src/ngmx/ngmx.c

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *       This source code is part of
   5  *
   6  *        G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  * GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *               VERSION 2.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-1999
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * Please refer to:
  17  * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  18  * H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  19  * Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  20  *
  21  * Also check out our WWW page:
  22  * http://md.chem.rug.nl/~gmx
  23  * or e-mail to:
  24  * gromacs@chem.rug.nl
  25  *
  26  * And Hey:
  27  * Great Red Oystrich Makes All Chemists Sane
  28  */
  29 static char *SRCID_ngmx_c = "$Id$";
  30
  31 #include <ctype.h>
  32 #include <string.h>
  33
  34 #include "sysstuff.h"
  35 #include "macros.h"
  36 #include "smalloc.h"
  37 #include "fatal.h"
  38 #include "typedefs.h"
  39 #include "string2.h"
  40 #include "statutil.h"
  41 #include "Xstuff.h"
  42 #include "gromacs.bm"
  43 #include "copyrite.h"
  44 #include "confio.h"
  45 #include "dialogs.h"
  46 #include "writeps.h"
  47 #include "molps.h"
  48 #include "nmol.h"
  49 #include "tpxio.h"
  50
  51 /* Forward declarations: I Don't want all that init shit here */
  52 void init_gmx(t_x11 *x11,char *program,int nfile,t_filenm fnm[]);
  53
  54 int EventSignaller(t_manager *man);
  55
  56 static void dump_xw(char *dispname,Window w,char *fn)
  57 {
  58   char comm[256];
  59
  60   sprintf(comm,"xwd -id %d -display %s > %s",(int)w,dispname,fn);
  61   system(comm);
  62 }
  63
  64 static void dump_it(t_manager *man)
  65 {
  66   FILE *ps;
  67
  68   ps=ps_open("ngmx.ps",0,0,man->molw->wd.width,man->molw->wd.height);
  69   ps_draw_mol(ps,man);
  70   ps_close(ps);
  71 }
  72
  73 static void done_gmx(t_x11 *x11,t_gmx *gmx)
  74 {
  75   done_logo(x11,gmx->logo);
  76   done_pd(x11,gmx->pd);
  77   done_man(x11,gmx->man);
  78   done_dlgs(gmx);
  79   x11->UnRegisterCallback(x11,gmx->wd->self);
  80 }
  81
  82 static void move_gmx(t_x11 *x11,t_gmx *gmx,int width,int height,
  83                      bool bSizePD)
  84 {
  85   int y0,wl,hl;
  86 #ifdef DEBUG
  87   fprintf(stderr,"Move gmx %dx%d\n",width,height);
  88 #endif
  89   y0=XTextHeight(x11->font);
  90   /* Resize PD-Menu */
  91   if (bSizePD)
  92     XResizeWindow(x11->disp,gmx->pd->wd.self,width,y0);
  93
  94   XMoveWindow(x11->disp,gmx->man->wd.self,0,y0+1);
  95   XResizeWindow(x11->disp,gmx->man->wd.self,width,height-y0-1);
  96
  97   wl=gmx->logo->wd.width;
  98   hl=gmx->logo->wd.height;
  99   XMoveWindow(x11->disp,gmx->logo->wd.self,(width-wl)/2,(height-y0-hl)/2);
 100 }
 101
 102 static bool HandleClient(t_x11 *x11,int ID,t_gmx *gmx)
 103 {
 104   t_pulldown *pd;
 105
 106   pd=gmx->pd;
 107
 108   switch(ID) {
 109     /* File Menu */
 110   case IDDUMPWIN:
 111     write_gmx(x11,gmx,IDDODUMP);
 112     break;
 113   case IDDODUMP:
 114     if (gmx->man->bAnimate)
 115       hide_but(x11,gmx->man->vbox);
