src/mdlib/stat.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <string.h>
  41 #include <stdio.h>
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "sysstuff.h"
  44 #include "gmx_fatal.h"
  45 #include "network.h"
  46 #include "txtdump.h"
  47 #include "names.h"
  48 #include "physics.h"
  49 #include "vec.h"
  50 #include "maths.h"
  51 #include "mvdata.h"
  52 #include "main.h"
  53 #include "force.h"
  54 #include "vcm.h"
  55 #include "smalloc.h"
  56 #include "futil.h"
  57 #include "network.h"
  58 #include "rbin.h"
  59 #include "tgroup.h"
  60 #include "xtcio.h"
  61 #include "gmxfio.h"
  62 #include "trnio.h"
  63 #include "statutil.h"
  64 #include "domdec.h"
  65 #include "partdec.h"
  66 #include "constr.h"
  67 #include "checkpoint.h"
  68 #include "mdrun.h"
  69 #include "xvgr.h"
  70
  71 typedef struct gmx_global_stat
  72 {
  73     t_bin *rb;
  74     int   *itc0;
  75     int   *itc1;
  76 } t_gmx_global_stat;
  77
  78 gmx_global_stat_t global_stat_init(t_inputrec *ir)
  79 {
  80     gmx_global_stat_t gs;
  81
  82     snew(gs,1);
  83
  84     gs->rb = mk_bin();
  85     snew(gs->itc0,ir->opts.ngtc);
  86     snew(gs->itc1,ir->opts.ngtc);
  87
  88     return gs;
  89 }
  90
  91 void global_stat_destroy(gmx_global_stat_t gs)
  92 {
  93     destroy_bin(gs->rb);
  94     sfree(gs->itc0);
  95     sfree(gs->itc1);
  96     sfree(gs);
  97 }
  98
  99 static int filter_enerdterm(real *afrom, gmx_bool bToBuffer, real *ato,
 100                             gmx_bool bTemp, gmx_bool bPres, gmx_bool bEner) {
 101     int i,to,from;
 102
 103     from = 0;
 104     to   = 0;
 105     for (i=0;i<F_NRE;i++)
 106     {
 107         if (bToBuffer)
 108         {
 109             from = i;
 110         }
 111         else
 112         {
 113             to = i;
 114         }
 115         switch (i) {
 116         case F_EKIN:
 117         case F_TEMP:
 118         case F_DKDL:
 119             if (bTemp)
 120             {
 121                 ato[to++] = afrom[from++];
 122             }
 123             break;
 124         case F_PRES:
 125         case F_PDISPCORR:
 126         case F_VTEMP:
 127             if (bPres)
 128             {
 129                 ato[to++] = afrom[from++];
 130             }
 131             break;
 132         default:
 133             if (bEner)
 134             {
 135                 ato[to++] = afrom[from++];
 136             }
 137             break;
 138         }
 139     }
 140
 141     return to;
 142 }
 143
 144 void global_stat(FILE *fplog,gmx_global_stat_t gs,
 145                  t_commrec *cr,gmx_enerdata_t *enerd,
 146                  tensor fvir,tensor svir,rvec mu_tot,
 147                  t_inputrec *inputrec,
 148                  gmx_ekindata_t *ekind,gmx_constr_t constr,
 149                  t_vcm *vcm,
 150                  int nsig,real *sig,
 151                  gmx_mtop_t *top_global, t_state *state_local,
 152                  gmx_bool bSumEkinhOld, int flags)
 153 /* instead of current system, gmx_booleans for summing virial, kinetic energy, and other terms */
 154 {
 155   t_bin  *rb;
 156   int    *itc0,*itc1;
 157   int    ie=0,ifv=0,isv=0,irmsd=0,imu=0;
 158   int    idedl=0,idvdll=0,idvdlnl=0,iepl=0,icm=0,imass=0,ica=0,inb=0;
 159   int    isig=-1;
 160   int    icj=-1,ici=-1,icx=-1;
 161   int    inn[egNR];
 162   real   copyenerd[F_NRE];
 163   int    nener,j;
 164   real   *rmsd_data=NULL;
 165   double nb;
 166   gmx_bool   bVV,bTemp,bEner,bPres,bConstrVir,bEkinAveVel,bFirstIterate,bReadEkin;
 167
 168   bVV           = EI_VV(inputrec->eI);
 169   bTemp         = flags & CGLO_TEMPERATURE;
 170   bEner         = flags & CGLO_ENERGY;
 171 /* FIX ME after 4.5 */
 172 /* temporary hack because we are using gmx_bool (unsigned char) */
 173   bPres         = (flags & CGLO_PRESSURE) != 0;
 174   bConstrVir    = (flags & CGLO_CONSTRAINT) != 0;
 175   bFirstIterate = (flags & CGLO_FIRSTITERATE) != 0;
 176   bEkinAveVel   = (inputrec->eI==eiVV || (inputrec->eI==eiVVAK && bPres));
 177   bReadEkin     = (flags & CGLO_READEKIN) != 0;
 178
 179   rb   = gs->rb;
 180   itc0 = gs->itc0;
 181   itc1 = gs->itc1;
 182
 183
 184   reset_bin(rb);
 185   /* This routine copies all the data to be summed to one big buffer
 186    * using the t_bin struct.
