src/programs/mdrun/trajectory_writing.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "smalloc.h"
  41 #include "sysstuff.h"
  42 #include "vec.h"
  43 #include "sim_util.h"
  44 #include "gmx_wallcycle.h"
  45 #include "mdrun.h"
  46 #include "confio.h"
  47
  48 void
  49 do_trajectory_writing(FILE           *fplog,
  50                       t_commrec      *cr,
  51                       int             nfile,
  52                       const t_filenm  fnm[],
  53                       gmx_large_int_t step,
  54                       gmx_large_int_t step_rel,
  55                       double          t,
  56                       t_inputrec     *ir,
  57                       t_state        *state,
  58                       t_state        *state_global,
  59                       gmx_mtop_t     *top_global,
  60                       t_forcerec     *fr,
  61                       gmx_update_t    upd,
  62                       gmx_mdoutf_t   *outf,
  63                       t_mdebin       *mdebin,
  64                       gmx_ekindata_t *ekind,
  65                       rvec           *f,
  66                       rvec           *f_global,
  67                       gmx_wallcycle_t wcycle,
  68                       gmx_rng_t       mcrng,
  69                       int            *nchkpt,
  70                       gmx_bool        bCPT,
  71                       gmx_bool        bRerunMD,
  72                       gmx_bool        bLastStep,
  73                       gmx_bool        bDoConfOut,
  74                       gmx_bool        bSumEkinhOld
  75                       )
  76 {
  77     int   mdof_flags;
  78     int   n_xtc    = -1;
  79     rvec *x_xtc    = NULL;
  80
  81     mdof_flags = 0;
  82     if (do_per_step(step, ir->nstxout))
  83     {
  84         mdof_flags |= MDOF_X;
  85     }
  86     if (do_per_step(step, ir->nstvout))
  87     {
  88         mdof_flags |= MDOF_V;
  89     }
  90     if (do_per_step(step, ir->nstfout))
  91     {
  92         mdof_flags |= MDOF_F;
  93     }
  94     if (do_per_step(step, ir->nstxtcout))
  95     {
  96         mdof_flags |= MDOF_XTC;
  97     }
  98     if (bCPT)
  99     {
 100         mdof_flags |= MDOF_CPT;
 101     }
 102     ;
 103
 104 #if defined(GMX_FAHCORE) || defined(GMX_WRITELASTSTEP)
 105     if (bLastStep)
 106     {
 107         /* Enforce writing positions and velocities at end of run */
 108         mdof_flags |= (MDOF_X | MDOF_V);
 109     }
 110 #endif
 111 #ifdef GMX_FAHCORE
 112     if (MASTER(cr))
 113     {
 114         fcReportProgress( ir->nsteps, step );
 115     }
 116
 117     /* sync bCPT and fc record-keeping */
 118     if (bCPT && MASTER(cr))
 119     {
 120         fcRequestCheckPoint();
 121     }
 122 #endif
 123
 124     if (mdof_flags != 0)
 125     {
 126         wallcycle_start(wcycle, ewcTRAJ);
 127         if (bCPT)
 128         {
 129             if (state->flags & (1<<estLD_RNG))
 130             {
 131                 get_stochd_state(upd, state);
 132             }
 133             if (state->flags  & (1<<estMC_RNG))
 134             {
 135                 get_mc_state(mcrng, state);
 136             }
 137             if (MASTER(cr))
 138             {
 139                 if (bSumEkinhOld)
 140                 {
 141                     state_global->ekinstate.bUpToDate = FALSE;
 142                 }
 143                 else
 144                 {
 145                     update_ekinstate(&state_global->ekinstate, ekind);
 146                     state_global->ekinstate.bUpToDate = TRUE;
 147                 }
 148                 update_energyhistory(&state_global->enerhist, mdebin);
 149             }
 150         }
 151         write_traj(fplog, cr, outf, mdof_flags, top_global,
 152                    step, t, state, state_global, f, f_global, &n_xtc, &x_xtc);
 153         if (bCPT)
 154         {
 155             (*nchkpt)++;
 156             bCPT = FALSE;
 157         }
 158         debug_gmx();
 159         if (bLastStep && step_rel == ir->nsteps &&
 160             bDoConfOut && MASTER(cr) &&
 161             !bRerunMD)
 162         {
 163             /* x and v have been collected in write_traj,
 164              * because a checkpoint file will always be written
 165              * at the last step.
 166              */
 167             fprintf(stderr, "\nWriting final coordinates.\n");
 168             if (fr->bMolPBC)
 169             {
 170                 /* Make molecules whole only for confout writing */
 171                 do_pbc_mtop(fplog, ir->ePBC, state->box, top_global, state_global->x);
 172             }
 173             write_sto_conf_mtop(ftp2fn(efSTO, nfile, fnm),
 174                                 *top_global->name, top_global,
 175                                 state_global->x, state_global->v,
 176                                 ir->ePBC, state->box);
 177             debug_gmx();
 178         }
 179         wallcycle_stop(wcycle, ewcTRAJ);
 180     }
 181 }