src/ngmx/ngmx.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gyas ROwers Mature At Cryogenic Speed
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <ctype.h>
  40 #include <string.h>
  41
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "macros.h"
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "gmx_fatal.h"
  46 #include "typedefs.h"
  47 #include "string2.h"
  48 #include "statutil.h"
  49 #include "Xstuff.h"
  50 #include "gromacs.bm"
  51 #include "copyrite.h"
  52 #include "confio.h"
  53 #include "dialogs.h"
  54 #include "writeps.h"
  55 #include "molps.h"
  56 #include "nmol.h"
  57 #include "tpxio.h"
  58
  59 /* Forward declarations: I Don't want all that init shit here */
  60 void init_gmx(t_x11 *x11,char *program,int nfile,t_filenm fnm[],
  61               const output_env_t oenv);
  62
  63 static void dump_xw(char *dispname,Window w,char *fn)
  64 {
  65   char comm[256];
  66   int  rc;
  67
  68   sprintf(comm,"xwd -id %d -display %s > %s",(int)w,dispname,fn);
  69
  70 #ifdef GMX_NO_SYSTEM
  71   printf("Warning-- No calls to system(3) supported on this platform.");
  72   printf("Warning-- Skipping execution of 'system(\"%s\")'.", buf);
  73 #else
  74   rc=system(comm);
  75 #endif
  76 }
  77
  78 static void dump_it(t_manager *man)
  79 {
  80   t_psdata ps;
  81
  82   ps=ps_open("ngmx.ps",0,0,man->molw->wd.width,man->molw->wd.height);
  83   ps_draw_mol(ps,man);
  84   ps_close(ps);
  85 }
  86
  87 static void done_gmx(t_x11 *x11,t_gmx *gmx)
  88 {
  89   done_logo(x11,gmx->logo);
  90   done_pd(x11,gmx->pd);
  91   done_man(x11,gmx->man);
  92   done_dlgs(gmx);
  93   x11->UnRegisterCallback(x11,gmx->wd->self);
  94 }
  95
  96 static void move_gmx(t_x11 *x11,t_gmx *gmx,int width,int height,
  97                      gmx_bool bSizePD)
  98 {
  99   int y0,wl,hl;
 100 #ifdef DEBUG
 101   fprintf(stderr,"Move gmx %dx%d\n",width,height);
 102 #endif
 103   y0=XTextHeight(x11->font);
 104   /* Resize PD-Menu */
 105   if (bSizePD)
 106     XResizeWindow(x11->disp,gmx->pd->wd.self,width,y0);
 107
 108   XMoveWindow(x11->disp,gmx->man->wd.self,0,y0+1);
 109   XResizeWindow(x11->disp,gmx->man->wd.self,width,height-y0-1);
 110
 111   wl=gmx->logo->wd.width;
 112   hl=gmx->logo->wd.height;
 113   XMoveWindow(x11->disp,gmx->logo->wd.self,(width-wl)/2,(height-y0-hl)/2);
 114 }
 115
 116 static gmx_bool HandleClient(t_x11 *x11,int ID,t_gmx *gmx)
 117 {
 118   t_pulldown *pd;
 119
 120   pd=gmx->pd;
 121
 122   switch(ID) {
 123     /* File Menu */
 124   case IDDUMPWIN:
 125     write_gmx(x11,gmx,IDDODUMP);
 126     break;
 127   case IDDODUMP:
 128     if (gmx->man->bAnimate)
 129       hide_but(x11,gmx->man->vbox);
 130     dump_it(gmx->man);
 131     if (gmx->man->bAnimate)
 132       show_but(x11,gmx->man->vbox);
 133     break;
 134   case IDCLOSE:
 135   case IDIMPORT:
 136   case IDEXPORT:
 137     ShowDlg(gmx->dlgs[edExport]);
 138     break;
 139   case IDDOEXPORT:
 140     write_sto_conf(gmx->confout,*gmx->man->top.name,
 141                    &(gmx->man->top.atoms),
