h>
  49 #include <string>
  50
  51 #include <gromacs/trajectoryanalysis.h>
  52 #include <gromacs/utility/smalloc.h>
  53 #include <gromacs/math/do_fit.h>
  54 #include <gromacs/trajectoryanalysis/topologyinformation.h>
  55
  56 using namespace gmx;
  57
  58 using gmx::RVec;
  59
  60 void make_correlation_matrix_file(std::vector< std::vector< std::vector< float > > > correlations, const char* file_name, int start)
  61 {
  62     FILE *file;
  63     file = std::fopen(file_name, "w+");
  64     for (int i = start; i < correlations.size(); i++) {
  65         if (correlations.size() - start > 1) {
  66             std::fprintf(file, "correlation between 'n' and 'n + %d' frames\n", i);
  67         }
  68         if (i % 50 == 0) {
  69             std::cout << "correlation between 'n' and 'n + " << i << "' frames\n";
  70         }
  71         for (int j = 0; j < correlations[i].size(); j++) {
  72             for (int f = 0; f < correlations[i][j].size(); f++) {
  73                 std::fprintf(file, "%3.4f ", correlations[i][j][f]);
  74             }
  75             std::fprintf(file, "\n");
  76         }
  77     }
  78     std::fclose(file);
  79 }
  80
  81 void make_correlation_pairs_file(std::vector< std::vector< std::vector< float > > > correlations, const char* file_name, int start)
  82 {
  83     FILE *file;
  84     file = std::fopen(file_name, "w+");
  85     for (int i = 0; i < correlations.front().size(); i++) {
  86         for (int j = 0; j < correlations.front().front().size(); j++) {
  87             //std::fprintf(file, "correlation between point '%d' and point '%d'\n", i, j);
  88             std::fprintf(file, "%d %d\n", i, j);
  89             for (int k = 0; k < correlations.size(); k++) {
  90                 std::fprintf(file, "%3.4f ", correlations[k][i][j]);
  91             }
  92             std::fprintf(file, "\n");
  93         }
  94         if (i % 10 == 0) {
  95             std::cout << "correlations in row " << i << " out of " << correlations.front().size() << " completed\n";
  96         }
  97     }
  98     std::fclose(file);
  99 }
 100
 101 void make_rout_file(float crl_border, std::vector< int > indx, std::vector< std::vector< std::pair< int, int > > > rout, const char* file_name)
 102 {
 103     FILE *file;
 104     file = std::fopen(file_name, "w+");
 105     std::fprintf(file, "correlations >= %0.2f\n\n", crl_border);
 106     for (int i = 0; i < rout.size(); i++) {
 107         for (int j = 0; j < rout[i].size(); j++) {
 108             std::fprintf(file, "cgo_arrow (id %3d), (id %3d), radius=0.15\n", indx[rout[i][j].first]/* + 1*/, indx[rout[i][j].second]/* + 1*/);
 109         }
 110         std::fprintf(file, "\n\n");
 111     }
 112     std::fclose(file);
 113 }
 114
 115 void make_best_corrs_graphics(std::vector< std::vector< std::vector< float > > > correlations,
 116                               std::vector< std::vector< std::pair< int, int > > > rout_pairs,
 117                               std::vector< int > indx,
 118                               const char* file_name)
 119 {
 120     FILE *file;
 121     file = std::fopen(file_name, "w+");
 122     for (int i = 0; i < rout_pairs.size(); i++) {
 123         for (int j = 0; j < rout_pairs[i].size(); j++) {
 124             std::fprintf(file, "%3d %3d\n", indx[rout_pairs[i][j].first]/* + 1*/, indx[rout_pairs[i][j].second]/* + 1*/);
 125             for (int k = 0; k < correlations.size(); k++) {
 126                 std::fprintf(file, "%3.5f ", correlations[k][rout_pairs[i][j].first][rout_pairs[i][j].second]);
 127             }
 128             std::fprintf(file, "\n");
 129         }
 130     }
 131     std::fclose(file);
 132 }
 133
 134 void make_diffusion_file(const char* file_name, std::vector< float > D)
 135 {
 136     FILE *file;
 137     file = std::fopen(file_name, "w+");
 138     for (int i = 0; i < D.size(); i++) {
 139         std::fprintf(file, "%f ", D[i]);
 140     }
 141     std::fclose(file);
 142 }
 143
 144 bool mysortfunc (std::vector< int > a, std::vector< int > b) {
 145     return (a.size() > b.size());
