src/programs/gmx/tpbcmp.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <math.h>
  43 #include <stdio.h>
  44 #include <string.h>
  45 #include "main.h"
  46 #include "macros.h"
  47 #include "smalloc.h"
  48 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  49 #include "statutil.h"
  50 #include "sysstuff.h"
  51 #include "txtdump.h"
  52 #include "gmx_fatal.h"
  53 #include "names.h"
  54 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  55 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  56 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  57 #include "mtop_util.h"
  58 #include "string2.h"
  59
  60 static void cmp_int(FILE *fp, const char *s, int index, int i1, int i2)
  61 {
  62     if (i1 != i2)
  63     {
  64         if (index != -1)
  65         {
  66             fprintf(fp, "%s[%d] (%d - %d)\n", s, index, i1, i2);
  67         }
  68         else
  69         {
  70             fprintf(fp, "%s (%d - %d)\n", s, i1, i2);
  71         }
  72     }
  73 }
  74
  75 static void cmp_gmx_large_int(FILE *fp, const char *s, gmx_large_int_t i1, gmx_large_int_t i2)
  76 {
  77     if (i1 != i2)
  78     {
  79         fprintf(fp, "%s (", s);
  80         fprintf(fp, gmx_large_int_pfmt, i1);
  81         fprintf(fp, " - ");
  82         fprintf(fp, gmx_large_int_pfmt, i2);
  83         fprintf(fp, ")\n");
  84     }
  85 }
  86
  87 static void cmp_us(FILE *fp, const char *s, int index, unsigned short i1, unsigned short i2)
  88 {
  89     if (i1 != i2)
  90     {
  91         if (index != -1)
  92         {
  93             fprintf(fp, "%s[%d] (%u - %u)\n", s, index, i1, i2);
  94         }
  95         else
  96         {
  97             fprintf(fp, "%s (%u - %u)\n", s, i1, i2);
  98         }
  99     }
 100 }
 101
 102 static void cmp_uc(FILE *fp, const char *s, int index, unsigned char i1, unsigned char i2)
 103 {
 104     if (i1 != i2)
 105     {
 106         if (index != -1)
 107         {
 108             fprintf(fp, "%s[%d] (%d - %d)\n", s, index, i1, i2);
 109         }
 110         else
 111         {
 112             fprintf(fp, "%s (%d - %d)\n", s, i1, i2);
 113         }
 114     }
 115 }
 116
 117 static gmx_bool cmp_bool(FILE *fp, const char *s, int index, gmx_bool b1, gmx_bool b2)
 118 {
 119     if (b1)
 120     {
 121         b1 = 1;
 122     }
 123     else
 124     {
 125         b1 = 0;
 126     }
 127     if (b2)
 128     {
 129         b2 = 1;
 130     }
 131     else
 132     {
 133         b2 = 0;
 134     }
 135     if (b1 != b2)
 136     {
 137         if (index != -1)
 138         {
 139             fprintf(fp, "%s[%d] (%s - %s)\n", s, index,
 140                     bool_names[b1], bool_names[b2]);
 141         }
 142         else
 143         {
 144             fprintf(fp, "%s (%s - %s)\n", s,
 145                     bool_names[b1], bool_names[b2]);
 146         }
 147     }
 148     return b1 && b2;
 149 }
 150
 151 static void cmp_str(FILE *fp, const char *s, int index,
 152                     const char *s1, const char *s2)
 153 {
 154     if (strcmp(s1, s2) != 0)
 155     {
 156         if (index != -1)
 157         {
 158             fprintf(fp, "%s[%d] (%s - %s)\n", s, index, s1, s2);
 159         }
 160         else
 161         {
 162             fprintf(fp, "%s (%s - %s)\n", s, s1, s2);
 163         }
 164     }
 165 }
 166
 167 static gmx_bool equal_real(real i1, real i2, real ftol, real abstol)
 168 {
 169     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 170 }
 171
 172 static gmx_bool equal_float(float i1, float i2, float ftol, float abstol)
 173 {
 174     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 175 }
 176
 177 static gmx_bool equal_double(double i1, double i2, real ftol, real abstol)
 178 {
 179     return ( ( 2*fabs(i1 - i2) <= (fabs(i1) + fabs(i2))*ftol ) || fabs(i1-i2) <= abstol );
 180 }
 181
 182 static void
 183 cmp_real(FILE *fp, const char *s, int index, real i1, real i2, real ftol, real abstol)
 184 {
 185     if (!equal_real(i1, i2, ftol, abstol))
 186     {
 187         if (index != -1)
 188         {
 189             fprintf(fp, "%s[%2d] (%e - %e)\n", s, index, i1, i2);
 190         }
 191         else
 192         {
 193             fprintf(fp, "%s (%e - %e)\n", s, i1, i2);
 194         }
 195     }
 196 }
 197
 198 static void
 199 cmp_float(FILE *fp, const char *s, int index, float i1, float i2, float ftol, float abstol)
 200 {
 201     if (!equal_float(i1, i2, ftol, abstol))
 202     {
 203         if (index != -1)
 204         {
 205             fprintf(fp, "%s[%2d] (%e - %e)\n", s, index, i1, i2);
 206         }
 207         else
 208         {
 209             fprintf(fp, "%s (%e - %e)\n", s, i1, i2);
 210         }
 211     }
 212 }
 213
 214
 215
 216 static void
 217 cmp_double(FILE *fp, const char *s, int index, double i1, double i2, double ftol, double abstol)
 218 {
 219     if (!equal_double(i1, i2, ftol, abstol))
 220     {
 221         if (index != -1)
 222         {
 223             fprintf(fp, "%s[%2d] (%16.9e - %16.9e)\n", s, index, i1, i2);
 224         }
 225         else
 226         {
 227             fprintf(fp, "%s (%16.9e - %16.9e)\n", s, i1, i2);
 228         }
 229     }
 230 }
 231
 232 static void cmp_rvec(FILE *fp, const char *s, int index, rvec i1, rvec i2, real ftol, real abstol)
 233 {
 234     if (!equal_real(i1[XX], i2[XX], ftol, abstol) ||
 235         !equal_real(i1[YY], i2[YY], ftol, abstol) ||
 236         !equal_real(i1[ZZ], i2[ZZ], ftol, abstol))
 237     {
 238         if (index != -1)
 239         {
 240             fprintf(fp, "%s[%5d] (%12.5e %12.5e %12.5e) - (%12.5e %12.5e %12.5e)\n",
 241                     s, index, i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 242         }
 243         else
 244         {
 245             fprintf(fp, "%s (%12.5e %12.5e %12.5e) - (%12.5e %12.5e %12.5e)\n",
 246                     s, i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 247         }
 248     }
 249 }
 250
 251 static void cmp_ivec(FILE *fp, const char *s, int index, ivec i1, ivec i2)
 252 {
 253     if ((i1[XX] != i2[XX]) || (i1[YY] != i2[YY]) || (i1[ZZ] != i2[ZZ]))
 254     {
 255         if (index != -1)
 256         {
 257             fprintf(fp, "%s[%5d] (%8d,%8d,%8d - %8d,%8d,%8d)\n", s, index,
 258                     i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 259         }
 260         else
 261         {
 262             fprintf(fp, "%s (%8d,%8d,%8d - %8d,%8d,%8d)\n", s,
 263                     i1[XX], i1[YY], i1[ZZ], i2[XX], i2[YY], i2[ZZ]);
 264         }
 265     }
 266 }
 267
 268 static void cmp_ilist(FILE *fp, int ftype, t_ilist *il1, t_ilist *il2)
 269 {
 270     int  i;
 271     char buf[256];
 272
 273     fprintf(fp, "comparing ilist %s\n", interaction_function[ftype].name);
 274     sprintf(buf, "%s->nr", interaction_function[ftype].name);
 275     cmp_int(fp, buf, -1, il1->nr, il2->nr);
 276     sprintf(buf, "%s->iatoms", interaction_function[ftype].name);
 277     if (((il1->nr > 0) && (!il1->iatoms)) ||
 278         ((il2->nr > 0) && (!il2->iatoms)) ||
 279         ((il1->nr != il2->nr)))
 280     {
 281         fprintf(fp, "Comparing radically different topologies - %s is different\n",
 282                 buf);
 283     }
 284     else
 285     {
 286         for (i = 0; (i < il1->nr); i++)
 287         {
 288             cmp_int(fp, buf, i, il1->iatoms[i], il2->iatoms[i]);
 289         }
 290     }
 291 }
 292
 293 void cmp_iparm(FILE *fp, const char *s, t_functype ft,
 294                t_iparams ip1, t_iparams ip2, real ftol, real abstol)
 295 {
 296     int      i;
 297     gmx_bool bDiff;
 298
 299     bDiff = FALSE;
 300     for (i = 0; i < MAXFORCEPARAM && !bDiff; i++)
 301     {
 302         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[i], ip2.generic.buf[i], ftol, abstol);
 303     }