 116     dump_it(gmx->man);
 117     if (gmx->man->bAnimate)
 118       show_but(x11,gmx->man->vbox);
 119     break;
 120   case IDCLOSE:
 121   case IDIMPORT:
 122   case IDEXPORT:
 123     ShowDlg(gmx->dlgs[edExport]);
 124     break;
 125   case IDDOEXPORT:
 126     write_sto_conf(gmx->confout,*gmx->man->top.name,
 127                    &(gmx->man->top.atoms),
 128                    gmx->man->x,NULL,gmx->man->box);
 129     break;
 130   case IDQUIT:
 131     show_mb(gmx,emQuit);
 132     break;
 133   case IDTERM:
 134     done_gmx(x11,gmx);
 135     return TRUE;
 136
 137     /* Edit Menu */
 138   case IDEDITTOP:
 139     edit_file("topol.gmx");
 140     break;
 141   case IDEDITCOORDS:
 142     edit_file("confin.gmx");
 143     break;
 144   case IDEDITPARAMS:
 145     edit_file("mdparin.gmx");
 146     break;
 147
 148     /* Display Menu */
 149   case IDFILTER:
 150     if (gmx->filter)
 151       ShowDlg(gmx->dlgs[edFilter]);
 152     break;
 153   case IDDOFILTER:
 154     do_filter(x11,gmx->man,gmx->filter);
 155     break;
 156   case IDANIMATE:
 157     check_pd_item(pd,IDANIMATE,toggle_animate(x11,gmx->man));
 158     break;
 159   case IDLABELSOFF:
 160     no_labels(x11,gmx->man);
 161     break;
 162   case IDRESETVIEW:
 163     reset_view(gmx->man->view);
 164     ExposeWin(x11->disp,gmx->man->molw->wd.self);
 165     break;
 166   case IDPHOTO:
 167     show_mb(gmx,emNotImplemented);
 168     break;
 169   case IDBONDOPTS:
 170     ShowDlg(gmx->dlgs[edBonds]);
 171     break;
 172   case IDTHIN:
 173     set_bond_type(x11,gmx->man->molw,eBThin);
 174     break;
 175   case IDFAT:
 176     set_bond_type(x11,gmx->man->molw,eBFat);
 177     break;
 178   case IDVERYFAT:
 179     set_bond_type(x11,gmx->man->molw,eBVeryFat);
 180     break;
 181   case IDBALLS:
 182     set_bond_type(x11,gmx->man->molw,eBSpheres);
 183     break;
 184   case IDNOBOX:
 185     set_box_type(x11,gmx->man->molw,esbNone);
 186     break;
 187   case IDRECTBOX:
 188     set_box_type(x11,gmx->man->molw,esbRect);
 189     break;
 190   case IDTRIBOX:
 191     set_box_type(x11,gmx->man->molw,esbTri);
 192     break;
 193   case IDTOBOX:
 194     set_box_type(x11,gmx->man->molw,esbTrunc);
 195     break;
 196
 197     /* Analysis Menu */
 198   case IDBOND:
 199   case IDANGLE:
 200   case IDDIH:
 201   case IDRMS:
 202   case IDRDF:
 203   case IDENERGIES:
 204   case IDCORR:
 205     show_mb(gmx,emNotImplemented);
 206     break;
 207
 208     /* Help Menu */
 209   case IDHELP:
 210     show_mb(gmx,emHelp);
 211     break;
 212   case IDABOUT:
 213     show_logo(x11,gmx->logo);
 214     break;
 215
 216   default:
 217     break;
 218   }
 219   return FALSE;
 220 }
 221
 222 static bool MainCallBack(t_x11 *x11,XEvent *event, Window w, void *data)
 223 {
 224   t_gmx *gmx;
 225   int   nsel,width,height;
 226   bool  result;
 227
 228   result = FALSE;
 229   gmx=(t_gmx *)data;
 230   switch(event->type) {
 231   case ButtonRelease:
 232     hide_pd(x11,gmx->pd);
 233     break;
 234   case ConfigureNotify:
 235     width=event->xconfigure.width;