 146 }
 147
 148 bool isitsubset (std::vector< int > a, std::vector< int > b) {
 149     if (b.size() == 0) {
 150         return true;
 151     }
 152     std::sort(a.begin(), a.end());
 153     std::sort(b.begin(), b.end());
 154     int k = 0;
 155     for (int i = 0; i < a.size(); i++) {
 156         if (b[k] == a[i]) {
 157             k++;
 158         }
 159     }
 160     if (k == b.size()) {
 161         return true;
 162     } else {
 163         return false;
 164     }
 165 }
 166
 167 void correlation_evaluation(std::vector< RVec > ref, std::vector< std::vector< RVec > > traj, int b_frame, std::vector< std::vector< std::vector< float > > > &crl, int tauS, int tauE) {
 168     crl.resize(tauE + 1);
 169     for (int i = 0; i < crl.size(); i++) {
 170         crl[i].resize(traj.front().size());
 171         for (int j = 0; j < crl[i].size(); j++) {
 172             crl[i][j].resize(traj.front().size(), 0);
 173         }
 174     }
 175     RVec temp_zero;
 176     temp_zero[0] = 0;
 177     temp_zero[1] = 0;
 178     temp_zero[2] = 0;
 179
 180     std::vector< float > d;
 181     d.resize(traj.front().size(), 0);
 182
 183     #pragma omp parallel for schedule(dynamic)
 184     for (int i = tauS; i <= tauE; i += 1) {
 185         RVec temp1, temp2;
 186         std::vector< std::vector< float > > a, b, c;
 187         a.resize(traj.front().size(), d);
 188         b.resize(traj.front().size(), d);
 189         c.resize(traj.front().size(), d);
 190         for (int j = 0; j < traj.size() - i - 1; j++) {
 191             for (int f1 = 0; f1 < traj.front().size(); f1++) {
 192                 for (int f2 = 0; f2 < traj.front().size(); f2++) {
 193                     temp1 = traj[j][f1] - ref[f1];
 194                     temp2 = traj[j + i][f2] - ref[f2];
 195                     a[f1][f2] += (temp1[0] * temp2[0] + temp1[1] * temp2[1] + temp1[2] * temp2[2]);
 196                     b[f1][f2] += (temp1[0] * temp1[0] + temp1[1] * temp1[1] + temp1[2] * temp1[2]);
 197                     c[f1][f2] += (temp2[0] * temp2[0] + temp2[1] * temp2[1] + temp2[2] * temp2[2]);
 198                 }
 199             }
 200         }
 201         for (int j = 0; j < traj.front().size(); j++) {
 202             for (int f = 0; f < traj.front().size(); f++) {
 203                 crl[i][j][f] = a[j][f] / (std::sqrt(b[j][f] * c[j][f]));
 204             }
 205         }
 206         std::cout << i << " corr done\n";
 207     }
 208     #pragma omp barrier
 209 }
 210
 211 void graph_calculation(std::vector< std::vector< std::pair< float, int > > > &graph, std::vector< std::vector< int > > &s_graph, std::vector< std::vector< std::pair< int, int > > > &s_graph_rbr,
 212                       std::vector< std::vector< RVec > > traj, int b_frame,
 213                       std::vector< std::vector< std::vector< float > > > crl, float crl_b, float e_rad, int tauE) {
 214     graph.resize(traj.front().size());
 215     for (int i = 0; i < traj.front().size(); i++) {
 216         graph[i].resize(traj.front().size(), std::make_pair(0, -1));
 217     }
 218     RVec temp;
 219     for (int i = 1; i <= tauE; i++) {
 220         for (int j = 0; j < traj.front().size(); j++) {
 221             for (int f = j; f < traj.front().size(); f++) {
 222                 temp = traj[b_frame][j] - traj[b_frame][f];
 223                 if (std::max(std::abs(crl[i][j][f]), std::abs(crl[i][f][j])) >= crl_b && norm(temp) <= e_rad && std::abs(graph[j][f].first) < std::max(std::abs(crl[i][j][f]), std::abs(crl[i][f][j]))) {
 224                     if (std::abs(crl[i][j][f]) > std::abs(crl[i][f][j])) {
 225                         graph[j][f].first = crl[i][j][f];
 226                     } else {
 227                         graph[j][f].first = crl[i][f][j];
 228                     }
 229                     graph[j][f].second = i;
 230                 }
 231             }
 232         }
 233     }
 234     std::cout << "crl analysed\n";
 235     std::vector< bool > graph_flags;
 236     graph_flags.resize(traj.front().size(), true);
 237     std::vector< int > a;
