src/ngmx/ngmx.cpp

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gyas ROwers Mature At Cryogenic Speed
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <ctype.h>
  40 #include <string.h>
  41
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "macros.h"
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "gmx_fatal.h"
  46 #include "typedefs.h"
  47 #include "string2.h"
  48 #include "statutil.h"
  49 #include "Xstuff.h"
  50 #include "gromacs.bm"
  51 #include "copyrite.h"
  52 #include "confio.h"
  53 #include "dialogs.h"
  54 #include "writeps.h"
  55 #include "molps.h"
  56 #include "nmol.h"
  57 #include "tpxio.h"
  58
  59 /* Forward declarations: I Don't want all that init shit here */
  60 void init_gmx(t_x11 *x11, char *program, int nfile, t_filenm fnm[],
  61               const output_env_t oenv);
  62
  63 static void dump_xw(char *dispname, Window w, char *fn)
  64 {
  65     char comm[256];
  66
  67     sprintf(comm, "xwd -id %d -display %s > %s", (int)w, dispname, fn);
  68
  69 #ifdef GMX_NO_SYSTEM
  70     printf("Warning-- No calls to system(3) supported on this platform.");
  71     printf("Warning-- Skipping execution of 'system(\"%s\")'.", buf);
  72 #else
  73     (void)system(comm);
  74 #endif
  75 }
  76
  77 static void dump_it(t_manager *man)
  78 {
  79     t_psdata ps;
  80
  81     ps = ps_open("ngmx.ps", 0, 0, man->molw->wd.width, man->molw->wd.height);
  82     ps_draw_mol(ps, man);
  83     ps_close(ps);
  84 }
  85
  86 static void done_gmx(t_x11 *x11, t_gmx *gmx)
  87 {
  88     done_logo(x11, gmx->logo);
  89     done_pd(x11, gmx->pd);
  90     done_man(x11, gmx->man);
  91     done_dlgs(gmx);
  92     x11->UnRegisterCallback(x11, gmx->wd->self);
  93 }
  94
  95 static void move_gmx(t_x11 *x11, t_gmx *gmx, int width, int height,
  96                      gmx_bool bSizePD)
  97 {
  98     int y0, wl, hl;
  99 #ifdef DEBUG
 100     fprintf(stderr, "Move gmx %dx%d\n", width, height);
 101 #endif
 102     y0 = XTextHeight(x11->font);
 103     /* Resize PD-Menu */
 104     if (bSizePD)
 105     {
 106         XResizeWindow(x11->disp, gmx->pd->wd.self, width, y0);
 107     }
 108
 109     XMoveWindow(x11->disp, gmx->man->wd.self, 0, y0+1);
 110     XResizeWindow(x11->disp, gmx->man->wd.self, width, height-y0-1);
 111
 112     wl = gmx->logo->wd.width;
 113     hl = gmx->logo->wd.height;
 114     XMoveWindow(x11->disp, gmx->logo->wd.self, (width-wl)/2, (height-y0-hl)/2);
 115 }
 116
 117 static gmx_bool HandleClient(t_x11 *x11, int ID, t_gmx *gmx)
 118 {
 119     t_pulldown *pd;
 120
 121     pd = gmx->pd;
 122
 123     switch (ID)
 124     {
 125         /* File Menu */
 126         case IDDUMPWIN:
 127             write_gmx(x11, gmx, IDDODUMP);
 128             break;
 129         case IDDODUMP:
 130             if (gmx->man->bAnimate)
 131             {
 132                 hide_but(x11, gmx->man->vbox);
 133             }
 134             dump_it(gmx->man);
 135             if (gmx->man->bAnimate)
 136             {
 137                 show_but(x11, gmx->man->vbox);
 138             }
 139             break;
 140         case IDCLOSE:
 141         case IDIMPORT:
 142         case IDEXPORT:
 143             ShowDlg(gmx->dlgs[edExport]);
 144             break;
 145         case IDDOEXPORT:
 146             write_sto_conf(gmx->confout, *gmx->man->top.name,
 147                            &(gmx->man->top.atoms),
 148                            gmx->man->x, NULL, gmx->man->molw->ePBC, gmx->man->box);
