src/mdlib/edsam.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GROwing Monsters And Cloning Shrimps
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include <time.h>
  41 #include "typedefs.h"
  42 #include "string2.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "names.h"
  45 #include "confio.h"
  46 #include "mvdata.h"
  47 #include "txtdump.h"
  48 #include "vec.h"
  49 #include "time.h"
  50 #include "nrnb.h"
  51 #include "mshift.h"
  52 #include "mdrun.h"
  53 #include "update.h"
  54 #include "physics.h"
  55 #include "nrjac.h"
  56 #include "mtop_util.h"
  57 #include "edsam.h"
  58 #include "mpelogging.h"
  59 #include "gmxfio.h"
  60 #include "groupcoord.h"
  61
  62
  63 /* We use the same defines as in mvdata.c here */
  64 #define  block_bc(cr,   d) gmx_bcast(     sizeof(d),     &(d),(cr))
  65 #define nblock_bc(cr,nr,d) gmx_bcast((nr)*sizeof((d)[0]), (d),(cr))
  66 #define   snew_bc(cr,d,nr) { if (!MASTER(cr)) snew((d),(nr)); }
  67
  68
  69 /* enum to identify the type of ED: none, normal ED, flooding */
  70 enum {eEDnone, eEDedsam, eEDflood, eEDnr};
  71
  72 /* enum to identify operations on reference, average, origin, target structures */
  73 enum {eedREF, eedAV, eedORI, eedTAR, eedNR};
  74
  75
  76 typedef struct
  77 {
  78     int    neig;     /* nr of eigenvectors             */
  79     int   *ieig;     /* index nrs of eigenvectors      */
  80     real  *stpsz;    /* stepsizes (per eigenvector)    */
  81     rvec  **vec;     /* eigenvector components         */
  82     real  *xproj;    /* instantaneous x projections    */
  83     real  *fproj;    /* instantaneous f projections    */
  84     real  radius;    /* instantaneous radius           */
  85     real  *refproj;  /* starting or target projecions  */
  86     /* When using flooding as harmonic restraint: The current reference projection
  87      * is at each step calculated from the initial refproj0 and the slope. */
  88     real  *refproj0,*refprojslope;
  89 } t_eigvec;
  90
  91
  92 typedef struct
  93 {
  94     t_eigvec      mon;            /* only monitored, no constraints       */
  95     t_eigvec      linfix;         /* fixed linear constraints             */
  96     t_eigvec      linacc;         /* acceptance linear constraints        */
  97     t_eigvec      radfix;         /* fixed radial constraints (exp)       */
  98     t_eigvec      radacc;         /* acceptance radial constraints (exp)  */
  99     t_eigvec      radcon;         /* acceptance rad. contraction constr.  */
 100 } t_edvecs;
 101
 102
 103 typedef struct
 104 {
 105     real deltaF0;
 106     gmx_bool bHarmonic;           /* Use flooding for harmonic restraint on
 107                                      the eigenvector                          */
 108     gmx_bool bConstForce;         /* Do not calculate a flooding potential,
 109                                      instead flood with a constant force      */
 110     real tau;
 111     real deltaF;
 112     real Efl;
 113     real kT;
 114     real Vfl;
 115     real dt;
 116     real constEfl;
 117     real alpha2;
 118     int flood_id;
 119     rvec *forces_cartesian;
 120     t_eigvec vecs;         /* use flooding for these */
 121 } t_edflood;
 122
 123
 124 /* This type is for the average, reference, target, and origin structure    */
 125 typedef struct gmx_edx
 126 {
 127     int           nr;             /* number of atoms this structure contains  */
 128     int           nr_loc;         /* number of atoms on local node            */
 129     int           *anrs;          /* atom index numbers                       */
 130     int           *anrs_loc;      /* local atom index numbers                 */
 131     int           nalloc_loc;     /* allocation size of anrs_loc              */
 132     int           *c_ind;         /* at which position of the whole anrs
 133                                    * array is a local atom?, i.e.
 134                                    * c_ind[0...nr_loc-1] gives the atom index
 135                                    * with respect to the collective
 136                                    * anrs[0...nr-1] array                     */
 137     rvec          *x;             /* positions for this structure             */
 138     rvec          *x_old;         /* used to keep track of the shift vectors
 139                                      such that the ED molecule can always be
 140                                      made whole in the parallel case          */
 141     real          *m;             /* masses                                   */
 142     real          mtot;           /* total mass (only used in sref)           */
 143     real          *sqrtm;         /* sqrt of the masses used for mass-
 144                                    * weighting of analysis (only used in sav) */
 145 } t_gmx_edx;
 146
 147
 148 typedef struct edpar
 149 {
 150     int            nini;           /* total Nr of atoms                    */
 151     gmx_bool       fitmas;         /* true if trans fit with cm            */
 152     gmx_bool       pcamas;         /* true if mass-weighted PCA            */
 153     int            presteps;       /* number of steps to run without any
 154                                     *    perturbations ... just monitoring */
 155     int            outfrq;         /* freq (in steps) of writing to edo    */
 156     int            maxedsteps;     /* max nr of steps per cycle            */
 157
 158     /* all gmx_edx datasets are copied to all nodes in the parallel case   */
 159     struct gmx_edx sref;           /* reference positions, to these fitting
 160                                     * will be done                         */
 161     gmx_bool       bRefEqAv;       /* If true, reference & average indices
 162                                     * are the same. Used for optimization  */
 163     struct gmx_edx sav;            /* average positions                    */
 164     struct gmx_edx star;           /* target positions                     */
 165     struct gmx_edx sori;           /* origin positions                     */
 166
 167     t_edvecs       vecs;           /* eigenvectors                         */
 168     real           slope;          /* minimal slope in acceptance radexp   */
 169
 170     gmx_bool       bNeedDoEdsam;   /* if any of the options mon, linfix, ...
 171                                     * is used (i.e. apart from flooding)   */
 172     t_edflood      flood;          /* parameters especially for flooding   */
 173     struct t_ed_buffer *buf;       /* handle to local buffers              */
 174     struct edpar   *next_edi;      /* Pointer to another ed dataset        */
 175 } t_edpar;
 176
 177
 178 typedef struct gmx_edsam
 179 {
 180     int           eEDtype;        /* Type of ED: see enums above          */
 181     const char    *edinam;        /* name of ED sampling input file       */
 182     const char    *edonam;        /*                     output           */
 183     FILE          *edo;           /* output file pointer                  */
 184     t_edpar       *edpar;
 185     gmx_bool      bFirst;
 186     gmx_bool      bStartFromCpt;
 187 } t_gmx_edsam;
 188
 189
 190 struct t_do_edsam
 191 {
 192     matrix old_rotmat;
 193     real oldrad;
 194     rvec old_transvec,older_transvec,transvec_compact;
 195     rvec *xcoll;         /* Positions from all nodes, this is the
 196                             collective set we work on.
 197                             These are the positions of atoms with
 198                             average structure indices */
 199     rvec *xc_ref;        /* same but with reference structure indices */
 200     ivec *shifts_xcoll;        /* Shifts for xcoll  */
 201     ivec *extra_shifts_xcoll;  /* xcoll shift changes since last NS step */
 202     ivec *shifts_xc_ref;       /* Shifts for xc_ref */
 203     ivec *extra_shifts_xc_ref; /* xc_ref shift changes since last NS step */
 204     gmx_bool bUpdateShifts;    /* TRUE in NS steps to indicate that the
 205                                   ED shifts for this ED dataset need to
 206                                   be updated */
 207 };
 208
 209
 210 /* definition of ED buffer structure */
 211 struct t_ed_buffer
 212 {
 213     struct t_fit_to_ref *           fit_to_ref;
 214     struct t_do_edfit *             do_edfit;
 215     struct t_do_edsam *             do_edsam;
 216     struct t_do_radcon *            do_radcon;
 217 };
 218
 219
 220 /* Function declarations */
 221 static void fit_to_reference(rvec *xcoll,rvec transvec,matrix rotmat,t_edpar *edi);
 222
 223 static void translate_and_rotate(rvec *x,int nat,rvec transvec,matrix rotmat);
 224 /* End function declarations */
 225
 226
 227 /* Does not subtract average positions, projection on single eigenvector is returned
 228  * used by: do_linfix, do_linacc, do_radfix, do_radacc, do_radcon
 229  * Average position is subtracted in ed_apply_constraints prior to calling projectx
 230  */
 231 static real projectx(t_edpar *edi, rvec *xcoll, rvec *vec)
 232 {
 233     int  i;
 234     real proj=0.0;
 235
 236
 237     for (i=0; i<edi->sav.nr; i++)
 238         proj += edi->sav.sqrtm[i]*iprod(vec[i], xcoll[i]);
 239
 240     return proj;
 241 }
 242
 243
 244 /* Specialized: projection is stored in vec->refproj
 245  * -> used for radacc, radfix, radcon  and center of flooding potential
 246  * subtracts average positions, projects vector x */
 247 static void rad_project(t_edpar *edi, rvec *x, t_eigvec *vec, t_commrec *cr)
 248 {
 249     int i;
 250     real rad=0.0;
 251
 252     /* Subtract average positions */
 253     for (i = 0; i < edi->sav.nr; i++)
 254         rvec_dec(x[i], edi->sav.x[i]);
 255
 256     for (i = 0; i < vec->neig; i++)
 257     {
 258         vec->refproj[i] = projectx(edi,x,vec->vec[i]);
 259         rad += pow((vec->refproj[i]-vec->xproj[i]),2);
 260     }
 261     vec->radius=sqrt(rad);
 262
 263     /* Add average positions */
 264     for (i = 0; i < edi->sav.nr; i++)
 265         rvec_inc(x[i], edi->sav.x[i]);
 266 }
 267
 268
 269 /* Project vector x, subtract average positions prior to projection and add
 270  * them afterwards to retain the unchanged vector. Store in xproj. Mass-weighting
 271  * is applied. */
 272 static void project_to_eigvectors(rvec       *x,    /* The positions to project to an eigenvector */
 273                                   t_eigvec   *vec,  /* The eigenvectors */
 274                                   t_edpar    *edi)
 275 {
 276     int  i;
 277
 278
 279     if (!vec->neig) return;
 280
 281     /* Subtract average positions */
 282     for (i=0; i<edi->sav.nr; i++)
 283         rvec_dec(x[i], edi->sav.x[i]);
 284
 285     for (i=0; i<vec->neig; i++)
 286         vec->xproj[i] = projectx(edi, x, vec->vec[i]);
 287
 288     /* Add average positions */
 289     for (i=0; i<edi->sav.nr; i++)
 290         rvec_inc(x[i], edi->sav.x[i]);
 291 }
 292
 293
 294 /* Project vector x onto all edi->vecs (mon, linfix,...) */
 295 static void project(rvec      *x,     /* positions to project */
 296                     t_edpar   *edi)   /* edi data set */
 297 {
 298     /* It is not more work to subtract the average position in every
 299      * subroutine again, because these routines are rarely used simultanely */
 300     project_to_eigvectors(x, &edi->vecs.mon   , edi);
 301     project_to_eigvectors(x, &edi->vecs.linfix, edi);
 302     project_to_eigvectors(x, &edi->vecs.linacc, edi);
 303     project_to_eigvectors(x, &edi->vecs.radfix, edi);
 304     project_to_eigvectors(x, &edi->vecs.radacc, edi);
 305     project_to_eigvectors(x, &edi->vecs.radcon, edi);
 306 }
 307
 308
 309 static real calc_radius(t_eigvec *vec)
 310 {
 311     int i;
 312     real rad=0.0;
 313
 314
 315     for (i=0; i<vec->neig; i++)
 316         rad += pow((vec->refproj[i]-vec->xproj[i]),2);
 317
 318     return rad=sqrt(rad);
 319 }
 320
 321
 322 /* Debug helper */
 323 #ifdef DEBUGHELPERS
 324 static void dump_xcoll(t_edpar *edi, struct t_do_edsam *buf, t_commrec *cr,
 325                        int step)
 326 {
 327     int i;
 328     FILE *fp;
 329     char fn[STRLEN];
 330     rvec *xcoll;
 331     ivec *shifts, *eshifts;
 332
 333
 334     if (!MASTER(cr))
 335         return;
 336
 337     xcoll   = buf->xcoll;
 338     shifts  = buf->shifts_xcoll;
 339     eshifts = buf->extra_shifts_xcoll;