 238     a.resize(0);
 239     std::vector< std::pair< int, int > > b;
 240     b.resize(0);
 241     std::vector< int > que1, que2, que3;
 242     for (int i = 0; i < traj.front().size(); i++) {
 243         if (graph_flags[i]) {
 244             s_graph.push_back(a);
 245             s_graph_rbr.push_back(b);
 246             que1.resize(0);
 247             que2.resize(0);
 248             que3.resize(0);
 249             que1.push_back(i);
 250             que3.push_back(i);
 251             graph_flags[i] = false;
 252             while(que1.size() > 0) {
 253                 que2.clear();
 254                 for (int k = 0; k < que1.size(); k++) {
 255                     for (int j = 0; j < traj.front().size(); j++) {
 256                         if (graph[que1[k]][j].second > -1 && graph_flags[j]) {
 257                             que2.push_back(j);
 258                             graph_flags[j] = false;
 259                         }
 260                     }
 261                 }
 262                 que1 = que2;
 263                 for (int j = 0; j < que2.size(); j++) {
 264                     que3.push_back(que2[j]);
 265                 }
 266             }
 267             s_graph.back() = que3;
 268             for (int j = 0; j < que3.size(); j++) {
 269                 for (int k = 0; k < traj.front().size(); k++) {
 270                     if (graph[que3[j]][k].second > -1) {
 271                         s_graph_rbr.back().push_back(std::make_pair(que3[j], k));
 272                     }
 273                 }
 274             }
 275             //std::cout << s_graph.back().size() << "   ";
 276         }
 277     }
 278 }
 279
 280 bool myfunction (const std::pair< int, float > i, const std::pair< int, float > j) {
 281     return i.second < j.second;
 282 }
 283
 284 void graph_back_bone_evaluation(std::vector< std::vector < std::pair< int, int > > > &rout_n, int indxSize,
 285                                 std::vector< std::vector< std::pair< float, int > > > graph, std::vector< std::vector< int > > s_graph, std::vector< std::vector< std::pair< int, int > > > s_graph_rbr) {
 286     std::vector< float > key;
 287     std::vector< int > path;
 288     std::vector< std::pair< int, float > > que;
 289     std::vector< std::pair< int, int > > a;
 290     int v;
 291     for (int i = 0; i < s_graph.size(); i++) {
 292         key.resize(0);
 293         path.resize(0);
 294         que.resize(0);
 295         v = 0;
 296         if (s_graph[i].size() > 2) {
 297             key.resize(indxSize, 2);
 298             path.resize(indxSize, -1);
 299             key[s_graph[i][0]] = 0;
 300             for (int j = 0; j < s_graph[i].size(); j++) {
 301                 que.push_back(std::make_pair(s_graph[i][j], key[s_graph[i][j]]));
 302             }
 303             std::sort(que.begin(), que.end(), myfunction);
 304             while (!que.empty()) {
 305                 v = que[0].first;
 306                 que.erase(que.begin());
 307                 for (int j = 0; j < s_graph_rbr[i].size(); j++) {
 308                     int u = -1;
 309                     if (s_graph_rbr[i][j].first == v) {
 310                         u = s_graph_rbr[i][j].second;
 311                     } else if (s_graph_rbr[i][j].second == v) {
 312                         u = s_graph_rbr[i][j].first;
 313                     }
 314                     bool flag = false;
 315                     int pos = -1;
 316                     for (int k = 0; k < que.size(); k++) {
 317                         if (que[k].first == u) {
 318                             flag = true;
 319                             pos = k;
 320                             k = que.size() + 1;
 321                         }
 322                     }
 323                     if (flag && key[u] > 1 - std::abs(graph[v][u].first)) {
 324                         path[u] = v;
 325                         key[u] = 1 - std::abs(graph[v][u].first);
 326                         que[pos].second = key[u];
 327                         sort(que.begin(), que.end(), myfunction);
