src/mdlib/calcmu.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  39 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  40 #include <config.h>
  41 #endif
  42
  43 #include <stdio.h>
  44 #include <stdlib.h>
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "network.h"
  47 #include "vec.h"
  48 #include "gmx_fatal.h"
  49 #include "physics.h"
  50 #include "main.h"
  51 #include "calcmu.h"
  52 #include "gmx_omp_nthreads.h"
  53
  54 void calc_mu(int start,int homenr,rvec x[],real q[],real qB[],
  55              int nChargePerturbed,
  56              dvec mu,dvec mu_B)
  57 {
  58     int i,end,m;
  59     double mu_x, mu_y, mu_z;
  60
  61     end   = start + homenr;
  62
  63     mu_x = mu_y = mu_z = 0.0;
  64 #pragma omp parallel for reduction(+: mu_x, mu_y, mu_z) schedule(static) \
  65                          num_threads(gmx_omp_nthreads_get(emntDefault))
  66     for(i=start; i<end; i++)
  67     {
  68         mu_x += q[i]*x[i][XX];
  69         mu_y += q[i]*x[i][YY];
  70         mu_z += q[i]*x[i][ZZ];
  71     }
  72     mu[XX] = mu_x;
  73     mu[YY] = mu_y;
  74     mu[ZZ] = mu_z;
  75
  76     for(m=0; (m<DIM); m++)
  77     {
  78         mu[m] *= ENM2DEBYE;
  79     }
  80
  81     if (nChargePerturbed)
  82     {
  83         mu_x = mu_y = mu_z = 0.0;
  84 #pragma omp parallel for reduction(+: mu_x, mu_y, mu_z) schedule(static) \
  85                          num_threads(gmx_omp_nthreads_get(emntDefault))
  86         for(i=start; i<end; i++)
  87         {
  88              mu_x += qB[i]*x[i][XX];
  89              mu_y += qB[i]*x[i][YY];
  90              mu_z += qB[i]*x[i][ZZ];
  91         }
  92         mu_B[XX] = mu_x * ENM2DEBYE;
  93         mu_B[YY] = mu_y * ENM2DEBYE;
  94         mu_B[ZZ] = mu_z * ENM2DEBYE;
  95     }
  96     else
  97     {
  98         copy_dvec(mu,mu_B);
  99     }
 100 }
 101
 102 gmx_bool read_mu(FILE *fp,rvec mu,real *vol)
 103 {
 104     /* For backward compatibility */
 105     real mmm[4];
 106
 107     if (fread(mmm,(size_t)(4*sizeof(real)),1,fp) != 1)
 108     {
 109         return FALSE;
 110     }
 111
 112     copy_rvec(mmm,mu);
 113     *vol = mmm[3];
 114
 115     return TRUE;
 116 }
 117