src/programs/mdrun/tests/OctaneSandwich.top

   1 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
   2 #include "oplsaa.ff/ions.itp"
   3 #include "oplsaa.ff/spce.itp"
   4
   5 [ moleculetype ]
   6 ; Name  nrexcl
   7 OCT 3
   8
   9 [ atoms ]
  10 ; nr    type    resnr   residu  atom    cgnr    charge
  11 1   opls_068 1  OCT C1  1   0.0
  12 2   opls_071 1  OCT C2  2   0.0
  13 3   opls_071 1  OCT C3  3   0.0
  14 4   opls_071 1  OCT C4  4   0.0
  15 5   opls_071 1  OCT C5  5   0.0
  16 6   opls_071 1  OCT C6  6   0.0
  17 7   opls_071 1  OCT C7  7   0.0
  18 8   opls_068 1  OCT C8  8   0.0
  19
  20 [ bonds ]
  21 ; i j
  22 1   2 1 0.15300 334720.
  23 2   3 1 0.15300 334720.
  24 3   4 1 0.15300 334720.
  25 4   5 1 0.15300 334720.
  26 5   6 1 0.15300 334720.
  27 6   7 1 0.15300 334720.
  28 7   8 1 0.15300 334720.
  29
  30 [ angles ]
  31 ; i j   k
  32 1   2   3 1 111.000 460.240
  33 2   3   4 1 111.000 460.240
  34 3   4   5 1 111.000 460.240
  35 4   5   6 1 111.000 460.240
  36 5   6   7 1 111.000 460.240
  37 6   7   8 1 111.000 460.240
  38
  39 [ dihedrals ]
  40 ; i j   k   l   type
  41 1   2   3   4   3 9.2789   12.156  -13.120 -3.0597 26.240 -31.495
  42 2   3   4   5   3 9.2789   12.156  -13.120 -3.0597 26.240 -31.495
  43 3   4   5   6   3 9.2789   12.156  -13.120 -3.0597 26.240 -31.495
  44 4   5   6   7   3 9.2789   12.156  -13.120 -3.0597 26.240 -31.495
  45 5   6   7   8   3 9.2789   12.156  -13.120 -3.0597 26.240 -31.495
  46
  47
  48 [ moleculetype ]
  49 ; Name            nrexcl
  50 Protein             3
  51
  52 [ atoms ]
  53 ;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge   mass  typeB    chargeB      massB
  54    1   opls_235    1  ALA   C   1   0.6000   12.011 ;
  55    2   opls_236    1  ALA   O   1  -0.6000   15.999 ;
  56    3   opls_235    2  ALA   C   2   0.6000   12.011 ;
  57    4   opls_236    2  ALA   O   2  -0.6000   15.999 ;
  58    5   opls_235    3  ALA   C   3   0.6000   12.011 ;
  59    6   opls_236    3  ALA   O   3  -0.6000   15.999 ;
  60    7   opls_235    4  ALA   C   4   0.6000   12.011 ;
  61    8   opls_236    4  ALA   O   4  -0.6000   15.999 ;
  62    9   opls_235    5  ALA   C   5   0.6000   12.011 ;
  63   10   opls_236    5  ALA   O   5  -0.6000   15.999 ;
  64   11   opls_235    6  ALA   C   6   0.6000   12.011 ;
  65   12   opls_236    6  ALA   O   6  -0.6000   15.999 ;
  66   13   opls_235    7  ALA   C   7   0.6000   12.011 ;
  67   14   opls_236    7  ALA   O   7  -0.6000   15.999 ;
  68   15   opls_235    8  ALA   C   8   0.6000   12.011 ;
  69   16   opls_236    8  ALA   O   8  -0.6000   15.999 ;
  70   17   opls_235    9  ALA   C   9   0.6000   12.011 ;
  71   18   opls_236    9  ALA   O   9  -0.6000   15.999 ;
  72   19   opls_235   10  ALA   C  10   0.6000   12.011 ;
  73   20   opls_236   10  ALA   O  10  -0.6000   15.999 ;
  74   21   opls_235   11  ALA   C  11   0.6000   12.011 ;
  75   22   opls_236   11  ALA   O  11  -0.6000   15.999 ;
  76   23   opls_235   12  ALA   C  12   0.6000   12.011 ;
  77   24   opls_236   12  ALA   O  12  -0.6000   15.999 ;
  78   25   opls_235   13  ALA   C  13   0.6000   12.011 ;
  79   26   opls_236   13  ALA   O  13  -0.6000   15.999 ;
  80   27   opls_235   14  ALA   C  14   0.6000   12.011 ;