 328                     }
 329                 }
 330             }
 331             a.resize(0);
 332             rout_n.push_back(a);
 333             for (int j = 0; j < indxSize; j++) {
 334                 if (path[j] != -1) {
 335                     rout_n.back().push_back(std::make_pair(j, path[j]));
 336                 }
 337             }
 338         }
 339     }
 340 }
 341
 342 gmx::RVec evaluate_com(std::vector< RVec > frame) {
 343     RVec temp;
 344     temp[0] = 0;
 345     temp[1] = 0;
 346     temp[2] = 0;
 347     for (int i = 0; i < frame.size(); i++) {
 348         temp += frame[i];
 349     }
 350     temp[0] /= frame.size();
 351     temp[1] /= frame.size();
 352     temp[2] /= frame.size();
 353     return temp;
 354 }
 355
 356 void evaluate_diffusion(std::vector< std::vector< RVec > > trj, std::vector< float > &D/*, int max_frame_depth*/) {
 357     D.resize(trj.size() * 0.9 - 1/*max_frame_depth*/);
 358     float temp;
 359     for (int i = 1; i < trj.size() * 0.9 /*max_frame_depth*/; i++) {
 360         temp = 0;
 361         for (int j = 0; j < trj.size() - 1 - i /*trj.size() - 1 - max_frame_depth*/; j++) {
 362             temp += (evaluate_com(trj[j]) - evaluate_com(trj[j + i])).norm2();
 363             //D[i][j] = (evaluate_com(trj[j]) - evaluate_com(trj[j + i])).norm2() / (2 * i);
 364         }
 365         D[i - 1] = temp / (trj.size() - 1 - i) / (2 * i * 0.000001);
 366     }
 367 }
 368
 369 /*! \brief
 370  * \ingroup module_trajectoryanalysis
 371  */
 372
 373 class SpaceTimeCorr : public TrajectoryAnalysisModule
 374 {
 375     public:
 376
 377         SpaceTimeCorr();
 378         virtual ~SpaceTimeCorr();
 379
 380         //! Set the options and setting
 381         virtual void initOptions(IOptionsContainer          *options,
 382                                  TrajectoryAnalysisSettings *settings);
 383
 384         //! First routine called by the analysis framework
 385         // virtual void initAnalysis(const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc);
 386         virtual void initAnalysis(const TrajectoryAnalysisSettings &settings,
 387                                   const TopologyInformation        &top);
 388
 389         virtual void initAfterFirstFrame(const TrajectoryAnalysisSettings   &settings,
 390                                          const t_trxframe                   &fr);
 391
 392         //! Call for each frame of the trajectory
 393         // virtual void analyzeFrame(const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc);
 394         virtual void analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
 395                                   TrajectoryAnalysisModuleData *pdata);
 396
 397         //! Last routine called by the analysis framework
 398         // virtual void finishAnalysis(t_pbc *pbc);
 399         virtual void finishAnalysis(int nframes);
 400
 401         //! Routine to write output, that is additional over the built-in
 402         virtual void writeOutput();
 403
 404     private:
 405
 406         SelectionList                                               sel_;
 407
 408         std::vector< std::vector< RVec > >                          trajectory;
 409         std::vector< RVec >                                         reference;
 410
 411         std::vector< int >                                          index;
 412         int                                                         frames              = 0;
 413         int                                                         basic_frame         = 0;
 414         int                                                         tau                 = 0; // selectable
 415         float                                                       crl_border          = 0; // selectable
 416         float                                                       eff_rad             = 1.5; // selectable
 417         std::string                                                 OutPutName; // selectable
 418         // Copy and assign disallowed by base.
