src/kernel/xlate.c

   1 /*  -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <ctype.h>
  41 #include <string.h>
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "strdb.h"
  44 #include "string2.h"
  45 #include "smalloc.h"
  46 #include "symtab.h"
  47 #include "index.h"
  48 #include "futil.h"
  49 #include "fflibutil.h"
  50 #include "hackblock.h"
  51 #include "gmx_fatal.h"
  52 #include "xlate.h"
  53
  54 typedef struct {
  55     char *filebase;
  56     char *res;
  57     char *atom;
  58     char *replace;
  59 } t_xlate_atom;
  60
  61 static void get_xlatoms(const char *fn,FILE *fp,
  62                         int *nptr,t_xlate_atom **xlptr)
  63 {
  64     char filebase[STRLEN];
  65     char line[STRLEN];
  66     char rbuf[1024],abuf[1024],repbuf[1024],dumbuf[1024];
  67     char *_ptr;
  68     int  n,na,idum;
  69     t_xlate_atom *xl;
  70
  71     fflib_filename_base(fn,filebase,STRLEN);
  72
  73     n  = *nptr;
  74     xl = *xlptr;
  75
  76     while (get_a_line(fp,line,STRLEN))
  77     {
  78         na = sscanf(line,"%s%s%s%s",rbuf,abuf,repbuf,dumbuf);
  79         /* Check if we are reading an old format file with the number of items
  80          * on the first line.
  81          */
  82         if (na == 1 && n == *nptr && sscanf(rbuf,"%d",&idum) == 1)
  83         {
  84             continue;
  85         }
  86         if (na != 3)
  87         {
  88             gmx_fatal(FARGS,"Expected a residue name and two atom names in file '%s', not '%s'",fn,line);
  89         }
  90
  91         srenew(xl,n+1);
  92         xl[n].filebase = strdup(filebase);
  93
  94         /* Use wildcards... */
  95         if (strcmp(rbuf,"*") != 0)
  96         {
  97             xl[n].res = strdup(rbuf);
  98         }
  99         else
 100         {
 101             xl[n].res = NULL;
 102         }
 103
 104         /* Replace underscores in the string by spaces */
 105         while ((_ptr = strchr(abuf,'_')) != 0)
 106         {
 107             *_ptr = ' ';
 108         }
 109
 110         xl[n].atom = strdup(abuf);
 111         xl[n].replace = strdup(repbuf);
 112         n++;
 113     }
 114
 115     *nptr  = n;
 116     *xlptr = xl;
 117 }
 118
 119 static void done_xlatom(int nxlate,t_xlate_atom *xlatom)
 120 {
 121     int i;
 122
 123     for(i=0; (i<nxlate); i++)
 124     {
 125         sfree(xlatom[i].filebase);
 126         if (xlatom[i].res != NULL)
 127         {
 128             sfree(xlatom[i].res);
 129         }
 130         sfree(xlatom[i].atom);
 131         sfree(xlatom[i].replace);
 132     }
 133     sfree(xlatom);
 134 }
 135
 136 void rename_atoms(const char *xlfile,const char *ffdir,
 137                   t_atoms *atoms,t_symtab *symtab,const t_restp *restp,
 138                   bool bResname,gmx_residuetype_t rt,bool bReorderNum,
 139                   bool bVerbose)
 140 {
 141     FILE *fp;
 142     int nxlate,a,i,resind;
 143     t_xlate_atom *xlatom;
 144     int  nf;
 145     char **f;
 146     char c,*rnm,atombuf[32],*ptr0,*ptr1;
 147     bool bReorderedNum,bRenamed,bMatch;
 148
 149     nxlate = 0;
 150     xlatom = NULL;
 151     if (xlfile != NULL)
 152     {
 153         fp = libopen(xlfile);
 154         get_xlatoms(xlfile,fp,&nxlate,&xlatom);
 155         fclose(fp);
 156     }
 157     else
 158     {
 159         nf = fflib_search_file_end(ffdir,".arn",FALSE,&f);
 160         for(i=0; i<nf; i++)
 161         {
 162             fp = fflib_open(f[i]);
 163             get_xlatoms(f[i],fp,&nxlate,&xlatom);
 164             fclose(fp);
 165             sfree(f[i]);
 166         }
 167         sfree(f);
 168     }
 169
 170     for(a=0; (a<atoms->nr); a++)
 171     {
 172         resind = atoms->atom[a].resind;
 173         if (bResname)
 174         {
 175             rnm = *(atoms->resinfo[resind].name);
 176         }
 177         else
 178         {
 179             rnm = *(atoms->resinfo[resind].rtp);
 180         }
 181
 182         strcpy(atombuf,*(atoms->atomname[a]));
 183         bReorderedNum = FALSE;
 184         if (bReorderNum)
 185         {
 186             if (isdigit(atombuf[0]))
 187             {
 188                 c = atombuf[0];
 189                 for (i=0; ((size_t)i<strlen(atombuf)-1); i++)
 190                 {
 191                     atombuf[i] = atombuf[i+1];
 192                 }
 193                 atombuf[i] = c;
 194                 bReorderedNum = TRUE;
 195             }
 196         }
 197         bRenamed = FALSE;
 198         for(i=0; (i<nxlate) && !bRenamed; i++) {
 199             /* Check if the base file name of the rtp and arn entry match */
 200             if (restp == NULL ||
 201                 gmx_strcasecmp(restp[resind].filebase,xlatom[i].filebase) == 0)
 202             {
 203                 /* Match the residue name */
 204                 bMatch = (xlatom[i].res == NULL ||
 205                           (gmx_strcasecmp("protein",xlatom[i].res) == 0 &&
 206                            gmx_residuetype_is_protein(rt,rnm)) ||
 207                           (gmx_strcasecmp("DNA",xlatom[i].res) == 0 &&
 208                            gmx_residuetype_is_dna(rt,rnm)) ||
 209                           (gmx_strcasecmp("RNA",xlatom[i].res) == 0 &&
 210                            gmx_residuetype_is_rna(rt,rnm)));
 211                 if (!bMatch)
 212                 {
 213                     ptr0 = rnm;
 214                     ptr1 = xlatom[i].res;
 215                     while (ptr0[0] != '\0' && ptr1[0] != '\0' &&
 216                            (ptr0[0] == ptr1[0] || ptr1[0] == '?'))
 217                     {
 218                         ptr0++;
 219                         ptr1++;
 220                     }
 221                     bMatch = (ptr0[0] == '\0' && ptr1[0] == '\0');
 222                 }
 223                 if (bMatch && strcmp(atombuf,xlatom[i].atom) == 0)
 224                 {
 225                     /* We have a match. */
 226                     /* Don't free the old atomname,
 227                      * since it might be in the symtab.
 228                      */
 229                     ptr0 = strdup(xlatom[i].replace);
 230                     if (bVerbose)
 231                     {
 232                         printf("Renaming atom '%s' in residue %d %s to '%s'\n",
 233                                *atoms->atomname[a],
 234                                atoms->resinfo[resind].nr,
 235                                *atoms->resinfo[resind].name,
 236                                ptr0);
 237                     }
 238                     atoms->atomname[a] = put_symtab(symtab,ptr0);
 239                     bRenamed = TRUE;
 240                 }
 241             }
 242         }
 243         if (bReorderedNum && !bRenamed)
 244         {
 245             atoms->atomname[a] = put_symtab(symtab,atombuf);
 246         }
 247     }
 248
 249     done_xlatom(nxlate,xlatom);
 250 }
 251