 340
 341     sprintf(fn, "xcolldump_step%d.txt", step);
 342     fp = fopen(fn, "w");
 343
 344     for (i=0; i<edi->sav.nr; i++)
 345         fprintf(fp, "%d %9.5f %9.5f %9.5f   %d %d %d   %d %d %d\n",
 346                 edi->sav.anrs[i]+1,
 347                 xcoll[i][XX]  , xcoll[i][YY]  , xcoll[i][ZZ],
 348                 shifts[i][XX] , shifts[i][YY] , shifts[i][ZZ],
 349                 eshifts[i][XX], eshifts[i][YY], eshifts[i][ZZ]);
 350
 351     fclose(fp);
 352 }
 353
 354
 355 /* Debug helper */
 356 static void dump_edi_positions(FILE *out, struct gmx_edx *s, const char name[])
 357 {
 358     int i;
 359
 360
 361     fprintf(out, "#%s positions:\n%d\n", name, s->nr);
 362     if (s->nr == 0)
 363         return;
 364
 365     fprintf(out, "#index, x, y, z");
 366     if (s->sqrtm)
 367         fprintf(out, ", sqrt(m)");
 368     for (i=0; i<s->nr; i++)
 369     {
 370         fprintf(out, "\n%6d  %11.6f %11.6f %11.6f",s->anrs[i], s->x[i][XX], s->x[i][YY], s->x[i][ZZ]);
 371         if (s->sqrtm)
 372             fprintf(out,"%9.3f",s->sqrtm[i]);
 373     }
 374     fprintf(out, "\n");
 375 }
 376
 377
 378 /* Debug helper */
 379 static void dump_edi_eigenvecs(FILE *out, t_eigvec *ev,
 380                                const char name[], int length)
 381 {
 382     int i,j;
 383
 384
 385     fprintf(out, "#%s eigenvectors:\n%d\n", name, ev->neig);
 386     /* Dump the data for every eigenvector: */
 387     for (i=0; i<ev->neig; i++)
 388     {
 389         fprintf(out, "EV %4d\ncomponents %d\nstepsize %f\nxproj %f\nfproj %f\nrefproj %f\nradius %f\nComponents:\n",
 390                 ev->ieig[i], length, ev->stpsz[i], ev->xproj[i], ev->fproj[i], ev->refproj[i], ev->radius);
 391         for (j=0; j<length; j++)
 392             fprintf(out, "%11.6f %11.6f %11.6f\n", ev->vec[i][j][XX], ev->vec[i][j][YY], ev->vec[i][j][ZZ]);
 393     }
 394 }
 395
 396
 397 /* Debug helper */
 398 static void dump_edi(t_edpar *edpars, t_commrec *cr, int nr_edi)
 399 {
 400     FILE  *out;
 401     char  fn[STRLEN];
 402
 403
 404     sprintf(fn, "EDdump_node%d_edi%d", cr->nodeid, nr_edi);
 405     out = ffopen(fn, "w");
 406
 407     fprintf(out,"#NINI\n %d\n#FITMAS\n %d\n#ANALYSIS_MAS\n %d\n",
 408             edpars->nini,edpars->fitmas,edpars->pcamas);
 409     fprintf(out,"#OUTFRQ\n %d\n#MAXLEN\n %d\n#SLOPECRIT\n %f\n",
 410             edpars->outfrq,edpars->maxedsteps,edpars->slope);
 411     fprintf(out,"#PRESTEPS\n %d\n#DELTA_F0\n %f\n#TAU\n %f\n#EFL_NULL\n %f\n#ALPHA2\n %f\n",
 412             edpars->presteps,edpars->flood.deltaF0,edpars->flood.tau,
 413             edpars->flood.constEfl,edpars->flood.alpha2);
 414
 415     /* Dump reference, average, target, origin positions */
 416     dump_edi_positions(out, &edpars->sref, "REFERENCE");
 417     dump_edi_positions(out, &edpars->sav , "AVERAGE"  );
 418     dump_edi_positions(out, &edpars->star, "TARGET"   );
 419     dump_edi_positions(out, &edpars->sori, "ORIGIN"   );
 420
 421     /* Dump eigenvectors */
 422     dump_edi_eigenvecs(out, &edpars->vecs.mon   , "MONITORED", edpars->sav.nr);
 423     dump_edi_eigenvecs(out, &edpars->vecs.linfix, "LINFIX"   , edpars->sav.nr);
 424     dump_edi_eigenvecs(out, &edpars->vecs.linacc, "LINACC"   , edpars->sav.nr);
 425     dump_edi_eigenvecs(out, &edpars->vecs.radfix, "RADFIX"   , edpars->sav.nr);
 426     dump_edi_eigenvecs(out, &edpars->vecs.radacc, "RADACC"   , edpars->sav.nr);
 427     dump_edi_eigenvecs(out, &edpars->vecs.radcon, "RADCON"   , edpars->sav.nr);
 428
 429     /* Dump flooding eigenvectors */
 430     dump_edi_eigenvecs(out, &edpars->flood.vecs, "FLOODING"  , edpars->sav.nr);
 431
 432     /* Dump ed local buffer */
 433     fprintf(out, "buf->do_edfit         =%p\n", (void*)edpars->buf->do_edfit  );
 434     fprintf(out, "buf->do_edsam         =%p\n", (void*)edpars->buf->do_edsam  );
 435     fprintf(out, "buf->do_radcon        =%p\n", (void*)edpars->buf->do_radcon );
 436
 437     ffclose(out);
 438 }
 439
 440
 441 /* Debug helper */
 442 static void dump_rotmat(FILE* out,matrix rotmat)
 443 {
 444     fprintf(out,"ROTMAT: %12.8f %12.8f %12.8f\n",rotmat[XX][XX],rotmat[XX][YY],rotmat[XX][ZZ]);
 445     fprintf(out,"ROTMAT: %12.8f %12.8f %12.8f\n",rotmat[YY][XX],rotmat[YY][YY],rotmat[YY][ZZ]);
 446     fprintf(out,"ROTMAT: %12.8f %12.8f %12.8f\n",rotmat[ZZ][XX],rotmat[ZZ][YY],rotmat[ZZ][ZZ]);
 447 }
 448
 449
 450 /* Debug helper */
 451 static void dump_rvec(FILE *out, int dim, rvec *x)
 452 {
 453     int i;
 454
 455
 456     for (i=0; i<dim; i++)
 457         fprintf(out,"%4d   %f %f %f\n",i,x[i][XX],x[i][YY],x[i][ZZ]);
 458 }
 459
 460
 461 /* Debug helper */
 462 static void dump_mat(FILE* out, int dim, double** mat)
 463 {
 464     int i,j;
 465
 466
 467     fprintf(out,"MATRIX:\n");
 468     for (i=0;i<dim;i++)
 469     {
 470         for (j=0;j<dim;j++)
 471             fprintf(out,"%f ",mat[i][j]);
 472         fprintf(out,"\n");
 473     }
 474 }
 475 #endif
 476
 477
 478 struct t_do_edfit {
 479     double **omega;
 480     double **om;
 481 };
 482
 483 static void do_edfit(int natoms,rvec *xp,rvec *x,matrix R,t_edpar *edi)
 484 {
 485     /* this is a copy of do_fit with some modifications */
 486     int    c,r,n,j,i,irot;
 487     double d[6],xnr,xpc;
 488     matrix vh,vk,u;
 489     int    index;
 490     real   max_d;
 491
 492     struct t_do_edfit *loc;
 493     gmx_bool bFirst;
 494
 495     if(edi->buf->do_edfit != NULL)
 496         bFirst = FALSE;
 497     else
 498     {
 499         bFirst = TRUE;
 500         snew(edi->buf->do_edfit,1);
 501     }
 502     loc = edi->buf->do_edfit;
 503
 504     if (bFirst)
 505     {
 506         snew(loc->omega,2*DIM);
 507         snew(loc->om,2*DIM);
 508         for(i=0; i<2*DIM; i++)
 509         {
 510             snew(loc->omega[i],2*DIM);
 511             snew(loc->om[i],2*DIM);
 512         }
 513     }
 514
 515     for(i=0;(i<6);i++)
 516     {
 517         d[i]=0;
 518         for(j=0;(j<6);j++)
 519         {
 520             loc->omega[i][j]=0;
 521             loc->om[i][j]=0;
 522         }
 523     }
 524
 525     /* calculate the matrix U */
 526     clear_mat(u);
 527     for(n=0;(n<natoms);n++)
 528     {
 529         for(c=0; (c<DIM); c++)
 530         {
 531             xpc=xp[n][c];
 532             for(r=0; (r<DIM); r++)
 533             {
 534                 xnr=x[n][r];
 535                 u[c][r]+=xnr*xpc;
 536             }
 537         }
 538     }
 539
 540     /* construct loc->omega */
 541     /* loc->omega is symmetric -> loc->omega==loc->omega' */
 542     for(r=0;(r<6);r++)
 543         for(c=0;(c<=r);c++)
 544             if ((r>=3) && (c<3))
 545             {
 546                 loc->omega[r][c]=u[r-3][c];
 547                 loc->omega[c][r]=u[r-3][c];
 548             }
 549             else
 550             {
 551                 loc->omega[r][c]=0;
 552                 loc->omega[c][r]=0;
 553             }
 554
 555     /* determine h and k */
 556 #ifdef DEBUG
 557     {
 558         int i;
 559         dump_mat(stderr,2*DIM,loc->omega);
 560         for (i=0; i<6; i++)
 561             fprintf(stderr,"d[%d] = %f\n",i,d[i]);
 562     }
 563 #endif
 564     jacobi(loc->omega,6,d,loc->om,&irot);
 565
 566     if (irot==0)
 567         fprintf(stderr,"IROT=0\n");
 568
 569     index=0; /* For the compiler only */
 570
 571     for(j=0;(j<3);j++)
 572     {
 573         max_d=-1000;
 574         for(i=0;(i<6);i++)
 575             if (d[i]>max_d)
 576             {
 577                 max_d=d[i];
 578                 index=i;
 579             }
 580         d[index]=-10000;
 581         for(i=0;(i<3);i++)
 582         {
 583             vh[j][i]=M_SQRT2*loc->om[i][index];
 584             vk[j][i]=M_SQRT2*loc->om[i+DIM][index];
 585         }
 586     }
 587
 588     /* determine R */
 589     for(c=0;(c<3);c++)
 590         for(r=0;(r<3);r++)
 591             R[c][r]=vk[0][r]*vh[0][c]+
 592             vk[1][r]*vh[1][c]+
 593             vk[2][r]*vh[2][c];
 594     if (det(R) < 0)
 595         for(c=0;(c<3);c++)
 596             for(r=0;(r<3);r++)
 597                 R[c][r]=vk[0][r]*vh[0][c]+
 598                 vk[1][r]*vh[1][c]-
 599                 vk[2][r]*vh[2][c];
 600 }
 601
 602
 603 static void rmfit(int nat, rvec *xcoll, rvec transvec, matrix rotmat)
 604 {
 605     rvec vec;
 606     matrix tmat;
 607
 608
 609     /* Remove rotation.
 610      * The inverse rotation is described by the transposed rotation matrix */
 611     transpose(rotmat,tmat);
 612     rotate_x(xcoll, nat, tmat);
 613
 614     /* Remove translation */
 615     vec[XX]=-transvec[XX];
 616     vec[YY]=-transvec[YY];
 617     vec[ZZ]=-transvec[ZZ];
 618     translate_x(xcoll, nat, vec);
 619 }
 620
 621
 622 /**********************************************************************************
 623  ******************** FLOODING ****************************************************
 624  **********************************************************************************
 625
 626 The flooding ability was added later to edsam. Many of the edsam functionality could be reused for that purpose.
 627 The flooding covariance matrix, i.e. the selected eigenvectors and their corresponding eigenvalues are
 628 read as 7th Component Group. The eigenvalues are coded into the stepsize parameter (as used by -linfix or -linacc).
 629
 630 do_md clls right in the beginning the function init_edsam, which reads the edi file, saves all the necessary information in
 631 the edi structure and calls init_flood, to initialise some extra fields in the edi->flood structure.
 632
 633 since the flooding acts on forces do_flood is called from the function force() (force.c), while the other
 634 edsam functionality is hooked into md via the update() (update.c) function acting as constraint on positions.
 635
 636 do_flood makes a copy of the positions,
 637 fits them, projects them computes flooding_energy, and flooding forces. The forces are computed in the
 638 space of the eigenvectors and are then blown up to the full cartesian space and rotated back to remove the
 639 fit. Then do_flood adds these forces to the forcefield-forces
 640 (given as parameter) and updates the adaptive flooding parameters Efl and deltaF.
 641
 642 To center the flooding potential at a different location one can use the -ori option in make_edi. The ori
 643 structure is projected to the system of eigenvectors and then this position in the subspace is used as
 644 center of the flooding potential.   If the option is not used, the center will be zero in the subspace,
 645 i.e. the average structure as given in the make_edi file.
 646
 647 To use the flooding potential as restraint, make_edi has the option -restrain, which leads to inverted
 648 signs of alpha2 and Efl, such that the sign in the exponential of Vfl is not inverted but the sign of
 649 Vfl is inverted. Vfl = Efl * exp (- .../Efl/alpha2*x^2...) With tau>0 the negative Efl will grow slowly
 650 so that the restraint is switched off slowly. When Efl==0 and inverted flooding is ON is reached no
 651  further adaption is applied, Efl will stay constant at zero.
 652
 653 To use restraints with harmonic potentials switch -restrain and -harmonic. Then the eigenvalues are
 654 used as spring constants for the harmonic potential.
 655 Note that eq3 in the flooding paper (J. Comp. Chem. 2006, 27, 1693-1702) defines the parameter lambda \
 656 as the inverse of the spring constant, whereas the implementation uses lambda as the spring constant.
 657
 658 To use more than one flooding matrix just concatenate several .edi files (cat flood1.edi flood2.edi > flood_all.edi)
 659 the routine read_edi_file reads all of theses flooding files.
 660 The structure t_edi is now organized as a list of t_edis and the function do_flood cycles through the list
 661 calling the do_single_flood() routine for every single entry. Since every state variables have been kept in one
 662 edi there is no interdependence whatsoever. The forces are added together.
 663
 664   To write energies into the .edr file, call the function
 665         get_flood_enx_names(char**, int *nnames) to get the Header (Vfl1 Vfl2... Vfln)
 666 and call
 667         get_flood_energies(real Vfl[],int nnames);
 668
 669   TODO:
 670 - one could program the whole thing such that Efl, Vfl and deltaF is written to the .edr file. -- i dont know how to do that, yet.