 304     if (bDiff)
 305     {
 306         fprintf(fp, "%s1: ", s);
 307         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 308         fprintf(fp, "%s2: ", s);
 309         pr_iparams(fp, ft, &ip2);
 310     }
 311 }
 312
 313 void cmp_iparm_AB(FILE *fp, const char *s, t_functype ft, t_iparams ip1, real ftol, real abstol)
 314 {
 315     int      nrfpA, nrfpB, p0, i;
 316     gmx_bool bDiff;
 317
 318     /* Normally the first parameter is perturbable */
 319     p0    = 0;
 320     nrfpA = interaction_function[ft].nrfpA;
 321     nrfpB = interaction_function[ft].nrfpB;
 322     if (ft == F_PDIHS)
 323     {
 324         nrfpB = 2;
 325     }
 326     else if (interaction_function[ft].flags & IF_TABULATED)
 327     {
 328         /* For tabulated interactions only the second parameter is perturbable */
 329         p0    = 1;
 330         nrfpB = 1;
 331     }
 332     bDiff = FALSE;
 333     for (i = 0; i < nrfpB && !bDiff; i++)
 334     {
 335         bDiff = !equal_real(ip1.generic.buf[p0+i], ip1.generic.buf[nrfpA+i], ftol, abstol);
 336     }
 337     if (bDiff)
 338     {
 339         fprintf(fp, "%s: ", s);
 340         pr_iparams(fp, ft, &ip1);
 341     }
 342 }
 343
 344 static void cmp_idef(FILE *fp, t_idef *id1, t_idef *id2, real ftol, real abstol)
 345 {
 346     int  i;
 347     char buf1[64], buf2[64];
 348
 349     fprintf(fp, "comparing idef\n");
 350     if (id2)
 351     {
 352         cmp_int(fp, "idef->ntypes", -1, id1->ntypes, id2->ntypes);
 353         cmp_int(fp, "idef->atnr",  -1, id1->atnr, id2->atnr);
 354         for (i = 0; (i < id1->ntypes); i++)
 355         {
 356             sprintf(buf1, "idef->functype[%d]", i);
 357             sprintf(buf2, "idef->iparam[%d]", i);
 358             cmp_int(fp, buf1, i, (int)id1->functype[i], (int)id2->functype[i]);
 359             cmp_iparm(fp, buf2, id1->functype[i],
 360                       id1->iparams[i], id2->iparams[i], ftol, abstol);
 361         }
 362         cmp_real(fp, "fudgeQQ", -1, id1->fudgeQQ, id2->fudgeQQ, ftol, abstol);
 363         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 364         {
 365             cmp_ilist(fp, i, &(id1->il[i]), &(id2->il[i]));
 366         }
 367     }
 368     else
 369     {
 370         for (i = 0; (i < id1->ntypes); i++)
 371         {
 372             cmp_iparm_AB(fp, "idef->iparam", id1->functype[i], id1->iparams[i], ftol, abstol);
 373         }
 374     }
 375 }
 376
 377 static void cmp_block(FILE *fp, t_block *b1, t_block *b2, const char *s)
 378 {
 379     int  i, j, k;
 380     char buf[32];
 381
 382     fprintf(fp, "comparing block %s\n", s);
 383     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 384     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 385 }
 386
 387 static void cmp_blocka(FILE *fp, t_blocka *b1, t_blocka *b2, const char *s)
 388 {
 389     int  i, j, k;
 390     char buf[32];
 391
 392     fprintf(fp, "comparing blocka %s\n", s);
 393     sprintf(buf, "%s.nr", s);
 394     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nr, b2->nr);
 395     sprintf(buf, "%s.nra", s);
 396     cmp_int(fp, buf, -1, b1->nra, b2->nra);
 397 }
 398
 399 static void cmp_atom(FILE *fp, int index, t_atom *a1, t_atom *a2, real ftol, real abstol)
 400 {
 401     int  i;
 402     char buf[256];
 403
 404     if (a2)
 405     {
 406         cmp_us(fp, "atom.type", index, a1->type, a2->type);
 407         cmp_us(fp, "atom.ptype", index, a1->ptype, a2->ptype);
 408         cmp_int(fp, "atom.resind", index, a1->resind, a2->resind);
 409         cmp_int(fp, "atom.atomnumber", index, a1->atomnumber, a2->atomnumber);
 410         cmp_real(fp, "atom.m", index, a1->m, a2->m, ftol, abstol);
 411         cmp_real(fp, "atom.q", index, a1->q, a2->q, ftol, abstol);
 412         cmp_us(fp, "atom.typeB", index, a1->typeB, a2->typeB);
 413         cmp_real(fp, "atom.mB", index, a1->mB, a2->mB, ftol, abstol);
 414         cmp_real(fp, "atom.qB", index, a1->qB, a2->qB, ftol, abstol);
 415     }
 416     else
 417     {
 418         cmp_us(fp, "atom.type", index, a1->type, a1->typeB);
 419         cmp_real(fp, "atom.m", index, a1->m, a1->mB, ftol, abstol);
 420         cmp_real(fp, "atom.q", index, a1->q, a1->qB, ftol, abstol);
 421     }
 422 }
 423
 424 static void cmp_atoms(FILE *fp, t_atoms *a1, t_atoms *a2, real ftol, real abstol)
 425 {
 426     int i;
 427
 428     fprintf(fp, "comparing atoms\n");
 429
 430     if (a2)
 431     {
 432         cmp_int(fp, "atoms->nr", -1, a1->nr, a2->nr);
 433         for (i = 0; (i < a1->nr); i++)
 434         {
 435             cmp_atom(fp, i, &(a1->atom[i]), &(a2->atom[i]), ftol, abstol);
 436         }
 437     }
 438     else
 439     {
 440         for (i = 0; (i < a1->nr); i++)
 441         {
 442             cmp_atom(fp, i, &(a1->atom[i]), NULL, ftol, abstol);
 443         }
 444     }
 445 }
 446
 447 static void cmp_top(FILE *fp, t_topology *t1, t_topology *t2, real ftol, real abstol)
 448 {
 449     int i;
 450
 451     fprintf(fp, "comparing top\n");
 452     if (t2)
 453     {
 454         cmp_idef(fp, &(t1->idef), &(t2->idef), ftol, abstol);
 455         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), &(t2->atoms), ftol, abstol);
 456         cmp_block(fp, &t1->cgs, &t2->cgs, "cgs");
 457         cmp_block(fp, &t1->mols, &t2->mols, "mols");
 458         cmp_blocka(fp, &t1->excls, &t2->excls, "excls");
 459     }
 460     else
 461     {
 462         cmp_idef(fp, &(t1->idef), NULL, ftol, abstol);
 463         cmp_atoms(fp, &(t1->atoms), NULL, ftol, abstol);
 464     }
 465 }
 466
 467 static void cmp_groups(FILE *fp, gmx_groups_t *g0, gmx_groups_t *g1,
 468                        int natoms0, int natoms1)
 469 {
 470     int  i, j, ndiff;
 471     char buf[32];
 472
 473     fprintf(fp, "comparing groups\n");
 474
 475     for (i = 0; i < egcNR; i++)
 476     {
 477         sprintf(buf, "grps[%d].nr", i);
 478         cmp_int(fp, buf, -1, g0->grps[i].nr, g1->grps[i].nr);
 479         if (g0->grps[i].nr == g1->grps[i].nr)
 480         {
 481             for (j = 0; j < g0->grps[i].nr; j++)
 482             {
 483                 sprintf(buf, "grps[%d].name[%d]", i, j);
 484                 cmp_str(fp, buf, -1,
 485                         *g0->grpname[g0->grps[i].nm_ind[j]],
 486                         *g1->grpname[g1->grps[i].nm_ind[j]]);
 487             }
 488         }
 489         cmp_int(fp, "ngrpnr", i, g0->ngrpnr[i], g1->ngrpnr[i]);
 490         if (g0->ngrpnr[i] == g1->ngrpnr[i] && natoms0 == natoms1 &&
 491             (g0->grpnr[i] != NULL || g1->grpnr[i] != NULL))
 492         {
 493             for (j = 0; j < natoms0; j++)
 494             {
 495                 cmp_int(fp, gtypes[i], j, ggrpnr(g0, i, j), ggrpnr(g1, i, j));
 496             }
 497         }
 498     }
 499     /* We have compared the names in the groups lists,
 500      * so we can skip the grpname list comparison.
 501      */
 502 }
 503
 504 static void cmp_rvecs(FILE *fp, const char *title, int n, rvec x1[], rvec x2[],
 505                       gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 506 {
 507     int    i, m;
 508     double d, ssd;
 509
 510     if (bRMSD)
 511     {
 512         ssd = 0;
 513         for (i = 0; (i < n); i++)
 514         {
 515             for (m = 0; m < DIM; m++)
 516             {
 517                 d    = x1[i][m] - x2[i][m];
 518                 ssd += d*d;
 519             }
 520         }
 521         fprintf(fp, "%s RMSD %g\n", title, sqrt(ssd/n));
 522     }
 523     else
 524     {
 525         for (i = 0; (i < n); i++)
 526         {
 527             cmp_rvec(fp, title, i, x1[i], x2[i], ftol, abstol);
 528         }
 529     }
 530 }
 531
 532
 533 /* Similar to cmp_rvecs, but this routine scales the allowed absolute tolerance
 534  * by the RMS of the force components of x1.
