src/ngmx/molps.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <math.h>
  43 #include "sysstuff.h"
  44 #include <string.h>
  45 #include "smalloc.h"
  46 #include "macros.h"
  47 #include "xutil.h"
  48 #include "3dview.h"
  49 #include "gmx_fatal.h"
  50 #include "buttons.h"
  51 #include "manager.h"
  52 #include "nmol.h"
  53 #include "writeps.h"
  54 #include "nleg.h"
  55
  56 #define MSIZE 4
  57
  58 static void ps_draw_atom(t_psdata ps,atom_id ai,iv2 vec2[],char **atomnm[])
  59 {
  60   int xi,yi;
  61
  62   xi=vec2[ai][XX];
  63   yi=vec2[ai][YY];
  64   ps_rgb(ps,Type2RGB(*atomnm[ai]));
  65   ps_line(ps,xi-MSIZE,yi,xi+MSIZE+1,yi);
  66   ps_line(ps,xi,yi-MSIZE,xi,yi+MSIZE+1);
  67 }
  68
  69 /* Global variables */
  70 static rvec gl_fbox,gl_hbox,gl_mhbox;
  71
  72 static void init_pbc(matrix box)
  73 {
  74   int i;
  75
  76   for(i=0; (i<DIM); i++) {
  77     gl_fbox[i]  =  box[i][i];
  78     gl_hbox[i]  =  gl_fbox[i]*0.5;
  79     gl_mhbox[i] = -gl_hbox[i];
  80   }
  81 }
  82
  83 static gmx_bool local_pbc_dx(rvec x1, rvec x2)
  84 {
  85   int  i;
  86   real dx;
  87
  88   for(i=0; (i<DIM); i++) {
  89     dx=x1[i]-x2[i];
  90     if (dx > gl_hbox[i])
  91       return FALSE;
  92     else if (dx <= gl_mhbox[i])
  93       return FALSE;
  94   }
  95   return TRUE;
  96 }
  97
  98 static void ps_draw_bond(t_psdata ps,
  99                          atom_id ai,atom_id aj,iv2 vec2[],
 100                          rvec x[],char **atomnm[],int size[],gmx_bool bBalls)
 101 {
 102   char    *ic,*jc;
 103   int     xi,yi,xj,yj;
 104   int     xm,ym;
 105
 106   if (bBalls) {
 107     ps_draw_atom(ps,ai,vec2,atomnm);
 108     ps_draw_atom(ps,aj,vec2,atomnm);
 109   }
 110   else {
 111     if (local_pbc_dx(x[ai],x[aj])) {
 112       ic=*atomnm[ai];
 113       jc=*atomnm[aj];
 114       xi=vec2[ai][XX];
 115       yi=vec2[ai][YY];
 116       xj=vec2[aj][XX];
 117       yj=vec2[aj][YY];
 118
 119       if (ic != jc) {
 120         xm=(xi+xj) >> 1;
 121         ym=(yi+yj) >> 1;
 122
 123         ps_rgb(ps,Type2RGB(ic));
 124         ps_line(ps,xi,yi,xm,ym);
 125         ps_rgb(ps,Type2RGB(jc));
 126         ps_line(ps,xm,ym,xj,yj);
 127       }
 128       else {
 129         ps_rgb(ps,Type2RGB(ic));
 130         ps_line(ps,xi,yi,xj,yj);
 131       }
 132     }
 133   }
 134 }
 135
 136 void ps_draw_objects(t_psdata ps,int nobj,t_object objs[],iv2 vec2[],rvec x[],
 137                      char **atomnm[],int size[],gmx_bool bShowHydro,int bond_type,
 138                      gmx_bool bPlus)
 139 {
 140   gmx_bool     bBalls;
 141   int      i;
 142   t_object *obj;
 143
 144   bBalls=FALSE;
 145   for(i=0; (i<nobj); i++) {
 146     obj=&(objs[i]);
 147     switch (obj->eO) {
 148     case eOSingle:
 149       ps_draw_atom(ps,obj->ai,vec2,atomnm);
 150       break;
 151     case eOBond:
 152       ps_draw_bond(ps,obj->ai,obj->aj,vec2,x,atomnm,size,bBalls);
 153       break;
 154     case eOHBond:
 155       if (bShowHydro)
 156         ps_draw_bond(ps,obj->ai,obj->aj,vec2,x,atomnm,size,bBalls);
 157       break;
 158     default:
 159       break;
