src/programs/mdrun/tests/freeenergy.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Tests to compare free energy simulations to reference
  39  *
  40  * \author Pascal Merz <pascal.merz@me.com>
  41  * \ingroup module_mdrun_integration_tests
  42  */
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include "config.h"
  46
  47 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  48 #include "gromacs/utility/filestream.h"
  49 #include "gromacs/utility/path.h"
  50 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  51
  52 #include "testutils/mpitest.h"
  53 #include "testutils/refdata.h"
  54 #include "testutils/setenv.h"
  55 #include "testutils/simulationdatabase.h"
  56 #include "testutils/xvgtest.h"
  57
  58 #include "moduletest.h"
  59 #include "simulatorcomparison.h"
  60
  61 namespace gmx::test
  62 {
  63 namespace
  64 {
  65
  66 /*! \brief Test fixture base for free energy calculations
  67  *
  68  * This test ensures that selected free energy perturbation calculations produce
  69  * results identical to an earlier version. The results of this earlier version
  70  * have been verified manually to ensure physical correctness.
  71  */
  72 using MaxNumWarnings                = int;
  73 using ListOfInteractionsToTest      = std::vector<int>;
  74 using FreeEnergyReferenceTestParams = std::tuple<std::string, MaxNumWarnings, ListOfInteractionsToTest>;
  75 class FreeEnergyReferenceTest :
  76     public MdrunTestFixture,
  77     public ::testing::WithParamInterface<FreeEnergyReferenceTestParams>
  78 {
  79 public:
  80     struct PrintParametersToString
  81     {
  82         template<class ParamType>
  83         std::string operator()(const testing::TestParamInfo<ParamType>& parameter) const
  84         {
  85             auto simulationName = std::get<0>(parameter.param);
  86             std::replace(simulationName.begin(), simulationName.end(), '-', '_');
  87             return simulationName + (GMX_DOUBLE ? "_d" : "_s");
  88         }
  89     };
  90 };
  91
  92 TEST_P(FreeEnergyReferenceTest, WithinTolerances)
  93 {
  94     const auto& simulationName   = std::get<0>(GetParam());
  95     const auto  maxNumWarnings   = std::get<1>(GetParam());
  96     const auto& interactionsList = std::get<2>(GetParam());
  97
  98     // TODO In similar tests, we are checking if the tests
  99     //      can be run with the number of MPI ranks available
 100
 101     SCOPED_TRACE(formatString("Comparing FEP simulation '%s' to reference", simulationName.c_str()));
 102
 103     // Tolerance set to pass with identical code version and a range of different test setups
 104     const auto defaultEnergyTolerance = relativeToleranceAsFloatingPoint(50.0, GMX_DOUBLE ? 1e-5 : 1e-4);
 105
 106     EnergyTermsToCompare energyTermsToCompare{ { interaction_function[F_EPOT].longname,
 107                                                  defaultEnergyTolerance } };
 108     for (const auto& interaction : interactionsList)
 109     {
 110         energyTermsToCompare.emplace(interaction_function[interaction].longname, defaultEnergyTolerance);
 111     }
 112
 113     // Specify how trajectory frame matching must work (only testing forces).
 114     TrajectoryFrameMatchSettings trajectoryMatchSettings{ false,
 115                                                           false,
 116                                                           false,
 117                                                           ComparisonConditions::NoComparison,
 118                                                           ComparisonConditions::NoComparison,
 119                                                           ComparisonConditions::MustCompare };
 120     TrajectoryTolerances trajectoryTolerances = TrajectoryComparison::s_defaultTrajectoryTolerances;
 121
 122     // Build the functor that will compare reference and test
 123     // trajectory frames in the chosen way.
 124     TrajectoryComparison trajectoryComparison{ trajectoryMatchSettings, trajectoryTolerances };
 125
 126     // Set simulation file names
 127     auto simulationTrajectoryFileName = fileManager_.getTemporaryFilePath("trajectory.trr");
 128     auto simulationEdrFileName        = fileManager_.getTemporaryFilePath("energy.edr");
 129     auto simulationDhdlFileName       = fileManager_.getTemporaryFilePath("dhdl.xvg");
 130
 131     // Run grompp
 132     runner_.tprFileName_ = fileManager_.getTemporaryFilePath("sim.tpr");
 133     runner_.useTopGroAndMdpFromFepTestDatabase(simulationName);
 134     runGrompp(&runner_, { SimulationOptionTuple("-maxwarn", std::to_string(maxNumWarnings)) });
 135
 136     // Do mdrun
 137     runner_.fullPrecisionTrajectoryFileName_ = simulationTrajectoryFileName;
 138     runner_.edrFileName_                     = simulationEdrFileName;
 139     runner_.dhdlFileName_                    = simulationDhdlFileName;
 140     runMdrun(&runner_);
 141
 142     // Currently used tests write trajectory (x/v/f) frames every 20 steps.
 143     // Testing more than the first force frame is only feasible in double precision
 144     // using a single rank.
 145     // Note that this only concerns trajectory frames, energy frames are checked
 146     // in all cases.
