src/programs/mdrun/tests/pmetest.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2016,2017, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * This implements basic PME sanity test (using single-rank mdrun).
  38  * It runs the input system with PME for several steps (on CPU and GPU, if available),
  39  * and checks the reciprocal and conserved energies.
  40  * TODO: implement multi-rank tests as well.
  41  *
  42  * \author Aleksei Iupinov <a.yupinov@gmail.com>
  43  * \ingroup module_mdrun_integration_tests
  44  */
  45 #include "gmxpre.h"
  46
  47 #include "config.h"
  48
  49 #include <map>
  50 #include <string>
  51 #include <vector>
  52
  53 #include "gromacs/gpu_utils/gpu_utils.h"
  54 #include "gromacs/hardware/gpu_hw_info.h"
  55 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  56 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  57
  58 #include "testutils/refdata.h"
  59
  60 #include "energyreader.h"
  61 #include "moduletest.h"
  62
  63 namespace gmx
  64 {
  65 namespace test
  66 {
  67 namespace
  68 {
  69
  70 //! A basic PME runner
  71 class PmeTest : public MdrunTestFixture
  72 {
  73     public:
  74         //! Before any test is run, work out whether any compatible GPUs exist.
  75         static void SetUpTestCase();
  76         //! Store whether any compatible GPUs exist.
  77         static bool s_hasCompatibleCudaGpus;
  78 };
  79
  80 bool PmeTest::s_hasCompatibleCudaGpus = false;
  81
  82 void PmeTest::SetUpTestCase()
  83 {
  84     gmx_gpu_info_t gpuInfo {};
  85     char           detection_error[STRLEN];
  86     GMX_UNUSED_VALUE(detection_error); //TODO
  87     // It would be nicer to do this detection once and have mdrun
  88     // re-use it, but this is OK. Note that this also caters for when
  89     // there is no GPU support in the build.
  90     if (GMX_GPU == GMX_GPU_CUDA &&
  91         (detect_gpus(&gpuInfo, detection_error) >= 0) &&
  92         gpuInfo.n_dev_compatible > 0)
  93     {
  94         s_hasCompatibleCudaGpus = true;
  95     }
  96     free_gpu_info(&gpuInfo);
  97 }
  98
  99 TEST_F(PmeTest, ReproducesEnergies)
 100 {
 101     const int   nsteps     = 20;
 102     std::string theMdpFile = formatString("coulombtype     = PME\n"
 103                                           "nstcalcenergy   = 1\n"
 104                                           "nstenergy       = 1\n"
 105                                           "pme-order       = 4\n"
 106                                           "nsteps          = %d\n",
 107                                           nsteps);
 108
 109     runner_.useStringAsMdpFile(theMdpFile);
 110
 111     const std::string inputFile = "spc-and-methanol";
 112     runner_.useTopGroAndNdxFromDatabase(inputFile.c_str());
 113
 114     EXPECT_EQ(0, runner_.callGrompp());
 115
 116     //TODO test all proper/improper combinations in more thorough way?
 117     std::map < std::string, std::vector < const char *>> runModes;
 118     runModes["PmeOnCpu"] = {};
 119     // TODO uncomment these and replace the above as functionality
 120     // gets implemented.
 121     //runModes["PmeOnCpu"] = {"-pme", "cpu"};
 122     //runModes["PmeAuto"]  = {"-pme", "auto"};
 123     //runModes["PmeOnGpuFftOnCpu"] = {"-pme", "gpu", "-pmefft", "cpu"};
 124     //runModes["PmeOnGpuFftOnGpu"] = {"-pme", "gpu", "-pmefft", "gpu"};
 125     //runModes["PmeOnGpuFftAuto"] = {"-pme", "gpu", "-pmefft", "auto"};
 126     TestReferenceData    refData;
 127     TestReferenceChecker rootChecker(refData.rootChecker());
 128
 129     for (const auto &mode : runModes)
 130     {
 131         auto modeTargetsGpus = (mode.first.find("Gpu") != std::string::npos);
 132         if (modeTargetsGpus && !s_hasCompatibleCudaGpus)
 133         {
 134             // This run mode will cause a fatal error from mdrun when
 135             // it can't find GPUs, which is not something we're trying
 136             // to test here.
 137             continue;
 138         }
 139
 140         runner_.edrFileName_ = fileManager_.getTemporaryFilePath(inputFile + "_" + mode.first + ".edr");
 141
 142         CommandLine commandLine(mode.second);
 143         commandLine.append("-notunepme"); // for reciprocal energy reproducibility
 144         ASSERT_EQ(0, runner_.callMdrun(commandLine));
 145
 146         auto energyReader      = openEnergyFileToReadFields(runner_.edrFileName_, {"Coul. recip.", "Total Energy", "Kinetic En."});
 147         auto conservedChecker  = rootChecker.checkCompound("Energy", "Conserved");
 148         auto reciprocalChecker = rootChecker.checkCompound("Energy", "Reciprocal");
 149         for (int i = 0; i <= nsteps; i++)
 150         {
 151             EnergyFrame frame            = energyReader->frame();
 152             std::string stepNum          = gmx::formatString("%d", i);
 153             const real  conservedEnergy  = frame.at("Total Energy");
 154             const real  reciprocalEnergy = frame.at("Coul. recip.");
 155             if (i == 0)
 156             {
 157                 // use first step values as references for tolerance
 158                 const real startingKineticEnergy = frame.at("Kinetic En.");
 159                 const auto conservedTolerance    = relativeToleranceAsFloatingPoint(startingKineticEnergy, 2e-5);
 160                 const auto reciprocalTolerance   = relativeToleranceAsFloatingPoint(reciprocalEnergy, 2e-5);
 161                 reciprocalChecker.setDefaultTolerance(reciprocalTolerance);
 162                 conservedChecker.setDefaultTolerance(conservedTolerance);
 163             }
 164             conservedChecker.checkReal(conservedEnergy, stepNum.c_str());
 165             reciprocalChecker.checkReal(reciprocalEnergy, stepNum.c_str());
 166         }
 167     }
 168 }
 169
 170 }
 171 }
 172 }