 149             break;
 150         case IDQUIT:
 151             show_mb(gmx, emQuit);
 152             break;
 153         case IDTERM:
 154             done_gmx(x11, gmx);
 155             return TRUE;
 156
 157         /* Edit Menu */
 158         case IDEDITTOP:
 159             edit_file("topol.gmx");
 160             break;
 161         case IDEDITCOORDS:
 162             edit_file("confin.gmx");
 163             break;
 164         case IDEDITPARAMS:
 165             edit_file("mdparin.gmx");
 166             break;
 167
 168         /* Display Menu */
 169         case IDFILTER:
 170             if (gmx->filter)
 171             {
 172                 ShowDlg(gmx->dlgs[edFilter]);
 173             }
 174             break;
 175         case IDDOFILTER:
 176             do_filter(x11, gmx->man, gmx->filter);
 177             break;
 178         case IDANIMATE:
 179             check_pd_item(pd, IDANIMATE, toggle_animate(x11, gmx->man));
 180             break;
 181         case IDLABELSOFF:
 182             no_labels(x11, gmx->man);
 183             break;
 184         case IDRESETVIEW:
 185             reset_view(gmx->man->view);
 186             ExposeWin(x11->disp, gmx->man->molw->wd.self);
 187             break;
 188         case IDPHOTO:
 189             show_mb(gmx, emNotImplemented);
 190             break;
 191         case IDBONDOPTS:
 192             ShowDlg(gmx->dlgs[edBonds]);
 193             break;
 194         case IDTHIN:
 195             set_bond_type(x11, gmx->man->molw, eBThin);
 196             break;
 197         case IDFAT:
 198             set_bond_type(x11, gmx->man->molw, eBFat);
 199             break;
 200         case IDVERYFAT:
 201             set_bond_type(x11, gmx->man->molw, eBVeryFat);
 202             break;
 203         case IDBALLS:
 204             set_bond_type(x11, gmx->man->molw, eBSpheres);
 205             break;
 206         case IDNOBOX:
 207             set_box_type(x11, gmx->man->molw, esbNone);
 208             break;
 209         case IDRECTBOX:
 210             set_box_type(x11, gmx->man->molw, esbRect);
 211             break;
 212         case IDTRIBOX:
 213             set_box_type(x11, gmx->man->molw, esbTri);
 214             break;
 215         case IDTOBOX:
 216             set_box_type(x11, gmx->man->molw, esbTrunc);
 217             break;
 218
 219         /* Analysis Menu */
 220         case IDBOND:
 221         case IDANGLE:
 222         case IDDIH:
 223         case IDRMS:
 224         case IDRDF:
 225         case IDENERGIES:
 226         case IDCORR:
 227             show_mb(gmx, emNotImplemented);
 228             break;
 229
 230         /* Help Menu */
 231         case IDHELP:
 232             show_mb(gmx, emHelp);
 233             break;
 234         case IDABOUT:
 235             show_logo(x11, gmx->logo);
 236             break;
 237
 238         default:
 239             break;
 240     }
 241     return FALSE;
 242 }
 243
 244 static gmx_bool MainCallBack(t_x11 *x11, XEvent *event, Window w, void *data)
 245 {
 246     t_gmx    *gmx;
 247     int       nsel, width, height;
 248     gmx_bool  result;
 249
 250     result = FALSE;
 251     gmx    = (t_gmx *)data;
 252     switch (event->type)
 253     {
 254         case ButtonRelease:
 255             hide_pd(x11, gmx->pd);
 256             break;
 257         case ConfigureNotify:
 258             width  = event->xconfigure.width;
 259             height = event->xconfigure.height;