 671
 672   Maybe one should give a range of atoms for which to remove motion, so that motion is removed with
 673   two edsam files from two peptide chains
 674 */
 675
 676 static void write_edo_flood(t_edpar *edi, FILE *fp, gmx_large_int_t step)
 677 {
 678     int i;
 679     char buf[22];
 680     gmx_bool bOutputRef=FALSE;
 681
 682
 683     fprintf(fp,"%d.th FL: %s %12.5e %12.5e %12.5e\n",
 684             edi->flood.flood_id, gmx_step_str(step,buf),
 685             edi->flood.Efl, edi->flood.Vfl, edi->flood.deltaF);
 686
 687
 688     /* Check whether any of the references changes with time (this can happen
 689      * in case flooding is used as harmonic restraint). If so, output all the
 690      * current reference projections. */
 691     if (edi->flood.bHarmonic)
 692     {
 693         for (i = 0; i < edi->flood.vecs.neig; i++)
 694         {
 695             if (edi->flood.vecs.refprojslope[i] != 0.0)
 696                 bOutputRef=TRUE;
 697         }
 698         if (bOutputRef)
 699         {
 700             fprintf(fp, "Ref. projs.: ");
 701             for (i = 0; i < edi->flood.vecs.neig; i++)
 702             {
 703                 fprintf(fp, "%12.5e ", edi->flood.vecs.refproj[i]);
 704             }
 705             fprintf(fp, "\n");
 706         }
 707     }
 708     fprintf(fp,"FL_FORCES: ");
 709
 710     for (i=0; i<edi->flood.vecs.neig; i++)
 711         fprintf(fp," %12.5e",edi->flood.vecs.fproj[i]);
 712
 713     fprintf(fp,"\n");
 714 }
 715
 716
 717 /* From flood.xproj compute the Vfl(x) at this point */
 718 static real flood_energy(t_edpar *edi, gmx_large_int_t step)
 719 {
 720     /* compute flooding energy Vfl
 721      Vfl = Efl * exp( - \frac {kT} {2Efl alpha^2} * sum_i { \lambda_i c_i^2 } )
 722      \lambda_i is the reciprocal eigenvalue 1/\sigma_i
 723          it is already computed by make_edi and stored in stpsz[i]
 724      bHarmonic:
 725        Vfl = - Efl * 1/2(sum _i {\frac 1{\lambda_i} c_i^2})
 726      */
 727     real sum;
 728     real Vfl;
 729     int i;
 730
 731
 732     /* Each time this routine is called (i.e. each time step), we add a small
 733      * value to the reference projection. This way a harmonic restraint towards
 734      * a moving reference is realized. If no value for the additive constant
 735      * is provided in the edi file, the reference will not change. */
 736     if (edi->flood.bHarmonic)
 737     {
 738         for (i=0; i<edi->flood.vecs.neig; i++)
 739         {
 740             edi->flood.vecs.refproj[i] = edi->flood.vecs.refproj0[i] + step * edi->flood.vecs.refprojslope[i];
 741         }
 742     }
 743
 744     sum=0.0;
 745     /* Compute sum which will be the exponent of the exponential */
 746     for (i=0; i<edi->flood.vecs.neig; i++)
 747     {
 748         /* stpsz stores the reciprocal eigenvalue 1/sigma_i */
 749         sum += edi->flood.vecs.stpsz[i]*(edi->flood.vecs.xproj[i]-edi->flood.vecs.refproj[i])*(edi->flood.vecs.xproj[i]-edi->flood.vecs.refproj[i]);
 750     }
 751
 752     /* Compute the Gauss function*/
 753     if (edi->flood.bHarmonic)
 754     {
 755         Vfl = -0.5*edi->flood.Efl*sum;  /* minus sign because Efl is negative, if restrain is on. */
 756     }
 757     else
 758     {
 759         Vfl = edi->flood.Efl!=0 ? edi->flood.Efl*exp(-edi->flood.kT/2/edi->flood.Efl/edi->flood.alpha2*sum) :0;
 760     }
 761
 762     return Vfl;
 763 }
 764
 765
 766 /* From the position and from Vfl compute forces in subspace -> store in edi->vec.flood.fproj */
 767 static void flood_forces(t_edpar *edi)
 768 {
 769     /* compute the forces in the subspace of the flooding eigenvectors
 770      * by the formula F_i= V_{fl}(c) * ( \frac {kT} {E_{fl}} \lambda_i c_i */
 771
 772     int i;
 773     real energy=edi->flood.Vfl;
 774
 775
 776     if (edi->flood.bHarmonic)
 777         for (i=0; i<edi->flood.vecs.neig; i++)
 778         {
 779             edi->flood.vecs.fproj[i] = edi->flood.Efl* edi->flood.vecs.stpsz[i]*(edi->flood.vecs.xproj[i]-edi->flood.vecs.refproj[i]);
 780         }
 781     else
 782         for (i=0; i<edi->flood.vecs.neig; i++)
 783         {
 784             /* if Efl is zero the forces are zero if not use the formula */
 785             edi->flood.vecs.fproj[i] = edi->flood.Efl!=0 ? edi->flood.kT/edi->flood.Efl/edi->flood.alpha2*energy*edi->flood.vecs.stpsz[i]*(edi->flood.vecs.xproj[i]-edi->flood.vecs.refproj[i]) : 0;
 786         }
 787 }
 788
 789
 790 /* Raise forces from subspace into cartesian space */
 791 static void flood_blowup(t_edpar *edi, rvec *forces_cart)
 792 {
 793     /* this function lifts the forces from the subspace to the cartesian space
 794      all the values not contained in the subspace are assumed to be zero and then
 795      a coordinate transformation from eigenvector to cartesian vectors is performed
 796      The nonexistent values don't have to be set to zero explicitly, they would occur
 797      as zero valued summands, hence we just stop to compute this part of the sum.
 798
 799      for every atom we add all the contributions to this atom from all the different eigenvectors.
 800
 801      NOTE: one could add directly to the forcefield forces, would mean we wouldn't have to clear the
 802      field forces_cart prior the computation, but we compute the forces separately
 803      to have them accessible for diagnostics
 804      */
 805     int  j,eig;
 806     rvec dum;
 807     real *forces_sub;
 808
 809
 810     forces_sub = edi->flood.vecs.fproj;
 811
 812
 813     /* Calculate the cartesian forces for the local atoms */
 814
 815     /* Clear forces first */
 816     for (j=0; j<edi->sav.nr_loc; j++)
 817         clear_rvec(forces_cart[j]);
 818
 819     /* Now compute atomwise */
 820     for (j=0; j<edi->sav.nr_loc; j++)
 821     {
 822         /* Compute forces_cart[edi->sav.anrs[j]] */
 823         for (eig=0; eig<edi->flood.vecs.neig; eig++)
 824         {
 825             /* Force vector is force * eigenvector (compute only atom j) */
 826             svmul(forces_sub[eig],edi->flood.vecs.vec[eig][edi->sav.c_ind[j]],dum);
 827             /* Add this vector to the cartesian forces */
 828             rvec_inc(forces_cart[j],dum);
 829         }
 830     }
 831 }
 832
 833
 834 /* Update the values of Efl, deltaF depending on tau and Vfl */
 835 static void update_adaption(t_edpar *edi)
 836 {
 837     /* this function updates the parameter Efl and deltaF according to the rules given in
 838      * 'predicting unimolecular chemical reactions: chemical flooding' M Mueller et al,
 839      * J. chem Phys. */
 840
 841     if ((edi->flood.tau < 0 ? -edi->flood.tau : edi->flood.tau ) > 0.00000001)
 842     {
 843         edi->flood.Efl = edi->flood.Efl+edi->flood.dt/edi->flood.tau*(edi->flood.deltaF0-edi->flood.deltaF);
 844         /* check if restrain (inverted flooding) -> don't let EFL become positive */
 845         if (edi->flood.alpha2<0 && edi->flood.Efl>-0.00000001)
 846             edi->flood.Efl = 0;
 847
 848         edi->flood.deltaF = (1-edi->flood.dt/edi->flood.tau)*edi->flood.deltaF+edi->flood.dt/edi->flood.tau*edi->flood.Vfl;
 849     }
 850 }
 851
 852
 853 static void do_single_flood(
 854         FILE *edo,
 855         rvec x[],
 856         rvec force[],
 857         t_edpar *edi,
 858         gmx_large_int_t step,
 859         matrix box,
 860         t_commrec *cr)
 861 {
 862     int i;
 863     matrix  rotmat;         /* rotation matrix */
 864     matrix  tmat;           /* inverse rotation */
 865     rvec    transvec;       /* translation vector */
 866     struct t_do_edsam *buf;
 867
 868
 869     buf=edi->buf->do_edsam;
 870
 871     /* Broadcast the positions of the AVERAGE structure such that they are known on
 872      * every processor. Each node contributes its local positions x and stores them in
 873      * the collective ED array buf->xcoll */
 874     communicate_group_positions(cr, buf->xcoll, buf->shifts_xcoll, buf->extra_shifts_xcoll, buf->bUpdateShifts, x,
 875                     edi->sav.nr, edi->sav.nr_loc, edi->sav.anrs_loc, edi->sav.c_ind, edi->sav.x_old, box);
 876
 877     /* Only assembly REFERENCE positions if their indices differ from the average ones */
 878     if (!edi->bRefEqAv)
 879         communicate_group_positions(cr, buf->xc_ref, buf->shifts_xc_ref, buf->extra_shifts_xc_ref, buf->bUpdateShifts, x,
 880                 edi->sref.nr, edi->sref.nr_loc, edi->sref.anrs_loc, edi->sref.c_ind, edi->sref.x_old, box);
 881
 882     /* If bUpdateShifts was TRUE, the shifts have just been updated in get_positions.
 883      * We do not need to update the shifts until the next NS step */
 884     buf->bUpdateShifts = FALSE;
 885
 886     /* Now all nodes have all of the ED/flooding positions in edi->sav->xcoll,
 887      * as well as the indices in edi->sav.anrs */
 888
 889     /* Fit the reference indices to the reference structure */
 890     if (edi->bRefEqAv)
 891         fit_to_reference(buf->xcoll , transvec, rotmat, edi);
 892     else
 893         fit_to_reference(buf->xc_ref, transvec, rotmat, edi);
 894
 895     /* Now apply the translation and rotation to the ED structure */
 896     translate_and_rotate(buf->xcoll, edi->sav.nr, transvec, rotmat);
 897
 898     /* Project fitted structure onto supbspace -> store in edi->flood.vecs.xproj */
 899     project_to_eigvectors(buf->xcoll,&edi->flood.vecs,edi);
 900
 901     if (FALSE == edi->flood.bConstForce)
 902     {
 903         /* Compute Vfl(x) from flood.xproj */
 904         edi->flood.Vfl = flood_energy(edi, step);
 905
 906         update_adaption(edi);
 907
 908         /* Compute the flooding forces */
 909         flood_forces(edi);
 910     }
 911
 912     /* Translate them into cartesian positions */
 913     flood_blowup(edi, edi->flood.forces_cartesian);
 914
 915     /* Rotate forces back so that they correspond to the given structure and not to the fitted one */
 916     /* Each node rotates back its local forces */
 917     transpose(rotmat,tmat);
 918     rotate_x(edi->flood.forces_cartesian, edi->sav.nr_loc, tmat);
 919
 920     /* Finally add forces to the main force variable */
 921     for (i=0; i<edi->sav.nr_loc; i++)
 922         rvec_inc(force[edi->sav.anrs_loc[i]],edi->flood.forces_cartesian[i]);
 923
 924     /* Output is written by the master process */
 925     if (do_per_step(step,edi->outfrq) && MASTER(cr))
 926         write_edo_flood(edi,edo,step);
 927 }
 928
 929
 930 /* Main flooding routine, called from do_force */
 931 extern void do_flood(
 932         FILE            *log,    /* md.log file */
 933         t_commrec       *cr,     /* Communication record */
 934         rvec            x[],     /* Positions on the local processor */
 935         rvec            force[], /* forcefield forces, to these the flooding forces are added */
 936         gmx_edsam_t     ed,      /* ed data structure contains all ED and flooding datasets */
 937         matrix          box,     /* the box */
 938         gmx_large_int_t step)    /* The relative time step since ir->init_step is already subtracted */
 939 {
 940     t_edpar *edi;
 941
 942
 943     if (ed->eEDtype != eEDflood)
 944         return;
 945
 946     edi = ed->edpar;
 947     while (edi)
 948     {
 949         /* Call flooding for one matrix */
 950         if (edi->flood.vecs.neig)
 951             do_single_flood(ed->edo,x,force,edi,step,box,cr);
 952         edi = edi->next_edi;
 953     }
 954 }
 955
 956
 957 /* Called by init_edi, configure some flooding related variables and structures,
 958  * print headers to output files */
 959 static void init_flood(t_edpar *edi, gmx_edsam_t ed, real dt, t_commrec *cr)
 960 {
 961     int i;
 962
 963
 964     edi->flood.Efl = edi->flood.constEfl;
 965     edi->flood.Vfl = 0;
 966     edi->flood.dt  = dt;
 967
 968     if (edi->flood.vecs.neig)
 969     {
 970         /* If in any of the datasets we find a flooding vector, flooding is turned on */
 971         ed->eEDtype = eEDflood;
 972
 973         fprintf(stderr,"ED: Flooding of matrix %d is switched on.\n", edi->flood.flood_id);
 974
 975         if (edi->flood.bConstForce)
 976         {
 977             /* We have used stpsz as a vehicle to carry the fproj values for constant
 978              * force flooding. Now we copy that to flood.vecs.fproj. Note that
 979              * in const force flooding, fproj is never changed. */
 980             for (i=0; i<edi->flood.vecs.neig; i++)
 981             {
 982                 edi->flood.vecs.fproj[i] = edi->flood.vecs.stpsz[i];
 983
 984                 fprintf(stderr, "ED: applying on eigenvector %d a constant force of %g\n",
 985                         edi->flood.vecs.ieig[i], edi->flood.vecs.fproj[i]);
 986             }
 987         }
 988         fprintf(ed->edo,"FL_HEADER: Flooding of matrix %d is switched on! The flooding output will have the following format:\n",
 989                 edi->flood.flood_id);
 990         fprintf(ed->edo,"FL_HEADER: Step     Efl          Vfl       deltaF\n");
 991     }
 992 }
 993
 994
 995 #ifdef DEBUGHELPERS
 996 /*********** Energy book keeping ******/
 997 static void get_flood_enx_names(t_edpar *edi, char** names, int *nnames)  /* get header of energies */
 998 {
 999     t_edpar *actual;
1000     int count;
1001     char buf[STRLEN];
1002     actual=edi;
1003     count = 1;
1004     while (actual)
1005     {
1006         srenew(names,count);
1007         sprintf(buf,"Vfl_%d",count);
1008         names[count-1]=strdup(buf);
1009         actual=actual->next_edi;
1010         count++;
1011     }
1012     *nnames=count-1;
1013 }
1014
1015
1016 static void get_flood_energies(t_edpar *edi, real Vfl[],int nnames)
1017 {
1018     /*fl has to be big enough to capture nnames-many entries*/
1019     t_edpar *actual;
1020     int count;
1021
1022
1023     actual=edi;
1024     count = 1;
1025     while (actual)
1026     {
1027         Vfl[count-1]=actual->flood.Vfl;
1028         actual=actual->next_edi;
1029         count++;
1030     }
1031     if (nnames!=count-1)
1032         gmx_fatal(FARGS,"Number of energies is not consistent with t_edi structure");
1033 }
1034 /************* END of FLOODING IMPLEMENTATION ****************************/
1035 #endif
1036
1037
1038 gmx_edsam_t ed_open(int nfile,const t_filenm fnm[],unsigned long Flags,t_commrec *cr)
1039 {
1040     gmx_edsam_t ed;
1041
1042
1043     /* Allocate space for the ED data structure */
1044     snew(ed, 1);
1045
1046     /* We want to perform ED (this switch might later be upgraded to eEDflood) */
1047     ed->eEDtype = eEDedsam;
1048
1049     if (MASTER(cr))
1050     {
1051         /* Open .edi input file: */
1052         ed->edinam=ftp2fn(efEDI,nfile,fnm);
1053         /* The master opens the .edo output file */
1054         fprintf(stderr,"ED sampling will be performed!\n");
1055         ed->edonam = ftp2fn(efEDO,nfile,fnm);
1056         ed->edo    = gmx_fio_fopen(ed->edonam,(Flags & MD_APPENDFILES)? "a+" : "w+");
1057         ed->bStartFromCpt = Flags & MD_STARTFROMCPT;
1058     }
1059     return ed;
1060 }
1061
1062
1063 /* Broadcasts the structure data */
1064 static void bc_ed_positions(t_commrec *cr, struct gmx_edx *s, int stype)
1065 {
1066     snew_bc(cr, s->anrs, s->nr   );    /* Index numbers     */
1067     snew_bc(cr, s->x   , s->nr   );    /* Positions         */
1068     nblock_bc(cr, s->nr, s->anrs );
1069     nblock_bc(cr, s->nr, s->x    );
1070
1071     /* For the average & reference structures we need an array for the collective indices,
1072      * and we need to broadcast the masses as well */
1073     if (stype == eedAV || stype == eedREF)
1074     {
1075         /* We need these additional variables in the parallel case: */
1076         snew(s->c_ind    , s->nr   );   /* Collective indices */
1077         /* Local atom indices get assigned in dd_make_local_group_indices.
