src/programs/mdrun/tests/moduletest.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \defgroup module_mdrun_integration_tests Integration test utilities
  36  * \ingroup group_mdrun
  37  *
  38  * \brief Functionality for testing mdrun as a whole
  39  */
  40 #ifndef GMX_MDRUN_TESTS_MODULETEST_H
  41 #define GMX_MDRUN_TESTS_MODULETEST_H
  42
  43 #include "testutils/integrationtests.h"
  44
  45 #include <gtest/gtest.h>
  46 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  47
  48 namespace gmx
  49 {
  50
  51 namespace test
  52 {
  53
  54 /*! \libinternal \brief Declares test fixture for integration tests of
  55  * mdrun functionality
  56  *
  57  * Derived fixture classes (or individual test cases) that might have
  58  * specific requirements should assert that behaviour, rather than
  59  * hard-code the requirements. A test that (for example) can't run
  60  * with more than one thread should report that as a diagnostic, so the
  61  * person running the test (or designing the test harness) can get
  62  * feedback on what tests need what conditions without having to read
  63  * the code of lots of tests.
  64  *
  65  * The setup phase creates various temporary files for input and
  66  * output that are common for mdrun tests, using the file manager
  67  * object of the parent class. Individual tests should create any
  68  * extra filenames similarly, so that the test users's current working
  69  * directory does not get littered with files left over from all
  70  * manner of tests.
  71  *
  72  * Specifying the execution context (such as numbers of threads and
  73  * processors) is normally sensible to specify from the test harness
  74  * (i.e. when CMake/CTest/the user runs a test executable), because
  75  * only there is information about the hardware available. The default
  76  * values for such context provided in test fixtures for mdrun should
  77  * mirror the defaults for mdrun, but currently mdrun.c hard-codes
  78  * those in a gmx_hw_opt_t.
  79  *
  80  * Any method in this class may throw std::bad_alloc if out of memory.
  81  *
  82  * \ingroup module_mdrun_integration_tests
  83  */
  84 class MdrunTestFixture : public IntegrationTestFixture
  85 {
  86     protected:
  87         MdrunTestFixture();
  88         virtual ~MdrunTestFixture();
  89
  90         //! Use an empty .mdp file as input to grompp
  91         void useEmptyMdpFile();
  92         //! Use a string as -f input to grompp
  93         void useStringAsMdpFile(const char *mdpString);
  94         //! Use a string as -f input to grompp
  95         void useStringAsMdpFile(const std::string &mdpString);
  96         //! Use a string as -n input to grompp
  97         void useStringAsNdxFile(const char *ndxString);
  98         //! Use a standard .top and .gro file as input to grompp
  99         void useTopGroAndNdxFromDatabase(const char *name);
 100         //! Calls grompp to prepare for the mdrun test
 101         int callGrompp();
 102         //! Calls grompp (on this rank) to prepare for the mdrun test
 103         int callGromppOnThisRank();
 104         //! Calls mdrun for testing with a customized command line
 105         int callMdrun(const CommandLine &callerRef);
 106         /*! \brief Convenience wrapper for calling mdrun for testing
 107          * with default command line */
 108         int callMdrun();
 109
 110         //@{
 111         /*! \name Names for frequently used grompp and mdrun output files
 112          *
 113          * These strings can be set to point to files present in the
 114          * source tree, or to temporary files created for the test
 115          * fixture. In the latter case,
 116          * IntegrationTestFixture::fileManager_ should be used to fill
 117          * these strings with paths to files, so that they are created
 118          * in a temporary directory and (by default behaviour of
 119          * TestFileManager) deleted when the test is complete.
 120          */
 121         std::string topFileName;
 122         std::string groFileName;
 123         std::string fullPrecisionTrajectoryFileName;
 124         std::string reducedPrecisionTrajectoryFileName;
 125         std::string groOutputFileName;
 126         std::string ndxFileName;
 127         std::string mdpInputFileName;
 128         std::string mdpOutputFileName;
 129         std::string tprFileName;
 130         std::string logFileName;
 131         std::string edrFileName;
 132         std::string cptFileName;
 133         std::string swapFileName;
 134         int         nsteps;
 135         //@}
 136 };
 137
 138 } // namespace test
 139 } // namespace gmx
 140
 141 #endif