src/kernel/xlate.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <ctype.h>
  43 #include <string.h>
  44 #include "typedefs.h"
  45 #include "strdb.h"
  46 #include "string2.h"
  47 #include "smalloc.h"
  48 #include "symtab.h"
  49 #include "index.h"
  50 #include "futil.h"
  51 #include "fflibutil.h"
  52 #include "hackblock.h"
  53 #include "gmx_fatal.h"
  54 #include "xlate.h"
  55
  56 typedef struct {
  57     char *filebase;
  58     char *res;
  59     char *atom;
  60     char *replace;
  61 } t_xlate_atom;
  62
  63 static void get_xlatoms(const char *fn,FILE *fp,
  64                         int *nptr,t_xlate_atom **xlptr)
  65 {
  66     char filebase[STRLEN];
  67     char line[STRLEN];
  68     char abuf[1024],rbuf[1024],repbuf[1024],dumbuf[1024];
  69     char *_ptr;
  70     int  n,na,idum;
  71     t_xlate_atom *xl;
  72
  73     fflib_filename_base(fn,filebase,STRLEN);
  74
  75     n  = *nptr;
  76     xl = *xlptr;
  77
  78     while (get_a_line(fp,line,STRLEN))
  79     {
  80         na = sscanf(line,"%s%s%s%s",rbuf,abuf,repbuf,dumbuf);
  81         /* Check if we are reading an old format file with the number of items
  82          * on the first line.
  83          */
  84         if (na == 1 && n == *nptr && sscanf(rbuf,"%d",&idum) == 1)
  85         {
  86             continue;
  87         }
  88         if (na != 3)
  89         {
  90             gmx_fatal(FARGS,"Expected a residue name and two atom names in file '%s', not '%s'",fn,line);
  91         }
  92
  93         srenew(xl,n+1);
  94         xl[n].filebase = strdup(filebase);
  95
  96         /* Use wildcards... */
  97         if (strcmp(rbuf,"*") != 0)
  98         {
  99             xl[n].res = strdup(rbuf);
 100         }
 101         else
 102         {
 103             xl[n].res = NULL;
 104         }
 105
 106         /* Replace underscores in the string by spaces */
 107         while ((_ptr = strchr(abuf,'_')) != 0)
 108         {
 109             *_ptr = ' ';
 110         }
 111
 112         xl[n].atom = strdup(abuf);
 113         xl[n].replace = strdup(repbuf);
 114         n++;
 115     }
 116
 117     *nptr  = n;
 118     *xlptr = xl;
 119 }
 120
 121 static void done_xlatom(int nxlate,t_xlate_atom *xlatom)
 122 {
 123     int i;
 124
 125     for(i=0; (i<nxlate); i++)
 126     {
 127         sfree(xlatom[i].filebase);
 128         if (xlatom[i].res != NULL)
 129         {
 130             sfree(xlatom[i].res);
 131         }
 132         sfree(xlatom[i].atom);
 133         sfree(xlatom[i].replace);
 134     }
 135     sfree(xlatom);
 136 }
 137
 138 void rename_atoms(const char *xlfile,const char *ffdir,
 139                   t_atoms *atoms,t_symtab *symtab,const t_restp *restp,
 140                   gmx_bool bResname,gmx_residuetype_t rt,gmx_bool bReorderNum,
 141                   gmx_bool bVerbose)
 142 {
 143     FILE *fp;
 144     int nxlate,a,i,resind;
 145     t_xlate_atom *xlatom;
 146     int  nf;
 147     char **f;
 148     char c,*rnm,atombuf[32],*ptr0,*ptr1;
 149     gmx_bool bReorderedNum,bRenamed,bMatch;
 150
 151     nxlate = 0;
 152     xlatom = NULL;
 153     if (xlfile != NULL)
 154     {
 155         fp = libopen(xlfile);
 156         get_xlatoms(xlfile,fp,&nxlate,&xlatom);
 157         fclose(fp);
 158     }
 159     else
 160     {
 161         nf = fflib_search_file_end(ffdir,".arn",FALSE,&f);
 162         for(i=0; i<nf; i++)
 163         {
 164             fp = fflib_open(f[i]);
 165             get_xlatoms(f[i],fp,&nxlate,&xlatom);
 166             ffclose(fp);
 167             sfree(f[i]);
 168         }
 169         sfree(f);
 170     }
 171
 172     for(a=0; (a<atoms->nr); a++)
 173     {
 174         resind = atoms->atom[a].resind;
 175         if (bResname)
 176         {
 177             rnm = *(atoms->resinfo[resind].name);
 178         }
 179         else
 180         {
 181             rnm = *(atoms->resinfo[resind].rtp);
 182         }
 183
 184         strcpy(atombuf,*(atoms->atomname[a]));
 185         bReorderedNum = FALSE;
 186         if (bReorderNum)
 187         {
 188             if (isdigit(atombuf[0]))
 189             {
 190                 c = atombuf[0];
 191                 for (i=0; ((size_t)i<strlen(atombuf)-1); i++)
 192                 {
 193                     atombuf[i] = atombuf[i+1];
 194                 }
 195                 atombuf[i] = c;
 196                 bReorderedNum = TRUE;
 197             }
 198         }
 199         bRenamed = FALSE;
 200         for(i=0; (i<nxlate) && !bRenamed; i++) {
 201             /* Check if the base file name of the rtp and arn entry match */
 202             if (restp == NULL ||
 203                 gmx_strcasecmp(restp[resind].filebase,xlatom[i].filebase) == 0)
 204             {
 205                 /* Match the residue name */
 206                 bMatch = (xlatom[i].res == NULL ||
 207                           (gmx_strcasecmp("protein",xlatom[i].res) == 0 &&
 208                            gmx_residuetype_is_protein(rt,rnm)) ||
 209                           (gmx_strcasecmp("DNA",xlatom[i].res) == 0 &&
 210                            gmx_residuetype_is_dna(rt,rnm)) ||
 211                           (gmx_strcasecmp("RNA",xlatom[i].res) == 0 &&
 212                            gmx_residuetype_is_rna(rt,rnm)));
 213                 if (!bMatch)
 214                 {
 215                     ptr0 = rnm;
 216                     ptr1 = xlatom[i].res;
 217                     while (ptr0[0] != '\0' && ptr1[0] != '\0' &&
 218                            (ptr0[0] == ptr1[0] || ptr1[0] == '?'))
 219                     {
 220                         ptr0++;
 221                         ptr1++;
 222                     }
 223                     bMatch = (ptr0[0] == '\0' && ptr1[0] == '\0');
 224                 }
 225                 if (bMatch && strcmp(atombuf,xlatom[i].atom) == 0)
 226                 {
 227                     /* We have a match. */
 228                     /* Don't free the old atomname,
 229                      * since it might be in the symtab.
 230                      */
 231                     ptr0 = strdup(xlatom[i].replace);
 232                     if (bVerbose)
 233                     {
 234                         printf("Renaming atom '%s' in residue %d %s to '%s'\n",
 235                                *atoms->atomname[a],
 236                                atoms->resinfo[resind].nr,
 237                                *atoms->resinfo[resind].name,
 238                                ptr0);
 239                     }
 240                     atoms->atomname[a] = put_symtab(symtab,ptr0);
 241                     bRenamed = TRUE;
 242                 }
 243             }
 244         }
 245         if (bReorderedNum && !bRenamed)
 246         {
 247             atoms->atomname[a] = put_symtab(symtab,atombuf);
 248         }
 249     }
 250
 251     done_xlatom(nxlate,xlatom);
 252 }
 253