 187    */
 188
 189   /* First, we neeed to identify which enerd->term should be
 190      communicated.  Temperature and pressure terms should only be
 191      communicated and summed when they need to be, to avoid repeating
 192      the sums and overcounting. */
 193
 194   nener = filter_enerdterm(enerd->term,TRUE,copyenerd,bTemp,bPres,bEner);
 195
 196   /* First, the data that needs to be communicated with velocity verlet every time
 197      This is just the constraint virial.*/
 198   if (bConstrVir) {
 199       isv = add_binr(rb,DIM*DIM,svir[0]);
 200       where();
 201   }
 202
 203 /* We need the force virial and the kinetic energy for the first time through with velocity verlet */
 204   if (bTemp || !bVV)
 205   {
 206       if (ekind)
 207       {
 208           for(j=0; (j<inputrec->opts.ngtc); j++)
 209           {
 210               if (bSumEkinhOld)
 211               {
 212                   itc0[j]=add_binr(rb,DIM*DIM,ekind->tcstat[j].ekinh_old[0]);
 213               }
 214               if (bEkinAveVel && !bReadEkin)
 215               {
 216                   itc1[j]=add_binr(rb,DIM*DIM,ekind->tcstat[j].ekinf[0]);
 217               }
 218               else if (!bReadEkin)
 219               {
 220                   itc1[j]=add_binr(rb,DIM*DIM,ekind->tcstat[j].ekinh[0]);
 221               }
 222           }
 223           /* these probably need to be put into one of these categories */
 224           where();
 225           idedl = add_binr(rb,1,&(ekind->dekindl));
 226           where();
 227           ica   = add_binr(rb,1,&(ekind->cosacc.mvcos));
 228           where();
 229       }
 230   }
 231   where();
 232
 233   if ((bPres || !bVV) && bFirstIterate)
 234   {
 235       ifv = add_binr(rb,DIM*DIM,fvir[0]);
 236   }
 237
 238
 239   if (bEner)
 240   {
 241       where();
 242       if (bFirstIterate)
 243       {
 244           ie  = add_binr(rb,nener,copyenerd);
 245       }
 246       where();
 247       if (constr)
 248       {
 249           rmsd_data = constr_rmsd_data(constr);
 250           if (rmsd_data)
 251           {
 252               irmsd = add_binr(rb,inputrec->eI==eiSD2 ? 3 : 2,rmsd_data);
 253           }
 254       }
 255       if (!NEED_MUTOT(*inputrec))
 256       {
 257           imu = add_binr(rb,DIM,mu_tot);
 258           where();
 259       }
 260
 261       if (bFirstIterate)
 262       {
 263           for(j=0; (j<egNR); j++)
 264           {
 265               inn[j]=add_binr(rb,enerd->grpp.nener,enerd->grpp.ener[j]);
 266           }
 267           where();
 268           if (inputrec->efep != efepNO)
 269           {
 270               idvdll  = add_bind(rb,1,&enerd->dvdl_lin);
 271               idvdlnl = add_bind(rb,1,&enerd->dvdl_nonlin);
 272               if (enerd->n_lambda > 0)
 273               {
 274                   iepl = add_bind(rb,enerd->n_lambda,enerd->enerpart_lambda);
 275               }
 276           }
 277       }
 278
 279       if (vcm)
 280       {
 281           icm   = add_binr(rb,DIM*vcm->nr,vcm->group_p[0]);
 282           where();
 283           imass = add_binr(rb,vcm->nr,vcm->group_mass);
 284           where();
 285           if (vcm->mode == ecmANGULAR)
 286           {
 287               icj   = add_binr(rb,DIM*vcm->nr,vcm->group_j[0]);
