src/programs/gmx/legacymodules.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7  * directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \brief
  36  * Registers command-line modules for pre-5.0 binaries.
  37  *
  38  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  39  */
  40 #include "legacymodules.h"
  41
  42 #include "gromacs/commandline/cmdlinemodule.h"
  43 #include "gromacs/commandline/cmdlinemodulemanager.h"
  44 #include "gromacs/onlinehelp/helpwritercontext.h"
  45 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  46
  47 #include "gromacs/gmxana/gmx_ana.h"
  48
  49 #include "../view/view.h"
  50 #include "../mdrun/mdrun_main.h"
  51
  52 extern "C"
  53 {
  54
  55 int gmx_gmxcheck(int argc, char *argv[]);
  56 int gmx_gmxdump(int argc, char *argv[]);
  57 int gmx_grompp(int argc, char *argv[]);
  58 int gmx_pdb2gmx(int argc, char *argv[]);
  59 int gmx_protonate(int argc, char *argv[]);
  60 int gmx_tpbconv(int argc, char *argv[]);
  61 int gmx_x2top(int argc, char *argv[]);
  62
  63 }
  64
  65 namespace
  66 {
  67
  68 /*! \brief
  69  * Convenience function for creating and registering a module.
  70  *
  71  * \param[in] manager          Module manager to which to register the module.
  72  * \param[in] mainFunction     Main function to wrap.
  73  * \param[in] name             Name for the new module.
  74  * \param[in] shortDescription One-line description for the new module.
  75  */
  76 void registerModule(gmx::CommandLineModuleManager                *manager,
  77                     gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction  mainFunction,
  78                     const char *name, const char *shortDescription)
  79 {
  80     manager->addModuleCMain(name, shortDescription, mainFunction);
  81 }
  82
  83 } // namespace
  84
  85 void registerLegacyModules(gmx::CommandLineModuleManager *manager)
  86 {
  87     // Modules from this directory (were in src/kernel/).
  88     registerModule(manager, &gmx_gmxcheck, "gmxcheck",
  89                    "Check and compare files");
  90     registerModule(manager, &gmx_gmxdump, "gmxdump",
  91                    "Make binary files human readable");
  92     registerModule(manager, &gmx_grompp, "grompp",
  93                    "Make a run input file");
  94     registerModule(manager, &gmx_pdb2gmx, "pdb2gmx",
  95                    "Convert coordinate files to topology and FF-compliant coordinate files");
  96     registerModule(manager, &gmx_tpbconv, "tpbconv",
  97                    "Make a run input file for restarting a crashed run");
  98
  99     registerModule(manager, &gmx_protonate, "protonate",
 100                    "Protonate structures");
 101     registerModule(manager, &gmx_x2top, "x2top",
 102                    "Generate a primitive topology from coordinates");
 103
 104     registerModule(manager, &gmx_mdrun, "mdrun",
 105                    "Perform a simulation, do a normal mode analysis or an energy minimization");
 106
 107     // Modules from gmx_ana.h.
 108     registerModule(manager, &gmx_do_dssp, "do_dssp",
 109                    "Assign secondary structure and calculate solvent accessible surface area");
 110     registerModule(manager, &gmx_editconf, "editconf",
 111                    "Convert and manipulates structure files");
 112     registerModule(manager, &gmx_eneconv, "eneconv",
 113                    "Convert energy files");
 114     registerModule(manager, &gmx_genbox, "genbox",
 115                    "Solvate a system");
 116     registerModule(manager, &gmx_genconf, "genconf",
 117                    "Multiply a conformation in 'random' orientations");
 118     registerModule(manager, &gmx_genion, "genion",
 119                    "Generate monoatomic ions on energetically favorable positions");
 120     registerModule(manager, &gmx_genpr, "genrestr",
 121                    "Generate position restraints or distance restraints for index groups");
 122     registerModule(manager, &gmx_make_edi, "make_edi",
 123                    "Generate input files for essential dynamics sampling");
 124     registerModule(manager, &gmx_make_ndx, "make_ndx",
 125                    "Make index files");
 126     registerModule(manager, &gmx_mk_angndx, "mk_angndx",
 127                    "Generate index files for 'gmx angle'");
 128     registerModule(manager, &gmx_trjcat, "trjcat",
 129                    "Concatenate trajectory files");
 130     registerModule(manager, &gmx_trjconv, "trjconv",
 131                    "Convert and manipulates trajectory files");
 132     registerModule(manager, &gmx_trjorder, "trjorder",
 133                    "Order molecules according to their distance to a group");
 134     registerModule(manager, &gmx_xpm2ps, "xpm2ps",
 135                    "Convert XPM (XPixelMap) matrices to postscript or XPM");
 136