  81   28   opls_236   14  ALA   O  14  -0.6000   15.999 ;
  82   29   opls_235   15  ALA   C  15   0.6000   12.011 ;
  83   30   opls_236   15  ALA   O  15  -0.6000   15.999 ;
  84   31   opls_235   16  ALA   C  16   0.6000   12.011 ;
  85   32   opls_236   16  ALA   O  16  -0.6000   15.999 ;
  86   33   opls_235   17  ALA   C  17   0.6000   12.011 ;
  87   34   opls_236   17  ALA   O  17  -0.6000   15.999 ;
  88   35   opls_235   18  ALA   C  18   0.6000   12.011 ;
  89   36   opls_236   18  ALA   O  18  -0.6000   15.999 ;
  90   37   opls_235   19  ALA   C  19   0.6000   12.011 ;
  91   38   opls_236   19  ALA   O  19  -0.6000   15.999 ;
  92   39   opls_235   20  ALA   C  20   0.6000   12.011 ;
  93   40   opls_236   20  ALA   O  20  -0.6000   15.999 ;
  94   41   opls_235   21  ALA   C  21   0.6000   12.011 ;
  95   42   opls_236   21  ALA   O  21  -0.6000   15.999 ;
  96   43   opls_235   22  ALA   C  22   0.6000   12.011 ;
  97   44   opls_236   22  ALA   O  22  -0.6000   15.999 ;
  98   45   opls_235   23  ALA   C  23   0.6000   12.011 ;
  99   46   opls_236   23  ALA   O  23  -0.6000   15.999 ;
 100   47   opls_235   24  ALA   C  24   0.6000   12.011 ;
 101   48   opls_236   24  ALA   O  24  -0.6000   15.999 ;
 102   49   opls_235   25  ALA   C  25   0.6000   12.011 ;
 103   50   opls_236   25  ALA   O  25  -0.6000   15.999 ;
 104   51   opls_235   26  ALA   C  26   0.6000   12.011 ;
 105   52   opls_236   26  ALA   O  26  -0.6000   15.999 ;
 106   53   opls_235   27  ALA   C  27   0.6000   12.011 ;
 107   54   opls_236   27  ALA   O  27  -0.6000   15.999 ;
 108   55   opls_235   28  ALA   C  28   0.6000   12.011 ;
 109   56   opls_236   28  ALA   O  28  -0.6000   15.999 ;
 110   57   opls_235   29  ALA   C  29   0.6000   12.011 ;
 111   58   opls_236   29  ALA   O  29  -0.6000   15.999 ;
 112   59   opls_235   30  ALA   C  30   0.6000   12.011 ;
 113   60   opls_236   30  ALA   O  30  -0.6000   15.999 ;
 114   61   opls_235   31  ALA   C  31   0.6000   12.011 ;
 115   62   opls_236   31  ALA   O  31  -0.6000   15.999 ;
 116   63   opls_235   32  ALA   C  32   0.6000   12.011 ;
 117   64   opls_236   32  ALA   O  32  -0.6000   15.999 ;
 118   65   opls_235   33  ALA   C  33   0.6000   12.011 ;
 119   66   opls_236   33  ALA   O  33  -0.6000   15.999 ;
 120   67   opls_235   34  ALA   C  34   0.6000   12.011 ;
 121   68   opls_236   34  ALA   O  34  -0.6000   15.999 ;
 122   69   opls_235   35  ALA   C  35   0.6000   12.011 ;
 123   70   opls_236   35  ALA   O  35  -0.6000   15.999 ;
 124   71   opls_235   36  ALA   C  36   0.6000   12.011 ;
 125   72   opls_236   36  ALA   O  36  -0.6000   15.999 ;
 126   73   opls_235   37  ALA   C  37   0.6000   12.011 ;
 127   74   opls_236   37  ALA   O  37  -0.6000   15.999 ;
 128   75   opls_235   38  ALA   C  38   0.6000   12.011 ;
 129   76   opls_236   38  ALA   O  38  -0.6000   15.999 ;
 130   77   opls_235   39  ALA   C  39   0.6000   12.011 ;
 131   78   opls_236   39  ALA   O  39  -0.6000   15.999 ;
 132   79   opls_235   40  ALA   C  40   0.6000   12.011 ;
 133   80   opls_236   40  ALA   O  40  -0.6000   15.999 ;
 134   81   opls_235   41  ALA   C  41   0.6000   12.011 ;
 135   82   opls_236   41  ALA   O  41  -0.6000   15.999 ;
 136   83   opls_235   42  ALA   C  42   0.6000   12.011 ;