 535  */
 536 static void cmp_rvecs_rmstol(FILE *fp, const char *title, int n, rvec x1[], rvec x2[],
 537                              real ftol, real abstol)
 538 {
 539     int    i, m;
 540     double d;
 541     double ave_x1, rms_x1;
 542
 543     /* It is tricky to compare real values, in particular forces that
 544      * are sums of lots of terms where the final value might be close to 0.0.
 545      * To get a reference magnitude we calculate the RMS value of each
 546      * component in x1, and then set the allowed absolute tolerance to the
 547      * relative tolerance times this RMS magnitude.
 548      */
 549     ave_x1 = 0.0;
 550     for (i = 0; i < n; i++)
 551     {
 552         for (m = 0; m < DIM; m++)
 553         {
 554             ave_x1 += x1[i][m];
 555         }
 556     }
 557     ave_x1 /= n*DIM;
 558
 559     rms_x1 = 0.0;
 560     for (i = 0; (i < n); i++)
 561     {
 562         for (m = 0; m < DIM; m++)
 563         {
 564             d       = x1[i][m] - ave_x1;
 565             rms_x1 += d*d;
 566         }
 567     }
 568     rms_x1 = sqrt(rms_x1/(DIM*n));
 569     /* And now do the actual comparision with a hopefully realistic abstol. */
 570     for (i = 0; (i < n); i++)
 571     {
 572         cmp_rvec(fp, title, i, x1[i], x2[i], ftol, abstol*rms_x1);
 573     }
 574 }
 575
 576 static void cmp_grpopts(FILE *fp, t_grpopts *opt1, t_grpopts *opt2, real ftol, real abstol)
 577 {
 578     int  i, j;
 579     char buf1[256], buf2[256];
 580
 581     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngtc", -1,  opt1->ngtc, opt2->ngtc);
 582     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngacc", -1, opt1->ngacc, opt2->ngacc);
 583     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngfrz", -1, opt1->ngfrz, opt2->ngfrz);
 584     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngener", -1, opt1->ngener, opt2->ngener);
 585     for (i = 0; (i < min(opt1->ngtc, opt2->ngtc)); i++)
 586     {
 587         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.nrdf", i, opt1->nrdf[i], opt2->nrdf[i], ftol, abstol);
 588         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.ref_t", i, opt1->ref_t[i], opt2->ref_t[i], ftol, abstol);
 589         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.tau_t", i, opt1->tau_t[i], opt2->tau_t[i], ftol, abstol);
 590         cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.annealing", i, opt1->annealing[i], opt2->annealing[i]);
 591         cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.anneal_npoints", i,
 592                 opt1->anneal_npoints[i], opt2->anneal_npoints[i]);
 593         if (opt1->anneal_npoints[i] == opt2->anneal_npoints[i])
 594         {
 595             sprintf(buf1, "inputrec->grpopts.anneal_time[%d]", i);
 596             sprintf(buf2, "inputrec->grpopts.anneal_temp[%d]", i);
 597             for (j = 0; j < opt1->anneal_npoints[i]; j++)
 598             {
 599                 cmp_real(fp, buf1, j, opt1->anneal_time[i][j], opt2->anneal_time[i][j], ftol, abstol);
 600                 cmp_real(fp, buf2, j, opt1->anneal_temp[i][j], opt2->anneal_temp[i][j], ftol, abstol);
 601             }
 602         }
 603     }
 604     if (opt1->ngener == opt2->ngener)
 605     {
 606         for (i = 0; i < opt1->ngener; i++)
 607         {
 608             for (j = i; j < opt1->ngener; j++)
 609             {
 610                 sprintf(buf1, "inputrec->grpopts.egp_flags[%d]", i);
 611                 cmp_int(fp, buf1, j,
 612                         opt1->egp_flags[opt1->ngener*i+j],
 613                         opt2->egp_flags[opt1->ngener*i+j]);
 614             }
 615         }
 616     }
 617     for (i = 0; (i < min(opt1->ngacc, opt2->ngacc)); i++)
 618     {
 619         cmp_rvec(fp, "inputrec->grpopts.acc", i, opt1->acc[i], opt2->acc[i], ftol, abstol);
 620     }
 621     for (i = 0; (i < min(opt1->ngfrz, opt2->ngfrz)); i++)
 622     {
 623         cmp_ivec(fp, "inputrec->grpopts.nFreeze", i, opt1->nFreeze[i], opt2->nFreeze[i]);
 624     }
 625 }
 626
 627 static void cmp_cosines(FILE *fp, const char *s, t_cosines c1[DIM], t_cosines c2[DIM], real ftol, real abstol)
 628 {
 629     int  i, m;
 630     char buf[256];
 631
 632     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 633     {
 634         sprintf(buf, "inputrec->%s[%d]", s, m);
 635         cmp_int(fp, buf, 0, c1->n, c2->n);
 636         for (i = 0; (i < min(c1->n, c2->n)); i++)
 637         {
 638             cmp_real(fp, buf, i, c1->a[i], c2->a[i], ftol, abstol);
 639             cmp_real(fp, buf, i, c1->phi[i], c2->phi[i], ftol, abstol);
 640         }
 641     }
 642 }
 643 static void cmp_adress(FILE *fp, t_adress *ad1, t_adress *ad2,
 644                        real ftol, real abstol)
 645 {
 646     cmp_int(fp, "ir->adress->type", -1, ad1->type, ad2->type);
 647     cmp_real(fp, "ir->adress->const_wf", -1, ad1->const_wf, ad2->const_wf, ftol, abstol);
 648     cmp_real(fp, "ir->adress->ex_width", -1, ad1->ex_width, ad2->ex_width, ftol, abstol);
 649     cmp_real(fp, "ir->adress->hy_width", -1, ad1->hy_width, ad2->hy_width, ftol, abstol);
 650     cmp_int(fp, "ir->adress->icor", -1, ad1->icor, ad2->icor);
 651     cmp_int(fp, "ir->adress->site", -1, ad1->site, ad2->site);
 652     cmp_rvec(fp, "ir->adress->refs", -1, ad1->refs, ad2->refs, ftol, abstol);
 653     cmp_real(fp, "ir->adress->ex_forcecap", -1, ad1->ex_forcecap, ad2->ex_forcecap, ftol, abstol);
 654 }
 655
 656 static void cmp_pull(FILE *fp)
 657 {
 658     fprintf(fp, "WARNING: Both files use COM pulling, but comparing of the pull struct is not implemented (yet). The pull parameters could be the same or different.\n");
 659 }
 660
 661 static void cmp_simtempvals(FILE *fp, t_simtemp *simtemp1, t_simtemp *simtemp2, int n_lambda, real ftol, real abstol)
 662 {
 663     int i;
 664     cmp_int(fp, "inputrec->simtempvals->eSimTempScale", -1, simtemp1->eSimTempScale, simtemp2->eSimTempScale);
 665     cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->simtemp_high", -1, simtemp1->simtemp_high, simtemp2->simtemp_high, ftol, abstol);
 666     cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->simtemp_low", -1, simtemp1->simtemp_low, simtemp2->simtemp_low, ftol, abstol);
 667     for (i = 0; i < n_lambda; i++)
 668     {
 669         cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->temperatures", -1, simtemp1->temperatures[i], simtemp2->temperatures[i], ftol, abstol);
 670     }
 671 }
 672
 673 static void cmp_expandedvals(FILE *fp, t_expanded *expand1, t_expanded *expand2, int n_lambda, real ftol, real abstol)
 674 {
 675     int i;
 676
 677     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bInit_weights", -1, expand1->bInit_weights, expand2->bInit_weights);
 678     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bWLoneovert", -1, expand1->bWLoneovert, expand2->bWLoneovert);
 679
 680     for (i = 0; i < n_lambda; i++)
 681     {
 682         cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->init_lambda_weights", -1,
 683                  expand1->init_lambda_weights[i], expand2->init_lambda_weights[i], ftol, abstol);
 684     }
 685
 686     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-stats", -1, expand1->elamstats, expand2->elamstats);
 687     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-mc-move", -1, expand1->elmcmove, expand2->elmcmove);
 688     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-repeats", -1, expand1->lmc_repeats, expand2->lmc_repeats);
 689     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-gibbsdelta", -1, expand1->gibbsdeltalam, expand2->gibbsdeltalam);
