src/mdlib/init.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <stdio.h>
  43 #include "typedefs.h"
  44 #include "tpxio.h"
  45 #include "smalloc.h"
  46 #include "vec.h"
  47 #include "main.h"
  48 #include "mvdata.h"
  49 #include "gmx_fatal.h"
  50 #include "symtab.h"
  51 #include "txtdump.h"
  52 #include "mdatoms.h"
  53 #include "mdrun.h"
  54 #include "statutil.h"
  55 #include "names.h"
  56 #include "calcgrid.h"
  57 #include "gmx_random.h"
  58 #include "update.h"
  59 #include "mdebin.h"
  60
  61 #define BUFSIZE 256
  62
  63 #define NOT_FINISHED(l1,l2) \
  64   printf("not finished yet: lines %d .. %d in %s\n",l1,l2,__FILE__)
  65
  66 static char *int_title(const char *title,int nodeid,char buf[], int size)
  67 {
  68   sprintf(buf,"%s (%d)",title,nodeid);
  69
  70   return buf;
  71 }
  72
  73 void set_state_entries(t_state *state,const t_inputrec *ir,int nnodes)
  74 {
  75   int nnhpres;
  76
  77   /* The entries in the state in the tpx file might not correspond
  78    * with what is needed, so we correct this here.
  79    */
  80   state->flags = 0;
  81   if (ir->efep != efepNO || ir->bExpanded)
  82   {
  83       state->flags |= (1<<estLAMBDA);
  84       state->flags |= (1<<estFEPSTATE);
  85   }
  86   state->flags |= (1<<estX);
  87   if (state->lambda==NULL)
  88     {
  89       snew(state->lambda,efptNR);
  90     }
  91   if (state->x == NULL)
  92     snew(state->x,state->nalloc);
  93   if (EI_DYNAMICS(ir->eI)) {
  94     state->flags |= (1<<estV);
  95     if (state->v == NULL)
  96       snew(state->v,state->nalloc);
  97   }
  98   if (ir->eI == eiSD2) {
  99     state->flags |= (1<<estSDX);
 100     if (state->sd_X == NULL) {
 101       /* sd_X is not stored in the tpx file, so we need to allocate it */
 102       snew(state->sd_X,state->nalloc);
 103     }
 104   }
 105     if (ir->eI == eiCG)
 106     {
 107         state->flags |= (1<<estCGP);
 108         if (state->cg_p == NULL)
 109         {
 110             /* cg_p is not stored in the tpx file, so we need to allocate it */
 111             snew(state->cg_p,state->nalloc);
 112         }
 113     }
 114   if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD || ir->etc == etcVRESCALE) {
 115     state->nrng  = gmx_rng_n();
 116     state->nrngi = 1;
 117     if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD) {
 118       /* This will be correct later with DD */
 119       state->nrng  *= nnodes;
 120       state->nrngi *= nnodes;
 121     }
 122     state->flags |= ((1<<estLD_RNG) | (1<<estLD_RNGI));
 123     snew(state->ld_rng, state->nrng);
 124     snew(state->ld_rngi,state->nrngi);
 125   } else {
 126     state->nrng = 0;
 127   }
 128
 129   if (ir->bExpanded)
 130   {
 131       state->nmcrng  = gmx_rng_n();
 132       snew(state->mc_rng,state->nmcrng);
 133       snew(state->mc_rngi,1);
 134   }
 135
 136   state->nnhpres = 0;
 137   if (ir->ePBC != epbcNONE) {
 138       state->flags |= (1<<estBOX);
 139       if (PRESERVE_SHAPE(*ir)) {
 140           state->flags |= (1<<estBOX_REL);
 141       }
 142       if ((ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN) || (ir->epc == epcMTTK))
 143       {
 144           state->flags |= (1<<estBOXV);
 145       }
 146       if (ir->epc != epcNO)
 147       {
 148           if (IR_NPT_TROTTER(ir) || (IR_NPH_TROTTER(ir)))
 149           {
 150               state->nnhpres = 1;
 151               state->flags |= (1<<estNHPRES_XI);
 152               state->flags |= (1<<estNHPRES_VXI);
 153               state->flags |= (1<<estSVIR_PREV);
 154               state->flags |= (1<<estFVIR_PREV);
 155               state->flags |= (1<<estVETA);
 156               state->flags |= (1<<estVOL0);
 157           }
 158           else
 159           {
 160               state->flags |= (1<<estPRES_PREV);
 161           }
 162       }
 163   }
 164
 165   if (ir->etc == etcNOSEHOOVER) {
 166     state->flags |= (1<<estNH_XI);
 167     state->flags |= (1<<estNH_VXI);
 168   }
 169
 170   if (ir->etc == etcVRESCALE) {
 171     state->flags |= (1<<estTC_INT);
 172   }
 173
 174   init_gtc_state(state,state->ngtc,state->nnhpres,ir->opts.nhchainlength); /* allocate the space for nose-hoover chains */
 175   init_ekinstate(&state->ekinstate,ir);
 176
 177   init_energyhistory(&state->enerhist);
 178   init_df_history(&state->dfhist,ir->fepvals->n_lambda,ir->expandedvals->init_wl_delta);
 179 }
 180
 181
 182 void init_parallel(FILE *log, t_commrec *cr, t_inputrec *inputrec,
 183                    gmx_mtop_t *mtop)
 184 {
 185     bcast_ir_mtop(cr,inputrec,mtop);
 186
 187     if (inputrec->eI == eiBD || EI_SD(inputrec->eI)) {
 188         /* Make sure the random seeds are different on each node */
 189         inputrec->ld_seed += cr->nodeid;
 190     }
 191 }
 192
 193