src/programs/mdrun/tests/rerun.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Tests for the mdrun -rerun functionality
  39  *
  40  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  41  * \ingroup module_mdrun
  42  */
  43 #include <gtest/gtest.h>
  44 #include "moduletest.h"
  45 #include "gromacs/options/filenameoption.h"
  46 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  47
  48 namespace
  49 {
  50
  51 //! Test fixture for mdrun -rerun
  52 class MdrunRerun : public gmx::test::MdrunTestFixture,
  53                    public ::testing::WithParamInterface<const char *>
  54 {
  55 };
  56
  57 /* Among other things, this test ensures mdrun can read a trajectory. */
  58 TEST_P(MdrunRerun, WithDifferentInputFormats)
  59 {
  60     useEmptyMdpFile();
  61     useTopGroAndNdxFromDatabase("spc2");
  62     EXPECT_EQ(0, callGrompp());
  63
  64     std::string rerunFileName = fileManager_.getInputFilePath(GetParam());
  65
  66     ::gmx::test::CommandLine rerunCaller;
  67     rerunCaller.append("mdrun");
  68     rerunCaller.addOption("-rerun", rerunFileName);
  69     ASSERT_EQ(0, callMdrun(rerunCaller));
  70 }
  71
  72 /*! \brief Helper array of input files present in the source repo
  73  * database. These all have two identical frames of two SPC water
  74  * molecules, which were generated via trjconv from the .gro
  75  * version. */
  76 const char *trajectoryFileNames[] = {
  77     "../../../gromacs/gmxana/legacytests/spc2-traj.trr",
  78 #ifdef GMX_USE_TNG
  79     "../../../gromacs/gmxana/legacytests/spc2-traj.tng",
  80 #endif
  81     "../../../gromacs/gmxana/legacytests/spc2-traj.xtc",
  82     "../../../gromacs/gmxana/legacytests/spc2-traj.gro",
  83     "../../../gromacs/gmxana/legacytests/spc2-traj.pdb",
  84     "../../../gromacs/gmxana/legacytests/spc2-traj.g96"
  85 };
  86 // TODO later. Find a better way to manage this file database and
  87 // these string arrays that index it
  88
  89 #ifdef __INTEL_COMPILER
  90 #pragma warning( disable : 177 )
  91 #endif
  92
  93 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(NoFatalErrorFrom,
  94                         MdrunRerun,
  95                             ::testing::ValuesIn(gmx::ArrayRef<const char*>(trajectoryFileNames)));
  96
  97 /*! \todo Add other tests for mdrun -rerun, e.g.
  98  *
  99  * - RerunReproducesRunWhenRunOnlyWroteEnergiesOnNeighborSearchSteps
 100  *   (e.g. do such a run, do a rerun, call gmxcheck)
 101  * - TpiExitsNormally (since it uses the -rerun machinery)
 102  */
 103
 104 } // namespace