 147     const bool testAllTrajectoryFrames = (GMX_DOUBLE && (getNumberOfTestMpiRanks() == 1));
 148
 149     // Compare simulation results
 150     TestReferenceData    refData;
 151     TestReferenceChecker rootChecker(refData.rootChecker());
 152     // Check that the energies agree with the refdata within tolerance.
 153     checkEnergiesAgainstReferenceData(simulationEdrFileName, energyTermsToCompare, &rootChecker);
 154     // Check that the trajectories agree with the refdata within tolerance.
 155     if (testAllTrajectoryFrames)
 156     {
 157         checkTrajectoryAgainstReferenceData(simulationTrajectoryFileName, trajectoryComparison, &rootChecker);
 158     }
 159     else
 160     {
 161         checkTrajectoryAgainstReferenceData(simulationTrajectoryFileName, trajectoryComparison,
 162                                             &rootChecker, MaxNumFrames(1));
 163     }
 164     if (File::exists(simulationDhdlFileName, File::returnFalseOnError))
 165     {
 166         TextInputFile dhdlFile(simulationDhdlFileName);
 167         auto          settings = XvgMatchSettings();
 168         settings.tolerance     = defaultEnergyTolerance;
 169         checkXvgFile(&dhdlFile, &rootChecker, settings);
 170     }
 171 }
 172
 173 // TODO: The time for OpenCL kernel compilation means these tests time
 174 //       out. Once that compilation is cached for the whole process, these
 175 //       tests can run in such configurations.
 176 #if !GMX_GPU_OPENCL
 177 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(
 178         FreeEnergyCalculationsAreEquivalentToReference,
 179         FreeEnergyReferenceTest,
 180         ::testing::Values(
 181                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "coulandvdwsequential_coul",
 182                                                MaxNumWarnings(0),
 183                                                { F_DVDL_COUL, F_DVDL_VDW } },
 184                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "coulandvdwsequential_vdw",
 185                                                MaxNumWarnings(0),
 186                                                { F_DVDL_COUL, F_DVDL_VDW } },
 187                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "coulandvdwtogether", MaxNumWarnings(0), { F_DVDL } },
 188                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "expanded", MaxNumWarnings(0), { F_DVDL_COUL, F_DVDL_VDW } },
 189                 // Tolerated warnings: No default bonded interaction types for perturbed atoms (10x)
 190                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "relative",
 191                                                MaxNumWarnings(10),
 192                                                { F_DVDL, F_DVDL_COUL, F_DVDL_VDW, F_DVDL_BONDED } },
 193                 // Tolerated warnings: No default bonded interaction types for perturbed atoms (10x)
 194                 FreeEnergyReferenceTestParams{
 195                         "relative-position-restraints",
 196                         MaxNumWarnings(10),
 197                         { F_DVDL, F_DVDL_COUL, F_DVDL_VDW, F_DVDL_BONDED, F_DVDL_RESTRAINT } },
 198                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "restraints", MaxNumWarnings(0), { F_DVDL_RESTRAINT } },
 199                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "simtemp", MaxNumWarnings(0), {} },
 200                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "transformAtoB", MaxNumWarnings(0), { F_DVDL } },
 201                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "vdwalone", MaxNumWarnings(0), { F_DVDL } }),
 202         FreeEnergyReferenceTest::PrintParametersToString());
 203 #else
 204 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(
 205         DISABLED_FreeEnergyCalculationsAreEquivalentToReference,
 206         FreeEnergyReferenceTest,
 207         ::testing::Values(
 208                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "coulandvdwsequential_coul",
 209                                                MaxNumWarnings(0),
 210                                                { F_DVDL_COUL, F_DVDL_VDW } },
 211                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "coulandvdwsequential_vdw",
 212                                                MaxNumWarnings(0),
 213                                                { F_DVDL_COUL, F_DVDL_VDW } },
 214                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "coulandvdwtogether", MaxNumWarnings(0), { F_DVDL } },
 215                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "expanded", MaxNumWarnings(0), { F_DVDL_COUL, F_DVDL_VDW } },
 216                 // Tolerated warnings: No default bonded interaction types for perturbed atoms (10x)
 217                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "relative",
 218                                                MaxNumWarnings(10),
 219                                                { F_DVDL, F_DVDL_COUL, F_DVDL_VDW, F_DVDL_BONDED } },
 220                 // Tolerated warnings: No default bonded interaction types for perturbed atoms (10x)
 221                 FreeEnergyReferenceTestParams{
 222                         "relative-position-restraints",
 223                         MaxNumWarnings(10),
 224                         { F_DVDL, F_DVDL_COUL, F_DVDL_VDW, F_DVDL_BONDED, F_DVDL_RESTRAINT } },
 225                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "restraints", MaxNumWarnings(0), { F_DVDL_RESTRAINT } },
 226                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "simtemp", MaxNumWarnings(0), {} },
 227                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "transformAtoB", MaxNumWarnings(0), { F_DVDL } },
 228                 FreeEnergyReferenceTestParams{ "vdwalone", MaxNumWarnings(0), { F_DVDL } }),
 229         FreeEnergyReferenceTest::PrintParametersToString());
 230 #endif
 231
 232 } // namespace
 233 } // namespace gmx::test