src/programs/grompp/convparm.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <math.h>
  41 #include "sysstuff.h"
  42 #include "physics.h"
  43 #include "vec.h"
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "gmx_fatal.h"
  47 #include "topio.h"
  48 #include "toputil.h"
  49 #include "convparm.h"
  50 #include "names.h"
  51 #include "gpp_atomtype.h"
  52 #include "maths.h"
  53
  54 static int round_check(real r,int limit,int ftype,const char *name)
  55 {
  56   int i;
  57
  58   if (r >= 0)
  59     i = (int)(r + 0.5);
  60   else
  61     i = (int)(r - 0.5);
  62
  63   if (r-i > 0.01 || r-i < -0.01)
  64     gmx_fatal(FARGS,"A non-integer value (%f) was supplied for '%s' in %s",
  65               r,name,interaction_function[ftype].longname);
  66
  67   if (i < limit)
  68     gmx_fatal(FARGS,"Value of '%s' in %s is %d, which is smaller than the minimum of %d",
  69               name,interaction_function[ftype].longname,i,limit);
  70
  71   return i;
  72 }
  73
  74 static void set_ljparams(int comb,double reppow,real v,real w,
  75                          real *c6,real *c12)
  76 {
  77   if (comb == eCOMB_ARITHMETIC || comb == eCOMB_GEOM_SIG_EPS) {
  78     if (v >= 0) {
  79       *c6  = 4*w*pow(v,6.0);
  80       *c12 = 4*w*pow(v,reppow);
  81     } else {
  82       /* Interpret negative sigma as c6=0 and c12 with -sigma */
  83       *c6  = 0;
  84       *c12 = 4*w*pow(-v,reppow);
  85     }
  86   } else {
  87     *c6  = v;
  88     *c12 = w;
  89   }
  90 }
  91
  92 static void assign_param(t_functype ftype,t_iparams *newparam,
  93                          real old[MAXFORCEPARAM],int comb,double reppow)
  94 {
  95   int  i,j;
  96   real tmp;
  97
  98   /* Set to zero */
  99   for(j=0; (j<MAXFORCEPARAM); j++)
 100     {
 101       newparam->generic.buf[j]=0.0;
 102     }
 103   switch (ftype) {
 104   case F_G96ANGLES:
 105     /* Post processing of input data: store cosine iso angle itself */
 106     newparam->harmonic.rA =cos(old[0]*DEG2RAD);
 107     newparam->harmonic.krA=old[1];
 108     newparam->harmonic.rB =cos(old[2]*DEG2RAD);
 109     newparam->harmonic.krB=old[3];
 110     break;
 111   case F_G96BONDS:
 112     /* Post processing of input data: store square of length itself */
 113     newparam->harmonic.rA =sqr(old[0]);
 114     newparam->harmonic.krA=old[1];
 115     newparam->harmonic.rB =sqr(old[2]);
 116     newparam->harmonic.krB=old[3];
 117     break;
 118   case F_FENEBONDS:
 119     newparam->fene.bm=old[0];
 120     newparam->fene.kb=old[1];
 121     break;
 122   case F_RESTRBONDS:
 123     newparam->restraint.lowA = old[0];
 124     newparam->restraint.up1A = old[1];
 125     newparam->restraint.up2A = old[2];
 126     newparam->restraint.kA   = old[3];
 127     newparam->restraint.lowB = old[4];
 128     newparam->restraint.up1B = old[5];
 129     newparam->restraint.up2B = old[6];
 130     newparam->restraint.kB   = old[7];
 131     break;
 132   case F_TABBONDS:
 133   case F_TABBONDSNC:
 134   case F_TABANGLES:
 135   case F_TABDIHS:
 136     newparam->tab.table = round_check(old[0],0,ftype,"table index");
 137     newparam->tab.kA    = old[1];
 138     newparam->tab.kB    = old[3];
 139     break;
 140   case F_CROSS_BOND_BONDS:
 141     newparam->cross_bb.r1e=old[0];
 142     newparam->cross_bb.r2e=old[1];
 143     newparam->cross_bb.krr=old[2];
 144     break;
 145   case F_CROSS_BOND_ANGLES:
 146     newparam->cross_ba.r1e=old[0];
 147     newparam->cross_ba.r2e=old[1];
 148     newparam->cross_ba.r3e=old[2];
 149     newparam->cross_ba.krt=old[3];
 150     break;