 690     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-forced-nstart", -1, expand1->lmc_forced_nstart, expand2->lmc_forced_nstart);
 691     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-weights-equil", -1, expand1->elmceq, expand2->elmceq);
 692     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->,weight-equil-number-all-lambda", -1, expand1->equil_n_at_lam, expand2->equil_n_at_lam);
 693     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-number-samples", -1, expand1->equil_samples, expand2->equil_samples);
 694     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-number-steps", -1, expand1->equil_steps, expand2->equil_steps);
 695     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-wl-delta", -1, expand1->equil_wl_delta, expand2->equil_wl_delta, ftol, abstol);
 696     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-count-ratio", -1, expand1->equil_ratio, expand2->equil_ratio, ftol, abstol);
 697     cmp_bool(fp, "inputrec->expandedvals->symmetrized-transition-matrix", -1, expand1->bSymmetrizedTMatrix, expand2->bSymmetrizedTMatrix);
 698     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->nstTij", -1, expand1->nstTij, expand2->nstTij);
 699     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->mininum-var-min", -1, expand1->minvarmin, expand2->minvarmin); /*default is reasonable */
 700     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-c-range", -1, expand1->c_range, expand2->c_range);      /* default is just C=0 */
 701     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->wl-scale", -1, expand1->wl_scale, expand2->wl_scale, ftol, abstol);
 702     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->init-wl-delta", -1, expand1->init_wl_delta, expand2->init_wl_delta, ftol, abstol);
 703     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->wl-ratio", -1, expand1->wl_ratio, expand2->wl_ratio, ftol, abstol);
 704     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->nstexpanded", -1, expand1->nstexpanded, expand2->nstexpanded);
 705     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-seed", -1, expand1->lmc_seed, expand2->lmc_seed);
 706     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->mc-temperature", -1, expand1->mc_temp, expand2->mc_temp, ftol, abstol);
 707 }
 708
 709 static void cmp_fepvals(FILE *fp, t_lambda *fep1, t_lambda *fep2, real ftol, real abstol)
 710 {
 711     int i, j;
 712     cmp_int(fp, "inputrec->nstdhdl", -1, fep1->nstdhdl, fep2->nstdhdl);
 713     cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->init_fep_state", -1, fep1->init_fep_state, fep2->init_fep_state, ftol, abstol);
 714     cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->delta_lambda", -1, fep1->delta_lambda, fep2->delta_lambda, ftol, abstol);
 715     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->n_lambda", -1, fep1->n_lambda, fep2->n_lambda);
 716     for (i = 0; i < efptNR; i++)
 717     {
 718         for (j = 0; j < min(fep1->n_lambda, fep2->n_lambda); j++)
 719         {
 720             cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->all_lambda", -1, fep1->all_lambda[i][j], fep2->all_lambda[i][j], ftol, abstol);
 721         }
 722     }
 723     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->lambda_neighbors", 1, fep1->lambda_neighbors,
 724             fep2->lambda_neighbors);
 725     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_alpha", -1, fep1->sc_alpha, fep2->sc_alpha, ftol, abstol);
 726     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->sc_power", -1, fep1->sc_power, fep2->sc_power);
 727     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_r_power", -1, fep1->sc_r_power, fep2->sc_r_power, ftol, abstol);
 728     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_sigma", -1, fep1->sc_sigma, fep2->sc_sigma, ftol, abstol);
 729     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bPrintEnergy", -1, fep1->bPrintEnergy, fep1->bPrintEnergy);
 730     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bScCoul", -1, fep1->bScCoul, fep1->bScCoul);
 731     cmp_int(fp, "inputrec->separate_dhdl_file", -1, fep1->separate_dhdl_file, fep2->separate_dhdl_file);
 732     cmp_int(fp, "inputrec->dhdl_derivatives", -1, fep1->dhdl_derivatives, fep2->dhdl_derivatives);
 733     cmp_int(fp, "inputrec->dh_hist_size", -1, fep1->dh_hist_size, fep2->dh_hist_size);
 734     cmp_double(fp, "inputrec->dh_hist_spacing", -1, fep1->dh_hist_spacing, fep2->dh_hist_spacing, ftol, abstol);
 735 }
 736
 737 static void cmp_inputrec(FILE *fp, t_inputrec *ir1, t_inputrec *ir2, real ftol, real abstol)
 738 {
 739     fprintf(fp, "comparing inputrec\n");
 740
 741     /* gcc 2.96 doesnt like these defines at all, but issues a huge list
 742      * of warnings. Maybe it will change in future versions, but for the
 743      * moment I've spelled them out instead. /EL 000820
 744      * #define CIB(s) cmp_int(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s)
 745      * #define CII(s) cmp_int(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s)
 746      * #define CIR(s) cmp_real(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s,ftol)
 747      */
 748     cmp_int(fp, "inputrec->eI", -1, ir1->eI, ir2->eI);
 749     cmp_gmx_large_int(fp, "inputrec->nsteps", ir1->nsteps, ir2->nsteps);
 750     cmp_gmx_large_int(fp, "inputrec->init_step", ir1->init_step, ir2->init_step);
 751     cmp_int(fp, "inputrec->simulation_part", -1, ir1->simulation_part, ir2->simulation_part);
 752     cmp_int(fp, "inputrec->ePBC", -1, ir1->ePBC, ir2->ePBC);
 753     cmp_int(fp, "inputrec->bPeriodicMols", -1, ir1->bPeriodicMols, ir2->bPeriodicMols);
 754     cmp_int(fp, "inputrec->cutoff_scheme", -1, ir1->cutoff_scheme, ir2->cutoff_scheme);
 755     cmp_int(fp, "inputrec->ns_type", -1, ir1->ns_type, ir2->ns_type);
 756     cmp_int(fp, "inputrec->nstlist", -1, ir1->nstlist, ir2->nstlist);
 757     cmp_int(fp, "inputrec->ndelta", -1, ir1->ndelta, ir2->ndelta);
 758     cmp_int(fp, "inputrec->nstcomm", -1, ir1->nstcomm, ir2->nstcomm);
 759     cmp_int(fp, "inputrec->comm_mode", -1, ir1->comm_mode, ir2->comm_mode);
 760     cmp_int(fp, "inputrec->nstcheckpoint", -1, ir1->nstcheckpoint, ir2->nstcheckpoint);
 761     cmp_int(fp, "inputrec->nstlog", -1, ir1->nstlog, ir2->nstlog);
 762     cmp_int(fp, "inputrec->nstxout", -1, ir1->nstxout, ir2->nstxout);
 763     cmp_int(fp, "inputrec->nstvout", -1, ir1->nstvout, ir2->nstvout);
 764     cmp_int(fp, "inputrec->nstfout", -1, ir1->nstfout, ir2->nstfout);
 765     cmp_int(fp, "inputrec->nstcalcenergy", -1, ir1->nstcalcenergy, ir2->nstcalcenergy);
 766     cmp_int(fp, "inputrec->nstenergy", -1, ir1->nstenergy, ir2->nstenergy);
 767     cmp_int(fp, "inputrec->nstxtcout", -1, ir1->nstxtcout, ir2->nstxtcout);
 768     cmp_double(fp, "inputrec->init_t", -1, ir1->init_t, ir2->init_t, ftol, abstol);
 769     cmp_double(fp, "inputrec->delta_t", -1, ir1->delta_t, ir2->delta_t, ftol, abstol);
 770     cmp_real(fp, "inputrec->xtcprec", -1, ir1->xtcprec, ir2->xtcprec, ftol, abstol);
 771     cmp_real(fp, "inputrec->fourierspacing", -1, ir1->fourier_spacing, ir2->fourier_spacing, ftol, abstol);
 772     cmp_int(fp, "inputrec->nkx", -1, ir1->nkx, ir2->nkx);
 773     cmp_int(fp, "inputrec->nky", -1, ir1->nky, ir2->nky);
 774     cmp_int(fp, "inputrec->nkz", -1, ir1->nkz, ir2->nkz);
 775     cmp_int(fp, "inputrec->pme_order", -1, ir1->pme_order, ir2->pme_order);
 776     cmp_real(fp, "inputrec->ewald_rtol", -1, ir1->ewald_rtol, ir2->ewald_rtol, ftol, abstol);