 137   84   opls_236   42  ALA   O  42  -0.6000   15.999 ;
 138   85   opls_235   43  ALA   C  43   0.6000   12.011 ;
 139   86   opls_236   43  ALA   O  43  -0.6000   15.999 ;
 140   87   opls_235   44  ALA   C  44   0.6000   12.011 ;
 141   88   opls_236   44  ALA   O  44  -0.6000   15.999 ;
 142   89   opls_235   45  ALA   C  45   0.6000   12.011 ;
 143   90   opls_236   45  ALA   O  45  -0.6000   15.999 ;
 144   91   opls_235   46  ALA   C  46   0.6000   12.011 ;
 145   92   opls_236   46  ALA   O  46  -0.6000   15.999 ;
 146   93   opls_235   47  ALA   C  47   0.6000   12.011 ;
 147   94   opls_236   47  ALA   O  47  -0.6000   15.999 ;
 148   95   opls_235   48  ALA   C  48   0.6000   12.011 ;
 149   96   opls_236   48  ALA   O  48  -0.6000   15.999 ;
 150   97   opls_235   49  ALA   C  49   0.6000   12.011 ;
 151   98   opls_236   49  ALA   O  49  -0.6000   15.999 ;
 152   99   opls_235   50  ALA   C  50   0.6000   12.011 ;
 153  100   opls_236   50  ALA   O  50  -0.6000   15.999 ;
 154  101   opls_235   51  ALA   C  51   0.6000   12.011 ;
 155  102   opls_236   51  ALA   O  51  -0.6000   15.999 ;
 156  103   opls_235   52  ALA   C  52   0.6000   12.011 ;
 157  104   opls_236   52  ALA   O  52  -0.6000   15.999 ;
 158  105   opls_235   53  ALA   C  53   0.6000   12.011 ;
 159  106   opls_236   53  ALA   O  53  -0.6000   15.999 ;
 160  107   opls_235   54  ALA   C  54   0.6000   12.011 ;
 161  108   opls_236   54  ALA   O  54  -0.6000   15.999 ;
 162  109   opls_235   55  ALA   C  55   0.6000   12.011 ;
 163  110   opls_236   55  ALA   O  55  -0.6000   15.999 ;
 164  111   opls_235   56  ALA   C  56   0.6000   12.011 ;
 165  112   opls_236   56  ALA   O  56  -0.6000   15.999 ;
 166  113   opls_235   57  ALA   C  57   0.6000   12.011 ;
 167  114   opls_236   57  ALA   O  57  -0.6000   15.999 ;
 168  115   opls_235   58  ALA   C  58   0.6000   12.011 ;
 169  116   opls_236   58  ALA   O  58  -0.6000   15.999 ;
 170  117   opls_235   59  ALA   C  59   0.6000   12.011 ;
 171  118   opls_236   59  ALA   O  59  -0.6000   15.999 ;
 172  119   opls_235   60  ALA   C  60   0.6000   12.011 ;
 173  120   opls_236   60  ALA   O  60  -0.6000   15.999 ;
 174  121   opls_235   61  ALA   C  61   0.6000   12.011 ;
 175  122   opls_236   61  ALA   O  61  -0.6000   15.999 ;
 176  123   opls_235   62  ALA   C  62   0.6000   12.011 ;
 177  124   opls_236   62  ALA   O  62  -0.6000   15.999 ;
 178  125   opls_235   63  ALA   C  63   0.6000   12.011 ;
 179  126   opls_236   63  ALA   O  63  -0.6000   15.999 ;
 180  127   opls_235   64  ALA   C  64   0.6000   12.011 ;
 181  128   opls_236   64  ALA   O  64  -0.6000   15.999 ;
 182  129   opls_235   65  ALA   C  65   0.6000   12.011 ;
 183  130   opls_236   65  ALA   O  65  -0.6000   15.999 ;
 184  131   opls_235   66  ALA   C  66   0.6000   12.011 ;
 185  132   opls_236   66  ALA   O  66  -0.6000   15.999 ;
 186  133   opls_235   67  ALA   C  67   0.6000   12.011 ;
 187  134   opls_236   67  ALA   O  67  -0.6000   15.999 ;
 188  135   opls_235   68  ALA   C  68   0.6000   12.011 ;
 189  136   opls_236   68  ALA   O  68  -0.6000   15.999 ;
 190  137   opls_235   69  ALA   C  69   0.6000   12.011 ;
 191  138   opls_236   69  ALA   O  69  -0.6000   15.999 ;
 192  139   opls_235   70  ALA   C  70   0.6000   12.011 ;
