src/programs/mdrun/tests/compressed_x_output.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2014,2015,2016,2018,2019,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Tests for the mdrun -x functionality
  39  *
  40  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  41  * \ingroup module_mdrun_integration_tests
  42  */
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include <string>
  46
  47 #include <gtest/gtest.h>
  48
  49 #include "gromacs/options/filenameoption.h"
  50 #include "gromacs/tools/check.h"
  51
  52 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  53
  54 #include "moduletest.h"
  55
  56 namespace
  57 {
  58
  59 //! Test fixture for mdrun -x
  60 class MdrunCompressedXOutputTest :
  61     public gmx::test::MdrunTestFixture,
  62     public testing::WithParamInterface<const char*>
  63 {
  64 };
  65
  66 //! Helper typedef for naming test cases like sentences
  67 typedef MdrunCompressedXOutputTest MdrunCompressedXOutput;
  68
  69 /* This test tests a few ways that mdrun can write a compressed trajectory. */
  70 TEST_P(MdrunCompressedXOutput, ExitsNormally)
  71 {
  72     std::string mdpFile(R"(cutoff-scheme = Verlet
  73                            verlet-buffer-tolerance = 0.005
  74                            nsteps = 1
  75                            nstxout-compressed = 1
  76                            )");
  77     std::string compressedXGrpsLine = GetParam();
  78     mdpFile += compressedXGrpsLine;
  79     runner_.useStringAsMdpFile(mdpFile.c_str());
  80     runner_.useTopGroAndNdxFromDatabase("spc2");
  81     ASSERT_EQ(0, runner_.callGrompp());
  82
  83     runner_.reducedPrecisionTrajectoryFileName_ = fileManager_.getTemporaryFilePath(".xtc");
  84     ASSERT_EQ(0, runner_.callMdrun());
  85
  86     ::gmx::test::CommandLine checkCaller;
  87     checkCaller.append("check");
  88     checkCaller.addOption("-f", runner_.reducedPrecisionTrajectoryFileName_);
  89     ASSERT_EQ(0, gmx_check(checkCaller.argc(), checkCaller.argv()));
  90 }
  91
  92 INSTANTIATE_TEST_SUITE_P(WithDifferentOutputGroupSettings,
  93                          MdrunCompressedXOutput,
  94                          ::testing::Values( // Test writing the whole system via
  95                                             // the default behaviour
  96                                  "",
  97
  98                                  // Test writing the whole system
  99                                  // explicitly
 100                                  "compressed-x-grps = System\n",
 101
 102                                  // Test writing only part of the system.
 103                                  // It would be nice to check that this test
 104                                  // writes 3 atoms and the others write 6, but
 105                                  // that's not yet easy.
 106                                  "compressed-x-grps = SecondWaterMolecule\n"));
 107
 108 } // namespace