 777     cmp_int(fp, "inputrec->ewald_geometry", -1, ir1->ewald_geometry, ir2->ewald_geometry);
 778     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_surface", -1, ir1->epsilon_surface, ir2->epsilon_surface, ftol, abstol);
 779     cmp_int(fp, "inputrec->bOptFFT", -1, ir1->bOptFFT, ir2->bOptFFT);
 780     cmp_int(fp, "inputrec->bContinuation", -1, ir1->bContinuation, ir2->bContinuation);
 781     cmp_int(fp, "inputrec->bShakeSOR", -1, ir1->bShakeSOR, ir2->bShakeSOR);
 782     cmp_int(fp, "inputrec->etc", -1, ir1->etc, ir2->etc);
 783     cmp_int(fp, "inputrec->bPrintNHChains", -1, ir1->bPrintNHChains, ir2->bPrintNHChains);
 784     cmp_int(fp, "inputrec->epc", -1, ir1->epc, ir2->epc);
 785     cmp_int(fp, "inputrec->epct", -1, ir1->epct, ir2->epct);
 786     cmp_real(fp, "inputrec->tau_p", -1, ir1->tau_p, ir2->tau_p, ftol, abstol);
 787     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(x)", -1, ir1->ref_p[XX], ir2->ref_p[XX], ftol, abstol);
 788     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(y)", -1, ir1->ref_p[YY], ir2->ref_p[YY], ftol, abstol);
 789     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(z)", -1, ir1->ref_p[ZZ], ir2->ref_p[ZZ], ftol, abstol);
 790     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(x)", -1, ir1->compress[XX], ir2->compress[XX], ftol, abstol);
 791     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(y)", -1, ir1->compress[YY], ir2->compress[YY], ftol, abstol);
 792     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(z)", -1, ir1->compress[ZZ], ir2->compress[ZZ], ftol, abstol);
 793     cmp_int(fp, "refcoord_scaling", -1, ir1->refcoord_scaling, ir2->refcoord_scaling);
 794     cmp_rvec(fp, "inputrec->posres_com", -1, ir1->posres_com, ir2->posres_com, ftol, abstol);
 795     cmp_rvec(fp, "inputrec->posres_comB", -1, ir1->posres_comB, ir2->posres_comB, ftol, abstol);
 796     cmp_real(fp, "inputrec->verletbuf_drift", -1, ir1->verletbuf_drift, ir2->verletbuf_drift, ftol, abstol);
 797     cmp_real(fp, "inputrec->rlist", -1, ir1->rlist, ir2->rlist, ftol, abstol);
 798     cmp_real(fp, "inputrec->rlistlong", -1, ir1->rlistlong, ir2->rlistlong, ftol, abstol);
 799     cmp_int(fp, "inputrec->nstcalclr", -1, ir1->nstcalclr, ir2->nstcalclr);
 800     cmp_real(fp, "inputrec->rtpi", -1, ir1->rtpi, ir2->rtpi, ftol, abstol);
 801     cmp_int(fp, "inputrec->coulombtype", -1, ir1->coulombtype, ir2->coulombtype);
 802     cmp_int(fp, "inputrec->coulomb_modifier", -1, ir1->coulomb_modifier, ir2->coulomb_modifier);
 803     cmp_real(fp, "inputrec->rcoulomb_switch", -1, ir1->rcoulomb_switch, ir2->rcoulomb_switch, ftol, abstol);
 804     cmp_real(fp, "inputrec->rcoulomb", -1, ir1->rcoulomb, ir2->rcoulomb, ftol, abstol);
 805     cmp_int(fp, "inputrec->vdwtype", -1, ir1->vdwtype, ir2->vdwtype);
 806     cmp_int(fp, "inputrec->vdw_modifier", -1, ir1->vdw_modifier, ir2->vdw_modifier);  cmp_real(fp, "inputrec->rvdw_switch", -1, ir1->rvdw_switch, ir2->rvdw_switch, ftol, abstol);
 807     cmp_real(fp, "inputrec->rvdw", -1, ir1->rvdw, ir2->rvdw, ftol, abstol);
 808     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_r", -1, ir1->epsilon_r, ir2->epsilon_r, ftol, abstol);
 809     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_rf", -1, ir1->epsilon_rf, ir2->epsilon_rf, ftol, abstol);
 810     cmp_real(fp, "inputrec->tabext", -1, ir1->tabext, ir2->tabext, ftol, abstol);
 811     cmp_int(fp, "inputrec->implicit_solvent", -1, ir1->implicit_solvent, ir2->implicit_solvent);
 812     cmp_int(fp, "inputrec->gb_algorithm", -1, ir1->gb_algorithm, ir2->gb_algorithm);
 813     cmp_int(fp, "inputrec->nstgbradii", -1, ir1->nstgbradii, ir2->nstgbradii);
 814     cmp_real(fp, "inputrec->rgbradii", -1, ir1->rgbradii, ir2->rgbradii, ftol, abstol);
 815     cmp_real(fp, "inputrec->gb_saltconc", -1, ir1->gb_saltconc, ir2->gb_saltconc, ftol, abstol);
 816     cmp_real(fp, "inputrec->gb_epsilon_solvent", -1, ir1->gb_epsilon_solvent, ir2->gb_epsilon_solvent, ftol, abstol);
 817     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_alpha", -1, ir1->gb_obc_alpha, ir2->gb_obc_alpha, ftol, abstol);
 818     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_beta", -1, ir1->gb_obc_beta, ir2->gb_obc_beta, ftol, abstol);
 819     cmp_real(fp, "inputrec->gb_obc_gamma", -1, ir1->gb_obc_gamma, ir2->gb_obc_gamma, ftol, abstol);
 820     cmp_real(fp, "inputrec->gb_dielectric_offset", -1, ir1->gb_dielectric_offset, ir2->gb_dielectric_offset, ftol, abstol);
 821     cmp_int(fp, "inputrec->sa_algorithm", -1, ir1->sa_algorithm, ir2->sa_algorithm);
 822     cmp_real(fp, "inputrec->sa_surface_tension", -1, ir1->sa_surface_tension, ir2->sa_surface_tension, ftol, abstol);
 823
 824     cmp_int(fp, "inputrec->eDispCorr", -1, ir1->eDispCorr, ir2->eDispCorr);
 825     cmp_real(fp, "inputrec->shake_tol", -1, ir1->shake_tol, ir2->shake_tol, ftol, abstol);
 826     cmp_int(fp, "inputrec->efep", -1, ir1->efep, ir2->efep);
 827     cmp_fepvals(fp, ir1->fepvals, ir2->fepvals, ftol, abstol);
 828     cmp_int(fp, "inputrec->bSimTemp", -1, ir1->bSimTemp, ir2->bSimTemp);
 829     if ((ir1->bSimTemp == ir2->bSimTemp) && (ir1->bSimTemp))
 830     {
 831         cmp_simtempvals(fp, ir1->simtempvals, ir2->simtempvals, min(ir1->fepvals->n_lambda, ir2->fepvals->n_lambda), ftol, abstol);
 832     }
 833     cmp_int(fp, "inputrec->bExpanded", -1, ir1->bExpanded, ir2->bExpanded);
 834     if ((ir1->bExpanded == ir2->bExpanded) && (ir1->bExpanded))
 835     {
 836         cmp_expandedvals(fp, ir1->expandedvals, ir2->expandedvals, min(ir1->fepvals->n_lambda, ir2->fepvals->n_lambda), ftol, abstol);
 837     }
 838     cmp_int(fp, "inputrec->nwall", -1, ir1->nwall, ir2->nwall);
 839     cmp_int(fp, "inputrec->wall_type", -1, ir1->wall_type, ir2->wall_type);
 840     cmp_int(fp, "inputrec->wall_atomtype[0]", -1, ir1->wall_atomtype[0], ir2->wall_atomtype[0]);
 841     cmp_int(fp, "inputrec->wall_atomtype[1]", -1, ir1->wall_atomtype[1], ir2->wall_atomtype[1]);
 842     cmp_real(fp, "inputrec->wall_density[0]", -1, ir1->wall_density[0], ir2->wall_density[0], ftol, abstol);
 843     cmp_real(fp, "inputrec->wall_density[1]", -1, ir1->wall_density[1], ir2->wall_density[1], ftol, abstol);
 844     cmp_real(fp, "inputrec->wall_ewald_zfac", -1, ir1->wall_ewald_zfac, ir2->wall_ewald_zfac, ftol, abstol);
 845
 846     cmp_int(fp, "inputrec->ePull", -1, ir1->ePull, ir2->ePull);
 847     if (ir1->ePull == ir2->ePull && ir1->ePull != epullNO)
 848     {
 849         cmp_pull(fp);
 850     }
 851
 852     cmp_int(fp, "inputrec->eDisre", -1, ir1->eDisre, ir2->eDisre);
 853     cmp_real(fp, "inputrec->dr_fc", -1, ir1->dr_fc, ir2->dr_fc, ftol, abstol);
 854     cmp_int(fp, "inputrec->eDisreWeighting", -1, ir1->eDisreWeighting, ir2->eDisreWeighting);
 855     cmp_int(fp, "inputrec->bDisreMixed", -1, ir1->bDisreMixed, ir2->bDisreMixed);
 856     cmp_int(fp, "inputrec->nstdisreout", -1, ir1->nstdisreout, ir2->nstdisreout);
 857     cmp_real(fp, "inputrec->dr_tau", -1, ir1->dr_tau, ir2->dr_tau, ftol, abstol);
 858     cmp_real(fp, "inputrec->orires_fc", -1, ir1->orires_fc, ir2->orires_fc, ftol, abstol);
 859     cmp_real(fp, "inputrec->orires_tau", -1, ir1->orires_tau, ir2->orires_tau, ftol, abstol);
 860     cmp_int(fp, "inputrec->nstorireout", -1, ir1->nstorireout, ir2->nstorireout);
 861     cmp_real(fp, "inputrec->dihre_fc", -1, ir1->dihre_fc, ir2->dihre_fc, ftol, abstol);
 862     cmp_real(fp, "inputrec->em_stepsize", -1, ir1->em_stepsize, ir2->em_stepsize, ftol, abstol);
 863     cmp_real(fp, "inputrec->em_tol", -1, ir1->em_tol, ir2->em_tol, ftol, abstol);
 864     cmp_int(fp, "inputrec->niter", -1, ir1->niter, ir2->niter);