 193  140   opls_236   70  ALA   O  70  -0.6000   15.999 ;
 194  141   opls_235   71  ALA   C  71   0.6000   12.011 ;
 195  142   opls_236   71  ALA   O  71  -0.6000   15.999 ;
 196  143   opls_235   72  ALA   C  72   0.6000   12.011 ;
 197  144   opls_236   72  ALA   O  72  -0.6000   15.999 ;
 198  145   opls_235   73  ALA   C  73   0.6000   12.011 ;
 199  146   opls_236   73  ALA   O  73  -0.6000   15.999 ;
 200  147   opls_235   74  ALA   C  74   0.6000   12.011 ;
 201  148   opls_236   74  ALA   O  74  -0.6000   15.999 ;
 202  149   opls_235   75  ALA   C  75   0.6000   12.011 ;
 203  150   opls_236   75  ALA   O  75  -0.6000   15.999 ;
 204  151   opls_235   76  ALA   C  76   0.6000   12.011 ;
 205  152   opls_236   76  ALA   O  76  -0.6000   15.999 ;
 206  153   opls_235   77  ALA   C  77   0.6000   12.011 ;
 207  154   opls_236   77  ALA   O  77  -0.6000   15.999 ;
 208  155   opls_235   78  ALA   C  78   0.6000   12.011 ;
 209  156   opls_236   78  ALA   O  78  -0.6000   15.999 ;
 210  157   opls_235   79  ALA   C  79   0.6000   12.011 ;
 211  158   opls_236   79  ALA   O  79  -0.6000   15.999 ;
 212  159   opls_235   80  ALA   C  80   0.6000   12.011 ;
 213  160   opls_236   80  ALA   O  80  -0.6000   15.999 ;
 214  161   opls_235   81  ALA   C  81   0.6000   12.011 ;
 215  162   opls_236   81  ALA   O  81  -0.6000   15.999 ;
 216  163   opls_235   82  ALA   C  82   0.6000   12.011 ;
 217  164   opls_236   82  ALA   O  82  -0.6000   15.999 ;
 218  165   opls_235   83  ALA   C  83   0.6000   12.011 ;
 219  166   opls_236   83  ALA   O  83  -0.6000   15.999 ;
 220
 221 [ bonds ]
 222 ;  ai    aj funct            c0            c1            c2          c3
 223     1    2  1
 224     2    3  1
 225     3    4  1
 226     4    5  1
 227     5    6  1
 228     6    7  1
 229     7    8  1
 230     8    9  1
 231     9   10  1
 232    10   11  1
 233    11   12  1
 234    12   13  1
 235    13   14  1
 236    14   15  1
 237    15   16  1
 238    16   17  1
 239    17   18  1
 240    18   19  1
 241    19   20  1
 242    20   21  1
 243    21   22  1
 244    22   23  1
 245    23   24  1
 246    24   25  1
 247    25   26  1
 248    26   27  1
 249    27   28  1
 250    28   29  1
 251    29   30  1
 252    30   31  1
 253    31   32  1
 254    32   33  1
 255    33   34  1
 256    34   35  1
 257    35   36  1
 258    36   37  1
 259    37   38  1
 260    38   39  1
 261    39   40  1
 262    40   41  1
 263    41   42  1
 264    42   43  1
 265    43   44  1
 266    44   45  1
 267    45   46  1
 268    46   47  1
 269    47   48  1
 270    48   49  1
 271    49   50  1
 272    50   51  1
 273    51   52  1
 274    52   53  1
 275    53   54  1
 276    54   55  1
 277    55   56  1
 278    56   57  1
 279    57   58  1
 280    58   59  1
 281    59   60  1
 282    60   61  1
 283    61   62  1
 284    62   63  1
 285    63   64  1
 286    64   65  1
 287    65   66  1
 288    66   67  1
 289    67   68  1
 290    68   69  1
 291    69   70  1
 292    70   71  1
 293    71   72  1
 294    72   73  1
 295    73   74  1
 296    74   75  1
 297    75   76  1
 298    76   77  1
 299    77   78  1
 300    78   79  1
 301    79   80  1
 302    80   81  1
 303    81   82  1
 304    82   83  1
 305    83   84  1
 306    84   85  1