 142                    gmx->man->x,NULL,gmx->man->molw->ePBC,gmx->man->box);
 143     break;
 144   case IDQUIT:
 145     show_mb(gmx,emQuit);
 146     break;
 147   case IDTERM:
 148     done_gmx(x11,gmx);
 149     return TRUE;
 150
 151     /* Edit Menu */
 152   case IDEDITTOP:
 153     edit_file("topol.gmx");
 154     break;
 155   case IDEDITCOORDS:
 156     edit_file("confin.gmx");
 157     break;
 158   case IDEDITPARAMS:
 159     edit_file("mdparin.gmx");
 160     break;
 161
 162     /* Display Menu */
 163   case IDFILTER:
 164     if (gmx->filter)
 165       ShowDlg(gmx->dlgs[edFilter]);
 166     break;
 167   case IDDOFILTER:
 168     do_filter(x11,gmx->man,gmx->filter);
 169     break;
 170   case IDANIMATE:
 171     check_pd_item(pd,IDANIMATE,toggle_animate(x11,gmx->man));
 172     break;
 173   case IDLABELSOFF:
 174     no_labels(x11,gmx->man);
 175     break;
 176   case IDRESETVIEW:
 177     reset_view(gmx->man->view);
 178     ExposeWin(x11->disp,gmx->man->molw->wd.self);
 179     break;
 180   case IDPHOTO:
 181     show_mb(gmx,emNotImplemented);
 182     break;
 183   case IDBONDOPTS:
 184     ShowDlg(gmx->dlgs[edBonds]);
 185     break;
 186   case IDTHIN:
 187     set_bond_type(x11,gmx->man->molw,eBThin);
 188     break;
 189   case IDFAT:
 190     set_bond_type(x11,gmx->man->molw,eBFat);
 191     break;
 192   case IDVERYFAT:
 193     set_bond_type(x11,gmx->man->molw,eBVeryFat);
 194     break;
 195   case IDBALLS:
 196     set_bond_type(x11,gmx->man->molw,eBSpheres);
 197     break;
 198   case IDNOBOX:
 199     set_box_type(x11,gmx->man->molw,esbNone);
 200     break;
 201   case IDRECTBOX:
 202     set_box_type(x11,gmx->man->molw,esbRect);
 203     break;
 204   case IDTRIBOX:
 205     set_box_type(x11,gmx->man->molw,esbTri);
 206     break;
 207   case IDTOBOX:
 208     set_box_type(x11,gmx->man->molw,esbTrunc);
 209     break;
 210
 211     /* Analysis Menu */
 212   case IDBOND:
 213   case IDANGLE:
 214   case IDDIH:
 215   case IDRMS:
 216   case IDRDF:
 217   case IDENERGIES:
 218   case IDCORR:
 219     show_mb(gmx,emNotImplemented);
 220     break;
 221
 222     /* Help Menu */
 223   case IDHELP:
 224     show_mb(gmx,emHelp);
 225     break;
 226   case IDABOUT:
 227     show_logo(x11,gmx->logo);
 228     break;
 229
 230   default:
 231     break;
 232   }
 233   return FALSE;
 234 }
 235
 236 static gmx_bool MainCallBack(t_x11 *x11,XEvent *event, Window w, void *data)
 237 {
 238   t_gmx *gmx;
 239   int   nsel,width,height;
 240   gmx_bool  result;
 241
 242   result = FALSE;
 243   gmx=(t_gmx *)data;
 244   switch(event->type) {
 245   case ButtonRelease:
 246     hide_pd(x11,gmx->pd);
 247     break;
 248   case ConfigureNotify:
 249     width=event->xconfigure.width;
 250     height=event->xconfigure.height;
 251     if ((width!=gmx->wd->width) || (height!=gmx->wd->height))
 252       move_gmx(x11,gmx,width,height,TRUE);
 253     break;
 254   case ClientMessage:
 255     hide_pd(x11,gmx->pd);
 256     nsel=event->xclient.data.l[0];
 257     result = HandleClient(x11,nsel,gmx);