 865     cmp_real(fp, "inputrec->fc_stepsize", -1, ir1->fc_stepsize, ir2->fc_stepsize, ftol, abstol);
 866     cmp_int(fp, "inputrec->nstcgsteep", -1, ir1->nstcgsteep, ir2->nstcgsteep);
 867     cmp_int(fp, "inputrec->nbfgscorr", 0, ir1->nbfgscorr, ir2->nbfgscorr);
 868     cmp_int(fp, "inputrec->eConstrAlg", -1, ir1->eConstrAlg, ir2->eConstrAlg);
 869     cmp_int(fp, "inputrec->nProjOrder", -1, ir1->nProjOrder, ir2->nProjOrder);
 870     cmp_real(fp, "inputrec->LincsWarnAngle", -1, ir1->LincsWarnAngle, ir2->LincsWarnAngle, ftol, abstol);
 871     cmp_int(fp, "inputrec->nLincsIter", -1, ir1->nLincsIter, ir2->nLincsIter);
 872     cmp_real(fp, "inputrec->bd_fric", -1, ir1->bd_fric, ir2->bd_fric, ftol, abstol);
 873     cmp_int(fp, "inputrec->ld_seed", -1, ir1->ld_seed, ir2->ld_seed);
 874     cmp_real(fp, "inputrec->cos_accel", -1, ir1->cos_accel, ir2->cos_accel, ftol, abstol);
 875     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(a)", -1, ir1->deform[XX], ir2->deform[XX], ftol, abstol);
 876     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(b)", -1, ir1->deform[YY], ir2->deform[YY], ftol, abstol);
 877     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(c)", -1, ir1->deform[ZZ], ir2->deform[ZZ], ftol, abstol);
 878
 879
 880     cmp_bool(fp, "ir->bAdress->type", -1, ir1->bAdress, ir2->bAdress);
 881     if (ir1->bAdress && ir2->bAdress)
 882     {
 883         cmp_adress(fp, ir1->adress, ir2->adress, ftol, abstol);
 884     }
 885
 886     cmp_int(fp, "inputrec->userint1", -1, ir1->userint1, ir2->userint1);
 887     cmp_int(fp, "inputrec->userint2", -1, ir1->userint2, ir2->userint2);
 888     cmp_int(fp, "inputrec->userint3", -1, ir1->userint3, ir2->userint3);
 889     cmp_int(fp, "inputrec->userint4", -1, ir1->userint4, ir2->userint4);
 890     cmp_real(fp, "inputrec->userreal1", -1, ir1->userreal1, ir2->userreal1, ftol, abstol);
 891     cmp_real(fp, "inputrec->userreal2", -1, ir1->userreal2, ir2->userreal2, ftol, abstol);
 892     cmp_real(fp, "inputrec->userreal3", -1, ir1->userreal3, ir2->userreal3, ftol, abstol);
 893     cmp_real(fp, "inputrec->userreal4", -1, ir1->userreal4, ir2->userreal4, ftol, abstol);
 894     cmp_grpopts(fp, &(ir1->opts), &(ir2->opts), ftol, abstol);
 895     cmp_cosines(fp, "ex", ir1->ex, ir2->ex, ftol, abstol);
 896     cmp_cosines(fp, "et", ir1->et, ir2->et, ftol, abstol);
 897 }
 898
 899 static void comp_pull_AB(FILE *fp, t_pull *pull, real ftol, real abstol)
 900 {
 901     int i;
 902
 903     for (i = 0; i < pull->ngrp+1; i++)
 904     {
 905         fprintf(fp, "comparing pull group %d\n", i);
 906         cmp_real(fp, "pullgrp->k", -1, pull->grp[i].k, pull->grp[i].kB, ftol, abstol);
 907     }
 908 }
 909
 910 static void comp_state(t_state *st1, t_state *st2,
 911                        gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 912 {
 913     int i, j, nc;
 914
 915     fprintf(stdout, "comparing flags\n");
 916     cmp_int(stdout, "flags", -1, st1->flags, st2->flags);
 917     fprintf(stdout, "comparing box\n");
 918     cmp_rvecs(stdout, "box", DIM, st1->box, st2->box, FALSE, ftol, abstol);
 919     fprintf(stdout, "comparing box_rel\n");
 920     cmp_rvecs(stdout, "box_rel", DIM, st1->box_rel, st2->box_rel, FALSE, ftol, abstol);
 921     fprintf(stdout, "comparing boxv\n");
 922     cmp_rvecs(stdout, "boxv", DIM, st1->boxv, st2->boxv, FALSE, ftol, abstol);
 923     if (st1->flags & (1<<estSVIR_PREV))
 924     {
 925         fprintf(stdout, "comparing shake vir_prev\n");
 926         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "svir_prev", DIM, st1->svir_prev, st2->svir_prev, ftol, abstol);
 927     }
 928     if (st1->flags & (1<<estFVIR_PREV))
 929     {
 930         fprintf(stdout, "comparing force vir_prev\n");
 931         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "fvir_prev", DIM, st1->fvir_prev, st2->fvir_prev, ftol, abstol);
 932     }
 933     if (st1->flags & (1<<estPRES_PREV))
 934     {
 935         fprintf(stdout, "comparing prev_pres\n");
 936         cmp_rvecs_rmstol(stdout, "pres_prev", DIM, st1->pres_prev, st2->pres_prev, ftol, abstol);
 937     }
 938     cmp_int(stdout, "ngtc", -1, st1->ngtc, st2->ngtc);
 939     cmp_int(stdout, "nhchainlength", -1, st1->nhchainlength, st2->nhchainlength);
 940     if (st1->ngtc == st2->ngtc && st1->nhchainlength == st2->nhchainlength)
 941     {
 942         for (i = 0; i < st1->ngtc; i++)
 943         {
 944             nc = i*st1->nhchainlength;
 945             for (j = 0; j < nc; j++)
 946             {
 947                 cmp_real(stdout, "nosehoover_xi",
 948                          i, st1->nosehoover_xi[nc+j], st2->nosehoover_xi[nc+j], ftol, abstol);
 949             }
 950         }
 951     }
 952     cmp_int(stdout, "nnhpres", -1, st1->nnhpres, st2->nnhpres);
 953     if (st1->nnhpres == st2->nnhpres && st1->nhchainlength == st2->nhchainlength)
 954     {
 955         for (i = 0; i < st1->nnhpres; i++)
 956         {
 957             nc = i*st1->nhchainlength;
 958             for (j = 0; j < nc; j++)
 959             {
 960                 cmp_real(stdout, "nosehoover_xi",
 961                          i, st1->nhpres_xi[nc+j], st2->nhpres_xi[nc+j], ftol, abstol);
 962             }
 963         }
 964     }
 965
 966     cmp_int(stdout, "natoms", -1, st1->natoms, st2->natoms);
 967     if (st1->natoms == st2->natoms)
 968     {
 969         if ((st1->flags & (1<<estX)) && (st2->flags & (1<<estX)))
 970         {
 971             fprintf(stdout, "comparing x\n");
 972             cmp_rvecs(stdout, "x", st1->natoms, st1->x, st2->x, bRMSD, ftol, abstol);
 973         }
 974         if ((st1->flags & (1<<estV)) && (st2->flags & (1<<estV)))
 975         {
 976             fprintf(stdout, "comparing v\n");
 977             cmp_rvecs(stdout, "v", st1->natoms, st1->v, st2->v, bRMSD, ftol, abstol);
 978         }
 979     }
 980 }
 981
 982 void comp_tpx(const char *fn1, const char *fn2,
 983               gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
 984 {
 985     const char  *ff[2];
 986     t_tpxheader  sh[2];
 987     t_inputrec   ir[2];
 988     t_state      state[2];
 989     gmx_mtop_t   mtop[2];
 990     t_topology   top[2];
 991     int          i;
 992
 993     ff[0] = fn1;
 994     ff[1] = fn2;
 995     for (i = 0; i < (fn2 ? 2 : 1); i++)
 996     {
 997         read_tpx_state(ff[i], &(ir[i]), &state[i], NULL, &(mtop[i]));
 998     }
 999     if (fn2)
1000     {
1001         cmp_inputrec(stdout, &ir[0], &ir[1], ftol, abstol);
1002         /* Convert gmx_mtop_t to t_topology.
1003          * We should implement direct mtop comparison,
1004          * but it might be useful to keep t_topology comparison as an option.
1005          */
1006         top[0] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[0]);
1007         top[1] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[1]);
1008         cmp_top(stdout, &top[0], &top[1], ftol, abstol);
1009         cmp_groups(stdout, &mtop[0].groups, &mtop[1].groups,
1010                    mtop[0].natoms, mtop[1].natoms);
1011         comp_state(&state[0], &state[1], bRMSD, ftol, abstol);
1012     }
1013     else
1014     {
1015         if (ir[0].efep == efepNO)
1016         {
1017             fprintf(stdout, "inputrec->efep = %s\n", efep_names[ir[0].efep]);
1018         }
1019         else
1020         {
1021             if (ir[0].ePull != epullNO)
1022             {
1023                 comp_pull_AB(stdout, ir->pull, ftol, abstol);
1024             }
1025             /* Convert gmx_mtop_t to t_topology.
