src/programs/mdrun/tests/glycine_vacuo.itp

   1 [ moleculetype ]
   2 ; Name            nrexcl
   3 Glycine             3
   4
   5 [ atoms ]
   6 ;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
   7 ; residue   7 GLY rtp GLY  q  0.0
   8      1        NH3      7    GLY      N      1       -0.3     14.007   ; qtot -0.3
   9      2         HC      7    GLY     H1      2       0.33      1.008   ; qtot 0.03
  10      3         HC      7    GLY     H2      3       0.33      1.008   ; qtot 0.36
  11      4         HC      7    GLY     H3      4       0.33      1.008   ; qtot 0.69
  12      5        CT2      7    GLY     CA      5       0.13     12.011   ; qtot 0.82
  13      6         HB      7    GLY    HA1      6       0.09      1.008   ; qtot 0.91
  14      7         HB      7    GLY    HA2      7       0.09      1.008   ; qtot 1
  15      8         CC      7    GLY      C      8       0.34     12.011   ; qtot 1.34
  16      9         OC      7    GLY    OT1      9      -0.67    15.9994   ; qtot 0.67
  17     10         OC      7    GLY    OT2     10      -0.67    15.9994   ; qtot 0
  18
  19 [ bonds ]
  20 ;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
  21     1     2     1
  22     1     3     1
  23     1     4     1
  24     1     5     1
  25     5     6     1
  26     5     7     1
  27     5     8     1
  28     8     9     1
  29     8    10     1
  30
  31 [ pairs ]
  32 ;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
  33     1     9     1
  34     1    10     1
  35     2     6     1
  36     2     7     1
  37     2     8     1
  38     3     6     1
  39     3     7     1
  40     3     8     1
  41     4     6     1
  42     4     7     1
  43     4     8     1
  44     6     9     1
  45     6    10     1
  46     7     9     1
  47     7    10     1
  48
  49 [ angles ]
  50 ;  ai    aj    ak funct            c0            c1            c2            c3
  51     2     1     3     5
  52     2     1     4     5
  53     2     1     5     5
  54     3     1     4     5
  55     3     1     5     5
  56     4     1     5     5
  57     1     5     6     5
  58     1     5     7     5
  59     1     5     8     5
  60     6     5     7     5
  61     6     5     8     5
  62     7     5     8     5
  63     5     8     9     5
  64     5     8    10     5
  65     9     8    10     5
  66
  67 [ dihedrals ]
  68 ;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5
  69     2     1     5     6     9
  70     2     1     5     7     9
  71     2     1     5     8     9
  72     3     1     5     6     9
  73     3     1     5     7     9
  74     3     1     5     8     9
  75     4     1     5     6     9
  76     4     1     5     7     9
  77     4     1     5     8     9
  78     1     5     8     9     9
  79     1     5     8    10     9
  80     6     5     8     9     9
  81     6     5     8    10     9
  82     7     5     8     9     9
  83     7     5     8    10     9
  84
  85 [ dihedrals ]
  86 ;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3
  87     8     5    10     9     2