 288               where();
 289               icx   = add_binr(rb,DIM*vcm->nr,vcm->group_x[0]);
 290               where();
 291               ici   = add_binr(rb,DIM*DIM*vcm->nr,vcm->group_i[0][0]);
 292               where();
 293           }
 294       }
 295   }
 296   if (DOMAINDECOMP(cr))
 297   {
 298       nb = cr->dd->nbonded_local;
 299       inb = add_bind(rb,1,&nb);
 300       }
 301   where();
 302   if (nsig > 0)
 303   {
 304       isig = add_binr(rb,nsig,sig);
 305   }
 306
 307   /* Global sum it all */
 308   if (debug)
 309   {
 310       fprintf(debug,"Summing %d energies\n",rb->maxreal);
 311   }
 312   sum_bin(rb,cr);
 313   where();
 314
 315   /* Extract all the data locally */
 316
 317   if (bConstrVir)
 318   {
 319       extract_binr(rb,isv ,DIM*DIM,svir[0]);
 320   }
 321
 322   /* We need the force virial and the kinetic energy for the first time through with velocity verlet */
 323   if (bTemp || !bVV)
 324   {
 325       if (ekind)
 326       {
 327           for(j=0; (j<inputrec->opts.ngtc); j++)
 328           {
 329               if (bSumEkinhOld)
 330               {
 331                   extract_binr(rb,itc0[j],DIM*DIM,ekind->tcstat[j].ekinh_old[0]);
 332               }
 333               if (bEkinAveVel && !bReadEkin) {
 334                   extract_binr(rb,itc1[j],DIM*DIM,ekind->tcstat[j].ekinf[0]);
 335               }
 336               else if (!bReadEkin)
 337               {
 338                   extract_binr(rb,itc1[j],DIM*DIM,ekind->tcstat[j].ekinh[0]);
 339               }
 340           }
 341           extract_binr(rb,idedl,1,&(ekind->dekindl));
 342           extract_binr(rb,ica,1,&(ekind->cosacc.mvcos));
 343           where();
 344       }
 345   }
 346   if ((bPres || !bVV) && bFirstIterate)
 347   {
 348       extract_binr(rb,ifv ,DIM*DIM,fvir[0]);
 349   }
 350
 351   if (bEner)
 352   {
 353       if (bFirstIterate)
 354       {
 355           extract_binr(rb,ie,nener,copyenerd);
 356           if (rmsd_data)
 357           {
 358               extract_binr(rb,irmsd,inputrec->eI==eiSD2 ? 3 : 2,rmsd_data);
 359           }
 360           if (!NEED_MUTOT(*inputrec))
 361           {
 362               extract_binr(rb,imu,DIM,mu_tot);
 363           }
 364
 365           for(j=0; (j<egNR); j++)
 366           {
 367               extract_binr(rb,inn[j],enerd->grpp.nener,enerd->grpp.ener[j]);
 368           }
 369           if (inputrec->efep != efepNO)
 370           {
 371               extract_bind(rb,idvdll ,1,&enerd->dvdl_lin);
 372               extract_bind(rb,idvdlnl,1,&enerd->dvdl_nonlin);
 373               if (enerd->n_lambda > 0)
 374               {
 375                   extract_bind(rb,iepl,enerd->n_lambda,enerd->enerpart_lambda);
 376               }
 377           }
 378           /* should this be here, or with ekin?*/
 379           if (vcm)
 380           {
 381               extract_binr(rb,icm,DIM*vcm->nr,vcm->group_p[0]);
 382               where();
 383               extract_binr(rb,imass,vcm->nr,vcm->group_mass);
 384               where();
 385               if (vcm->mode == ecmANGULAR)
 386               {
 387                   extract_binr(rb,icj,DIM*vcm->nr,vcm->group_j[0]);
 388                   where();