 137     registerModule(manager, &gmx_anadock, "anadock",
 138                    "Cluster structures from Autodock runs");
 139     registerModule(manager, &gmx_anaeig, "anaeig",
 140                    "Analyze eigenvectors/normal modes");
 141     registerModule(manager, &gmx_analyze, "analyze",
 142                    "Analyze data sets");
 143     registerModule(manager, &gmx_g_angle, "angle",
 144                    "Calculate distributions and correlations for angles and dihedrals");
 145     registerModule(manager, &gmx_bar, "bar",
 146                    "Calculate free energy difference estimates through Bennett's acceptance ratio");
 147     registerModule(manager, &gmx_bond, "bond",
 148                    "Calculate distances between atoms and bond length distributions");
 149     registerModule(manager, &gmx_bundle, "bundle",
 150                    "Analyze bundles of axes, e.g., helices");
 151     registerModule(manager, &gmx_chi, "chi",
 152                    "Calculate everything you want to know about chi and other dihedrals");
 153     registerModule(manager, &gmx_cluster, "cluster",
 154                    "Cluster structures");
 155     registerModule(manager, &gmx_clustsize, "clustsize",
 156                    "Calculate size distributions of atomic clusters");
 157     registerModule(manager, &gmx_confrms, "confrms",
 158                    "Fit two structures and calculates the RMSD");
 159     registerModule(manager, &gmx_covar, "covar",
 160                    "Calculate and diagonalize the covariance matrix");
 161     registerModule(manager, &gmx_current, "current",
 162                    "Calculate dielectric constants and charge autocorrelation function");
 163     registerModule(manager, &gmx_density, "density",
 164                    "Calculate the density of the system");
 165     registerModule(manager, &gmx_densmap, "densmap",
 166                    "Calculate 2D planar or axial-radial density maps");
 167     registerModule(manager, &gmx_densorder, "densorder",
 168                    "Calculate surface fluctuations");
 169     registerModule(manager, &gmx_dielectric, "dielectric",
 170                    "Calculate frequency dependent dielectric constants");
 171     registerModule(manager, &gmx_dipoles, "dipoles",
 172                    "Compute the total dipole plus fluctuations");
 173     registerModule(manager, &gmx_disre, "disre",
 174                    "Analyze distance restraints");
 175     registerModule(manager, &gmx_dist, "dist",
 176                    "Calculate distances between centers of mass of two groups");
 177     registerModule(manager, &gmx_dos, "dos",
 178                    "Analyze density of states and properties based on that");
 179     registerModule(manager, &gmx_dyecoupl, "dyecoupl",
 180                    "Extract dye dynamics from trajectories");
 181     registerModule(manager, &gmx_dyndom, "dyndom",
 182                    "Interpolate and extrapolate structure rotations");
 183     registerModule(manager, &gmx_enemat, "enemat",
 184                    "Extract an energy matrix from an energy file");
 185     registerModule(manager, &gmx_energy, "energy",
 186                    "Writes energies to xvg files and display averages");
 187     registerModule(manager, &gmx_filter, "filter",
 188                    "Frequency filter trajectories, useful for making smooth movies");
 189     registerModule(manager, &gmx_gyrate, "gyrate",
 190                    "Calculate the radius of gyration");
 191     registerModule(manager, &gmx_h2order, "h2order",
 192                    "Compute the orientation of water molecules");
 193     registerModule(manager, &gmx_hbond, "hbond",
 194                    "Compute and analyze hydrogen bonds");
 195     registerModule(manager, &gmx_helix, "helix",
 196                    "Calculate basic properties of alpha helices");
 197     registerModule(manager, &gmx_helixorient, "helixorient",
 198                    "Calculate local pitch/bending/rotation/orientation inside helices");
 199     registerModule(manager, &gmx_hydorder, "hydorder",
 200                    "Compute tetrahedrality parameters around a given atom");
 201     registerModule(manager, &gmx_kinetics, "kinetics",
 202                    "Analyze kinetic constants from properties based on the Eyring model");
 203     registerModule(manager, &gmx_lie, "lie",
 204                    "Estimate free energy from linear combinations");
 205     registerModule(manager, &gmx_mdmat, "mdmat",
 206                    "Calculate residue contact maps");
 207     registerModule(manager, &gmx_mindist, "mindist",
 208                    "Calculate the minimum distance between two groups");
 209     registerModule(manager, &gmx_morph, "morph",
 210                    "Interpolate linearly between conformations");
