src/mdlib/wnblist.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  39 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  40 #include <config.h>
  41 #endif
  42
  43 #include <stdio.h>
  44 #include <string.h>
  45 #include "string2.h"
  46 #include "force.h"
  47 #include "smalloc.h"
  48 #include "ns.h"
  49 #include "nrnb.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "macros.h"
  52 #include "futil.h"
  53 #include "names.h"
  54 #include "domdec.h"
  55 #include "gmxfio.h"
  56
  57 #define header "Neighborlist:"
  58
  59 static void write_nblist(FILE *out,gmx_domdec_t *dd,t_nblist *nblist,int nDNL)
  60 {
  61   int i,nii,ii,j,zi,zj0,zj1,aj,zj,nj;
  62   int ca1[DD_MAXZONE],np[DD_MAXZONE];
  63   gmx_domdec_zones_t *dd_zones;
  64
  65   if (nblist->nri > 0) {
  66     fprintf(out,"ielec: %d, ivdw: %d, free_energy: %d, Solvent opt: %s\n",
  67             nblist->ielec,nblist->ivdw,nblist->free_energy,
  68             gmx_nblist_geometry_names[nblist->igeometry]);
  69     fprintf(out,"nri: %d  npair: %d\n",nblist->nri,nblist->nrj);
  70     if (dd) {
  71       dd_zones = domdec_zones(dd);
  72
  73       for(zi=0; zi<dd_zones->n; zi++)
  74         ca1[zi] = dd->cgindex[dd_zones->cg_range[zi+1]];
  75       i = 0;
  76       for(zi=0; zi<dd_zones->nizone; zi++) {
  77         zj0 = dd_zones->izone[zi].j0;
  78         zj1 = dd_zones->izone[zi].j1;
  79         for(zj=zj0; zj<zj1; zj++)
  80           np[zj] = 0;
  81         while(i < nblist->nri && nblist->iinr[i] < ca1[zi]) {
  82           for(j=nblist->jindex[i]; (j<nblist->jindex[i+1]); j++) {
  83             aj = nblist->jjnr[j];
  84             zj = zj0;
  85             while (aj >= ca1[zj])
  86               zj++;
  87             np[zj]++;
  88           }
  89           i++;
  90         }
  91         fprintf(out,"DD zone %d:",zi);
  92         for(zj=zj0; zj<zj1; zj++)
  93           fprintf(out," %d %d",zj,np[zj]);
  94         fprintf(out,"\n");
  95       }
  96     }
  97     if (nDNL >= 2) {
  98       for(i=0; i<nblist->nri; i++) {
  99         nii = 1;
 100         if (nDNL >= 3 && nblist->igeometry != GMX_NBLIST_GEOMETRY_PARTICLE_PARTICLE)
 101           nii = 3;
 102         nj = nblist->jindex[i+1] - nblist->jindex[i];
 103         fprintf(out,"i: %d shift: %d gid: %d nj: %d\n",
 104                 ddglatnr(dd,nblist->iinr[i]),
 105                 nblist->shift[i],nblist->gid[i],nj);
 106         for(ii=0; ii<nii; ii++) {
 107           for(j=nblist->jindex[i]; (j<nblist->jindex[i+1]); j++) {
 108             fprintf(out,"  i: %5d  j: %5d\n",
 109                     ddglatnr(dd,nblist->iinr[i]+ii),
 110                     ddglatnr(dd,nblist->jjnr[j]));
 111           }
 112         }
 113       }
 114     }
 115     fflush(out);
 116   }
 117 }
 118
 119 static void set_mat(FILE *fp,int **mat,int i0,int ni,int j0,int nj,
 120                     gmx_bool bSymm,int shift)
 121 {
 122   int i,j;
 123
 124   for(i=i0; (i<i0+ni); i++) {
 125     for(j=j0; (j<j0+nj); j++) {
 126       if (mat[i][j] != 0)
 127         fprintf(fp,"mat[%d][%d] changing from %d to %d\n",
 128                 i,j,mat[i][j],shift+1);
 129       mat[i][j] = shift+1;
 130       if (bSymm)
 131         mat[j][i] = 27-shift;
 132     }
 133   }
 134 }
 135
 136
 137
 138 void dump_nblist(FILE *out,t_commrec *cr,t_forcerec *fr,int nDNL)
 139 {
 140 #if 0
 141   static FILE *fp=NULL;
 142   char buf[STRLEN];
 143   int  n,i;
 144
 145   if (fp == NULL) {
 146     if (PAR(cr)) {
 147       sprintf(buf,"nlist_n%d.txt",cr->nodeid);
 148     } else {
 149       sprintf(buf,"nlist.txt");
 150     }
 151     fp = gmx_fio_fopen(buf,"w");
 152   }
 153   fprintf(fp,"%s\n",header);
 154
 155   for(n=0; (n<fr->nnblists); n++)
 156     for(i=0; (i<eNL_NR); i++)
 157       write_nblist(fp,cr->dd,&fr->nblists[n].nlist_sr[i],nDNL);
 158 #endif
 159   char buf[STRLEN];
 160   int  n,i;
 161
 162   fprintf(out,"%s\n",header);
 163
 164   for(n=0; (n<fr->nnblists); n++)
 165     for(i=0; (i<eNL_NR); i++)
 166       write_nblist(out,cr->dd,&fr->nblists[n].nlist_sr[i],nDNL);
 167
 168 }
 169