 236     height=event->xconfigure.height;
 237     if ((width!=gmx->wd->width) || (height!=gmx->wd->height))
 238       move_gmx(x11,gmx,width,height,TRUE);
 239     break;
 240   case ClientMessage:
 241     hide_pd(x11,gmx->pd);
 242     nsel=event->xclient.data.l[0];
 243     result = HandleClient(x11,nsel,gmx);
 244     break;
 245   default:
 246     break;
 247   }
 248   return result;
 249 }
 250
 251 int main(int argc, char *argv[])
 252 {
 253   static char *desc[] = {
 254     "ngmx is the Gromacs trajectory viewer. This program reads a",
 255     "trajectory file, a run input file and an index file and plots a",
 256     "3D structure of your molecule on your standard X Window",
 257     "screen. No need for a high end graphics workstation, it even",
 258     "works on Monochrome screens.[PAR]",
 259     "The following features have been implemented:",
 260     "3D view, rotation, translation and scaling of your molecule(s),",
 261     "labels on atoms, animation of trajectories,",
 262     "hardcopy in PostScript format, user defined atom-filters",
 263     "runs on MIT-X (real X), open windows and motif,",
 264     "user friendly menus, option to remove periodicity, option to",
 265     "show computational box.[PAR]",
 266     "Some of the more common X command line options can be used:[BR]",
 267     "-bg, -fg change colors, -font fontname, changes the font."
 268   };
 269   static char *bugs[] = {
 270     "Balls option does not work",
 271     "Some times dumps core without a good reason"
 272   };
 273
 274   t_x11 *x11;
 275   t_filenm fnm[] = {
 276     { efTRX, "-f", NULL, ffREAD },
 277     { efTPX, NULL, NULL, ffREAD },
 278     { efNDX, NULL, NULL, ffOPTRD }
 279   };
 280 #define NFILE asize(fnm)
 281
 282   CopyRight(stdout,argv[0]);
 283   parse_common_args(&argc,argv,PCA_CAN_TIME,FALSE,NFILE,fnm,
 284                     0,NULL,asize(desc),desc,asize(bugs),bugs);
 285
 286   if ((x11=GetX11(&argc,argv))==NULL) {
 287     fprintf(stderr,"Can't connect to X Server.\n"
 288             "Check your DISPLAY environment variable\n");
 289     exit(1);
 290   }
 291   init_gmx(x11,argv[0],NFILE,fnm);
 292
 293   x11->MainLoop(x11);
 294   x11->CleanUp(x11);
 295
 296   thanx(stderr);
 297
 298   return 0;
 299 }
 300
 301 static t_mentry FileMenu[] = {
 302   { 0,  IDEXPORT,       FALSE,  "Export..." },
 303   { 0,  IDDUMPWIN,      FALSE,  "Print"     },
 304   { 0,  IDQUIT,         FALSE,  "Quit"      }
 305 };
 306
 307 static t_mentry DispMenu[] = {
 308   { 0,  IDFILTER,       FALSE,  "Filter..." },
 309   { 0,  IDANIMATE,      FALSE,  "Animate"   },
 310   { 0,  IDLABELSOFF,    FALSE,  "Labels Off"},
 311   { 0,  IDRESETVIEW,    FALSE,  "Reset View"},
 312   { 0,  IDBONDOPTS,     FALSE,  "Options..."}
 313 };
 314
 315 static t_mentry HelpMenu[] = {
 316   { 0,  IDHELP,         FALSE,  "Help"             },
 317   { 0,  IDABOUT,        FALSE,  "About Gromacs..." }
 318 };
 319
 320 static t_mentry *gmx_pd[] = { FileMenu, DispMenu, HelpMenu };
 321
 322 #define MSIZE asize(gmx_pd)
 323
 324 static int gmx_pd_size[MSIZE] = {
