src/programs/mdrun/tests/rerun.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36
  37 /*! \internal \file
  38  * \brief
  39  * Tests for the mdrun -rerun functionality
  40  *
  41  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  42  * \ingroup module_mdrun_integration_tests
  43  */
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "config.h"
  47
  48 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  49 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  50
  51 #include "testutils/mpitest.h"
  52 #include "testutils/simulationdatabase.h"
  53
  54 #include "moduletest.h"
  55 #include "simulatorcomparison.h"
  56
  57 namespace gmx
  58 {
  59 namespace test
  60 {
  61 namespace
  62 {
  63 /*! \brief Test fixture base for mdrun -rerun
  64  *
  65  * This test ensures mdrun can run a simulation, writing a trajectory
  66  * and matching energies, and reproduce the same energies from a rerun
  67  * to within a tight tolerance. It says nothing about whether a rerun
  68  * can reproduce energies from a trajectory generated with older code,
  69  * since that is not a useful property. Whether mdrun produced correct
  70  * energies then and now needs different kinds of testing, but if
  71  * true, this test ensures the rerun has the expected property.
  72  *
  73  * The limitations of mdrun and its output means that reproducing the
  74  * same energies is currently only meaningful for integration without
  75  * thermostats or barostats, however the present form of the test
  76  * infrastructure has in-principle support for such, if that is ever
  77  * needed/useful.
  78  *
  79  * We should also not compare pressure, because with constraints the
  80  * non-search steps need a much larger tolerance, and per Issue #1868
  81  * we should stop computing pressure in reruns anyway.
  82  *
  83  * Similarly, per 1868, in the present implementation the kinetic
  84  * energy quantities are not generally reproducible, either.
  85  *
  86  * The choices for tolerance are arbitrary but sufficient.  Rerun does
  87  * pair search every frame, so it cannot in general exactly reproduce
  88  * quantities from a normal run, because the accumulation order
  89  * differs. (Nor does it reproduce pair-search frames exactly,
  90  * either). */
  91 class MdrunRerunTest :
  92     public MdrunTestFixture,
  93     public ::testing::WithParamInterface<std::tuple<std::string, std::string>>
  94 {
  95 public:
  96     //! Trajectory components to compare
  97     static const TrajectoryFrameMatchSettings trajectoryMatchSettings;
  98 };
  99
 100 // Compare box, positions and forces, but not velocities
 101 // (velocities are ignored in reruns)
 102 const TrajectoryFrameMatchSettings MdrunRerunTest::trajectoryMatchSettings = {
 103     true,
 104     true,
 105     true,
 106     ComparisonConditions::MustCompare,
 107     ComparisonConditions::NoComparison,
 108     ComparisonConditions::MustCompare,
 109     MaxNumFrames::compareAllFrames()
 110 };
 111
 112 void executeRerunTest(TestFileManager*            fileManager,
 113                       SimulationRunner*           runner,
 114                       const std::string&          simulationName,
 115                       int                         numWarningsToTolerate,
 116                       const MdpFieldValues&       mdpFieldValues,
 117                       const EnergyTermsToCompare& energyTermsToCompare,
 118                       const TrajectoryComparison& trajectoryComparison)
 119 {
 120     // TODO At some point we should also test PME-only ranks.
 121     int numRanksAvailable = getNumberOfTestMpiRanks();
 122     if (!isNumberOfPpRanksSupported(simulationName, numRanksAvailable))
 123     {
 124         fprintf(stdout,
 125                 "Test system '%s' cannot run with %d ranks.\n"
 126                 "The supported numbers are: %s\n",
 127                 simulationName.c_str(), numRanksAvailable,
 128                 reportNumbersOfPpRanksSupported(simulationName).c_str());
 129         return;
 130     }
 131
 132     // Set file names
 133     auto simulator1TrajectoryFileName = fileManager->getTemporaryFilePath("sim1.trr");
 134     auto simulator1EdrFileName        = fileManager->getTemporaryFilePath("sim1.edr");
 135     auto simulator2TrajectoryFileName = fileManager->getTemporaryFilePath("sim2.trr");
 136     auto simulator2EdrFileName        = fileManager->getTemporaryFilePath("sim2.edr");
 137
 138     // Run grompp
 139     runner->tprFileName_ = fileManager->getTemporaryFilePath("sim.tpr");
 140     runner->useTopGroAndNdxFromDatabase(simulationName);
 141     runner->useStringAsMdpFile(prepareMdpFileContents(mdpFieldValues));
 142     auto options = std::vector<SimulationOptionTuple>();
 143     if (numWarningsToTolerate > 0)
 144     {
 145         options.emplace_back(SimulationOptionTuple("-maxwarn", std::to_string(numWarningsToTolerate)));
 146     }
 147     runGrompp(runner, options);
 148
 149     // Do first mdrun
 150     runner->fullPrecisionTrajectoryFileName_ = simulator1TrajectoryFileName;
 151     runner->edrFileName_                     = simulator1EdrFileName;
 152     runMdrun(runner);
 153
 154     // Do second mdrun
 155     runner->fullPrecisionTrajectoryFileName_ = simulator2TrajectoryFileName;
 156     runner->edrFileName_                     = simulator2EdrFileName;
 157     runMdrun(runner, { SimulationOptionTuple("-rerun", simulator1TrajectoryFileName) });
 158
 159     // Compare simulation results
 160     compareEnergies(simulator1EdrFileName, simulator2EdrFileName, energyTermsToCompare);
 161     compareTrajectories(simulator1TrajectoryFileName, simulator2TrajectoryFileName, trajectoryComparison);
 162 }
 163
 164 TEST_P(MdrunRerunTest, WithinTolerances)
 165 {
 166     auto params         = GetParam();
 167     auto simulationName = std::get<0>(params);
 168     auto integrator     = std::get<1>(params);
 169     SCOPED_TRACE(
 170             formatString("Comparing normal and rerun of simulation '%s' "
 171                          "with integrator '%s'",
 172                          simulationName.c_str(), integrator.c_str()));
 173
 174     auto mdpFieldValues =
 175             prepareMdpFieldValues(simulationName.c_str(), integrator.c_str(), "no", "no");
 176
 177     // bd is much less reproducible in a rerun than the other integrators
 178     const int            toleranceScaleFactor = (integrator == "bd") ? 2 : 1;
 179     EnergyTermsToCompare energyTermsToCompare{ {
 180             { interaction_function[F_EPOT].longname,
 181               relativeToleranceAsPrecisionDependentUlp(10.0, 24 * toleranceScaleFactor,
 182                                                        40 * toleranceScaleFactor) },
 183     } };
 184
 185     // Specify how trajectory frame matching must work
 186     TrajectoryComparison trajectoryComparison{ trajectoryMatchSettings,
 187                                                TrajectoryComparison::s_defaultTrajectoryTolerances };
 188
 189     int numWarningsToTolerate = 0;
 190     executeRerunTest(&fileManager_, &runner_, simulationName, numWarningsToTolerate, mdpFieldValues,
 191                      energyTermsToCompare, trajectoryComparison);
 192 }
 193
 194 // TODO The time for OpenCL kernel compilation means these tests time
 195 // out. Once that compilation is cached for the whole process, these
 196 // tests can run in such configurations.
