src/python/sip/definitions.sip

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 %Exception std::out_of_range(SIP_IndexError) {
  37
  38 %TypeHeaderCode
  39 #include <stdexcept>
  40 %End
  41
  42 %RaiseCode
  43     SIP_BLOCK_THREADS
  44     PyErr_SetString(PyExc_IndexError, sipExceptionRef.what());
  45     SIP_UNBLOCK_THREADS
  46 %End
  47 };
  48
  49 template<T> class RealVector /NoDefaultCtors/ {
  50 %TypeHeaderCode
  51 #include "vec.h"
  52 %End
  53
  54 public:
  55     T x;
  56     T y;
  57     T z;
  58     T operator[] (unsigned int i) throw (std::out_of_range);
  59     PyObject* __str__();
  60     %MethodCode
  61         size_t size = PyOS_snprintf(NULL, 0, "Vector [%f, %f, %f]", sipCpp->x, sipCpp->y, sipCpp->z);
  62         char str[size + 1];
  63         PyOS_snprintf(str, size + 1, "Vector [%f, %f, %f]", sipCpp->x, sipCpp->y, sipCpp->z);
  64
  65         return PyUnicode_FromString(str);
  66     %End
  67 };
  68
  69 template<T, Adaptor, Inner> class Array /NoDefaultCtors/ {
  70 %TypeHeaderCode
  71 #include "vec.h"
  72 %End
  73
  74 public:
  75     Adaptor operator[] (unsigned int i) throw (std::out_of_range);
  76     SIP_SSIZE_T __len__();
  77     %MethodCode
  78         sipRes = sipCpp->len();
  79     %End
  80 };
  81
  82 class Matrix /NoDefaultCtors/ {
  83 %TypeHeaderCode
  84 #include "vec.h"
  85 %End
  86
  87 public:
  88     py_rvec __getitem__(int) throw (std::out_of_range);
  89     %MethodCode
  90         try {
  91             sipRes = new py_rvec(sipCpp->get(a0));
  92         } catch (const std::out_of_range &e) {
  93             sipIsErr = 1;
  94             SIP_BLOCK_THREADS
  95             PyErr_SetString(PyExc_IndexError, e.what());
  96             SIP_UNBLOCK_THREADS
  97         }
  98     %End
  99     double __getitem__(SIP_PYTUPLE) throw (std::out_of_range);
 100     %MethodCode
 101         size_t i, j;
 102         if (PyArg_ParseTuple(a0, "nn", &i, &j))
 103             try {
 104                 sipRes = sipCpp->get(i, j);
 105             } catch (const std::out_of_range &e) {
 106                 sipIsErr = 1;
 107                 SIP_BLOCK_THREADS
 108                 PyErr_SetString(PyExc_IndexError, e.what());
 109                 SIP_UNBLOCK_THREADS
 110             }
 111         else
 112             sipIsErr = 1;
 113     %End
 114 };
 115
 116 typedef double* rvec;
 117 typedef double* dvec;
 118 typedef double** matrix;
 119 typedef double** tensor;
 120 typedef int* ivec;
 121 typedef int** imatrix;
 122
 123 typedef RealVector<double> py_rvec;
 124 typedef Array<double, py_rvec, rvec> rvecs;