 325   asize(FileMenu), asize(DispMenu), asize(HelpMenu)
 326 };
 327
 328 static char *MenuTitle[MSIZE] = {
 329   "File", "Display", "Help"
 330 };
 331
 332 void init_gmx(t_x11 *x11,char *program,int nfile,t_filenm fnm[])
 333 {
 334   Pixmap               pm;
 335   t_gmx                *gmx;
 336   XSizeHints           hints;
 337   int                  w0,h0;
 338   int                  step,natom,nre,natom_trx;
 339   real                 t,lambda;
 340   t_topology           top;
 341   matrix               box;
 342   t_trxframe           fr;
 343   int                  status;
 344
 345   snew(gmx,1);
 346   snew(gmx->wd,1);
 347
 348   read_tpx(ftp2fn(efTPX,nfile,fnm),&step,&t,&lambda,NULL,box,
 349            &natom,NULL,NULL,NULL,&top);
 350
 351   read_first_frame(&status,ftp2fn(efTRX,nfile,fnm),&fr,TRX_DONT_SKIP);
 352   close_trx(status);
 353   natom_trx = fr.natoms;
 354
 355   /* Creates a simple window */
 356   w0=DisplayWidth(x11->disp,x11->screen)-132;
 357   h0=DisplayHeight(x11->disp,x11->screen)-140;
 358   InitWin(gmx->wd,0,0,w0,h0,3,bromacs());
 359   gmx->wd->self=XCreateSimpleWindow(x11->disp,x11->root,
 360                                     gmx->wd->x, gmx->wd->y,
 361                                     gmx->wd->width,gmx->wd->height,
 362                                     gmx->wd->bwidth,WHITE,BLACK);
 363   pm=XCreatePixmapFromBitmapData(x11->disp,x11->root,
 364                                  (char *)gromacs_bits,gromacs_width,
 365                                  gromacs_height,
 366                                  WHITE,BLACK,1);
 367   hints.flags=PMinSize;
 368   hints.min_width=2*EWIDTH+40;
 369   hints.min_height=EHEIGHT+LDHEIGHT+LEGHEIGHT+40;
 370   XSetStandardProperties(x11->disp,gmx->wd->self,gmx->wd->text,program,
 371                          pm,NULL,0,&hints);
 372
 373   x11->RegisterCallback(x11,gmx->wd->self,x11->root,MainCallBack,gmx);
 374   x11->SetInputMask(x11,gmx->wd->self,
 375                     ButtonPressMask     | ButtonReleaseMask |
 376                     OwnerGrabButtonMask | ExposureMask      |
 377                     StructureNotifyMask);
 378
 379   /* The order of creating windows is important here! */
 380   /* Manager */
 381   gmx->man  = init_man(x11,gmx->wd->self,0,0,1,1,WHITE,BLACK,box);
 382   gmx->logo = init_logo(x11,gmx->wd->self);
 383
 384   /* Now put all windows in the proper place */
 385   move_gmx(x11,gmx,w0,h0,FALSE);
 386
 387   XMapWindow(x11->disp,gmx->wd->self);
 388   map_man(x11,gmx->man);
 389
 390   /* Pull Down menu */
 391   gmx->pd=init_pd(x11,gmx->wd->self,gmx->wd->width,
 392                   XTextHeight(x11->font),x11->fg,x11->bg,
 393                   MSIZE,gmx_pd_size,gmx_pd,MenuTitle);
 394
 395   /* Dialogs & Filters */
 396
 397   gmx->filter=init_filter(&(top.atoms),ftp2fn_null(efNDX,nfile,fnm),
 398                           natom_trx);
 399
 400   init_dlgs(x11,gmx);
 401
 402   /* Now do file shit */
 403   set_file(x11,gmx->man,ftp2fn(efTRX,nfile,fnm),ftp2fn(efTPX,nfile,fnm));
 404
 405   /*show_logo(x11,gmx->logo);*/
 406
 407   ShowDlg(gmx->dlgs[edFilter]);
 408 }
 409