 419 };
 420
 421 SpaceTimeCorr::SpaceTimeCorr(): TrajectoryAnalysisModule()
 422 {
 423 }
 424
 425 SpaceTimeCorr::~SpaceTimeCorr()
 426 {
 427 }
 428
 429 void
 430 SpaceTimeCorr::initOptions(IOptionsContainer          *options,
 431                      TrajectoryAnalysisSettings *settings)
 432 {
 433     static const char *const desc[] = {
 434         "[THISMODULE] to be done"
 435     };
 436     // Add the descriptive text (program help text) to the options
 437     settings->setHelpText(desc);
 438     // Add option for output file name
 439     //options->addOption(FileNameOption("on").filetype(eftIndex).outputFile()
 440     //                        .store(&fnNdx_).defaultBasename("domains")
 441     //                        .description("Index file from the domains"));
 442     // Add option for tau constant
 443     options->addOption(gmx::IntegerOption("tau")
 444                             .store(&tau)
 445                             .description("number of frames for time travel"));
 446     // Add option for crl_border constant
 447     options->addOption(FloatOption("crl")
 448                             .store(&crl_border)
 449                             .description("make graph based on corrs > constant"));
 450     // Add option for eff_rad constant
 451     options->addOption(FloatOption("ef_rad")
 452                             .store(&eff_rad)
 453                             .description("effective radius for atoms to evaluate corrs"));
 454     // Add option for selection list
 455     options->addOption(SelectionOption("select_domains_and_residue").storeVector(&sel_)
 456                            .required().dynamicMask().multiValue()
 457                            .description("Domains to form rigid skeleton"));
 458     options->addOption(StringOption("out_put")
 459                             .store(&OutPutName)
 460                             .description("<your name here> + <local file tag>.txt"));
 461     // Control input settings
 462     settings->setFlags(TrajectoryAnalysisSettings::efNoUserPBC);
 463     settings->setFlag(TrajectoryAnalysisSettings::efUseTopX);
 464     settings->setPBC(true);
 465 }
 466
 467 void
 468 SpaceTimeCorr::initAnalysis(const TrajectoryAnalysisSettings &settings,
 469                       const TopologyInformation        &top)
 470 {
 471     ArrayRef< const int > atomind = sel_[0].atomIndices();
 472     index.resize(0);
 473     for (ArrayRef< const int >::iterator ai = atomind.begin(); (ai < atomind.end()); ai++) {
 474         index.push_back(*ai);
 475     }
 476     trajectory.resize(0);
 477
 478     reference.resize(0);
 479     if (top.hasFullTopology()) {
 480         for (int i = 0; i < index.size(); i++) {
 481             reference.push_back(top.x().at(index[i]));
 482         }
 483     }
 484 }
 485
 486 void
 487 SpaceTimeCorr::initAfterFirstFrame(const TrajectoryAnalysisSettings       &settings,
 488                              const t_trxframe                       &fr)
 489 {
 490 }
 491
 492 // -s '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/reca_rd.mono.xtc' -f '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/reca_rd.mono.xtc' -n '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/test6.ndx' -sf '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/SelectionList5'  -tau 5 -crl 0.10
 493 // -s '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/reca_rd.mono.tpr' -f '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/reca_rd.mono.xtc' -n '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/CorrsTestDomainsNfit.ndx' -sf '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/SelectionListDomainsNFit' -tau 5000 -crl 0.75 -ef_rad 1
 494 // -s '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/reca_rd.mono.tpr' -f '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/reca_rd.mono.xtc' -n '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/TestCa.ndx' -sf '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/SelListCa' -tau 100 -crl 0.75 -ef_rad 1