1078          * There, also memory is allocated */
1079         s->nalloc_loc = 0;              /* allocation size of s->anrs_loc */
1080         snew_bc(cr, s->x_old, s->nr);   /* To be able to always make the ED molecule whole, ...        */
1081         nblock_bc(cr, s->nr, s->x_old); /* ... keep track of shift changes with the help of old coords */
1082     }
1083
1084     /* broadcast masses for the reference structure (for mass-weighted fitting) */
1085     if (stype == eedREF)
1086     {
1087         snew_bc(cr, s->m, s->nr);
1088         nblock_bc(cr, s->nr, s->m);
1089     }
1090
1091     /* For the average structure we might need the masses for mass-weighting */
1092     if (stype == eedAV)
1093     {
1094         snew_bc(cr, s->sqrtm, s->nr);
1095         nblock_bc(cr, s->nr, s->sqrtm);
1096         snew_bc(cr, s->m, s->nr);
1097         nblock_bc(cr, s->nr, s->m);
1098     }
1099 }
1100
1101
1102 /* Broadcasts the eigenvector data */
1103 static void bc_ed_vecs(t_commrec *cr, t_eigvec *ev, int length, gmx_bool bHarmonic)
1104 {
1105     int i;
1106
1107     snew_bc(cr, ev->ieig   , ev->neig);  /* index numbers of eigenvector  */
1108     snew_bc(cr, ev->stpsz  , ev->neig);  /* stepsizes per eigenvector     */
1109     snew_bc(cr, ev->xproj  , ev->neig);  /* instantaneous x projection    */
1110     snew_bc(cr, ev->fproj  , ev->neig);  /* instantaneous f projection    */
1111     snew_bc(cr, ev->refproj, ev->neig);  /* starting or target projection */
1112
1113     nblock_bc(cr, ev->neig, ev->ieig   );
1114     nblock_bc(cr, ev->neig, ev->stpsz  );
1115     nblock_bc(cr, ev->neig, ev->xproj  );
1116     nblock_bc(cr, ev->neig, ev->fproj  );
1117     nblock_bc(cr, ev->neig, ev->refproj);
1118
1119     snew_bc(cr, ev->vec, ev->neig);      /* Eigenvector components        */
1120     for (i=0; i<ev->neig; i++)
1121     {
1122         snew_bc(cr, ev->vec[i], length);
1123         nblock_bc(cr, length, ev->vec[i]);
1124     }
1125
1126     /* For harmonic restraints the reference projections can change with time */
1127     if (bHarmonic)
1128     {
1129         snew_bc(cr, ev->refproj0    , ev->neig);
1130         snew_bc(cr, ev->refprojslope, ev->neig);
1131         nblock_bc(cr, ev->neig, ev->refproj0    );
1132         nblock_bc(cr, ev->neig, ev->refprojslope);
1133     }
1134 }
1135
1136
1137 /* Broadcasts the ED / flooding data to other nodes
1138  * and allocates memory where needed */
1139 static void broadcast_ed_data(t_commrec *cr, gmx_edsam_t ed, int numedis)
1140 {
1141     int     nr;
1142     t_edpar *edi;
1143
1144
1145     /* Master lets the other nodes know if its ED only or also flooding */
1146     gmx_bcast(sizeof(ed->eEDtype), &(ed->eEDtype), cr);
1147
1148     snew_bc(cr, ed->edpar,1);
1149     /* Now transfer the ED data set(s) */
1150     edi = ed->edpar;
1151     for (nr=0; nr<numedis; nr++)
1152     {
1153         /* Broadcast a single ED data set */
1154         block_bc(cr, *edi);
1155
1156         /* Broadcast positions */
1157         bc_ed_positions(cr, &(edi->sref), eedREF); /* reference positions (don't broadcast masses)    */
1158         bc_ed_positions(cr, &(edi->sav ), eedAV ); /* average positions (do broadcast masses as well) */
1159         bc_ed_positions(cr, &(edi->star), eedTAR); /* target positions                                */
1160         bc_ed_positions(cr, &(edi->sori), eedORI); /* origin positions                                */
1161
1162         /* Broadcast eigenvectors */
1163         bc_ed_vecs(cr, &edi->vecs.mon   , edi->sav.nr, FALSE);
1164         bc_ed_vecs(cr, &edi->vecs.linfix, edi->sav.nr, FALSE);
1165         bc_ed_vecs(cr, &edi->vecs.linacc, edi->sav.nr, FALSE);
1166         bc_ed_vecs(cr, &edi->vecs.radfix, edi->sav.nr, FALSE);
1167         bc_ed_vecs(cr, &edi->vecs.radacc, edi->sav.nr, FALSE);
1168         bc_ed_vecs(cr, &edi->vecs.radcon, edi->sav.nr, FALSE);
1169         /* Broadcast flooding eigenvectors and, if needed, values for the moving reference */
1170         bc_ed_vecs(cr, &edi->flood.vecs,  edi->sav.nr, edi->flood.bHarmonic);
1171
1172         /* Set the pointer to the next ED dataset */
1173         if (edi->next_edi)
1174         {
1175           snew_bc(cr, edi->next_edi, 1);
1176           edi = edi->next_edi;
1177         }
1178     }
1179 }
1180
1181
1182 /* init-routine called for every *.edi-cycle, initialises t_edpar structure */
1183 static void init_edi(gmx_mtop_t *mtop,t_inputrec *ir,
1184                      t_commrec *cr,gmx_edsam_t ed,t_edpar *edi)
1185 {
1186     int  i;
1187     real totalmass = 0.0;
1188     rvec com;
1189     t_atom *atom;
1190
1191     /* NOTE Init_edi is executed on the master process only
1192      * The initialized data sets are then transmitted to the
1193      * other nodes in broadcast_ed_data */
1194
1195     edi->bNeedDoEdsam = edi->vecs.mon.neig
1196                      || edi->vecs.linfix.neig
1197                      || edi->vecs.linacc.neig
1198                      || edi->vecs.radfix.neig
1199                      || edi->vecs.radacc.neig
1200                      || edi->vecs.radcon.neig;
1201
1202     /* evaluate masses (reference structure) */
1203     snew(edi->sref.m, edi->sref.nr);
1204     for (i = 0; i < edi->sref.nr; i++)
1205     {
1206         if (edi->fitmas)
1207         {
1208             gmx_mtop_atomnr_to_atom(mtop,edi->sref.anrs[i],&atom);
1209             edi->sref.m[i] = atom->m;
1210         }
1211         else
1212         {
1213             edi->sref.m[i] = 1.0;
1214         }
1215
1216         /* Check that every m > 0. Bad things will happen otherwise. */
1217         if (edi->sref.m[i] <= 0.0)
1218         {
1219             gmx_fatal(FARGS, "Reference structure atom %d (sam.edi index %d) has a mass of %g.\n"
1220                              "For a mass-weighted fit, all reference structure atoms need to have a mass >0.\n"
1221                              "Either make the covariance analysis non-mass-weighted, or exclude massless\n"
1222                              "atoms from the reference structure by creating a proper index group.\n",
1223                       i, edi->sref.anrs[i]+1, edi->sref.m[i]);
1224         }
1225
1226         totalmass += edi->sref.m[i];
1227     }
1228     edi->sref.mtot = totalmass;
1229
1230     /* Masses m and sqrt(m) for the average structure. Note that m
1231      * is needed if forces have to be evaluated in do_edsam */
1232     snew(edi->sav.sqrtm, edi->sav.nr );
1233     snew(edi->sav.m    , edi->sav.nr );
1234     for (i = 0; i < edi->sav.nr; i++)
1235     {
1236         gmx_mtop_atomnr_to_atom(mtop,edi->sav.anrs[i],&atom);
1237         edi->sav.m[i] = atom->m;
1238         if (edi->pcamas)
1239         {
1240             edi->sav.sqrtm[i] = sqrt(atom->m);
1241         }
1242         else
1243         {
1244             edi->sav.sqrtm[i] = 1.0;
1245         }
1246
1247         /* Check that every m > 0. Bad things will happen otherwise. */
1248         if (edi->sav.sqrtm[i] <= 0.0)
1249         {
1250             gmx_fatal(FARGS, "Average structure atom %d (sam.edi index %d) has a mass of %g.\n"
1251                              "For ED with mass-weighting, all average structure atoms need to have a mass >0.\n"
1252                              "Either make the covariance analysis non-mass-weighted, or exclude massless\n"
1253                              "atoms from the average structure by creating a proper index group.\n",
1254                       i, edi->sav.anrs[i]+1, atom->m);
1255         }
1256     }
1257
1258     /* put reference structure in origin */
1259     get_center(edi->sref.x, edi->sref.m, edi->sref.nr, com);
1260     com[XX] = -com[XX];
1261     com[YY] = -com[YY];
1262     com[ZZ] = -com[ZZ];
1263     translate_x(edi->sref.x, edi->sref.nr, com);
1264
1265     /* Init ED buffer */
1266     snew(edi->buf, 1);
1267 }
1268
1269
1270 static void check(const char *line, const char *label)
1271 {
1272     if (!strstr(line,label))
1273         gmx_fatal(FARGS,"Could not find input parameter %s at expected position in edsam input-file (.edi)\nline read instead is %s",label,line);
1274 }
1275
1276
1277 static int read_checked_edint(FILE *file,const char *label)
1278 {
1279     char line[STRLEN+1];
1280     int idum;
1281
1282
1283     fgets2 (line,STRLEN,file);
1284     check(line,label);
1285     fgets2 (line,STRLEN,file);
1286     sscanf (line,"%d",&idum);
1287     return idum;
1288 }
1289
1290
1291 static int read_edint(FILE *file,gmx_bool *bEOF)
1292 {
1293     char line[STRLEN+1];
1294     int idum;
1295     char *eof;
1296
1297
1298     eof=fgets2 (line,STRLEN,file);
1299     if (eof==NULL)
1300     {
1301         *bEOF = TRUE;
1302         return -1;
1303     }
1304     eof=fgets2 (line,STRLEN,file);
1305     if (eof==NULL)
1306     {
1307         *bEOF = TRUE;
1308         return -1;
1309     }
1310     sscanf (line,"%d",&idum);
1311     *bEOF = FALSE;
1312     return idum;
1313 }
1314
1315
1316 static real read_checked_edreal(FILE *file,const char *label)
1317 {
1318     char line[STRLEN+1];
1319     double rdum;
1320
1321
1322     fgets2 (line,STRLEN,file);
1323     check(line,label);
1324     fgets2 (line,STRLEN,file);
1325     sscanf (line,"%lf",&rdum);
1326     return (real) rdum; /* always read as double and convert to single */
1327 }
1328
1329
1330 static void read_edx(FILE *file,int number,int *anrs,rvec *x)
1331 {
1332     int i,j;
1333     char line[STRLEN+1];
1334     double d[3];
1335
1336
1337     for(i=0; i<number; i++)
1338     {
1339         fgets2 (line,STRLEN,file);
1340         sscanf (line,"%d%lf%lf%lf",&anrs[i],&d[0],&d[1],&d[2]);
1341         anrs[i]--; /* we are reading FORTRAN indices */
1342         for(j=0; j<3; j++)
1343             x[i][j]=d[j]; /* always read as double and convert to single */
1344     }
1345 }
1346
1347
1348 static void scan_edvec(FILE *in,int nr,rvec *vec)
1349 {
1350     char line[STRLEN+1];
1351     int i;
1352     double x,y,z;
1353
1354
1355     for(i=0; (i < nr); i++)
1356     {
1357         fgets2 (line,STRLEN,in);
1358         sscanf (line,"%le%le%le",&x,&y,&z);
1359         vec[i][XX]=x;
1360         vec[i][YY]=y;
1361         vec[i][ZZ]=z;
1362     }
1363 }
1364
1365
1366 static void read_edvec(FILE *in,int nr,t_eigvec *tvec,gmx_bool bReadRefproj, gmx_bool *bHaveReference)
1367 {
1368     int i,idum,nscan;
1369     double rdum,refproj_dum=0.0,refprojslope_dum=0.0;
1370     char line[STRLEN+1];
1371
1372
1373     tvec->neig=read_checked_edint(in,"NUMBER OF EIGENVECTORS");
1374     if (tvec->neig >0)
1375     {
1376         snew(tvec->ieig   ,tvec->neig);
1377         snew(tvec->stpsz  ,tvec->neig);
1378         snew(tvec->vec    ,tvec->neig);
1379         snew(tvec->xproj  ,tvec->neig);
1380         snew(tvec->fproj  ,tvec->neig);
1381         snew(tvec->refproj,tvec->neig);
1382         if (bReadRefproj)
1383         {
1384             snew(tvec->refproj0    ,tvec->neig);
1385             snew(tvec->refprojslope,tvec->neig);