 389                   extract_binr(rb,icx,DIM*vcm->nr,vcm->group_x[0]);
 390                   where();
 391                   extract_binr(rb,ici,DIM*DIM*vcm->nr,vcm->group_i[0][0]);
 392                   where();
 393               }
 394           }
 395           if (DOMAINDECOMP(cr))
 396           {
 397               extract_bind(rb,inb,1,&nb);
 398               if ((int)(nb + 0.5) != cr->dd->nbonded_global)
 399               {
 400                   dd_print_missing_interactions(fplog,cr,(int)(nb + 0.5),top_global,state_local);
 401               }
 402           }
 403           where();
 404
 405           filter_enerdterm(copyenerd,FALSE,enerd->term,bTemp,bPres,bEner);
 406 /* Small hack for temp only - not entirely clear if still needed?*/
 407           /* enerd->term[F_TEMP] /= (cr->nnodes - cr->npmenodes); */
 408       }
 409   }
 410
 411   if (nsig > 0)
 412   {
 413       extract_binr(rb,isig,nsig,sig);
 414   }
 415   where();
 416 }
 417
 418 int do_per_step(gmx_large_int_t step,gmx_large_int_t nstep)
 419 {
 420   if (nstep != 0)
 421     return ((step % nstep)==0);
 422   else
 423     return 0;
 424 }
 425
 426 static void moveit(t_commrec *cr,
 427                    int left,int right,const char *s,rvec xx[])
 428 {
 429   if (!xx)
 430     return;
 431
 432   move_rvecs(cr,FALSE,FALSE,left,right,
 433              xx,NULL,(cr->nnodes-cr->npmenodes)-1,NULL);
 434 }
 435
 436 gmx_mdoutf_t *init_mdoutf(int nfile,const t_filenm fnm[],int mdrun_flags,
 437                           const t_commrec *cr,const t_inputrec *ir,
 438                           const output_env_t oenv)
 439 {
 440     gmx_mdoutf_t *of;
 441     char filemode[3];
 442     gmx_bool bAppendFiles;
 443
 444     snew(of,1);
 445
 446     of->fp_trn   = NULL;
 447     of->fp_ene   = NULL;
 448     of->fp_xtc   = NULL;
 449     of->fp_dhdl  = NULL;
 450     of->fp_field = NULL;
 451
 452     of->eIntegrator     = ir->eI;
 453     of->simulation_part = ir->simulation_part;
 454
 455     if (MASTER(cr))
 456     {
 457         bAppendFiles = (mdrun_flags & MD_APPENDFILES) != 0;
 458
 459         of->bKeepAndNumCPT = (mdrun_flags & MD_KEEPANDNUMCPT) != 0;
 460
 461         sprintf(filemode, bAppendFiles ? "a+" : "w+");
 462
 463         if (ir->eI != eiNM
 464 #ifndef GMX_FAHCORE
 465             &&
 466             !(EI_DYNAMICS(ir->eI) &&
 467               ir->nstxout == 0 &&
 468               ir->nstvout == 0 &&
 469               ir->nstfout == 0)
 470 #endif
 471             )
 472         {
 473             of->fp_trn = open_trn(ftp2fn(efTRN,nfile,fnm), filemode);
 474         }
 475         if (!EI_ENERGY_MINIMIZATION(ir->eI) &&
 476             ir->nstxtcout > 0)
 477         {
 478             of->fp_xtc = open_xtc(ftp2fn(efXTC,nfile,fnm), filemode);
 479             of->xtc_prec = ir->xtcprec;
 480         }
 481         of->fp_ene = open_enx(ftp2fn(efEDR,nfile,fnm), filemode);
 482         of->fn_cpt = opt2fn("-cpo",nfile,fnm);
 483
 484         if (ir->efep != efepNO && ir->nstdhdl > 0 &&
 485             (ir->separate_dhdl_file == sepdhdlfileYES ) &&
 486             !EI_ENERGY_MINIMIZATION(ir->eI))
 487         {
 488             if (bAppendFiles)
 489             {
 490                 of->fp_dhdl = gmx_fio_fopen(opt2fn("-dhdl",nfile,fnm),filemode);