 151   case F_UREY_BRADLEY:
 152     newparam->u_b.thetaA=old[0];
 153     newparam->u_b.kthetaA=old[1];
 154     newparam->u_b.r13A=old[2];
 155     newparam->u_b.kUBA=old[3];
 156     newparam->u_b.thetaB=old[4];
 157     newparam->u_b.kthetaB=old[5];
 158     newparam->u_b.r13B=old[6];
 159     newparam->u_b.kUBB=old[7];
 160     break;
 161   case F_QUARTIC_ANGLES:
 162     newparam->qangle.theta=old[0];
 163     for(i=0; i<5; i++)
 164       newparam->qangle.c[i]=old[i+1];
 165     break;
 166   case F_LINEAR_ANGLES:
 167     newparam->linangle.aA    = old[0];
 168     newparam->linangle.klinA = old[1];
 169     newparam->linangle.aB    = old[2];
 170     newparam->linangle.klinB = old[3];
 171     break;
 172   case F_BONDS:
 173   case F_ANGLES:
 174   case F_HARMONIC:
 175   case F_IDIHS:
 176     newparam->harmonic.rA =old[0];
 177     newparam->harmonic.krA=old[1];
 178     newparam->harmonic.rB =old[2];
 179     newparam->harmonic.krB=old[3];
 180     break;
 181   case F_MORSE:
 182     newparam->morse.b0A    =old[0];
 183     newparam->morse.cbA    =old[1];
 184     newparam->morse.betaA  =old[2];
 185     newparam->morse.b0B    =old[3];
 186     newparam->morse.cbB    =old[4];
 187     newparam->morse.betaB  =old[5];
 188     break;
 189   case F_CUBICBONDS:
 190     newparam->cubic.b0    =old[0];
 191     newparam->cubic.kb    =old[1];
 192     newparam->cubic.kcub  =old[2];
 193     break;
 194   case F_CONNBONDS:
 195     break;
 196   case F_POLARIZATION:
 197     newparam->polarize.alpha = old[0];
 198     break;
 199   case F_ANHARM_POL:
 200     newparam->anharm_polarize.alpha = old[0];
 201     newparam->anharm_polarize.drcut = old[1];
 202     newparam->anharm_polarize.khyp  = old[2];
 203     break;
 204   case F_WATER_POL:
 205     newparam->wpol.al_x   =old[0];
 206     newparam->wpol.al_y   =old[1];
 207     newparam->wpol.al_z   =old[2];
 208     newparam->wpol.rOH    =old[3];
 209     newparam->wpol.rHH    =old[4];
 210     newparam->wpol.rOD    =old[5];
 211     break;
 212   case F_THOLE_POL:
 213     newparam->thole.a      = old[0];
 214     newparam->thole.alpha1 = old[1];
 215     newparam->thole.alpha2 = old[2];
 216     if ((old[1] > 0) && (old[2] > 0))
 217       newparam->thole.rfac = old[0]*pow(old[1]*old[2],-1.0/6.0);
 218     else
 219       newparam->thole.rfac = 1;
 220     break;
 221   case F_BHAM:
 222     newparam->bham.a = old[0];
 223     newparam->bham.b = old[1];
 224     newparam->bham.c = old[2];
 225     break;
 226   case F_LJ14:
 227     set_ljparams(comb,reppow,old[0],old[1],&newparam->lj14.c6A,&newparam->lj14.c12A);
 228     set_ljparams(comb,reppow,old[2],old[3],&newparam->lj14.c6B,&newparam->lj14.c12B);
 229     break;
 230   case F_LJC14_Q:
 231     newparam->ljc14.fqq = old[0];
 232     newparam->ljc14.qi  = old[1];
 233     newparam->ljc14.qj  = old[2];
 234     set_ljparams(comb,reppow,old[3],old[4],&newparam->ljc14.c6,&newparam->ljc14.c12);
 235     break;
 236   case F_LJC_PAIRS_NB:
 237     newparam->ljcnb.qi = old[0];
 238     newparam->ljcnb.qj = old[1];
 239     set_ljparams(comb,reppow,old[2],old[3],&newparam->ljcnb.c6,&newparam->ljcnb.c12);
 240     break;
 241   case F_LJ:
 242     set_ljparams(comb,reppow,old[0],old[1],&newparam->lj.c6,&newparam->lj.c12);
 243     break;
 244   case F_PDIHS:
 245   case F_PIDIHS:
 246   case F_ANGRES:
 247   case F_ANGRESZ:
 248     newparam->pdihs.phiA = old[0];
 249     newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 250
 251     /* Dont do any checks if all parameters are zero (such interactions will be removed).
