src/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_common.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS Development Team
   6  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   7  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   8  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   9  * directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include "nbnxn_kernel_common.h"
  42
  43 void
  44 clear_f(const nbnxn_atomdata_t *nbat,real *f)
  45 {
  46     int i;
  47
  48     for(i=0; i<nbat->natoms*nbat->fstride; i++)
  49     {
  50         f[i] = 0;
  51     }
  52 }
  53
  54 void
  55 clear_fshift(real *fshift)
  56 {
  57     int i;
  58
  59     for(i=0; i<SHIFTS*DIM; i++)
  60     {
  61         fshift[i] = 0;
  62     }
  63 }
  64
  65 void
  66 reduce_energies_over_lists(const nbnxn_atomdata_t     *nbat,
  67                            int                        nlist,
  68                            real                       *Vvdw,
  69                            real                       *Vc)
  70 {
  71     int nb;
  72     int i,j,ind,indr;
  73
  74     for(nb=0; nb<nlist; nb++)
  75     {
  76         for(i=0; i<nbat->nenergrp; i++)
  77         {
  78             /* Reduce the diagonal terms */
  79             ind = i*nbat->nenergrp + i;
  80             Vvdw[ind] += nbat->out[nb].Vvdw[ind];
  81             Vc[ind]   += nbat->out[nb].Vc[ind];
  82
  83             /* Reduce the off-diagonal terms */
  84             for(j=i+1; j<nbat->nenergrp; j++)
  85             {
  86                 /* The output should contain only one off-diagonal part */
  87                 ind  = i*nbat->nenergrp + j;
  88                 indr = j*nbat->nenergrp + i;
  89                 Vvdw[ind] += nbat->out[nb].Vvdw[ind] + nbat->out[nb].Vvdw[indr];
  90                 Vc[ind]   += nbat->out[nb].Vc[ind]   + nbat->out[nb].Vc[indr];
  91             }
  92         }
  93     }
  94 }