 211     registerModule(manager, &gmx_msd, "msd",
 212                    "Calculates mean square displacements");
 213     registerModule(manager, &gmx_nmeig, "nmeig",
 214                    "Diagonalize the Hessian for normal mode analysis");
 215     registerModule(manager, &gmx_nmens, "nmens",
 216                    "Generate an ensemble of structures from the normal modes");
 217     registerModule(manager, &gmx_nmtraj, "nmtraj",
 218                    "Generate a virtual oscillating trajectory from an eigenvector");
 219     registerModule(manager, &gmx_options, "options", NULL);
 220     registerModule(manager, &gmx_order, "order",
 221                    "Compute the order parameter per atom for carbon tails");
 222     registerModule(manager, &gmx_pme_error, "pme_error",
 223                    "Estimate the error of using PME with a given input file");
 224     registerModule(manager, &gmx_polystat, "polystat",
 225                    "Calculate static properties of polymers");
 226     registerModule(manager, &gmx_potential, "potential",
 227                    "Calculate the electrostatic potential across the box");
 228     registerModule(manager, &gmx_principal, "principal",
 229                    "Calculate principal axes of inertia for a group of atoms");
 230     registerModule(manager, &gmx_rama, "rama",
 231                    "Compute Ramachandran plots");
 232     registerModule(manager, &gmx_rdf, "rdf",
 233                    "Calculate radial distribution functions");
 234     registerModule(manager, &gmx_rms, "rms",
 235                    "Calculate RMSDs with a reference structure and RMSD matrices");
 236     registerModule(manager, &gmx_rmsdist, "rmsdist",
 237                    "Calculate atom pair distances averaged with power -2, -3 or -6");
 238     registerModule(manager, &gmx_rmsf, "rmsf",
 239                    "Calculate atomic fluctuations");
 240     registerModule(manager, &gmx_rotacf, "rotacf",
 241                    "Calculate the rotational correlation function for molecules");
 242     registerModule(manager, &gmx_rotmat, "rotmat",
 243                    "Plot the rotation matrix for fitting to a reference structure");
 244     registerModule(manager, &gmx_saltbr, "saltbr",
 245                    "Compute salt bridges");
 246     registerModule(manager, &gmx_sans, "sans",
 247                    "Compute the small angle neutron scattering spectra");
 248     registerModule(manager, &gmx_sas, "sas",
 249                    "Compute solvent accessible surface area");
 250     registerModule(manager, &gmx_saxs, "saxs",
 251                    "Calculates SAXS structure factors based on Cromer's method");
 252     registerModule(manager, &gmx_sgangle, "sgangle",
 253                    "Compute the angle and distance between two groups");
 254     registerModule(manager, &gmx_sham, "sham",
 255                    "Compute free energies or other histograms from histograms");
 256     registerModule(manager, &gmx_sigeps, "sigeps",
 257                    "Convert c6/12 or c6/cn combinations to and from sigma/epsilon");
 258     registerModule(manager, &gmx_sorient, "sorient",
 259                    "Analyze solvent orientation around solutes");
 260     registerModule(manager, &gmx_spatial, "spatial",
 261                    "Calculate the spatial distribution function");
 262     registerModule(manager, &gmx_spol, "spol",
 263                    "Analyze solvent dipole orientation and polarization around solutes");
 264     registerModule(manager, &gmx_tcaf, "tcaf",
 265                    "Calculate viscosities of liquids");
 266     registerModule(manager, &gmx_traj, "traj",
 267                    "Plot x, v, f, box, temperature and rotational energy from trajectories");
 268     registerModule(manager, &gmx_tune_pme, "tune_pme",
 269                    "Time mdrun as a function of PME nodes to optimize settings");
 270     registerModule(manager, &gmx_vanhove, "vanhove",
 271                    "Compute Van Hove correlation functions");
 272     registerModule(manager, &gmx_velacc, "velacc",
 273                    "Calculate velocity autocorrelation functions");
 274     registerModule(manager, &gmx_wham, "wham",
 275                    "Perform weighted histogram analysis after umbrella sampling");
 276     registerModule(manager, &gmx_wheel, "wheel",
 277                    "Plot helical wheels");
 278     registerModule(manager, &gmx_view, "view",
 279                    "View a trajectory on an X-Windows terminal");
 280
 281     // TODO: Also include binaries from other directories than src/tools/:
 282     //        "g_xrama|Show animated Ramachandran plots");
 283     //        "mdrun|finds a potential energy minimum and calculates the Hessian");
 284     //        "mdrun|with -rerun (re)calculates energies for trajectory frames");
 285 }