 252      * Change 20100720: Amber occasionally uses negative multiplicities (mathematically OK),
 253      * so I have changed the lower limit to -99 /EL
 254      *
 255      * Second, if the force constant is zero in both A and B states, we set the phase
 256      * and multiplicity to zero too so the interaction gets removed during clean-up.
 257      */
 258     newparam->pdihs.phiB = old[3];
 259     newparam->pdihs.cpB  = old[4];
 260
 261     if( fabs(newparam->pdihs.cpA) < GMX_REAL_MIN && fabs(newparam->pdihs.cpB) < GMX_REAL_MIN )
 262     {
 263         newparam->pdihs.phiA = 0.0;
 264         newparam->pdihs.phiB = 0.0;
 265         newparam->pdihs.mult = 0;
 266     }
 267     else
 268     {
 269         newparam->pdihs.mult = round_check(old[2],-99,ftype,"multiplicity");
 270     }
 271
 272     break;
 273   case F_POSRES:
 274     newparam->posres.fcA[XX]   = old[0];
 275     newparam->posres.fcA[YY]   = old[1];
 276     newparam->posres.fcA[ZZ]   = old[2];
 277     newparam->posres.fcB[XX]   = old[3];
 278     newparam->posres.fcB[YY]   = old[4];
 279     newparam->posres.fcB[ZZ]   = old[5];
 280     newparam->posres.pos0A[XX] = old[6];
 281     newparam->posres.pos0A[YY] = old[7];
 282     newparam->posres.pos0A[ZZ] = old[8];
 283     newparam->posres.pos0B[XX] = old[9];
 284     newparam->posres.pos0B[YY] = old[10];
 285     newparam->posres.pos0B[ZZ] = old[11];
 286     break;
 287   case F_FBPOSRES:
 288     newparam->fbposres.geom     = round_check(old[0],0,ftype,"geometry");
 289     if ( ! (newparam->fbposres.geom > efbposresZERO && newparam->fbposres.geom < efbposresNR))
 290     {
 291       gmx_fatal(FARGS,"Invalid geometry for flat-bottomed position restraint.\n"
 292                 "Expected number between 1 and %d. Found %d\n", efbposresNR-1,
 293                 newparam->fbposres.geom);
 294     }
 295     newparam->fbposres.r        = old[1];
 296     newparam->fbposres.k        = old[2];
 297     newparam->fbposres.pos0[XX] = old[3];
 298     newparam->fbposres.pos0[YY] = old[4];
 299     newparam->fbposres.pos0[ZZ] = old[5];
 300     break;
 301   case F_DISRES:
 302     newparam->disres.label = round_check(old[0],0,ftype,"label");
 303     newparam->disres.type  = round_check(old[1],1,ftype,"type'");
 304     newparam->disres.low   = old[2];
 305     newparam->disres.up1   = old[3];
 306     newparam->disres.up2   = old[4];
 307     newparam->disres.kfac  = old[5];
 308     break;
 309   case F_ORIRES:
 310     newparam->orires.ex    = round_check(old[0],1,ftype,"experiment") - 1;
 311     newparam->orires.label = round_check(old[1],1,ftype,"label");
 312     newparam->orires.power = round_check(old[2],0,ftype,"power");
 313     newparam->orires.c     = old[3];
 314     newparam->orires.obs   = old[4];
 315     newparam->orires.kfac  = old[5];
 316     break;
 317   case F_DIHRES:
 318     newparam->dihres.phiA  = old[0];
 319     newparam->dihres.dphiA = old[1];
 320     newparam->dihres.kfacA = old[2];
 321     newparam->dihres.phiB   = old[3];
 322     newparam->dihres.dphiB  = old[4];
 323     newparam->dihres.kfacB  = old[5];
 324     break;
 325   case F_RBDIHS:
 326     for (i=0; (i<NR_RBDIHS); i++) {
 327       newparam->rbdihs.rbcA[i]=old[i];
 328       newparam->rbdihs.rbcB[i]=old[NR_RBDIHS+i];
 329     }
 330     break;
 331   case F_FOURDIHS:
 332     /* Read the dihedral parameters to temporary arrays,
 333      * and convert them to the computationally faster
 334      * Ryckaert-Bellemans form.
