src/python/sip/trajectoryanalysis/analysismodule.sip

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 %PostInitialisationCode
  37     import_array();
  38 %End
  39
  40 struct t_trxframe {
  41
  42 %TypeHeaderCode
  43 #include <gromacs/fileio/trx.h>
  44 #include "numpy_conv.h"
  45 %End
  46
  47     int flags;
  48     int not_ok;
  49     bool bDouble;
  50     int natoms;
  51     double t0;
  52     double tf;
  53     double tpf;
  54     double tppf;
  55     bool bTitle;
  56     const char *title;
  57     bool bStep;
  58     int step;
  59     bool bTime;
  60     double time;
  61     bool bLambda;
  62     bool bFepState;
  63     double lambda;
  64     int fep_state;
  65     bool bAtoms;
  66     t_atoms *atoms;
  67     bool bPrec;
  68     double prec;
  69     bool bX;
  70     SIP_PYOBJECT x {
  71     %GetCode
  72         sipPy = array2dToNumpy(sipCpp->natoms, 3, sipCpp->x);
  73     %End
  74     %SetCode
  75
  76     %End
  77     };
  78     bool bV;
  79     SIP_PYOBJECT v {
  80     %GetCode
  81         sipPy = array2dToNumpy(sipCpp->natoms, 3, sipCpp->v);
  82     %End
  83     %SetCode
  84
  85     %End
  86     };
  87     bool bF;
  88     SIP_PYOBJECT f {
  89     %GetCode
  90         sipPy = array2dToNumpy(sipCpp->natoms, 3, sipCpp->f);
  91     %End
  92     %SetCode
  93
  94     %End
  95     };
  96     bool bBox;
  97     SIP_PYOBJECT box {
  98     %GetCode
  99         sipPy = array2dToNumpy(3, 3, sipCpp->box);
 100     %End
 101     %SetCode
 102
 103     %End
 104     };
 105     bool bPBC;
 106     int ePBC;
 107     // TODO
 108     /*t_gmxvmdplugin* *vmdplugin; */
 109 };
 110
 111 struct t_pbc {
 112
 113 %TypeHeaderCode
 114 #include <gromacs/pbcutil/pbc.h>
 115 #include "numpy_conv.h"
 116 %End
 117     int ePBC;
 118     int ndim_ePBC;
 119     int ePBCDX;
 120     int dim;
 121     SIP_PYOBJECT box {
 122     %GetCode
 123         sipPy = array2dToNumpy(3, 3, sipCpp->box);
 124     %End
 125     %SetCode
 126
 127     %End
 128     };
 129     SIP_PYOBJECT fbox_diag {
 130     %GetCode
 131         sipPy = array1dToNumpy(3, sipCpp->fbox_diag);
 132     %End
 133     %SetCode
 134
 135     %End
 136     };
 137     SIP_PYOBJECT hbox_diag {
 138     %GetCode
 139         sipPy = array1dToNumpy(3, sipCpp->hbox_diag);
 140     %End
 141     %SetCode
 142
 143     %End
 144     };
 145     SIP_PYOBJECT mhbox_diag {
 146     %GetCode
 147         sipPy = array1dToNumpy(3, sipCpp->mhbox_diag);
 148     %End
 149     %SetCode
 150
 151     %End
 152     };
 153     double max_cutoff2;
 154     bool bLimitDistance;
 155     double limit_distance2;
 156     int  ntric_vec;
 157     /*ivec tric_shift[MAX_NTRICVEC];*/
 158     /*rvec tric_vec[MAX_NTRICVEC];*/
 159 };
 160
 161 class TrajectoryAnalysisModuleData /NoDefaultCtors/ {
 162
 163 %TypeHeaderCode
 164 #include <gromacs/trajectoryanalysis/analysismodule.h>
 165 using namespace gmx;
 166 %End
 167
 168 public:
 169     virtual void finish() = 0;
 170 };
 171
 172 class TrajectoryAnalysisModule {
 173
 174 %TypeHeaderCode
 175 #include <gromacs/trajectoryanalysis/analysismodule.h>
 176 using namespace gmx;
 177 %End
 178 public:
 179     virtual void initOptions(Options *options, TrajectoryAnalysisSettings *settings) = 0;
 180     virtual void optionsFinished(Options *options, TrajectoryAnalysisSettings *settings);
 181     virtual void initAnalysis(const TrajectoryAnalysisSettings &settings, const TopologyInformation &top) = 0;
 182     virtual void initAfterFirstFrame(const TrajectoryAnalysisSettings &settings, const t_trxframe &fr);
 183 //    virtual TrajectoryAnalysisModuleDataPointer       startFrames (const AnalysisDataParallelOptions &opt, const SelectionCollection &selections);
 184     virtual void analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc, TrajectoryAnalysisModuleData *pdata ) = 0;
 185     virtual void finishFrames(TrajectoryAnalysisModuleData *pdata);
 186     virtual void finishAnalysis(int nframes) = 0;
 187     virtual void writeOutput() = 0;
 188     const char* name() const;
 189     const char* description() const;
 190     int datasetCount() const;
 191 protected:
 192     TrajectoryAnalysisModule(const char *name, const char *description);
 193 private:
 194     TrajectoryAnalysisModule(const TrajectoryAnalysisModule &other);
 195 };
 196
 197 %Exception gmx::InconsistentInputError(SIP_Exception) {
 198
 199 %TypeHeaderCode
 200 #include <gromacs/utility/exceptions.h>
 201 using namespace std;
 202 %End
 203
 204 %RaiseCode
 205     const char *detail = sipExceptionRef.what();
 206
 207     SIP_BLOCK_THREADS
 208     PyErr_SetString(sipException_gmx_InconsistentInputError, detail);
 209     SIP_UNBLOCK_THREADS
 210 %End
 211 };
 212
 213 class TrajectoryAnalysisCommandLineRunner {
 214 %TypeHeaderCode
 215 #include <gromacs/trajectoryanalysis/cmdlinerunner.h>
 216 %End
 217
 218 public:
 219     TrajectoryAnalysisCommandLineRunner(TrajectoryAnalysisModule *module);
 220     int run(SIP_PYLIST) throw (gmx::InconsistentInputError);
 221     %MethodCode
 222     int argc = PyList_GET_SIZE(a0);
 223
 224     char **argv = new char *[argc + 1];
 225
 226     // Convert the list.
 227     for (int a = 0; a < argc; ++a)
 228     {
 229         PyObject *arg_obj = PyList_GET_ITEM(a0, a);
 230         const char *arg = sipString_AsLatin1String(&arg_obj);
 231
 232         if (arg)
 233         {
 234             arg = strdup(arg);
 235             Py_DECREF(arg_obj);
 236         }
 237         else
 238         {
 239             arg = "unknown";
 240         }
 241
 242         argv[a] = const_cast<char *>(arg);
 243     }
 244
 245     argv[argc] = NULL;
 246
 247     try {
 248         sipCpp->run(argc, argv);
 249     } catch (gmx::InconsistentInputError &e) {
 250         sipIsErr = 1;
 251         PyErr_SetString(sipException_gmx_InconsistentInputError, e.what());
 252     }
 253     %End
 254 private:
 255     TrajectoryAnalysisCommandLineRunner(const TrajectoryAnalysisCommandLineRunner &other);
 256 };
 257