 307    85   86  1
 308    86   87  1
 309    87   88  1
 310    88   89  1
 311    89   90  1
 312    90   91  1
 313    91   92  1
 314    92   93  1
 315    93   94  1
 316    94   95  1
 317    95   96  1
 318    96   97  1
 319    97   98  1
 320    98   99  1
 321    99  100  1
 322   100  101  1
 323   101  102  1
 324   102  103  1
 325   103  104  1
 326   104  105  1
 327   105  106  1
 328   106  107  1
 329   107  108  1
 330   108  109  1
 331   109  110  1
 332   110  111  1
 333   111  112  1
 334   112  113  1
 335   113  114  1
 336   114  115  1
 337   115  116  1
 338   116  117  1
 339   117  118  1
 340   118  119  1
 341   119  120  1
 342   120  121  1
 343   121  122  1
 344   122  123  1
 345   123  124  1
 346   124  125  1
 347   125  126  1
 348   126  127  1
 349   127  128  1
 350   128  129  1
 351   129  130  1
 352   130  131  1
 353   131  132  1
 354   132  133  1
 355   133  134  1
 356   134  135  1
 357   135  136  1
 358   136  137  1
 359   137  138  1
 360   138  139  1
 361   139  140  1
 362   140  141  1
 363   141  142  1
 364   142  143  1
 365   143  144  1
 366   144  145  1
 367   145  146  1
 368   146  147  1
 369   147  148  1
 370   148  149  1
 371   149  150  1
 372   150  151  1
 373   151  152  1
 374   152  153  1
 375   153  154  1
 376   154  155  1
 377   155  156  1
 378   156  157  1
 379   157  158  1
 380   158  159  1
 381   159  160  1
 382   160  161  1
 383   161  162  1
 384   162  163  1
 385   163  164  1
 386   164  165  1
 387   165  166  1
 388
 389 [ position_restraints ]
 390 ;  i funct       fcx        fcy        fcz
 391    1  1  500  500  500
 392    2  1  500  500  500
 393    3  1  500  500  500
 394    4  1  500  500  500
 395    5  1  500  500  500
 396    6  1  500  500  500
 397    7  1  500  500  500
 398    8  1  500  500  500
 399    9  1  500  500  500
 400   10  1  500  500  500
 401   11  1  500  500  500
 402   12  1  500  500  500
 403   13  1  500  500  500
 404   14  1  500  500  500
 405   15  1  500  500  500
 406   16  1  500  500  500
 407   17  1  500  500  500
 408   18  1  500  500  500
 409   19  1  500  500  500
 410   20  1  500  500  500
 411   21  1  500  500  500
 412   22  1  500  500  500
 413   23  1  500  500  500
 414   24  1  500  500  500
 415   25  1  500  500  500
 416   26  1  500  500  500
 417   27  1  500  500  500
 418   28  1  500  500  500
 419   29  1  500  500  500
 420   30  1  500  500  500
 421   31  1  500  500  500
 422   32  1  500  500  500
 423   33  1  500  500  500
 424   34  1  500  500  500
 425   35  1  500  500  500
 426   36  1  500  500  500
 427   37  1  500  500  500
 428   38  1  500  500  500
 429   39  1  500  500  500
 430   40  1  500  500  500
 431   41  1  500  500  500
 432   42  1  500  500  500
 433   43  1  500  500  500
 434   44  1  500  500  500
 435   45  1  500  500  500
 436   46  1  500  500  500
 437   47  1  500  500  500
 438   48  1  500  500  500
 439   49  1  500  500  500
 440   50  1  500  500  500
 441   51  1  500  500  500
 442   52  1  500  500  500
 443   53  1  500  500  500
 444   54  1  500  500  500
 445   55  1  500  500  500
 446   56  1  500  500  500
 447   57  1  500  500  500
 448   58  1  500  500  500
 449   59  1  500  500  500
 450   60  1  500  500  500