 335      */
 336     /* Use conversion formula for OPLS to Ryckaert-Bellemans: */
 337     newparam->rbdihs.rbcA[0]=old[1]+0.5*(old[0]+old[2]);
 338     newparam->rbdihs.rbcA[1]=0.5*(3.0*old[2]-old[0]);
 339     newparam->rbdihs.rbcA[2]=4.0*old[3]-old[1];
 340     newparam->rbdihs.rbcA[3]=-2.0*old[2];
 341     newparam->rbdihs.rbcA[4]=-4.0*old[3];
 342     newparam->rbdihs.rbcA[5]=0.0;
 343
 344     newparam->rbdihs.rbcB[0]=old[NR_FOURDIHS+1]+0.5*(old[NR_FOURDIHS+0]+old[NR_FOURDIHS+2]);
 345     newparam->rbdihs.rbcB[1]=0.5*(3.0*old[NR_FOURDIHS+2]-old[NR_FOURDIHS+0]);
 346     newparam->rbdihs.rbcB[2]=4.0*old[NR_FOURDIHS+3]-old[NR_FOURDIHS+1];
 347     newparam->rbdihs.rbcB[3]=-2.0*old[NR_FOURDIHS+2];
 348     newparam->rbdihs.rbcB[4]=-4.0*old[NR_FOURDIHS+3];
 349     newparam->rbdihs.rbcB[5]=0.0;
 350     break;
 351   case F_CONSTR:
 352   case F_CONSTRNC:
 353     newparam->constr.dA = old[0];
 354     newparam->constr.dB = old[1];
 355     break;
 356   case F_SETTLE:
 357     newparam->settle.doh=old[0];
 358     newparam->settle.dhh=old[1];
 359     break;
 360   case F_VSITE2:
 361   case F_VSITE3:
 362   case F_VSITE3FD:
 363   case F_VSITE3OUT:
 364   case F_VSITE4FD:
 365   case F_VSITE4FDN:
 366     newparam->vsite.a=old[0];
 367     newparam->vsite.b=old[1];
 368     newparam->vsite.c=old[2];
 369     newparam->vsite.d=old[3];
 370     newparam->vsite.e=old[4];
 371     newparam->vsite.f=old[5];
 372     break;
 373   case F_VSITE3FAD:
 374     newparam->vsite.a=old[1] * cos(DEG2RAD * old[0]);
 375     newparam->vsite.b=old[1] * sin(DEG2RAD * old[0]);
 376     newparam->vsite.c=old[2];
 377     newparam->vsite.d=old[3];
 378     newparam->vsite.e=old[4];
 379     newparam->vsite.f=old[5];
 380     break;
 381   case F_VSITEN:
 382     newparam->vsiten.n = round_check(old[0],1,ftype,"number of atoms");
 383     newparam->vsiten.a = old[1];
 384     break;
 385   case F_CMAP:
 386     newparam->cmap.cmapA=old[0];
 387     newparam->cmap.cmapB=old[1];
 388     break;
 389   case F_GB12:
 390   case F_GB13:
 391   case F_GB14:
 392     newparam->gb.sar  = old[0];
 393     newparam->gb.st   = old[1];
 394     newparam->gb.pi   = old[2];
 395     newparam->gb.gbr  = old[3];
 396     newparam->gb.bmlt = old[4];
 397     break;
 398   default:
 399     gmx_fatal(FARGS,"unknown function type %d in %s line %d",
 400               ftype,__FILE__,__LINE__);
 401   }
 402 }
 403
 404 static int enter_params(gmx_ffparams_t *ffparams, t_functype ftype,
 405                         real forceparams[MAXFORCEPARAM],int comb,real reppow,
 406                         int start,gmx_bool bAppend)
 407 {
 408   t_iparams newparam;
 409   int       type;
 410
 411   assign_param(ftype,&newparam,forceparams,comb,reppow);
 412   if (!bAppend) {
 413     for (type=start; (type<ffparams->ntypes); type++) {
 414       if (ffparams->functype[type]==ftype) {
 415         if (F_GB13 == ftype) {
 416           /* Occasionally, the way the 1-3 reference distance is
 417            * computed can lead to non-binary-identical results, but I
 418            * don't know why. */
 419           if ((gmx_within_tol(newparam.gb.sar,  ffparams->iparams[type].gb.sar,  1e-6)) &&
 420               (gmx_within_tol(newparam.gb.st,   ffparams->iparams[type].gb.st,   1e-6)) &&
 421               (gmx_within_tol(newparam.gb.pi,   ffparams->iparams[type].gb.pi,   1e-6)) &&
 422               (gmx_within_tol(newparam.gb.gbr,  ffparams->iparams[type].gb.gbr,  1e-6)) &&
 423               (gmx_within_tol(newparam.gb.bmlt, ffparams->iparams[type].gb.bmlt, 1e-6))) {
 424             return type;
 425           }
 426         }
 427         else {
