src/programs/mdrun/tests/trajectory_writing.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Tests for the .mdp nst*out functionality
  39  *
  40  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  41  * \ingroup module_mdrun
  42  */
  43 #include <gtest/gtest.h>
  44 #include "gromacs/legacyheaders/string2.h"
  45 #include "moduletest.h"
  46 #include "gromacs/options/filenameoption.h"
  47 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  48
  49 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  50 #include <config.h>
  51 #endif
  52
  53 namespace
  54 {
  55
  56 // TODO configure these tests so they test all formats for mdrun trajectory writing
  57 #ifdef GMX_USE_TNG
  58
  59 //! Test fixture for mdrun trajectory writing
  60 class TrajectoryWritingTest :
  61     public gmx::test::MdrunTestFixture,
  62     public ::testing::WithParamInterface<const char *>
  63 {
  64     public:
  65         //! The file name of the MDP file
  66         std::string theMdpFile;
  67
  68         //! Execute the trajectory writing test
  69         void runTest()
  70         {
  71             useStringAsMdpFile(theMdpFile);
  72             useTopGroAndNdxFromDatabase("spc-and-methanol");
  73             EXPECT_EQ(0, callGrompp());
  74
  75             fullPrecisionTrajectoryFileName    = fileManager_.getTemporaryFilePath("spc-and-methanol.tng");
  76             reducedPrecisionTrajectoryFileName = fileManager_.getTemporaryFilePath("spc-and-methanol-reduced.tng");
  77             ASSERT_EQ(0, callMdrun());
  78             // TODO When there is a way to sense something like the
  79             // output of gmx check, compare the result with that from
  80             // writing .trr and .xtc and assert the behaviour is
  81             // correct. Note that TNG will always write the box, even
  82             // when constant - this will be a source of
  83             // trajectory-file differences.
  84         }
  85 };
  86
  87 //! Helper typedef for naming test cases like sentences
  88 typedef TrajectoryWritingTest Trajectories;
  89
  90 /* This test ensures mdrun can write various quantities at various
  91    frequencies */
  92 TEST_P(Trajectories, ThatDifferInNstxout)
  93 {
  94     theMdpFile = gmx::formatString("integrator = md\n"
  95                                    "nsteps = 6\n"
  96                                    "nstxout = %s\n"
  97                                    "nstvout = 2\n"
  98                                    "nstfout = 4\n"
  99                                    "nstxout-compressed = 5\n"
 100                                    "tcoupl = v-rescale\n"
 101                                    "tc-grps = System\n"
 102                                    "tau-t = 1\n"
 103                                    "ref-t = 298\n"
 104                                    "compressed-x-grps = Sol\n",
 105                                    GetParam());
 106     runTest();
 107 }
 108
 109 //! Helper typedef for naming test cases like sentences
 110 typedef TrajectoryWritingTest NptTrajectories;
 111
 112 /* This test ensures mdrun can write trajectories in TNG format from NPT ensembles. */
 113 TEST_P(NptTrajectories, WithDifferentPcoupl)
 114 {
 115     theMdpFile = gmx::formatString("integrator = md\n"
 116                                    "nsteps = 2\n"
 117                                    "nstxout = 2\n"
 118                                    "nstvout = 1\n"
 119                                    "pcoupl = %s\n"
 120                                    "tau-p = 1\n"
 121                                    "ref-p = 1\n"
 122                                    "compressibility = 4.5e-5\n"
 123                                    "tcoupl = v-rescale\n"
 124                                    "tc-grps = System\n"
 125                                    "tau-t = 1\n"
 126                                    "ref-t = 298\n",
 127                                    GetParam());
 128     runTest();
 129 }
 130
 131 #ifdef __INTEL_COMPILER
 132 #pragma warning( disable : 177 )
 133 #endif
 134
 135 // TODO Consider spamming more of the parameter space when we don't
 136 // have to write .mdp and .tpr files to do it.
 137 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(CanWrite,
 138                         Trajectories,
 139                             ::testing::Values("1", "2", "3"));
 140
 141 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(CanWrite,
 142                         NptTrajectories,
 143                             ::testing::Values("no", "Berendsen", "Parrinello-Rahman"));
 144
 145 #endif
 146
 147 } // namespace