 197 #if !GMX_GPU_OPENCL
 198 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(
 199         NormalMdrunIsReproduced,
 200         MdrunRerunTest,
 201         ::testing::Combine(::testing::Values("argon12", "tip3p5", "alanine_vsite_vacuo"),
 202                            ::testing::Values("md", "md-vv", "bd", "sd")));
 203 #else
 204 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(
 205         DISABLED_NormalMdrunIsReproduced,
 206         MdrunRerunTest,
 207         ::testing::Combine(::testing::Values("argon12", "tip3p5", "alanine_vsite_vacuo"),
 208                            ::testing::Values("md", "md-vv", "bd", "sd")));
 209 #endif
 210
 211 class MdrunRerunFreeEnergyTest :
 212     public MdrunTestFixture,
 213     public ::testing::WithParamInterface<std::tuple<std::string, std::string, int>>
 214 {
 215 };
 216
 217 TEST_P(MdrunRerunFreeEnergyTest, WithinTolerances)
 218 {
 219     auto params          = GetParam();
 220     auto simulationName  = std::get<0>(params);
 221     auto integrator      = std::get<1>(params);
 222     auto initLambdaState = std::get<2>(params);
 223     SCOPED_TRACE(
 224             formatString("Comparing normal and rerun of simulation '%s' "
 225                          "with integrator '%s' for initial lambda state %d",
 226                          simulationName.c_str(), integrator.c_str(), initLambdaState));
 227
 228     auto mdpFieldValues =
 229             prepareMdpFieldValues(simulationName.c_str(), integrator.c_str(), "no", "no");
 230     mdpFieldValues["other"] += formatString("\ninit-lambda-state = %d", initLambdaState);
 231
 232     EnergyTermsToCompare energyTermsToCompare{
 233         { { interaction_function[F_EPOT].longname, relativeToleranceAsPrecisionDependentUlp(10.0, 24, 32) },
 234           { interaction_function[F_DVDL_COUL].longname, relativeToleranceAsPrecisionDependentUlp(1.0, 8, 8) },
 235           { interaction_function[F_DVDL_VDW].longname, relativeToleranceAsPrecisionDependentUlp(1.0, 8, 8) },
 236           { interaction_function[F_DVDL_BONDED].longname,
 237             relativeToleranceAsPrecisionDependentUlp(1.0, 8, 8) },
 238           { interaction_function[F_DVDL_RESTRAINT].longname,
 239             relativeToleranceAsPrecisionDependentUlp(1.0, 8, 8) } }
 240     };
 241
 242     // Specify how trajectory frame matching must work
 243     TrajectoryComparison trajectoryComparison{ MdrunRerunTest::trajectoryMatchSettings,
 244                                                TrajectoryComparison::s_defaultTrajectoryTolerances };
 245
 246     // The md integrator triggers a warning for nearly decoupled
 247     // states, which we need to suppress. TODO sometimes?
 248     int numWarningsToTolerate = (integrator == "md") ? 1 : 0;
 249     executeRerunTest(&fileManager_, &runner_, simulationName, numWarningsToTolerate, mdpFieldValues,
 250                      energyTermsToCompare, trajectoryComparison);
 251 }
 252
 253 // TODO The time for OpenCL kernel compilation means these tests time
 254 // out. Once that compilation is cached for the whole process, these
 255 // tests can run in such configurations.
 256 #if !GMX_GPU_OPENCL
 257 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(MdrunIsReproduced,
 258                         MdrunRerunFreeEnergyTest,
 259                         ::testing::Combine(::testing::Values("nonanol_vacuo"),
 260                                            ::testing::Values("md", "md-vv", "sd"),
 261                                            ::testing::Range(0, 11)));
 262 #else
 263 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(DISABLED_MdrunIsReproduced,
 264                         MdrunRerunFreeEnergyTest,
 265                         ::testing::Combine(::testing::Values("nonanol_vacuo"),
 266                                            ::testing::Values("md", "md-vv", "sd"),
 267                                            ::testing::Range(0, 11)));
 268 #endif
 269
 270 } // namespace
 271 } // namespace test
 272 } // namespace gmx