 495 // -s '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/reca_rd.mono.tpr' -f '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/reca_rd.mono.xtc' -n '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/testCa.ndx' -sf '/home/toluk/Develop/samples/reca_rd/SelListCa' -tau 9000 -crl 0.60 -ef_rad 1
 496
 497 // -s '/home/toluk/Develop/samples/CubeTermal/CUBETermalTest1.pdb' -f '/home/toluk/Develop/samples/CubeTermal/CUBETermalTest.pdb' -n '/home/toluk/Develop/samples/CubeTermal/testCa.ndx' -sf '/home/toluk/Develop/samples/CubeTermal/SelListCa' -tau 900 -crl 0.20 -ef_rad 1
 498 // cube.000.000.10k.10.3.1stfrm
 499 // -s '/home/toluk/Develop/samples/JustCube/cube.000.000.10k.10.3.1stfrm.pdb' -f '/home/toluk/Develop/samples/JustCube/cube.000.000.10k.10.3.pdb' -n '/home/toluk/Develop/samples/JustCube/system.ndx' -sf '/home/toluk/Develop/samples/JustCube/SLsystem' -tau 1000 -crl 0.20 -ef_rad 9000 -out_put OLA
 500
 501 // -s '*.pdb' -f '*.pdb' -n '*.ndx' -sf 'name' -tau 1000 -crl 0.20 -ef_rad 9000 -out_put OLA
 502 // -s '*.tpr' -f '*.xtc' -n '*.ndx' -sf 'name' -tau 1000 -crl 0.30 -ef_rad 20 -out_put 'test_run'
 503
 504 void
 505 SpaceTimeCorr::analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
 506                       TrajectoryAnalysisModuleData *pdata)
 507 {
 508     trajectory.resize(trajectory.size() + 1);
 509     trajectory.back().resize(index.size());
 510     for (int i = 0; i < index.size(); i++) {
 511         trajectory.back()[i] = fr.x[index[i]];
 512     }
 513     frames++;
 514 }
 515
 516 void
 517 SpaceTimeCorr::finishAnalysis(int nframes)
 518 {
 519     std::vector< std::vector< std::vector< float > > > crltns;
 520     std::vector< std::vector< std::pair< float, int > > > graph;
 521     std::vector< std::vector< int > > sub_graph;
 522     std::vector< std::vector< std::pair< int, int > > > sub_graph_rbr, rout_new;
 523     int k = 1000, m = 0;
 524     if (tau > 0) {
 525         k = tau;
 526     }
 527
 528     std::cout << "\nCorrelation's evaluation - start\n";
 529
 530     correlation_evaluation(reference, trajectory, basic_frame, crltns, m, k);
 531
 532     make_correlation_matrix_file(crltns, (OutPutName + "_matrix.txt").c_str(), 0);
 533     std::cout << "corelation matrix printed\n";
 534
 535     make_correlation_pairs_file(crltns, (OutPutName + "_pairs.txt").c_str(), 0);
 536     std::cout << "corelation pairs printed\n";
 537
 538     std::cout << "Correlation's evaluation - end\n" << "graph evaluation: start\n";
 539
 540     graph_calculation(graph, sub_graph, sub_graph_rbr, trajectory, basic_frame, crltns, crl_border, eff_rad, k);
 541     std::cout << "graph evaluation: end\n" << "routs evaluation: start\n";
 542
 543     graph_back_bone_evaluation(rout_new, index.size(), graph, sub_graph, sub_graph_rbr);
 544
 545     std::cout << "routs evaluation: end\n";
 546
 547     make_rout_file(crl_border, index, rout_new, (OutPutName + "_routs.txt").c_str());
 548     std::cout << "corelation routs printed\n";
 549
 550     make_best_corrs_graphics(crltns, rout_new, index, (OutPutName + "_routs_graphics.txt").c_str());
 551     std::cout << "corelation routs' pairs' graphics printed\n";
 552
 553
 554     /*std::cout << "extra params\n";
 555     std::vector< float > diffusion;
 556     evaluate_diffusion(trajectory, diffusion);
 557     make_diffusion_file((OutPutName + "_diffusion.txt").c_str(), diffusion);*/
 558
 559     std::cout << "Finish Analysis - end\n\n";
 560 }
 561
 562 void
 563 SpaceTimeCorr::writeOutput()
 564 {
 565
 566 }
 567
 568 /*! \brief
 569  * The main function for the analysis template.
 570  */
 571 int
 572 main(int argc, char *argv[])
 573 {
 574     return gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner::runAsMain<SpaceTimeCorr>(argc, argv);
 575 }