1026              * We should implement direct mtop comparison,
1027              * but it might be useful to keep t_topology comparison as an option.
1028              */
1029             top[0] = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop[0]);
1030             cmp_top(stdout, &top[0], NULL, ftol, abstol);
1031         }
1032     }
1033 }
1034
1035 void comp_frame(FILE *fp, t_trxframe *fr1, t_trxframe *fr2,
1036                 gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
1037 {
1038     fprintf(fp, "\n");
1039     cmp_int(fp, "flags", -1, fr1->flags, fr2->flags);
1040     cmp_int(fp, "not_ok", -1, fr1->not_ok, fr2->not_ok);
1041     cmp_int(fp, "natoms", -1, fr1->natoms, fr2->natoms);
1042     cmp_real(fp, "t0", -1, fr1->t0, fr2->t0, ftol, abstol);
1043     if (cmp_bool(fp, "bTitle", -1, fr1->bTitle, fr2->bTitle))
1044     {
1045         cmp_str(fp, "title", -1, fr1->title, fr2->title);
1046     }
1047     if (cmp_bool(fp, "bStep", -1, fr1->bStep, fr2->bStep))
1048     {
1049         cmp_int(fp, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1050     }
1051     cmp_int(fp, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1052     if (cmp_bool(fp, "bTime", -1, fr1->bTime, fr2->bTime))
1053     {
1054         cmp_real(fp, "time", -1, fr1->time, fr2->time, ftol, abstol);
1055     }
1056     if (cmp_bool(fp, "bLambda", -1, fr1->bLambda, fr2->bLambda))
1057     {
1058         cmp_real(fp, "lambda", -1, fr1->lambda, fr2->lambda, ftol, abstol);
1059     }
1060     if (cmp_bool(fp, "bAtoms", -1, fr1->bAtoms, fr2->bAtoms))
1061     {
1062         cmp_atoms(fp, fr1->atoms, fr2->atoms, ftol, abstol);
1063     }
1064     if (cmp_bool(fp, "bPrec", -1, fr1->bPrec, fr2->bPrec))
1065     {
1066         cmp_real(fp, "prec", -1, fr1->prec, fr2->prec, ftol, abstol);
1067     }
1068     if (cmp_bool(fp, "bX", -1, fr1->bX, fr2->bX))
1069     {
1070         cmp_rvecs(fp, "x", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->x, fr2->x, bRMSD, ftol, abstol);
1071     }
1072     if (cmp_bool(fp, "bV", -1, fr1->bV, fr2->bV))
1073     {
1074         cmp_rvecs(fp, "v", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->v, fr2->v, bRMSD, ftol, abstol);
1075     }
1076     if (cmp_bool(fp, "bF", -1, fr1->bF, fr2->bF))
1077     {
1078         cmp_rvecs_rmstol(fp, "f", min(fr1->natoms, fr2->natoms), fr1->f, fr2->f, ftol, abstol);
1079     }
1080     if (cmp_bool(fp, "bBox", -1, fr1->bBox, fr2->bBox))
1081     {
1082         cmp_rvecs(fp, "box", 3, fr1->box, fr2->box, FALSE, ftol, abstol);
1083     }
1084 }
1085
1086 void comp_trx(const output_env_t oenv, const char *fn1, const char *fn2,
1087               gmx_bool bRMSD, real ftol, real abstol)
1088 {
1089     int          i;
1090     const char  *fn[2];
1091     t_trxframe   fr[2];
1092     t_trxstatus *status[2];
1093     gmx_bool     b[2];
1094
1095     fn[0] = fn1;
1096     fn[1] = fn2;
1097     fprintf(stderr, "Comparing trajectory files %s and %s\n", fn1, fn2);
1098     for (i = 0; i < 2; i++)
1099     {
1100         b[i] = read_first_frame(oenv, &status[i], fn[i], &fr[i], TRX_READ_X|TRX_READ_V|TRX_READ_F);
1101     }
1102
1103     if (b[0] && b[1])
1104     {
1105         do
1106         {
1107             comp_frame(stdout, &(fr[0]), &(fr[1]), bRMSD, ftol, abstol);
1108
1109             for (i = 0; i < 2; i++)
1110             {
1111                 b[i] = read_next_frame(oenv, status[i], &fr[i]);
1112             }
1113         }
1114         while (b[0] && b[1]);
1115
1116         for (i = 0; i < 2; i++)
1117         {
1118             if (b[i] && !b[1-i])
1119             {
1120                 fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn[1-i], fn[i]);
1121             }
1122             close_trj(status[i]);
1123         }
1124     }
1125     if (!b[0] && !b[1])
1126     {
1127         fprintf(stdout, "\nBoth files read correctly\n");
1128     }
1129 }
1130
1131 static real ener_tensor_diag(int n, int *ind1, int *ind2,
1132                              gmx_enxnm_t *enm1,
1133                              int *tensi, int i,
1134                              t_energy e1[], t_energy e2[])
1135 {
1136     int  d1, d2;
1137     int  len;
1138     int  j;
1139     real prod1, prod2;
1140     int  nfound;
1141
1142     d1 = tensi[i]/DIM;
1143     d2 = tensi[i] - d1*DIM;
1144
1145     /* Find the diagonal elements d1 and d2 */
1146     len    = strlen(enm1[ind1[i]].name);
1147     prod1  = 1;
1148     prod2  = 1;
1149     nfound = 0;
1150     for (j = 0; j < n; j++)
1151     {
1152         if (tensi[j] >= 0 &&
1153             strlen(enm1[ind1[j]].name) == len &&
1154             strncmp(enm1[ind1[i]].name, enm1[ind1[j]].name, len-2) == 0 &&
1155             (tensi[j] == d1*DIM+d1 || tensi[j] == d2*DIM+d2))
1156         {
1157             prod1 *= fabs(e1[ind1[j]].e);
1158             prod2 *= fabs(e2[ind2[j]].e);
1159             nfound++;
1160         }
1161     }
1162
1163     if (nfound == 2)
1164     {
1165         return 0.5*(sqrt(prod1) + sqrt(prod2));
1166     }
1167     else
1168     {
1169         return 0;
1170     }
1171 }
1172
1173 static gmx_bool enernm_equal(const char *nm1, const char *nm2)
1174 {
1175     int len1, len2;
1176
1177     len1 = strlen(nm1);
1178     len2 = strlen(nm2);
1179
1180     /* Remove " (bar)" at the end of a name */
1181     if (len1 > 6 && strcmp(nm1+len1-6, " (bar)") == 0)
1182     {
1183         len1 -= 6;
1184     }
1185     if (len2 > 6 && strcmp(nm2+len2-6, " (bar)") == 0)
1186     {
1187         len2 -= 6;
1188     }
1189
1190     return (len1 == len2 && gmx_strncasecmp(nm1, nm2, len1) == 0);
1191 }
1192
1193 static void cmp_energies(FILE *fp, int step1, int step2,
1194                          t_energy e1[], t_energy e2[],
1195                          gmx_enxnm_t *enm1,
1196                          real ftol, real abstol,
1197                          int nre, int *ind1, int *ind2, int maxener)
1198 {
1199     int   i, ii;
1200     int  *tensi, len, d1, d2;
1201     real  ftol_i, abstol_i;
1202
1203     snew(tensi, maxener);
1204     /* Check for tensor elements ending on "-XX", "-XY", ... , "-ZZ" */
1205     for (i = 0; (i < maxener); i++)
1206     {
1207         ii       = ind1[i];
1208         tensi[i] = -1;
1209         len      = strlen(enm1[ii].name);
1210         if (len > 3 && enm1[ii].name[len-3] == '-')
1211         {
1212             d1 = enm1[ii].name[len-2] - 'X';
1213             d2 = enm1[ii].name[len-1] - 'X';
1214             if (d1 >= 0 && d1 < DIM &&
1215                 d2 >= 0 && d2 < DIM)
1216             {
1217                 tensi[i] = d1*DIM + d2;
1218             }
1219         }
1220     }
1221
1222     for (i = 0; (i < maxener); i++)
1223     {
1224         /* Check if this is an off-diagonal tensor element */
1225         if (tensi[i] >= 0 && tensi[i] != 0 && tensi[i] != 4 && tensi[i] != 8)
1226         {
1227             /* Turn on the relative tolerance check (4 is maximum relative diff.) */
1228             ftol_i = 5;
1229             /* Do the relative tolerance through an absolute tolerance times
1230              * the size of diagonal components of the tensor.