 258     break;
 259   default:
 260     break;
 261   }
 262   return result;
 263 }
 264
 265 int main(int argc, char *argv[])
 266 {
 267   const char *desc[] = {
 268     "[TT]ngmx[tt] is the GROMACS trajectory viewer. This program reads a",
 269     "trajectory file, a run input file and an index file and plots a",
 270     "3D structure of your molecule on your standard X Window",
 271     "screen. No need for a high end graphics workstation, it even",
 272     "works on Monochrome screens.[PAR]",
 273     "The following features have been implemented:",
 274     "3D view, rotation, translation and scaling of your molecule(s),",
 275     "labels on atoms, animation of trajectories,",
 276     "hardcopy in PostScript format, user defined atom-filters",
 277     "runs on MIT-X (real X), open windows and motif,",
 278     "user friendly menus, option to remove periodicity, option to",
 279     "show computational box.[PAR]",
 280     "Some of the more common X command line options can be used: ",
 281     "[TT]-bg[tt], [TT]-fg[tt] change colors, [TT]-font fontname[tt] changes the font."
 282   };
 283   const char *bugs[] = {
 284     "Balls option does not work",
 285     "Some times dumps core without a good reason"
 286   };
 287
 288   output_env_t oenv;
 289   t_x11 *x11;
 290   t_filenm fnm[] = {
 291     { efTRX, "-f", NULL, ffREAD },
 292     { efTPX, NULL, NULL, ffREAD },
 293     { efNDX, NULL, NULL, ffOPTRD }
 294   };
 295 #define NFILE asize(fnm)
 296
 297   CopyRight(stderr,argv[0]);
 298   parse_common_args(&argc,argv,PCA_CAN_TIME,NFILE,fnm,
 299                     0,NULL,asize(desc),desc,asize(bugs),bugs,&oenv);
 300
 301   if ((x11=GetX11(&argc,argv))==NULL) {
 302     fprintf(stderr,"Can't connect to X Server.\n"
 303             "Check your DISPLAY environment variable\n");
 304     exit(1);
 305   }
 306   init_gmx(x11,argv[0],NFILE,fnm,oenv);
 307
 308   x11->MainLoop(x11);
 309   x11->CleanUp(x11);
 310
 311   thanx(stderr);
 312
 313   return 0;
 314 }
 315
 316 static t_mentry FileMenu[] = {
 317   { 0,  IDEXPORT,       FALSE,  "Export..." },
 318   { 0,  IDDUMPWIN,      FALSE,  "Print"     },
 319   { 0,  IDQUIT,         FALSE,  "Quit"      }
 320 };
 321
 322 static t_mentry DispMenu[] = {
 323   { 0,  IDFILTER,       FALSE,  "Filter..." },
 324   { 0,  IDANIMATE,      FALSE,  "Animate"   },
 325   { 0,  IDLABELSOFF,    FALSE,  "Labels Off"},
 326   { 0,  IDRESETVIEW,    FALSE,  "Reset View"},
 327   { 0,  IDBONDOPTS,     FALSE,  "Options..."}
 328 };
 329
 330 static t_mentry HelpMenu[] = {
 331   { 0,  IDHELP,         FALSE,  "Help"             },
 332   { 0,  IDABOUT,        FALSE,  "About Gromacs..." }
 333 };
 334
 335 static t_mentry *gmx_pd[] = { FileMenu, DispMenu, HelpMenu };
 336
 337 #define MSIZE asize(gmx_pd)
 338
 339 static int gmx_pd_size[MSIZE] = {
 340   asize(FileMenu), asize(DispMenu), asize(HelpMenu)
 341 };
 342
 343 static const char *MenuTitle[MSIZE] = {
 344   "File", "Display", "Help"
 345 };
 346
 347 void init_gmx(t_x11 *x11,char *program,int nfile,t_filenm fnm[],