 160     }
 161   }
 162 }
 163
 164 static void v4_to_iv2(vec4 x4,iv2 v2,int x0,int y0,real sx,real sy)
 165 {
 166   real inv_z;
 167
 168   inv_z=1.0/x4[ZZ];
 169   v2[XX]=x0+sx*x4[XX]*inv_z;
 170   v2[YY]=y0-sy*x4[YY]*inv_z;
 171 }
 172
 173 static void draw_box(t_psdata ps,t_3dview *view,matrix box,
 174                      int x0,int y0,real sx,real sy)
 175 {
 176   int  ivec[8][4] =  {
 177     { 0,0,0,1 }, { 1,0,0,1 }, { 1,1,0,1 }, { 0,1,0,1 },
 178     { 0,0,1,1 }, { 1,0,1,1 }, { 1,1,1,1 }, { 0,1,1,1 }
 179   };
 180   int  bonds[12][2] = {
 181     { 0,1 }, { 1,2 }, { 2,3 }, { 3,0 },
 182     { 4,5 }, { 5,6 }, { 6,7 }, { 7,4 },
 183     { 0,4 }, { 1,5 }, { 2,6 }, { 3,7 }
 184   };
 185   int  i,j;
 186   rvec corner[8];
 187   vec4 x4;
 188   iv2  vec2[12];
 189
 190   for (i=0; (i<8); i++) {
 191     for (j=0; (j<DIM); j++)
 192       corner[i][j] = ivec[i][j]*box[j][j];
 193     m4_op(view->proj,corner[i],x4);
 194     v4_to_iv2(x4,vec2[i],x0,y0,sx,sy);
 195   }
 196   ps_color(ps,0,0,0.5);
 197   for (i=0; (i<12); i++)
 198     ps_line(ps,
 199             vec2[bonds[i][0]][XX],vec2[bonds[i][0]][YY],
 200             vec2[bonds[i][1]][XX],vec2[bonds[i][1]][YY]);
 201 }
 202
 203 void ps_draw_mol(t_psdata ps,t_manager *man)
 204 {
 205   static char tstr[2][20];
 206   static int  ntime=0;
 207   t_windata *win;
 208   t_3dview  *view;
 209   t_molwin  *mw;
 210   int       i,x0,y0,nvis;
 211   iv2       *vec2;
 212   real      sx,sy;
 213   vec4      x4;
 214
 215   if (!man->status)
 216     return;
 217
 218   view=man->view;
 219   mw=man->molw;
 220
 221   win=&(mw->wd);
 222
 223   vec2=man->ix;
 224   x0=win->width/2;
 225   y0=win->height/2;
 226   sx=win->width/2*view->sc_x;
 227   sy=win->height/2*view->sc_y;
 228
 229   init_pbc(man->box);
 230
 231   /* create_visibility(man); */
 232
 233   for(i=0; (i<man->natom); i++) {
 234     if (man->bVis[i]) {
 235       m4_op(view->proj,man->x[i],x4);
 236       man->zz[i]=x4[ZZ];
 237       v4_to_iv2(x4,vec2[i],x0,y0,sx,sy);
 238     }
 239   }
 240   set_sizes(man,sx,sy);
 241
 242   z_fill (man,man->zz);
 243
 244   /* Start drawing
 245   XClearWindow(x11->disp,win->self); */
 246
 247   /* Draw Time
 248   sprintf(tstr[ntime],"Time: %.3 ps",man->time);
 249   if (strcmp(tstr[ntime],tstr[1-ntime]) != 0) {
 250     set_vbtime(x11,man->vbox,tstr[ntime]);
 251     ntime=1-ntime;
 252   }*/
 253
 254   if (mw->boxtype != esbNone)
 255     draw_box(ps,view,man->box,x0,y0,sx,sy);
 256
 257   /* Should sort on Z-Coordinates here! */
 258   nvis=filter_vis(man);
 259   if (nvis && man->bSort)
 260     qsort(man->obj,nvis,sizeof(man->obj[0]),compare_obj);
 261
 262   /* Draw the objects */
 263   ps_draw_objects(ps,
 264                   nvis,man->obj,man->ix,man->x,man->top.atoms.atomname,
 265                   man->size,
 266                   mw->bShowHydrogen,mw->bond_type,man->bPlus);
 267
 268   /* Draw the labels */
 269   ps_color(ps,0,0,0);
 270   for(i=0; (i<man->natom); i++)
 271     if (man->bLabel[i] && man->bVis[i])
 272       ps_text(ps,vec2[i][XX]+2,vec2[i][YY]-2,man->szLab[i]);
 273 }
 274