 491             }
 492             else
 493             {
 494                 of->fp_dhdl = open_dhdl(opt2fn("-dhdl",nfile,fnm),ir,oenv);
 495             }
 496         }
 497
 498         if (opt2bSet("-field",nfile,fnm) &&
 499             (ir->ex[XX].n || ir->ex[YY].n || ir->ex[ZZ].n))
 500         {
 501             if (bAppendFiles)
 502             {
 503                 of->fp_dhdl = gmx_fio_fopen(opt2fn("-field",nfile,fnm),
 504                                             filemode);
 505             }
 506             else
 507             {
 508                 of->fp_field = xvgropen(opt2fn("-field",nfile,fnm),
 509                                         "Applied electric field","Time (ps)",
 510                                         "E (V/nm)",oenv);
 511             }
 512         }
 513     }
 514
 515     return of;
 516 }
 517
 518 void done_mdoutf(gmx_mdoutf_t *of)
 519 {
 520     if (of->fp_ene != NULL)
 521     {
 522         close_enx(of->fp_ene);
 523     }
 524     if (of->fp_xtc)
 525     {
 526         close_xtc(of->fp_xtc);
 527     }
 528     if (of->fp_trn)
 529     {
 530         close_trn(of->fp_trn);
 531     }
 532     if (of->fp_dhdl != NULL)
 533     {
 534         gmx_fio_fclose(of->fp_dhdl);
 535     }
 536     if (of->fp_field != NULL)
 537     {
 538         gmx_fio_fclose(of->fp_field);
 539     }
 540
 541     sfree(of);
 542 }
 543
 544 void write_traj(FILE *fplog,t_commrec *cr,
 545                 gmx_mdoutf_t *of,
 546                 int mdof_flags,
 547                 gmx_mtop_t *top_global,
 548                 gmx_large_int_t step,double t,
 549                 t_state *state_local,t_state *state_global,
 550                 rvec *f_local,rvec *f_global,
 551                 int *n_xtc,rvec **x_xtc)
 552 {
 553     int     i,j;
 554     gmx_groups_t *groups;
 555     rvec    *xxtc;
 556     rvec *local_v;
 557     rvec *global_v;
 558
 559 #define MX(xvf) moveit(cr,GMX_LEFT,GMX_RIGHT,#xvf,xvf)
 560
 561     /* MRS -- defining these variables is to manage the difference
 562      * between half step and full step velocities, but there must be a better way . . . */
 563
 564     local_v  = state_local->v;
 565     global_v = state_global->v;
 566
 567     if (DOMAINDECOMP(cr))
 568     {
 569         if (mdof_flags & MDOF_CPT)
 570         {
 571             dd_collect_state(cr->dd,state_local,state_global);
 572         }
 573         else
 574         {
 575             if (mdof_flags & (MDOF_X | MDOF_XTC))
 576             {
 577                 dd_collect_vec(cr->dd,state_local,state_local->x,
 578                                state_global->x);
 579             }
 580             if (mdof_flags & MDOF_V)
 581             {
 582                 dd_collect_vec(cr->dd,state_local,local_v,
 583                                global_v);
 584             }
 585         }
 586         if (mdof_flags & MDOF_F)
 587         {
 588             dd_collect_vec(cr->dd,state_local,f_local,f_global);
 589         }
 590     }
 591     else
 592     {
 593         if (mdof_flags & MDOF_CPT)
 594         {
 595             /* All pointers in state_local are equal to state_global,
 596              * but we need to copy the non-pointer entries.