1386         }
1387
1388         for(i=0; (i < tvec->neig); i++)
1389         {
1390             fgets2 (line,STRLEN,in);
1391             if (bReadRefproj) /* ONLY when using flooding as harmonic restraint */
1392             {
1393                 nscan = sscanf(line,"%d%lf%lf%lf",&idum,&rdum,&refproj_dum,&refprojslope_dum);
1394                 /* Zero out values which were not scanned */
1395                 switch(nscan)
1396                 {
1397                     case 4:
1398                         /* Every 4 values read, including reference position */
1399                         *bHaveReference = TRUE;
1400                         break;
1401                     case 3:
1402                         /* A reference position is provided */
1403                         *bHaveReference = TRUE;
1404                         /* No value for slope, set to 0 */
1405                         refprojslope_dum = 0.0;
1406                         break;
1407                     case 2:
1408                         /* No values for reference projection and slope, set to 0 */
1409                         refproj_dum      = 0.0;
1410                         refprojslope_dum = 0.0;
1411                         break;
1412                     default:
1413                         gmx_fatal(FARGS,"Expected 2 - 4 (not %d) values for flooding vec: <nr> <spring const> <refproj> <refproj-slope>\n", nscan);
1414                         break;
1415                 }
1416                 tvec->refproj[i]=refproj_dum;
1417                 tvec->refproj0[i]=refproj_dum;
1418                 tvec->refprojslope[i]=refprojslope_dum;
1419             }
1420             else /* Normal flooding */
1421             {
1422                 nscan = sscanf(line,"%d%lf",&idum,&rdum);
1423                 if (nscan != 2)
1424                     gmx_fatal(FARGS,"Expected 2 values for flooding vec: <nr> <stpsz>\n");
1425             }
1426             tvec->ieig[i]=idum;
1427             tvec->stpsz[i]=rdum;
1428         } /* end of loop over eigenvectors */
1429
1430         for(i=0; (i < tvec->neig); i++)
1431         {
1432             snew(tvec->vec[i],nr);
1433             scan_edvec(in,nr,tvec->vec[i]);
1434         }
1435     }
1436 }
1437
1438
1439 /* calls read_edvec for the vector groups, only for flooding there is an extra call */
1440 static void read_edvecs(FILE *in,int nr,t_edvecs *vecs)
1441 {
1442         gmx_bool bHaveReference = FALSE;
1443
1444
1445     read_edvec(in, nr, &vecs->mon   , FALSE, &bHaveReference);
1446     read_edvec(in, nr, &vecs->linfix, FALSE, &bHaveReference);
1447     read_edvec(in, nr, &vecs->linacc, FALSE, &bHaveReference);
1448     read_edvec(in, nr, &vecs->radfix, FALSE, &bHaveReference);
1449     read_edvec(in, nr, &vecs->radacc, FALSE, &bHaveReference);
1450     read_edvec(in, nr, &vecs->radcon, FALSE, &bHaveReference);
1451 }
1452
1453
1454 /* Check if the same atom indices are used for reference and average positions */
1455 static gmx_bool check_if_same(struct gmx_edx sref, struct gmx_edx sav)
1456 {
1457     int i;
1458
1459
1460     /* If the number of atoms differs between the two structures,
1461      * they cannot be identical */
1462     if (sref.nr != sav.nr)
1463         return FALSE;
1464
1465     /* Now that we know that both stuctures have the same number of atoms,
1466      * check if also the indices are identical */
1467     for (i=0; i < sav.nr; i++)
1468     {
1469         if (sref.anrs[i] != sav.anrs[i])
1470             return FALSE;
1471     }
1472     fprintf(stderr, "ED: Note: Reference and average structure are composed of the same atom indices.\n");
1473
1474     return TRUE;
1475 }
1476
1477
1478 static int read_edi(FILE* in, gmx_edsam_t ed,t_edpar *edi,int nr_mdatoms, int edi_nr, t_commrec *cr)
1479 {
1480     int readmagic;
1481     const int magic=670;
1482     gmx_bool bEOF;
1483
1484     /* Was a specific reference point for the flooding/umbrella potential provided in the edi file? */
1485     gmx_bool bHaveReference = FALSE;
1486
1487
1488     /* the edi file is not free format, so expect problems if the input is corrupt. */
1489
1490     /* check the magic number */
1491     readmagic=read_edint(in,&bEOF);
1492     /* Check whether we have reached the end of the input file */
1493     if (bEOF)
1494         return 0;
1495
1496     if (readmagic != magic)
1497     {
1498         if (readmagic==666 || readmagic==667 || readmagic==668)
1499             gmx_fatal(FARGS,"Wrong magic number: Use newest version of make_edi to produce edi file");
1500         else if (readmagic == 669)
1501             ;
1502         else
1503             gmx_fatal(FARGS,"Wrong magic number %d in %s",readmagic,ed->edinam);
1504     }
1505
1506     /* check the number of atoms */
1507     edi->nini=read_edint(in,&bEOF);
1508     if (edi->nini != nr_mdatoms)
1509         gmx_fatal(FARGS,"Nr of atoms in %s (%d) does not match nr of md atoms (%d)",
1510                 ed->edinam,edi->nini,nr_mdatoms);
1511
1512     /* Done checking. For the rest we blindly trust the input */
1513     edi->fitmas          = read_checked_edint(in,"FITMAS");
1514     edi->pcamas          = read_checked_edint(in,"ANALYSIS_MAS");
1515     edi->outfrq          = read_checked_edint(in,"OUTFRQ");
1516     edi->maxedsteps      = read_checked_edint(in,"MAXLEN");
1517     edi->slope           = read_checked_edreal(in,"SLOPECRIT");
1518
1519     edi->presteps        = read_checked_edint(in,"PRESTEPS");
1520     edi->flood.deltaF0   = read_checked_edreal(in,"DELTA_F0");
1521     edi->flood.deltaF    = read_checked_edreal(in,"INIT_DELTA_F");
1522     edi->flood.tau       = read_checked_edreal(in,"TAU");
1523     edi->flood.constEfl  = read_checked_edreal(in,"EFL_NULL");
1524     edi->flood.alpha2    = read_checked_edreal(in,"ALPHA2");
1525     edi->flood.kT        = read_checked_edreal(in,"KT");
1526     edi->flood.bHarmonic = read_checked_edint(in,"HARMONIC");
1527     if (readmagic > 669)
1528         edi->flood.bConstForce = read_checked_edint(in,"CONST_FORCE_FLOODING");
1529     else
1530         edi->flood.bConstForce = FALSE;
1531     edi->flood.flood_id  = edi_nr;
1532     edi->sref.nr         = read_checked_edint(in,"NREF");
1533
1534     /* allocate space for reference positions and read them */
1535     snew(edi->sref.anrs,edi->sref.nr);
1536     snew(edi->sref.x   ,edi->sref.nr);
1537     if (PAR(cr))
1538         snew(edi->sref.x_old,edi->sref.nr);
1539     edi->sref.sqrtm    =NULL;
1540     read_edx(in,edi->sref.nr,edi->sref.anrs,edi->sref.x);
1541
1542     /* average positions. they define which atoms will be used for ED sampling */
1543     edi->sav.nr=read_checked_edint(in,"NAV");
1544     snew(edi->sav.anrs,edi->sav.nr);
1545     snew(edi->sav.x   ,edi->sav.nr);
1546     if (PAR(cr))
1547         snew(edi->sav.x_old,edi->sav.nr);
1548     read_edx(in,edi->sav.nr,edi->sav.anrs,edi->sav.x);
1549
1550     /* Check if the same atom indices are used for reference and average positions */
1551     edi->bRefEqAv = check_if_same(edi->sref, edi->sav);
1552
1553     /* eigenvectors */
1554     read_edvecs(in,edi->sav.nr,&edi->vecs);
1555     read_edvec(in,edi->sav.nr,&edi->flood.vecs,edi->flood.bHarmonic, &bHaveReference);
1556
1557     /* target positions */
1558     edi->star.nr=read_edint(in,&bEOF);
1559     if (edi->star.nr > 0)
1560     {
1561         snew(edi->star.anrs,edi->star.nr);
1562         snew(edi->star.x   ,edi->star.nr);
1563         edi->star.sqrtm    =NULL;
1564         read_edx(in,edi->star.nr,edi->star.anrs,edi->star.x);
1565     }
1566
1567     /* positions defining origin of expansion circle */
1568     edi->sori.nr=read_edint(in,&bEOF);
1569     if (edi->sori.nr > 0)
1570     {
1571         if (bHaveReference)
1572         {
1573                 /* Both an -ori structure and a at least one manual reference point have been
1574                  * specified. That's ambiguous and probably not intentional. */
1575                 gmx_fatal(FARGS, "ED: An origin structure has been provided and a at least one (moving) reference\n"
1576                                  "    point was manually specified in the edi file. That is ambiguous. Aborting.\n");
1577         }
1578         snew(edi->sori.anrs,edi->sori.nr);
1579         snew(edi->sori.x   ,edi->sori.nr);
1580         edi->sori.sqrtm    =NULL;
1581         read_edx(in,edi->sori.nr,edi->sori.anrs,edi->sori.x);
1582     }
1583
1584     /* all done */
1585     return 1;
1586 }
1587
1588
1589
1590 /* Read in the edi input file. Note that it may contain several ED data sets which were
1591  * achieved by concatenating multiple edi files. The standard case would be a single ED
1592  * data set, though. */
1593 static void read_edi_file(gmx_edsam_t ed, t_edpar *edi, int nr_mdatoms, t_commrec *cr)
1594 {
1595     FILE    *in;
1596     t_edpar *curr_edi,*last_edi;
1597     t_edpar *edi_read;
1598     int     edi_nr = 0;
1599
1600
1601     /* This routine is executed on the master only */
1602
1603     /* Open the .edi parameter input file */
1604     in = gmx_fio_fopen(ed->edinam,"r");
1605     fprintf(stderr, "ED: Reading edi file %s\n", ed->edinam);
1606
1607     /* Now read a sequence of ED input parameter sets from the edi file */
1608     curr_edi=edi;
1609     last_edi=edi;
1610     while( read_edi(in, ed, curr_edi, nr_mdatoms, edi_nr, cr) )
1611     {
1612         edi_nr++;
1613         /* Make shure that the number of atoms in each dataset is the same as in the tpr file */
1614         if (edi->nini != nr_mdatoms)
1615             gmx_fatal(FARGS,"edi file %s (dataset #%d) was made for %d atoms, but the simulation contains %d atoms.",
1616                     ed->edinam, edi_nr, edi->nini, nr_mdatoms);
1617         /* Since we arrived within this while loop we know that there is still another data set to be read in */
1618         /* We need to allocate space for the data: */
1619         snew(edi_read,1);
1620         /* Point the 'next_edi' entry to the next edi: */
1621         curr_edi->next_edi=edi_read;
1622         /* Keep the curr_edi pointer for the case that the next dataset is empty: */
1623         last_edi = curr_edi;
1624         /* Let's prepare to read in the next edi data set: */
1625         curr_edi = edi_read;
1626     }
1627     if (edi_nr == 0)
1628         gmx_fatal(FARGS, "No complete ED data set found in edi file %s.", ed->edinam);
1629
1630     /* Terminate the edi dataset list with a NULL pointer: */
1631     last_edi->next_edi = NULL;
1632
1633     fprintf(stderr, "ED: Found %d ED dataset%s.\n", edi_nr, edi_nr>1? "s" : "");
1634
1635     /* Close the .edi file again */
1636     gmx_fio_fclose(in);
1637 }
1638
1639
1640 struct t_fit_to_ref {
1641     rvec *xcopy;       /* Working copy of the positions in fit_to_reference */
1642 };
1643
1644 /* Fit the current positions to the reference positions
1645  * Do not actually do the fit, just return rotation and translation.