1231              */
1232             abstol_i = ftol*ener_tensor_diag(nre, ind1, ind2, enm1, tensi, i, e1, e2);
1233             if (debug)
1234             {
1235                 fprintf(debug, "tensor '%s' val %f diag %f\n",
1236                         enm1[i].name, e1[i].e, abstol_i/ftol);
1237             }
1238             if (abstol_i > 0)
1239             {
1240                 /* We found a diagonal, we need to check with the minimum tolerance */
1241                 abstol_i = min(abstol_i, abstol);
1242             }
1243             else
1244             {
1245                 /* We did not find a diagonal, ignore the relative tolerance check */
1246                 abstol_i = abstol;
1247             }
1248         }
1249         else
1250         {
1251             ftol_i   = ftol;
1252             abstol_i = abstol;
1253         }
1254         if (!equal_real(e1[ind1[i]].e, e2[ind2[i]].e, ftol_i, abstol_i))
1255         {
1256             fprintf(fp, "%-15s  step %3d:  %12g,  step %3d: %12g\n",
1257                     enm1[ind1[i]].name,
1258                     step1, e1[ind1[i]].e,
1259                     step2, e2[ind2[i]].e);
1260         }
1261     }
1262
1263     sfree(tensi);
1264 }
1265
1266 #if 0
1267 static void cmp_disres(t_enxframe *fr1, t_enxframe *fr2, real ftol, real abstol)
1268 {
1269     int  i;
1270     char bav[64], bt[64], bs[22];
1271
1272     cmp_int(stdout, "ndisre", -1, fr1->ndisre, fr2->ndisre);
1273     if ((fr1->ndisre == fr2->ndisre) && (fr1->ndisre > 0))
1274     {
1275         sprintf(bav, "step %s: disre rav", gmx_step_str(fr1->step, bs));
1276         sprintf(bt, "step %s: disre  rt", gmx_step_str(fr1->step, bs));
1277         for (i = 0; (i < fr1->ndisre); i++)
1278         {
1279             cmp_real(stdout, bav, i, fr1->disre_rm3tav[i], fr2->disre_rm3tav[i], ftol, abstol);
1280             cmp_real(stdout, bt, i, fr1->disre_rt[i], fr2->disre_rt[i], ftol, abstol);
1281         }
1282     }
1283 }
1284 #endif
1285
1286 static void cmp_eblocks(t_enxframe *fr1, t_enxframe *fr2, real ftol, real abstol)
1287 {
1288     int  i, j, k;
1289     char buf[64], bs[22];
1290
1291     cmp_int(stdout, "nblock", -1, fr1->nblock, fr2->nblock);
1292     if ((fr1->nblock == fr2->nblock) && (fr1->nblock > 0))
1293     {
1294         for (j = 0; (j < fr1->nblock); j++)
1295         {
1296             t_enxblock *b1, *b2; /* convenience vars */
1297
1298             b1 = &(fr1->block[j]);
1299             b2 = &(fr2->block[j]);
1300
1301             sprintf(buf, "step %s: block[%d]", gmx_step_str(fr1->step, bs), j);
1302             cmp_int(stdout, buf, -1, b1->nsub, b2->nsub);
1303             cmp_int(stdout, buf, -1, b1->id, b2->id);
1304
1305             if ( (b1->nsub == b2->nsub) && (b1->id == b2->id) )
1306             {
1307                 for (i = 0; i < b1->nsub; i++)
1308                 {
1309                     t_enxsubblock *s1, *s2;
1310
1311                     s1 = &(b1->sub[i]);
1312                     s2 = &(b2->sub[i]);
1313
1314                     cmp_int(stdout, buf, -1, (int)s1->type, (int)s2->type);
1315                     cmp_gmx_large_int(stdout, buf, s1->nr, s2->nr);
1316
1317                     if ((s1->type == s2->type) && (s1->nr == s2->nr))
1318                     {
1319                         switch (s1->type)
1320                         {
1321                             case xdr_datatype_float:
1322                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1323                                 {
1324                                     cmp_float(stdout, buf, i,
1325                                               s1->fval[k], s2->fval[k],
1326                                               ftol, abstol);
1327                                 }
1328                                 break;
1329                             case xdr_datatype_double:
1330                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1331                                 {
1332                                     cmp_double(stdout, buf, i,
1333                                                s1->dval[k], s2->dval[k],
1334                                                ftol, abstol);
1335                                 }
1336                                 break;
1337                             case xdr_datatype_int:
1338                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1339                                 {
1340                                     cmp_int(stdout, buf, i,
1341                                             s1->ival[k], s2->ival[k]);
1342                                 }
1343                                 break;
1344                             case xdr_datatype_large_int:
1345                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1346                                 {
1347                                     cmp_gmx_large_int(stdout, buf,
1348                                                       s1->lval[k], s2->lval[k]);
1349                                 }
1350                                 break;
1351                             case xdr_datatype_char:
1352                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1353                                 {
1354                                     cmp_uc(stdout, buf, i,
1355                                            s1->cval[k], s2->cval[k]);
1356                                 }
1357                                 break;
1358                             case xdr_datatype_string:
1359                                 for (k = 0; k < s1->nr; k++)
1360                                 {
1361                                     cmp_str(stdout, buf, i,
1362                                             s1->sval[k], s2->sval[k]);
1363                                 }
1364                                 break;
1365                             default:
1366                                 gmx_incons("Unknown data type!!");
1367                         }
1368                     }
1369                 }
1370             }
1371         }
1372     }
1373 }
1374
1375 void comp_enx(const char *fn1, const char *fn2, real ftol, real abstol, const char *lastener)
1376 {
1377     int            nre, nre1, nre2, block;
1378     ener_file_t    in1, in2;
1379     int            i, j, maxener, *ind1, *ind2, *have;
1380     char           buf[256];
1381     gmx_enxnm_t   *enm1 = NULL, *enm2 = NULL;
1382     t_enxframe    *fr1, *fr2;
1383     gmx_bool       b1, b2;
1384
1385     fprintf(stdout, "comparing energy file %s and %s\n\n", fn1, fn2);
1386
1387     in1 = open_enx(fn1, "r");
1388     in2 = open_enx(fn2, "r");
1389     do_enxnms(in1, &nre1, &enm1);
1390     do_enxnms(in2, &nre2, &enm2);
1391     if (nre1 != nre2)
1392     {
1393         fprintf(stdout, "There are %d and %d terms in the energy files\n\n",
1394                 nre1, nre2);
1395     }
1396     else
1397     {
1398         fprintf(stdout, "There are %d terms in the energy files\n\n", nre1);
1399     }
1400
1401     snew(ind1, nre1);
1402     snew(ind2, nre2);
1403     snew(have, nre2);
1404     nre = 0;
1405     for (i = 0; i < nre1; i++)
1406     {
1407         for (j = 0; j < nre2; j++)
1408         {
1409             if (enernm_equal(enm1[i].name, enm2[j].name))
1410             {
1411                 ind1[nre] = i;
1412                 ind2[nre] = j;
1413                 have[j]   = 1;
1414                 nre++;
1415                 break;
1416             }
1417         }
1418         if (nre == 0 || ind1[nre-1] != i)
1419         {
1420             cmp_str(stdout, "enm", i, enm1[i].name, "-");
1421         }
1422     }
1423     for (i = 0; i < nre2; i++)
1424     {
1425         if (have[i] == 0)
1426         {
1427             cmp_str(stdout, "enm", i, "-", enm2[i].name);
1428         }
1429     }
1430
1431     maxener = nre;
1432     for (i = 0; i < nre; i++)
1433     {
1434         if ((lastener != NULL) && (strstr(enm1[i].name, lastener) != NULL))
1435         {
1436             maxener = i+1;
1437             break;
1438         }
1439     }
1440
1441     fprintf(stdout, "There are %d terms to compare in the energy files\n\n",
1442             maxener);
1443
1444     for (i = 0; i < maxener; i++)
1445     {
1446         cmp_str(stdout, "unit", i, enm1[ind1[i]].unit, enm2[ind2[i]].unit);
1447     }
1448
1449     snew(fr1, 1);
1450     snew(fr2, 1);
1451     do
1452     {
1453         b1 = do_enx(in1, fr1);
1454         b2 = do_enx(in2, fr2);
1455         if (b1 && !b2)
1456         {
1457             fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn2, fn1);
1458         }
1459         else if (!b1 && b2)
1460         {
1461             fprintf(stdout, "\nEnd of file on %s but not on %s\n", fn1, fn2);
1462         }
1463         else if (!b1 && !b2)
1464         {
1465             fprintf(stdout, "\nFiles read successfully\n");
1466         }
1467         else
1468         {
1469             cmp_real(stdout, "t", -1, fr1->t, fr2->t, ftol, abstol);
1470             cmp_int(stdout, "step", -1, fr1->step, fr2->step);
1471             /* We don't want to print the nre mismatch for every frame */
1472             /* cmp_int(stdout,"nre",-1,fr1->nre,fr2->nre); */
1473             if ((fr1->nre >= nre) && (fr2->nre >= nre))
1474             {
1475                 cmp_energies(stdout, fr1->step, fr1->step, fr1->ener, fr2->ener,
1476                              enm1, ftol, abstol, nre, ind1, ind2, maxener);
1477             }
1478             /*cmp_disres(fr1,fr2,ftol,abstol);*/
1479             cmp_eblocks(fr1, fr2, ftol, abstol);
1480         }
1481     }
1482     while (b1 && b2);
1483
1484     close_enx(in1);
1485     close_enx(in2);
1486
1487     free_enxframe(fr2);
1488     sfree(fr2);
1489     free_enxframe(fr1);
1490     sfree(fr1);
1491 }