 260             if ((width != gmx->wd->width) || (height != gmx->wd->height))
 261             {
 262                 move_gmx(x11, gmx, width, height, TRUE);
 263             }
 264             break;
 265         case ClientMessage:
 266             hide_pd(x11, gmx->pd);
 267             nsel   = event->xclient.data.l[0];
 268             result = HandleClient(x11, nsel, gmx);
 269             break;
 270         default:
 271             break;
 272     }
 273     return result;
 274 }
 275
 276 int main(int argc, char *argv[])
 277 {
 278     const char  *desc[] = {
 279         "[TT]ngmx[tt] is the GROMACS trajectory viewer. This program reads a",
 280         "trajectory file, a run input file and an index file and plots a",
 281         "3D structure of your molecule on your standard X Window",
 282         "screen. No need for a high end graphics workstation, it even",
 283         "works on Monochrome screens.[PAR]",
 284         "The following features have been implemented:",
 285         "3D view, rotation, translation and scaling of your molecule(s),",
 286         "labels on atoms, animation of trajectories,",
 287         "hardcopy in PostScript format, user defined atom-filters",
 288         "runs on MIT-X (real X), open windows and motif,",
 289         "user friendly menus, option to remove periodicity, option to",
 290         "show computational box.[PAR]",
 291         "Some of the more common X command line options can be used: ",
 292         "[TT]-bg[tt], [TT]-fg[tt] change colors, [TT]-font fontname[tt] changes the font."
 293     };
 294     const char  *bugs[] = {
 295         "Balls option does not work",
 296         "Some times dumps core without a good reason"
 297     };
 298
 299     output_env_t oenv;
 300     t_x11       *x11;
 301     t_filenm     fnm[] = {
 302         { efTRX, "-f", NULL, ffREAD },
 303         { efTPX, NULL, NULL, ffREAD },
 304         { efNDX, NULL, NULL, ffOPTRD }
 305     };
 306 #define NFILE asize(fnm)
 307
 308     CopyRight(stderr, argv[0]);
 309     parse_common_args(&argc, argv, PCA_CAN_TIME, NFILE, fnm,
 310                       0, NULL, asize(desc), desc, asize(bugs), bugs, &oenv);
 311
 312     if ((x11 = GetX11(&argc, argv)) == NULL)
 313     {
 314         fprintf(stderr, "Can't connect to X Server.\n"
 315                 "Check your DISPLAY environment variable\n");
 316         exit(1);
 317     }
 318     init_gmx(x11, argv[0], NFILE, fnm, oenv);
 319
 320     x11->MainLoop(x11);
 321     x11->CleanUp(x11);
 322
 323     gmx_thanx(stderr);
 324
 325     return 0;
 326 }
 327
 328 static t_mentry  FileMenu[] = {
 329     { 0,  IDEXPORT,   FALSE,  "Export..." },
 330     { 0,  IDDUMPWIN,  FALSE,  "Print"     },
 331     { 0,  IDQUIT,     FALSE,  "Quit"      }
 332 };
 333
 334 static t_mentry  DispMenu[] = {
 335     { 0,  IDFILTER,   FALSE,  "Filter..." },
 336     { 0,  IDANIMATE,  FALSE,  "Animate"   },
 337     { 0,  IDLABELSOFF,    FALSE,  "Labels Off"},
 338     { 0,  IDRESETVIEW,    FALSE,  "Reset View"},
 339     { 0,  IDBONDOPTS,     FALSE,  "Options..."}
 340 };
 341
 342 static t_mentry  HelpMenu[] = {
 343     { 0,  IDHELP,     FALSE,  "Help"             },
 344     { 0,  IDABOUT,    FALSE,  "About Gromacs..." }
 345 };
 346
 347 static t_mentry *gmx_pd[] = { FileMenu, DispMenu, HelpMenu };
 348
 349 #define MSIZE asize(gmx_pd)
 350
 351 static int         gmx_pd_size[MSIZE] = {
 352     asize(FileMenu), asize(DispMenu), asize(HelpMenu)