1646  * Note that the COM of the reference structure was already put into
1647  * the origin by init_edi. */
1648 static void fit_to_reference(rvec      *xcoll,    /* The positions to be fitted */
1649                              rvec      transvec,  /* The translation vector */
1650                              matrix    rotmat,    /* The rotation matrix */
1651                              t_edpar   *edi)      /* Just needed for do_edfit */
1652 {
1653     rvec com;          /* center of mass */
1654     int  i;
1655     struct t_fit_to_ref *loc;
1656
1657
1658     GMX_MPE_LOG(ev_fit_to_reference_start);
1659
1660     /* Allocate memory the first time this routine is called for each edi dataset */
1661     if (NULL == edi->buf->fit_to_ref)
1662     {
1663         snew(edi->buf->fit_to_ref, 1);
1664         snew(edi->buf->fit_to_ref->xcopy, edi->sref.nr);
1665     }
1666     loc = edi->buf->fit_to_ref;
1667
1668     /* We do not touch the original positions but work on a copy. */
1669     for (i=0; i<edi->sref.nr; i++)
1670         copy_rvec(xcoll[i], loc->xcopy[i]);
1671
1672     /* Calculate the center of mass */
1673     get_center(loc->xcopy, edi->sref.m, edi->sref.nr, com);
1674
1675     transvec[XX] = -com[XX];
1676     transvec[YY] = -com[YY];
1677     transvec[ZZ] = -com[ZZ];
1678
1679     /* Subtract the center of mass from the copy */
1680     translate_x(loc->xcopy, edi->sref.nr, transvec);
1681
1682     /* Determine the rotation matrix */
1683     do_edfit(edi->sref.nr, edi->sref.x, loc->xcopy, rotmat, edi);
1684
1685     GMX_MPE_LOG(ev_fit_to_reference_finish);
1686 }
1687
1688
1689 static void translate_and_rotate(rvec *x,         /* The positions to be translated and rotated */
1690                                  int nat,         /* How many positions are there? */
1691                                  rvec transvec,   /* The translation vector */
1692                                  matrix rotmat)   /* The rotation matrix */
1693 {
1694     /* Translation */
1695     translate_x(x, nat, transvec);
1696
1697     /* Rotation */
1698     rotate_x(x, nat, rotmat);
1699 }
1700
1701
1702 /* Gets the rms deviation of the positions to the structure s */
1703 /* fit_to_structure has to be called before calling this routine! */
1704 static real rmsd_from_structure(rvec           *x,  /* The positions under consideration */
1705                                 struct gmx_edx *s)  /* The structure from which the rmsd shall be computed */
1706 {
1707     real  rmsd=0.0;
1708     int   i;
1709
1710
1711     for (i=0; i < s->nr; i++)
1712         rmsd += distance2(s->x[i], x[i]);
1713
1714     rmsd /= (real) s->nr;
1715     rmsd = sqrt(rmsd);
1716
1717     return rmsd;
1718 }
1719
1720
1721 void dd_make_local_ed_indices(gmx_domdec_t *dd, struct gmx_edsam *ed)
1722 {
1723     t_edpar *edi;
1724
1725
1726     if (ed->eEDtype != eEDnone)
1727     {
1728         /* Loop over ED datasets (usually there is just one dataset, though) */
1729         edi=ed->edpar;
1730         while (edi)
1731         {
1732             /* Local atoms of the reference structure (for fitting), need only be assembled
1733              * if their indices differ from the average ones */
1734             if (!edi->bRefEqAv)
1735                 dd_make_local_group_indices(dd->ga2la, edi->sref.nr, edi->sref.anrs,
1736                         &edi->sref.nr_loc, &edi->sref.anrs_loc, &edi->sref.nalloc_loc, edi->sref.c_ind);
1737
1738             /* Local atoms of the average structure (on these ED will be performed) */
1739             dd_make_local_group_indices(dd->ga2la, edi->sav.nr, edi->sav.anrs,
1740                     &edi->sav.nr_loc, &edi->sav.anrs_loc, &edi->sav.nalloc_loc, edi->sav.c_ind);
1741
1742             /* Indicate that the ED shift vectors for this structure need to be updated
1743              * at the next call to communicate_group_positions, since obviously we are in a NS step */
1744             edi->buf->do_edsam->bUpdateShifts = TRUE;
1745
1746             /* Set the pointer to the next ED dataset (if any) */
1747             edi=edi->next_edi;
1748         }
1749     }
1750 }
1751
1752
1753 static inline void ed_unshift_single_coord(matrix box, const rvec x, const ivec is, rvec xu)
1754 {
1755     int tx,ty,tz;
1756
1757
1758     GMX_MPE_LOG(ev_unshift_start);
1759
1760     tx=is[XX];
1761     ty=is[YY];
1762     tz=is[ZZ];
1763
1764     if(TRICLINIC(box))
1765     {
1766         xu[XX] = x[XX]-tx*box[XX][XX]-ty*box[YY][XX]-tz*box[ZZ][XX];
1767         xu[YY] = x[YY]-ty*box[YY][YY]-tz*box[ZZ][YY];
1768         xu[ZZ] = x[ZZ]-tz*box[ZZ][ZZ];
1769     } else
1770     {
1771         xu[XX] = x[XX]-tx*box[XX][XX];
1772         xu[YY] = x[YY]-ty*box[YY][YY];
1773         xu[ZZ] = x[ZZ]-tz*box[ZZ][ZZ];
1774     }
1775
1776     GMX_MPE_LOG(ev_unshift_finish);
1777 }
1778
1779
1780 static void do_linfix(rvec *xcoll, t_edpar *edi, int step, t_commrec *cr)
1781 {
1782     int  i, j;
1783     real proj, add;
1784     rvec vec_dum;
1785
1786
1787     /* loop over linfix vectors */
1788     for (i=0; i<edi->vecs.linfix.neig; i++)
1789     {
1790         /* calculate the projection */
1791         proj = projectx(edi, xcoll, edi->vecs.linfix.vec[i]);
1792
1793         /* calculate the correction */
1794         add = edi->vecs.linfix.refproj[i] + step*edi->vecs.linfix.stpsz[i] - proj;
1795
1796         /* apply the correction */
1797         add /= edi->sav.sqrtm[i];
1798         for (j=0; j<edi->sav.nr; j++)
1799         {
1800             svmul(add, edi->vecs.linfix.vec[i][j], vec_dum);
1801             rvec_inc(xcoll[j], vec_dum);
1802         }
1803     }
1804 }
1805
1806
1807 static void do_linacc(rvec *xcoll, t_edpar *edi, t_commrec *cr)
1808 {
1809     int  i, j;
1810     real proj, add;
1811     rvec vec_dum;
1812
1813
1814     /* loop over linacc vectors */
1815     for (i=0; i<edi->vecs.linacc.neig; i++)
1816     {
1817         /* calculate the projection */
1818         proj=projectx(edi, xcoll, edi->vecs.linacc.vec[i]);
1819
1820         /* calculate the correction */
1821         add = 0.0;
1822         if (edi->vecs.linacc.stpsz[i] > 0.0)
1823         {
1824             if ((proj-edi->vecs.linacc.refproj[i]) < 0.0)
1825                 add = edi->vecs.linacc.refproj[i] - proj;
1826         }
1827         if (edi->vecs.linacc.stpsz[i] < 0.0)
1828         {
1829             if ((proj-edi->vecs.linacc.refproj[i]) > 0.0)
1830                 add = edi->vecs.linacc.refproj[i] - proj;
1831         }
1832
1833         /* apply the correction */
1834         add /= edi->sav.sqrtm[i];
1835         for (j=0; j<edi->sav.nr; j++)
1836         {
1837             svmul(add, edi->vecs.linacc.vec[i][j], vec_dum);
1838             rvec_inc(xcoll[j], vec_dum);
1839         }
1840
1841         /* new positions will act as reference */
1842         edi->vecs.linacc.refproj[i] = proj + add;
1843     }
1844 }
1845
1846
1847 static void do_radfix(rvec *xcoll, t_edpar *edi, int step, t_commrec *cr)
1848 {
1849     int  i,j;
1850     real *proj, rad=0.0, ratio;
1851     rvec vec_dum;
1852
1853
1854     if (edi->vecs.radfix.neig == 0)
1855         return;
1856
1857     snew(proj, edi->vecs.radfix.neig);
1858
1859     /* loop over radfix vectors */
1860     for (i=0; i<edi->vecs.radfix.neig; i++)
1861     {
1862         /* calculate the projections, radius */
1863         proj[i] = projectx(edi, xcoll, edi->vecs.radfix.vec[i]);
1864         rad += pow(proj[i] - edi->vecs.radfix.refproj[i], 2);
1865     }
1866
1867     rad   = sqrt(rad);
1868     ratio = (edi->vecs.radfix.stpsz[0]+edi->vecs.radfix.radius)/rad - 1.0;
1869     edi->vecs.radfix.radius += edi->vecs.radfix.stpsz[0];
1870
1871     /* loop over radfix vectors */
1872     for (i=0; i<edi->vecs.radfix.neig; i++)
1873     {
1874         proj[i] -= edi->vecs.radfix.refproj[i];
1875
1876         /* apply the correction */
1877         proj[i] /= edi->sav.sqrtm[i];
1878         proj[i] *= ratio;
1879         for (j=0; j<edi->sav.nr; j++) {
1880             svmul(proj[i], edi->vecs.radfix.vec[i][j], vec_dum);
1881             rvec_inc(xcoll[j], vec_dum);
1882         }
1883     }
1884
1885     sfree(proj);
1886 }
1887
1888
1889 static void do_radacc(rvec *xcoll, t_edpar *edi, t_commrec *cr)
1890 {
1891     int  i,j;
1892     real *proj, rad=0.0, ratio=0.0;
1893     rvec vec_dum;
1894
1895
1896     if (edi->vecs.radacc.neig == 0)
1897         return;
1898
1899     snew(proj,edi->vecs.radacc.neig);
1900
1901     /* loop over radacc vectors */
1902     for (i=0; i<edi->vecs.radacc.neig; i++)
1903     {
1904         /* calculate the projections, radius */
1905         proj[i] = projectx(edi, xcoll, edi->vecs.radacc.vec[i]);
1906         rad += pow(proj[i] - edi->vecs.radacc.refproj[i], 2);
1907     }
1908     rad = sqrt(rad);
1909
1910     /* only correct when radius decreased */
1911     if (rad < edi->vecs.radacc.radius)
1912     {
1913         ratio = edi->vecs.radacc.radius/rad - 1.0;
1914         rad   = edi->vecs.radacc.radius;
1915     }
1916     else
1917         edi->vecs.radacc.radius = rad;
1918
1919     /* loop over radacc vectors */
1920     for (i=0; i<edi->vecs.radacc.neig; i++)
1921     {
1922         proj[i] -= edi->vecs.radacc.refproj[i];
1923
1924         /* apply the correction */
1925         proj[i] /= edi->sav.sqrtm[i];
1926         proj[i] *= ratio;
1927         for (j=0; j<edi->sav.nr; j++)
1928         {
1929             svmul(proj[i], edi->vecs.radacc.vec[i][j], vec_dum);
1930             rvec_inc(xcoll[j], vec_dum);
1931         }
1932     }
1933     sfree(proj);
1934 }
1935
1936
1937 struct t_do_radcon {
1938     real *proj;
1939 };
1940
1941 static void do_radcon(rvec *xcoll, t_edpar *edi, t_commrec *cr)
1942 {
1943     int  i,j;
1944     real rad=0.0, ratio=0.0;
1945     struct t_do_radcon *loc;
1946     gmx_bool bFirst;
1947     rvec vec_dum;
1948
1949
1950     if(edi->buf->do_radcon != NULL)
1951     {
1952         bFirst = FALSE;
1953         loc    = edi->buf->do_radcon;
1954     }
1955     else
1956     {
1957         bFirst = TRUE;
1958         snew(edi->buf->do_radcon, 1);
1959     }
1960     loc = edi->buf->do_radcon;
1961
1962     if (edi->vecs.radcon.neig == 0)
1963         return;
1964
1965     if (bFirst)
1966         snew(loc->proj, edi->vecs.radcon.neig);
1967
1968     /* loop over radcon vectors */
1969     for (i=0; i<edi->vecs.radcon.neig; i++)
1970     {
1971         /* calculate the projections, radius */
1972         loc->proj[i] = projectx(edi, xcoll, edi->vecs.radcon.vec[i]);
1973         rad += pow(loc->proj[i] - edi->vecs.radcon.refproj[i], 2);
1974     }
1975     rad = sqrt(rad);
1976     /* only correct when radius increased */
1977     if (rad > edi->vecs.radcon.radius)
1978     {
1979         ratio = edi->vecs.radcon.radius/rad - 1.0;
1980
1981         /* loop over radcon vectors */
1982         for (i=0; i<edi->vecs.radcon.neig; i++)
1983         {
1984             /* apply the correction */
1985             loc->proj[i] -= edi->vecs.radcon.refproj[i];
1986             loc->proj[i] /= edi->sav.sqrtm[i];
1987             loc->proj[i] *= ratio;
1988
1989             for (j=0; j<edi->sav.nr; j++)
1990             {
1991                 svmul(loc->proj[i], edi->vecs.radcon.vec[i][j], vec_dum);
1992                 rvec_inc(xcoll[j], vec_dum);
1993             }
1994         }
1995     }
1996     else
1997         edi->vecs.radcon.radius = rad;
1998
1999     if (rad != edi->vecs.radcon.radius)
2000     {
2001         rad = 0.0;
2002         for (i=0; i<edi->vecs.radcon.neig; i++)
2003         {
2004             /* calculate the projections, radius */
2005             loc->proj[i] = projectx(edi, xcoll, edi->vecs.radcon.vec[i]);
2006             rad += pow(loc->proj[i] - edi->vecs.radcon.refproj[i], 2);
2007         }
2008         rad = sqrt(rad);
2009     }
2010 }
2011
2012
2013 static void ed_apply_constraints(rvec *xcoll, t_edpar *edi, gmx_large_int_t step, t_commrec *cr)
2014 {
2015     int i;
2016
2017
2018     GMX_MPE_LOG(ev_ed_apply_cons_start);
2019
2020     /* subtract the average positions */
2021     for (i=0; i<edi->sav.nr; i++)
2022         rvec_dec(xcoll[i], edi->sav.x[i]);
2023
2024     /* apply the constraints */
2025     if (step >= 0)
2026         do_linfix(xcoll, edi, step, cr);
2027     do_linacc(xcoll, edi, cr);
2028     if (step >= 0)
2029         do_radfix(xcoll, edi, step, cr);
2030     do_radacc(xcoll, edi, cr);
2031     do_radcon(xcoll, edi, cr);
2032
2033     /* add back the average positions */
2034     for (i=0; i<edi->sav.nr; i++)
2035         rvec_inc(xcoll[i], edi->sav.x[i]);
2036
2037     GMX_MPE_LOG(ev_ed_apply_cons_finish);
2038 }
2039
2040
2041 /* Write out the projections onto the eigenvectors */
2042 static void write_edo(int nr_edi, t_edpar *edi, gmx_edsam_t ed, gmx_large_int_t step,real rmsd)
2043 {
2044     int i;
2045     char buf[22];
2046
2047
2048     if (edi->bNeedDoEdsam)
2049     {
2050         if (step == -1)
2051             fprintf(ed->edo, "Initial projections:\n");
2052         else
2053         {
2054             fprintf(ed->edo,"Step %s, ED #%d  ", gmx_step_str(step, buf), nr_edi);
2055             fprintf(ed->edo,"  RMSD %f nm\n",rmsd);
2056         }
2057
2058         if (edi->vecs.mon.neig)
2059         {