 428         if (memcmp(&newparam,&ffparams->iparams[type],(size_t)sizeof(newparam)) == 0)
 429           return type;
 430         }
 431       }
 432     }
 433   }
 434   else {
 435     type = ffparams->ntypes;
 436   }
 437   if (debug)
 438     fprintf(debug,"copying newparam to ffparams->iparams[%d] (ntypes=%d)\n",
 439             type,ffparams->ntypes);
 440   memcpy(&ffparams->iparams[type],&newparam,(size_t)sizeof(newparam));
 441
 442   ffparams->ntypes++;
 443   ffparams->functype[type]=ftype;
 444
 445   return type;
 446 }
 447
 448 static void append_interaction(t_ilist *ilist,
 449                                int type,int nral,atom_id a[MAXATOMLIST])
 450 {
 451   int i,where1;
 452
 453   where1     = ilist->nr;
 454   ilist->nr += nral+1;
 455
 456   ilist->iatoms[where1++]=type;
 457   for (i=0; (i<nral); i++)
 458     ilist->iatoms[where1++]=a[i];
 459 }
 460
 461 static void enter_function(t_params *p,t_functype ftype,int comb,real reppow,
 462                            gmx_ffparams_t *ffparams,t_ilist *il,
 463                            int *maxtypes,
 464                            gmx_bool bNB,gmx_bool bAppend)
 465 {
 466   int     k,type,nr,nral,delta,start;
 467
 468   start = ffparams->ntypes;
 469   nr    = p->nr;
 470
 471   for (k=0; k<nr; k++) {
 472     if (*maxtypes <= ffparams->ntypes) {
 473       *maxtypes += 1000;
 474       srenew(ffparams->functype,*maxtypes);
 475       srenew(ffparams->iparams, *maxtypes);
 476       if (debug)
 477         fprintf(debug,"%s, line %d: srenewed idef->functype and idef->iparams to %d\n",
 478                 __FILE__,__LINE__,*maxtypes);
 479     }
 480     type = enter_params(ffparams,ftype,p->param[k].c,comb,reppow,start,bAppend);
 481     if (!bNB) {
 482       nral  = NRAL(ftype);
 483       delta = nr*(nral+1);
 484       srenew(il->iatoms,il->nr+delta);
 485       append_interaction(il,type,nral,p->param[k].a);
 486     }
 487   }
 488 }
 489
 490 void convert_params(int atnr,t_params nbtypes[],
 491                     t_molinfo *mi,int comb,double reppow,real fudgeQQ,
 492                     gmx_mtop_t *mtop)
 493 {
 494   int    i,j,maxtypes,mt;
 495   unsigned long  flags;
 496   gmx_ffparams_t *ffp;
 497   gmx_moltype_t *molt;
 498   t_params *plist;
 499
 500   maxtypes=0;
 501
 502   ffp = &mtop->ffparams;
 503   ffp->ntypes   = 0;
 504   ffp->atnr     = atnr;
 505   ffp->functype = NULL;
 506   ffp->iparams  = NULL;
 507   ffp->reppow   = reppow;
 508
 509   enter_function(&(nbtypes[F_LJ]),  (t_functype)F_LJ,    comb,reppow,ffp,NULL,
 510                  &maxtypes,TRUE,TRUE);
 511   enter_function(&(nbtypes[F_BHAM]),(t_functype)F_BHAM,  comb,reppow,ffp,NULL,
 512                  &maxtypes,TRUE,TRUE);
 513
 514   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
 515     molt = &mtop->moltype[mt];
 516     for(i=0; (i<F_NRE); i++) {
 517       molt->ilist[i].nr     = 0;
 518       molt->ilist[i].iatoms = NULL;
 519
 520       plist = mi[mt].plist;
 521
 522       flags = interaction_function[i].flags;
 523       if ((i != F_LJ) && (i != F_BHAM) && ((flags & IF_BOND) ||
 524                                            (flags & IF_VSITE) ||
 525                                            (flags & IF_CONSTRAINT))) {
 526         enter_function(&(plist[i]),(t_functype)i,comb,reppow,
 527                        ffp,&molt->ilist[i],
 528                        &maxtypes,FALSE,(i == F_POSRES  || i == F_FBPOSRES));
 529       }
 530     }
 531   }
 532   if (debug) {
 533     fprintf(debug,"%s, line %d: There are %d functypes in idef\n",
 534             __FILE__,__LINE__,ffp->ntypes);
 535   }
 536
 537   ffp->fudgeQQ = fudgeQQ;
 538 }