Fix simulated annealing and add test
[alexxy/gromacs.git] / src / programs / mdrun / tests / grompp.cpp
1 /*
2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
3  *
4  * Copyright (c) 2015,2019, by the GROMACS development team, led by
5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
8  *
9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
12  * of the License, or (at your option) any later version.
13  *
14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
17  * Lesser General Public License for more details.
18  *
19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
20  * License along with GROMACS; if not, see
21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
23  *
24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
25  * consider that scientific software is very special. Version
26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
30  * official version at http://www.gromacs.org.
31  *
32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
34  */
35
36 /*! \internal \file
37  * \brief
38  * Tests for basic grompp functionality
39  *
40  * \todo Refactor SimulationRunner to split off SimulationPreparer, so
41  * that integration tests of grompp can stand apart from tests of
42  * mdrun.
43  *
44  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
45  * \ingroup module_mdrun_integration_tests
46  */
47 #include "gmxpre.h"
48
49 #include <gtest/gtest.h>
50
51 #include "moduletest.h"
52
53 namespace
54 {
55
56 //! Test fixture for grompp
57 class GromppTest :
58     public gmx::test::MdrunTestFixture
59 {
60     public:
61         //! Execute the trajectory writing test
62         void runTest()
63         {
64             runner_.useTopGroAndNdxFromDatabase("spc-and-methanol");
65             EXPECT_EQ(0, runner_.callGrompp());
66         }
67 };
68
69 /* This test ensures that an empty .mdp file (ie. all default values) works. */
70 TEST_F(GromppTest, EmptyMdpFileWorks)
71 {
72     /* TODO Now that Verlet is the default, change the implementation
73        of useEmptyMdpFile() to do that. */
74     runner_.useStringAsMdpFile("");
75     runTest();
76 }
77
78 /* Test for making sure grompp can handle simulated annealing data */
79 TEST_F(GromppTest, SimulatedAnnealingWorks)
80 {
81     runner_.useStringAsMdpFile("annealing = periodic\n"
82                                "annealing-npoints = 4\n"
83                                "annealing-time = 0 2 4 6\n"
84                                "annealing-temp = 298 320 320 298\n"
85                                );
86     runTest();
87 }
88
89 TEST_F(GromppTest, SimulatedAnnealingWorksWithMultipleGroups)
90 {
91     runner_.useStringAsMdpFile("tc-grps = Methanol SOL\n"
92                                "tau-t = 0.1 0.1\n"
93                                "ref_t = 298 298\n"
94                                "annealing = single periodic\n"
95                                "annealing-npoints = 3 4\n"
96                                "annealing-time = 0 3 6 0 2 4 6\n"
97                                "annealing-temp = 298 280 270 298 320 320 298\n"
98                                );
99     runTest();
100 }
101
102
103 } // namespace