2060             fprintf(ed->edo,"  Monitor eigenvectors");
2061             for (i=0; i<edi->vecs.mon.neig; i++)
2062                 fprintf(ed->edo," %d: %12.5e ",edi->vecs.mon.ieig[i],edi->vecs.mon.xproj[i]);
2063             fprintf(ed->edo,"\n");
2064         }
2065         if (edi->vecs.linfix.neig)
2066         {
2067             fprintf(ed->edo,"  Linfix  eigenvectors");
2068             for (i=0; i<edi->vecs.linfix.neig; i++)
2069                 fprintf(ed->edo," %d: %12.5e ",edi->vecs.linfix.ieig[i],edi->vecs.linfix.xproj[i]);
2070             fprintf(ed->edo,"\n");
2071         }
2072         if (edi->vecs.linacc.neig)
2073         {
2074             fprintf(ed->edo,"  Linacc  eigenvectors");
2075             for (i=0; i<edi->vecs.linacc.neig; i++)
2076                 fprintf(ed->edo," %d: %12.5e ",edi->vecs.linacc.ieig[i],edi->vecs.linacc.xproj[i]);
2077             fprintf(ed->edo,"\n");
2078         }
2079         if (edi->vecs.radfix.neig)
2080         {
2081             fprintf(ed->edo,"  Radfix  eigenvectors");
2082             for (i=0; i<edi->vecs.radfix.neig; i++)
2083                 fprintf(ed->edo," %d: %12.5e ",edi->vecs.radfix.ieig[i],edi->vecs.radfix.xproj[i]);
2084             fprintf(ed->edo,"\n");
2085             fprintf(ed->edo,"  fixed increment radius = %f\n", calc_radius(&edi->vecs.radfix));
2086         }
2087         if (edi->vecs.radacc.neig)
2088         {
2089             fprintf(ed->edo,"  Radacc  eigenvectors");
2090             for (i=0; i<edi->vecs.radacc.neig; i++)
2091                 fprintf(ed->edo," %d: %12.5e ",edi->vecs.radacc.ieig[i],edi->vecs.radacc.xproj[i]);
2092             fprintf(ed->edo,"\n");
2093             fprintf(ed->edo,"  acceptance radius      = %f\n", calc_radius(&edi->vecs.radacc));
2094         }
2095         if (edi->vecs.radcon.neig)
2096         {
2097             fprintf(ed->edo,"  Radcon  eigenvectors");
2098             for (i=0; i<edi->vecs.radcon.neig; i++)
2099                 fprintf(ed->edo," %d: %12.5e ",edi->vecs.radcon.ieig[i],edi->vecs.radcon.xproj[i]);
2100             fprintf(ed->edo,"\n");
2101             fprintf(ed->edo,"  contracting radius     = %f\n", calc_radius(&edi->vecs.radcon));
2102         }
2103     }
2104 }
2105
2106 /* Returns if any constraints are switched on */
2107 static int ed_constraints(gmx_bool edtype, t_edpar *edi)
2108 {
2109     if (edtype == eEDedsam || edtype == eEDflood)
2110     {
2111         return (edi->vecs.linfix.neig || edi->vecs.linacc.neig ||
2112                 edi->vecs.radfix.neig || edi->vecs.radacc.neig ||
2113                 edi->vecs.radcon.neig);
2114     }
2115     return 0;
2116 }
2117
2118
2119 /* Copies reference projection 'refproj' to fixed 'refproj0' variable for flooding/
2120  * umbrella sampling simulations. */
2121 static void copyEvecReference(t_eigvec* floodvecs)
2122 {
2123     int i;
2124
2125
2126     if (NULL==floodvecs->refproj0)
2127         snew(floodvecs->refproj0, floodvecs->neig);
2128
2129     for (i=0; i<floodvecs->neig; i++)
2130     {
2131         floodvecs->refproj0[i] = floodvecs->refproj[i];
2132     }
2133 }
2134
2135
2136 void init_edsam(gmx_mtop_t  *mtop,   /* global topology                    */
2137                 t_inputrec  *ir,     /* input record                       */
2138                 t_commrec   *cr,     /* communication record               */
2139                 gmx_edsam_t ed,      /* contains all ED data               */
2140                 rvec        x[],     /* positions of the whole MD system   */
2141                 matrix      box)     /* the box                            */
2142 {
2143     t_edpar *edi = NULL;    /* points to a single edi data set */
2144     int     numedis=0;      /* keep track of the number of ED data sets in edi file */
2145     int     i,nr_edi,avindex;
2146     rvec    *x_pbc  = NULL; /* positions of the whole MD system with pbc removed  */
2147     rvec    *xfit   = NULL; /* the positions which will be fitted to the reference structure  */
2148     rvec    *xstart = NULL; /* the positions which are subject to ED sampling */
2149     rvec    fit_transvec;   /* translation ... */
2150     matrix  fit_rotmat;     /* ... and rotation from fit to reference structure */
2151
2152
2153     if (!DOMAINDECOMP(cr) && PAR(cr) && MASTER(cr))
2154         gmx_fatal(FARGS, "Please switch on domain decomposition to use essential dynamics in parallel.");
2155
2156     GMX_MPE_LOG(ev_edsam_start);
2157
2158     if (MASTER(cr))
2159         fprintf(stderr, "ED: Initializing essential dynamics constraints.\n");
2160
2161     /* Needed for initializing radacc radius in do_edsam */
2162     ed->bFirst = 1;
2163
2164     /* The input file is read by the master and the edi structures are
2165      * initialized here. Input is stored in ed->edpar. Then the edi
2166      * structures are transferred to the other nodes */
2167     if (MASTER(cr))
2168     {
2169         snew(ed->edpar,1);
2170         /* Read the whole edi file at once: */
2171         read_edi_file(ed,ed->edpar,mtop->natoms,cr);
2172
2173         /* Initialization for every ED/flooding dataset. Flooding uses one edi dataset per
2174          * flooding vector, Essential dynamics can be applied to more than one structure
2175          * as well, but will be done in the order given in the edi file, so
2176          * expect different results for different order of edi file concatenation! */
2177         edi=ed->edpar;
2178         while(edi != NULL)
2179         {
2180             init_edi(mtop,ir,cr,ed,edi);
2181
2182             /* Init flooding parameters if needed */
2183             init_flood(edi,ed,ir->delta_t,cr);
2184
2185             edi=edi->next_edi;
2186             numedis++;
2187         }
2188     }
2189
2190     /* The master does the work here. The other nodes get the positions
2191      * not before dd_partition_system which is called after init_edsam */
2192     if (MASTER(cr))
2193     {
2194         /* Remove pbc, make molecule whole.
2195          * When ir->bContinuation=TRUE this has already been done, but ok.
2196          */
2197         snew(x_pbc,mtop->natoms);
2198         m_rveccopy(mtop->natoms,x,x_pbc);
2199         do_pbc_first_mtop(NULL,ir->ePBC,box,mtop,x_pbc);
2200
2201         /* Reset pointer to first ED data set which contains the actual ED data */
2202         edi=ed->edpar;
2203
2204         /* Loop over all ED/flooding data sets (usually only one, though) */
2205         for (nr_edi = 1; nr_edi <= numedis; nr_edi++)
2206         {
2207             /* We use srenew to allocate memory since the size of the buffers
2208              * is likely to change with every ED dataset */
2209             srenew(xfit  , edi->sref.nr );
2210             srenew(xstart, edi->sav.nr  );
2211
2212             /* Extract the positions of the atoms to which will be fitted */
2213             for (i=0; i < edi->sref.nr; i++)
2214             {
2215                 copy_rvec(x_pbc[edi->sref.anrs[i]], xfit[i]);
2216
2217                 /* Save the sref positions such that in the next time step the molecule can
2218                  * be made whole again (in the parallel case) */
2219                 if (PAR(cr))
2220                     copy_rvec(xfit[i], edi->sref.x_old[i]);
2221             }
2222
2223             /* Extract the positions of the atoms subject to ED sampling */
2224             for (i=0; i < edi->sav.nr; i++)
2225             {
2226                 copy_rvec(x_pbc[edi->sav.anrs[i]], xstart[i]);
2227
2228                 /* Save the sav positions such that in the next time step the molecule can
2229                  * be made whole again (in the parallel case) */
2230                 if (PAR(cr))
2231                     copy_rvec(xstart[i], edi->sav.x_old[i]);
2232             }
2233
2234             /* Make the fit to the REFERENCE structure, get translation and rotation */
2235             fit_to_reference(xfit, fit_transvec, fit_rotmat, edi);
2236
2237             /* Output how well we fit to the reference at the start */
2238             translate_and_rotate(xfit, edi->sref.nr, fit_transvec, fit_rotmat);
2239             fprintf(stderr, "ED: Initial RMSD from reference after fit = %f nm (dataset #%d)\n",
2240                     rmsd_from_structure(xfit, &edi->sref), nr_edi);
2241
2242             /* Now apply the translation and rotation to the atoms on which ED sampling will be performed */
2243             translate_and_rotate(xstart, edi->sav.nr, fit_transvec, fit_rotmat);
2244
2245             /* calculate initial projections */
2246             project(xstart, edi);
2247
2248             /* process target structure, if required */
2249             if (edi->star.nr > 0)
2250             {
2251                 fprintf(stderr, "ED: Fitting target structure to reference structure\n");
2252
2253                 /* get translation & rotation for fit of target structure to reference structure */
2254                 fit_to_reference(edi->star.x, fit_transvec, fit_rotmat, edi);
2255                 /* do the fit */
2256                 translate_and_rotate(edi->star.x, edi->star.nr, fit_transvec, fit_rotmat);
2257                 if (edi->star.nr == edi->sav.nr)
2258                 {
2259                     avindex = 0;
2260                 }
2261                 else /* edi->star.nr = edi->sref.nr + edi->sav.nr */
2262                 {
2263                     /* The last sav.nr indices of the target structure correspond to
2264                      * the average structure, which must be projected */
2265                     avindex = edi->star.nr - edi->sav.nr;
2266                 }
2267                 rad_project(edi, &edi->star.x[avindex], &edi->vecs.radcon, cr);
2268             } else
2269                 rad_project(edi, xstart, &edi->vecs.radcon, cr);
2270
2271             /* process structure that will serve as origin of expansion circle */
2272             if ( (eEDflood == ed->eEDtype) && (FALSE == edi->flood.bConstForce) )
2273                 fprintf(stderr, "ED: Setting center of flooding potential (0 = average structure)\n");
2274
2275             if (edi->sori.nr > 0)
2276             {
2277                 fprintf(stderr, "ED: Fitting origin structure to reference structure\n");
2278
2279                 /* fit this structure to reference structure */
2280                 fit_to_reference(edi->sori.x, fit_transvec, fit_rotmat, edi);
2281                 /* do the fit */
2282                 translate_and_rotate(edi->sori.x, edi->sori.nr, fit_transvec, fit_rotmat);
2283                 if (edi->sori.nr == edi->sav.nr)
2284                 {
2285                     avindex = 0;
2286                 }
2287                 else /* edi->sori.nr = edi->sref.nr + edi->sav.nr */
2288                 {
2289                     /* For the projection, we need the last sav.nr indices of sori */
2290                     avindex = edi->sori.nr - edi->sav.nr;
2291                 }
2292
2293                 rad_project(edi, &edi->sori.x[avindex], &edi->vecs.radacc, cr);
2294                 rad_project(edi, &edi->sori.x[avindex], &edi->vecs.radfix, cr);
2295                 if ( (eEDflood == ed->eEDtype) && (FALSE == edi->flood.bConstForce) )
2296                 {
2297                     fprintf(stderr, "ED: The ORIGIN structure will define the flooding potential center.\n");
2298                     /* Set center of flooding potential to the ORIGIN structure */
2299                     rad_project(edi, &edi->sori.x[avindex], &edi->flood.vecs, cr);
2300                     /* We already know that no (moving) reference position was provided,
2301                      * therefore we can overwrite refproj[0]*/
2302                     copyEvecReference(&edi->flood.vecs);
2303                 }
2304             }
2305             else /* No origin structure given */
2306             {
2307                 rad_project(edi, xstart, &edi->vecs.radacc, cr);
2308                 rad_project(edi, xstart, &edi->vecs.radfix, cr);
2309                 if ( (eEDflood == ed->eEDtype) && (FALSE == edi->flood.bConstForce) )
2310                 {
2311                     if (edi->flood.bHarmonic)
2312                     {
2313                         fprintf(stderr, "ED: A (possibly changing) ref. projection will define the flooding potential center.\n");
2314                         for (i=0; i<edi->flood.vecs.neig; i++)
2315                             edi->flood.vecs.refproj[i] = edi->flood.vecs.refproj0[i];
2316                     }
2317                     else
2318                     {
2319                         fprintf(stderr, "ED: The AVERAGE structure will define the flooding potential center.\n");
2320                         /* Set center of flooding potential to the center of the covariance matrix,
2321                          * i.e. the average structure, i.e. zero in the projected system */
2322                         for (i=0; i<edi->flood.vecs.neig; i++)
2323                             edi->flood.vecs.refproj[i] = 0.0;
2324                     }
2325                 }
2326             }
2327             /* For convenience, output the center of the flooding potential for the eigenvectors */