 597              */
 598             state_global->lambda = state_local->lambda;
 599             state_global->veta = state_local->veta;
 600             state_global->vol0 = state_local->vol0;
 601             copy_mat(state_local->box,state_global->box);
 602             copy_mat(state_local->boxv,state_global->boxv);
 603             copy_mat(state_local->svir_prev,state_global->svir_prev);
 604             copy_mat(state_local->fvir_prev,state_global->fvir_prev);
 605             copy_mat(state_local->pres_prev,state_global->pres_prev);
 606         }
 607         if (cr->nnodes > 1)
 608         {
 609             /* Particle decomposition, collect the data on the master node */
 610             if (mdof_flags & MDOF_CPT)
 611             {
 612                 if (state_local->flags & (1<<estX))   MX(state_global->x);
 613                 if (state_local->flags & (1<<estV))   MX(state_global->v);
 614                 if (state_local->flags & (1<<estSDX)) MX(state_global->sd_X);
 615                 if (state_global->nrngi > 1) {
 616                     if (state_local->flags & (1<<estLD_RNG)) {
 617 #ifdef GMX_MPI
 618                         MPI_Gather(state_local->ld_rng ,
 619                                    state_local->nrng*sizeof(state_local->ld_rng[0]),MPI_BYTE,
 620                                    state_global->ld_rng,
 621                                    state_local->nrng*sizeof(state_local->ld_rng[0]),MPI_BYTE,
 622                                    MASTERRANK(cr),cr->mpi_comm_mygroup);
 623 #endif
 624                     }
 625                     if (state_local->flags & (1<<estLD_RNGI))
 626                     {
 627 #ifdef GMX_MPI
 628                         MPI_Gather(state_local->ld_rngi,
 629                                    sizeof(state_local->ld_rngi[0]),MPI_BYTE,
 630                                    state_global->ld_rngi,
 631                                    sizeof(state_local->ld_rngi[0]),MPI_BYTE,
 632                                    MASTERRANK(cr),cr->mpi_comm_mygroup);
 633 #endif
 634                     }
 635                 }
 636             }
 637             else
 638             {
 639                 if (mdof_flags & (MDOF_X | MDOF_XTC)) MX(state_global->x);
 640                 if (mdof_flags & MDOF_V)              MX(global_v);
 641             }
 642             if (mdof_flags & MDOF_F) MX(f_global);
 643          }
 644      }
 645
 646      if (MASTER(cr))
 647      {
 648          if (mdof_flags & MDOF_CPT)
 649          {
 650              write_checkpoint(of->fn_cpt,of->bKeepAndNumCPT,
 651                               fplog,cr,of->eIntegrator,
 652                               of->simulation_part,step,t,state_global);
 653          }
 654
 655          if (mdof_flags & (MDOF_X | MDOF_V | MDOF_F))
 656          {
 657             fwrite_trn(of->fp_trn,step,t,state_local->lambda,
 658                        state_local->box,top_global->natoms,
 659                        (mdof_flags & MDOF_X) ? state_global->x : NULL,
 660                        (mdof_flags & MDOF_V) ? global_v : NULL,
 661                        (mdof_flags & MDOF_F) ? f_global : NULL);
 662             if (gmx_fio_flush(of->fp_trn) != 0)
 663             {
 664                 gmx_file("Cannot write trajectory; maybe you are out of quota?");
 665             }
 666             gmx_fio_check_file_position(of->fp_trn);
 667         }
 668         if (mdof_flags & MDOF_XTC) {
 669             groups = &top_global->groups;
 670             if (*n_xtc == -1)
 671             {
 672                 *n_xtc = 0;
 673                 for(i=0; (i<top_global->natoms); i++)
 674                 {
 675                     if (ggrpnr(groups,egcXTC,i) == 0)
 676                     {
 677                         (*n_xtc)++;
 678                     }
 679                 }
 680                 if (*n_xtc != top_global->natoms)
 681                 {
 682                     snew(*x_xtc,*n_xtc);
 683                 }
 684             }
 685             if (*n_xtc == top_global->natoms)
 686             {
 687                 xxtc = state_global->x;
 688             }
 689             else
 690             {
 691                 xxtc = *x_xtc;
 692                 j = 0;
 693                 for(i=0; (i<top_global->natoms); i++)
 694                 {
 695                     if (ggrpnr(groups,egcXTC,i) == 0)
 696                     {
 697                         copy_rvec(state_global->x[i],xxtc[j++]);
 698                     }
 699                 }
 700             }
 701             if (write_xtc(of->fp_xtc,*n_xtc,step,t,
 702                           state_local->box,xxtc,of->xtc_prec) == 0)
 703             {
 704                 gmx_fatal(FARGS,"XTC error - maybe you are out of quota?");
 705             }
 706             gmx_fio_check_file_position(of->fp_xtc);
 707         }
 708     }
 709 }
 710