 451   61  1  500  500  500
 452   62  1  500  500  500
 453   63  1  500  500  500
 454   64  1  500  500  500
 455   65  1  500  500  500
 456   66  1  500  500  500
 457   67  1  500  500  500
 458   68  1  500  500  500
 459   69  1  500  500  500
 460   70  1  500  500  500
 461   71  1  500  500  500
 462   72  1  500  500  500
 463   73  1  500  500  500
 464   74  1  500  500  500
 465   75  1  500  500  500
 466   76  1  500  500  500
 467   77  1  500  500  500
 468   78  1  500  500  500
 469   79  1  500  500  500
 470   80  1  500  500  500
 471   81  1  500  500  500
 472   82  1  500  500  500
 473   83  1  500  500  500
 474   84  1  500  500  500
 475   85  1  500  500  500
 476   86  1  500  500  500
 477   87  1  500  500  500
 478   88  1  500  500  500
 479   89  1  500  500  500
 480   90  1  500  500  500
 481   91  1  500  500  500
 482   92  1  500  500  500
 483   93  1  500  500  500
 484   94  1  500  500  500
 485   95  1  500  500  500
 486   96  1  500  500  500
 487   97  1  500  500  500
 488   98  1  500  500  500
 489   99  1  500  500  500
 490  100  1  500  500  500
 491  101  1  500  500  500
 492  102  1  500  500  500
 493  103  1  500  500  500
 494  104  1  500  500  500
 495  105  1  500  500  500
 496  106  1  500  500  500
 497  107  1  500  500  500
 498  108  1  500  500  500
 499  109  1  500  500  500
 500  110  1  500  500  500
 501  111  1  500  500  500
 502  112  1  500  500  500
 503  113  1  500  500  500
 504  114  1  500  500  500
 505  115  1  500  500  500
 506  116  1  500  500  500
 507  117  1  500  500  500
 508  118  1  500  500  500
 509  119  1  500  500  500
 510  120  1  500  500  500
 511  121  1  500  500  500
 512  122  1  500  500  500
 513  123  1  500  500  500
 514  124  1  500  500  500
 515  125  1  500  500  500
 516  126  1  500  500  500
 517  127  1  500  500  500
 518  128  1  500  500  500
 519  129  1  500  500  500
 520  130  1  500  500  500
 521  131  1  500  500  500
 522  132  1  500  500  500
 523  133  1  500  500  500
 524  134  1  500  500  500
 525  135  1  500  500  500
 526  136  1  500  500  500
 527  137  1  500  500  500
 528  138  1  500  500  500
 529  139  1  500  500  500
 530  140  1  500  500  500
 531  141  1  500  500  500
 532  142  1  500  500  500
 533  143  1  500  500  500
 534  144  1  500  500  500
 535  145  1  500  500  500
 536  146  1  500  500  500
 537  147  1  500  500  500
 538  148  1  500  500  500
 539  149  1  500  500  500
 540  150  1  500  500  500
 541  151  1  500  500  500
 542  152  1  500  500  500
 543  153  1  500  500  500
 544  154  1  500  500  500
 545  155  1  500  500  500
 546  156  1  500  500  500
 547  157  1  500  500  500
 548  158  1  500  500  500
 549  159  1  500  500  500
 550  160  1  500  500  500
 551  161  1  500  500  500
 552  162  1  500  500  500
 553  163  1  500  500  500
 554  164  1  500  500  500
 555  165  1  500  500  500
 556  166  1  500  500  500
 557
 558
 559 [ system ]
 560 ; Name
 561 Channel_coco in octane membrane
 562
 563 [ molecules ]
 564 ; Compound        #mols
 565 Protein             1
 566 OCT                95
 567 NA                 19
 568 CL                 19
 569 Protein             1
 570 OCT                95
 571 SOL              3977
 572