 348               const output_env_t oenv)
 349 {
 350   Pixmap               pm;
 351   t_gmx                *gmx;
 352   XSizeHints           hints;
 353   int                  w0,h0;
 354   int                  natom,nre,natom_trx;
 355   t_topology           top;
 356   int                  ePBC;
 357   matrix               box;
 358   t_trxframe           fr;
 359   t_trxstatus          *status;
 360   char                 quote[256];
 361
 362   snew(gmx,1);
 363   snew(gmx->wd,1);
 364
 365   ePBC = read_tpx_top(ftp2fn(efTPX,nfile,fnm),
 366                       NULL,box,&natom,NULL,NULL,NULL,&top);
 367
 368   read_first_frame(oenv,&status,ftp2fn(efTRX,nfile,fnm),&fr,TRX_DONT_SKIP);
 369   close_trx(status);
 370   natom_trx = fr.natoms;
 371
 372   /* Creates a simple window */
 373   w0=DisplayWidth(x11->disp,x11->screen)-132;
 374   h0=DisplayHeight(x11->disp,x11->screen)-140;
 375   bromacs(quote,255);
 376   InitWin(gmx->wd,0,0,w0,h0,3,quote);
 377   gmx->wd->self=XCreateSimpleWindow(x11->disp,x11->root,
 378                                     gmx->wd->x, gmx->wd->y,
 379                                     gmx->wd->width,gmx->wd->height,
 380                                     gmx->wd->bwidth,WHITE,BLACK);
 381   pm=XCreatePixmapFromBitmapData(x11->disp,x11->root,
 382                                  (char *)gromacs_bits,gromacs_width,
 383                                  gromacs_height,
 384                                  WHITE,BLACK,1);
 385   hints.flags=PMinSize;
 386   hints.min_width=2*EWIDTH+40;
 387   hints.min_height=EHEIGHT+LDHEIGHT+LEGHEIGHT+40;
 388   XSetStandardProperties(x11->disp,gmx->wd->self,gmx->wd->text,program,
 389                          pm,NULL,0,&hints);
 390
 391   x11->RegisterCallback(x11,gmx->wd->self,x11->root,MainCallBack,gmx);
 392   x11->SetInputMask(x11,gmx->wd->self,
 393                     ButtonPressMask     | ButtonReleaseMask |
 394                     OwnerGrabButtonMask | ExposureMask      |
 395                     StructureNotifyMask);
 396
 397   /* The order of creating windows is important here! */
 398   /* Manager */
 399   gmx->man  = init_man(x11,gmx->wd->self,0,0,1,1,WHITE,BLACK,ePBC,box,oenv);
 400   gmx->logo = init_logo(x11,gmx->wd->self,FALSE);
 401
 402   /* Now put all windows in the proper place */
 403   move_gmx(x11,gmx,w0,h0,FALSE);
 404
 405   XMapWindow(x11->disp,gmx->wd->self);
 406   map_man(x11,gmx->man);
 407
 408   /* Pull Down menu */
 409   gmx->pd=init_pd(x11,gmx->wd->self,gmx->wd->width,
 410                   XTextHeight(x11->font),x11->fg,x11->bg,
 411                   MSIZE,gmx_pd_size,gmx_pd,MenuTitle);
 412
 413   /* Dialogs & Filters */
 414
 415   gmx->filter=init_filter(&(top.atoms),ftp2fn_null(efNDX,nfile,fnm),
 416                           natom_trx);
 417
 418   init_dlgs(x11,gmx);
 419
 420   /* Now do file shit */
 421   set_file(x11,gmx->man,ftp2fn(efTRX,nfile,fnm),ftp2fn(efTPX,nfile,fnm));
 422
 423   /*show_logo(x11,gmx->logo);*/
 424
 425   ShowDlg(gmx->dlgs[edFilter]);
 426 }
 427