 353 };
 354
 355 static const char *MenuTitle[MSIZE] = {
 356     "File", "Display", "Help"
 357 };
 358
 359 void init_gmx(t_x11 *x11, char *program, int nfile, t_filenm fnm[],
 360               const output_env_t oenv)
 361 {
 362     Pixmap                pm;
 363     t_gmx                *gmx;
 364     XSizeHints            hints;
 365     int                   w0, h0;
 366     int                   natom, natom_trx;
 367     t_topology            top;
 368     int                   ePBC;
 369     matrix                box;
 370     t_trxframe            fr;
 371     t_trxstatus          *status;
 372     char                  quote[256];
 373
 374     snew(gmx, 1);
 375     snew(gmx->wd, 1);
 376
 377     ePBC = read_tpx_top(ftp2fn(efTPX, nfile, fnm),
 378                         NULL, box, &natom, NULL, NULL, NULL, &top);
 379
 380     read_first_frame(oenv, &status, ftp2fn(efTRX, nfile, fnm), &fr, TRX_DONT_SKIP);
 381     close_trx(status);
 382     natom_trx = fr.natoms;
 383
 384     /* Creates a simple window */
 385     w0 = DisplayWidth(x11->disp, x11->screen)-132;
 386     h0 = DisplayHeight(x11->disp, x11->screen)-140;
 387     bromacs(quote, 255);
 388     InitWin(gmx->wd, 0, 0, w0, h0, 3, quote);
 389     gmx->wd->self = XCreateSimpleWindow(x11->disp, x11->root,
 390                                         gmx->wd->x, gmx->wd->y,
 391                                         gmx->wd->width, gmx->wd->height,
 392                                         gmx->wd->bwidth, WHITE, BLACK);
 393     pm = XCreatePixmapFromBitmapData(x11->disp, x11->root,
 394                                      (char *)gromacs_bits, gromacs_width,
 395                                      gromacs_height,
 396                                      WHITE, BLACK, 1);
 397     hints.flags      = PMinSize;
 398     hints.min_width  = 2*EWIDTH+40;
 399     hints.min_height = EHEIGHT+LDHEIGHT+LEGHEIGHT+40;
 400     XSetStandardProperties(x11->disp, gmx->wd->self, gmx->wd->text, program,
 401                            pm, NULL, 0, &hints);
 402
 403     x11->RegisterCallback(x11, gmx->wd->self, x11->root, MainCallBack, gmx);
 404     x11->SetInputMask(x11, gmx->wd->self,
 405                       ButtonPressMask     | ButtonReleaseMask |
 406                       OwnerGrabButtonMask | ExposureMask      |
 407                       StructureNotifyMask);
 408
 409     /* The order of creating windows is important here! */
 410     /* Manager */
 411     gmx->man  = init_man(x11, gmx->wd->self, 0, 0, 1, 1, WHITE, BLACK, ePBC, box, oenv);
 412     gmx->logo = init_logo(x11, gmx->wd->self, FALSE);
 413
 414     /* Now put all windows in the proper place */
 415     move_gmx(x11, gmx, w0, h0, FALSE);
 416
 417     XMapWindow(x11->disp, gmx->wd->self);
 418     map_man(x11, gmx->man);
 419
 420     /* Pull Down menu */
 421     gmx->pd = init_pd(x11, gmx->wd->self, gmx->wd->width,
 422                       XTextHeight(x11->font), x11->fg, x11->bg,
 423                       MSIZE, gmx_pd_size, gmx_pd, MenuTitle);
 424
 425     /* Dialogs & Filters */
 426
 427     gmx->filter = init_filter(&(top.atoms), ftp2fn_null(efNDX, nfile, fnm),
 428                               natom_trx);
 429
 430     init_dlgs(x11, gmx);
 431
 432     /* Now do file shit */
 433     set_file(x11, gmx->man, ftp2fn(efTRX, nfile, fnm), ftp2fn(efTPX, nfile, fnm));
 434
 435     /*show_logo(x11,gmx->logo);*/
 436
 437     ShowDlg(gmx->dlgs[edFilter]);
 438 }