2328             if ( (eEDflood == ed->eEDtype) && (FALSE == edi->flood.bConstForce) )
2329             {
2330                 for (i=0; i<edi->flood.vecs.neig; i++)
2331                 {
2332                     fprintf(stdout, "ED: EV %d flooding potential center: %11.4e", i, edi->flood.vecs.refproj[i]);
2333                     if (edi->flood.bHarmonic)
2334                         fprintf(stdout, " (adding %11.4e/timestep)", edi->flood.vecs.refprojslope[i]);
2335                     fprintf(stdout, "\n");
2336                 }
2337             }
2338
2339             /* set starting projections for linsam */
2340             rad_project(edi, xstart, &edi->vecs.linacc, cr);
2341             rad_project(edi, xstart, &edi->vecs.linfix, cr);
2342
2343             /* Output to file, set the step to -1 so that write_edo knows it was called from init_edsam */
2344             if (ed->edo && !(ed->bStartFromCpt))
2345                 write_edo(nr_edi, edi, ed, -1, 0);
2346
2347             /* Prepare for the next edi data set: */
2348             edi=edi->next_edi;
2349         }
2350         /* Cleaning up on the master node: */
2351         sfree(x_pbc);
2352         sfree(xfit);
2353         sfree(xstart);
2354
2355     } /* end of MASTER only section */
2356
2357     if (PAR(cr))
2358     {
2359         /* First let everybody know how many ED data sets to expect */
2360         gmx_bcast(sizeof(numedis), &numedis, cr);
2361         /* Broadcast the essential dynamics / flooding data to all nodes */
2362         broadcast_ed_data(cr, ed, numedis);
2363     }
2364     else
2365     {
2366         /* In the single-CPU case, point the local atom numbers pointers to the global
2367          * one, so that we can use the same notation in serial and parallel case: */
2368
2369         /* Loop over all ED data sets (usually only one, though) */
2370         edi=ed->edpar;
2371         for (nr_edi = 1; nr_edi <= numedis; nr_edi++)
2372         {
2373             edi->sref.anrs_loc = edi->sref.anrs;
2374             edi->sav.anrs_loc  = edi->sav.anrs;
2375             edi->star.anrs_loc = edi->star.anrs;
2376             edi->sori.anrs_loc = edi->sori.anrs;
2377             /* For the same reason as above, make a dummy c_ind array: */
2378             snew(edi->sav.c_ind, edi->sav.nr);
2379             /* Initialize the array */
2380             for (i=0; i<edi->sav.nr; i++)
2381                 edi->sav.c_ind[i] = i;
2382             /* In the general case we will need a different-sized array for the reference indices: */
2383             if (!edi->bRefEqAv)
2384             {
2385                 snew(edi->sref.c_ind, edi->sref.nr);
2386                 for (i=0; i<edi->sref.nr; i++)
2387                     edi->sref.c_ind[i] = i;
2388             }
2389             /* Point to the very same array in case of other structures: */
2390             edi->star.c_ind = edi->sav.c_ind;
2391             edi->sori.c_ind = edi->sav.c_ind;
2392             /* In the serial case, the local number of atoms is the global one: */
2393             edi->sref.nr_loc = edi->sref.nr;
2394             edi->sav.nr_loc  = edi->sav.nr;
2395             edi->star.nr_loc = edi->star.nr;
2396             edi->sori.nr_loc = edi->sori.nr;
2397
2398             /* An on we go to the next edi dataset */
2399             edi=edi->next_edi;
2400         }
2401     }
2402
2403     /* Allocate space for ED buffer variables */
2404     /* Again, loop over ED data sets */
2405     edi=ed->edpar;
2406     for (nr_edi = 1; nr_edi <= numedis; nr_edi++)
2407     {
2408         /* Allocate space for ED buffer */
2409         snew(edi->buf, 1);
2410         snew(edi->buf->do_edsam, 1);
2411
2412         /* Space for collective ED buffer variables */
2413
2414         /* Collective positions of atoms with the average indices */
2415         snew(edi->buf->do_edsam->xcoll                  , edi->sav.nr);
2416         snew(edi->buf->do_edsam->shifts_xcoll           , edi->sav.nr); /* buffer for xcoll shifts */
2417         snew(edi->buf->do_edsam->extra_shifts_xcoll     , edi->sav.nr);
2418         /* Collective positions of atoms with the reference indices */
2419         if (!edi->bRefEqAv)
2420         {
2421             snew(edi->buf->do_edsam->xc_ref             , edi->sref.nr);
2422             snew(edi->buf->do_edsam->shifts_xc_ref      , edi->sref.nr); /* To store the shifts in */
2423             snew(edi->buf->do_edsam->extra_shifts_xc_ref, edi->sref.nr);
2424         }
2425
2426         /* Get memory for flooding forces */
2427         snew(edi->flood.forces_cartesian                , edi->sav.nr);
2428
2429 #ifdef DUMPEDI
2430         /* Dump it all into one file per process */
2431         dump_edi(edi, cr, nr_edi);
2432 #endif
2433
2434         /* An on we go to the next edi dataset */
2435         edi=edi->next_edi;
2436     }
2437
2438     /* Flush the edo file so that the user can check some things
2439      * when the simulation has started */
2440     if (ed->edo)
2441         fflush(ed->edo);
2442
2443     GMX_MPE_LOG(ev_edsam_finish);
2444 }
2445
2446
2447 void do_edsam(t_inputrec  *ir,
2448               gmx_large_int_t step,
2449               t_mdatoms   *md,
2450               t_commrec   *cr,
2451               rvec        xs[],   /* The local current positions on this processor */
2452               rvec        v[],    /* The velocities */
2453               matrix      box,
2454               gmx_edsam_t ed)
2455 {
2456     int     i,edinr,iupdate=500;
2457     matrix  rotmat;         /* rotation matrix */
2458     rvec    transvec;       /* translation vector */
2459     rvec    dv,dx,x_unsh;   /* tmp vectors for velocity, distance, unshifted x coordinate */
2460     real    dt_1;           /* 1/dt */
2461     struct t_do_edsam *buf;
2462     t_edpar *edi;
2463     real    rmsdev=-1;      /* RMSD from reference structure prior to applying the constraints */
2464     gmx_bool bSuppress=FALSE; /* Write .edo file on master? */
2465
2466
2467     /* Check if ED sampling has to be performed */
2468     if ( ed->eEDtype==eEDnone )
2469         return;
2470
2471     /* Suppress output on first call of do_edsam if
2472      * two-step sd2 integrator is used */
2473     if ( (ir->eI==eiSD2) && (v != NULL) )
2474         bSuppress = TRUE;
2475
2476     dt_1 = 1.0/ir->delta_t;
2477
2478     /* Loop over all ED datasets (usually one) */
2479     edi  = ed->edpar;
2480     edinr = 0;
2481     while (edi != NULL)
2482     {
2483         edinr++;
2484         if (edi->bNeedDoEdsam)
2485         {
2486
2487             buf=edi->buf->do_edsam;
2488
2489             if (ed->bFirst)
2490                 /* initialise radacc radius for slope criterion */
2491                 buf->oldrad=calc_radius(&edi->vecs.radacc);
2492
2493             /* Copy the positions into buf->xc* arrays and after ED
2494              * feed back corrections to the official positions */
2495
2496             /* Broadcast the ED positions such that every node has all of them
2497              * Every node contributes its local positions xs and stores it in
2498              * the collective buf->xcoll array. Note that for edinr > 1
2499              * xs could already have been modified by an earlier ED */
2500
2501             communicate_group_positions(cr, buf->xcoll, buf->shifts_xcoll, buf->extra_shifts_xcoll, buf->bUpdateShifts, xs,
2502                     edi->sav.nr, edi->sav.nr_loc, edi->sav.anrs_loc, edi->sav.c_ind, edi->sav.x_old,  box);
2503
2504 #ifdef DEBUG_ED
2505             dump_xcoll(edi, buf, cr, step);
2506 #endif
2507             /* Only assembly reference positions if their indices differ from the average ones */
2508             if (!edi->bRefEqAv)
2509                 communicate_group_positions(cr, buf->xc_ref, buf->shifts_xc_ref, buf->extra_shifts_xc_ref, buf->bUpdateShifts, xs,
2510                         edi->sref.nr, edi->sref.nr_loc, edi->sref.anrs_loc, edi->sref.c_ind, edi->sref.x_old, box);
2511
2512             /* If bUpdateShifts was TRUE then the shifts have just been updated in get_positions.
2513              * We do not need to uptdate the shifts until the next NS step */
2514             buf->bUpdateShifts = FALSE;
2515
2516             /* Now all nodes have all of the ED positions in edi->sav->xcoll,
2517              * as well as the indices in edi->sav.anrs */
2518
2519             /* Fit the reference indices to the reference structure */
2520             if (edi->bRefEqAv)
2521                 fit_to_reference(buf->xcoll , transvec, rotmat, edi);
2522             else
2523                 fit_to_reference(buf->xc_ref, transvec, rotmat, edi);
2524
2525             /* Now apply the translation and rotation to the ED structure */
2526             translate_and_rotate(buf->xcoll, edi->sav.nr, transvec, rotmat);
2527
2528             /* Find out how well we fit to the reference (just for output steps) */
2529             if (do_per_step(step,edi->outfrq) && MASTER(cr))
2530             {
2531                 if (edi->bRefEqAv)
2532                 {
2533                     /* Indices of reference and average structures are identical,
2534                      * thus we can calculate the rmsd to SREF using xcoll */
2535                     rmsdev = rmsd_from_structure(buf->xcoll,&edi->sref);
2536                 }
2537                 else
2538                 {
2539                     /* We have to translate & rotate the reference atoms first */
2540                     translate_and_rotate(buf->xc_ref, edi->sref.nr, transvec, rotmat);
2541                     rmsdev = rmsd_from_structure(buf->xc_ref,&edi->sref);
2542                 }
2543             }
2544
2545             /* update radsam references, when required */
2546             if (do_per_step(step,edi->maxedsteps) && step >= edi->presteps)
2547             {
2548                 project(buf->xcoll, edi);
2549                 rad_project(edi, buf->xcoll, &edi->vecs.radacc, cr);
2550                 rad_project(edi, buf->xcoll, &edi->vecs.radfix, cr);
2551                 buf->oldrad=-1.e5;
2552             }
2553
2554             /* update radacc references, when required */
2555             if (do_per_step(step,iupdate) && step >= edi->presteps)
2556             {
2557                 edi->vecs.radacc.radius = calc_radius(&edi->vecs.radacc);
2558                 if (edi->vecs.radacc.radius - buf->oldrad < edi->slope)
2559                 {
2560                     project(buf->xcoll, edi);
2561                     rad_project(edi, buf->xcoll, &edi->vecs.radacc, cr);
2562                     buf->oldrad = 0.0;
2563                 } else
2564                     buf->oldrad = edi->vecs.radacc.radius;
2565             }
2566
2567             /* apply the constraints */
2568             if (step >= edi->presteps && ed_constraints(ed->eEDtype, edi))
2569             {
2570                 /* ED constraints should be applied already in the first MD step
2571                  * (which is step 0), therefore we pass step+1 to the routine */
2572                 ed_apply_constraints(buf->xcoll, edi, step+1 - ir->init_step, cr);
2573             }
2574
2575             /* write to edo, when required */
2576             if (do_per_step(step,edi->outfrq))
2577             {
2578                 project(buf->xcoll, edi);
2579                 if (MASTER(cr) && !bSuppress)
2580                     write_edo(edinr, edi, ed, step, rmsdev);
2581             }
2582
2583             /* Copy back the positions unless monitoring only */
2584             if (ed_constraints(ed->eEDtype, edi))
2585             {
2586                 /* remove fitting */
2587                 rmfit(edi->sav.nr, buf->xcoll, transvec, rotmat);
2588
2589                 /* Copy the ED corrected positions into the coordinate array */
2590                 /* Each node copies its local part. In the serial case, nat_loc is the
2591                  * total number of ED atoms */
2592                 for (i=0; i<edi->sav.nr_loc; i++)
2593                 {
2594                     /* Unshift local ED coordinate and store in x_unsh */
2595                     ed_unshift_single_coord(box, buf->xcoll[edi->sav.c_ind[i]],
2596                                             buf->shifts_xcoll[edi->sav.c_ind[i]], x_unsh);
2597
2598                     /* dx is the ED correction to the positions: */
2599                     rvec_sub(x_unsh, xs[edi->sav.anrs_loc[i]], dx);
2600
2601                     if (v != NULL)
2602                     {
2603                         /* dv is the ED correction to the velocity: */
2604                         svmul(dt_1, dx, dv);
2605                         /* apply the velocity correction: */
2606                         rvec_inc(v[edi->sav.anrs_loc[i]], dv);
2607                     }
2608                     /* Finally apply the position correction due to ED: */
2609                     copy_rvec(x_unsh, xs[edi->sav.anrs_loc[i]]);
2610                 }
2611             }
2612         } /* END of if (edi->bNeedDoEdsam) */
2613
2614         /* Prepare for the next ED dataset */
2615         edi = edi->next_edi;
2616
2617     } /* END of loop over ED datasets */
2618
2619     ed->bFirst = FALSE;
2620
2621     GMX_MPE_LOG(ev_edsam_finish);
2622 }