src/kernel/xlate.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <ctype.h>
  40 #include <string.h>
  41 #include "typedefs.h"
  42 #include "strdb.h"
  43 #include "string2.h"
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "symtab.h"
  46 #include "index.h"
  47
  48 typedef struct {
  49   char *res;
  50   char *atom;
  51   char *replace;
  52 } t_xlate_atom;
  53
  54 static t_xlate_atom *get_xlatoms(int *nxlatom)
  55 {
  56   const char  *xlfile="xlateat.dat";
  57
  58   t_xlate_atom *xl=NULL;
  59   char rbuf[32],abuf[32],repbuf[32];
  60   char **lines,*_ptr;
  61   int  nlines,i,n;
  62
  63   nlines = get_lines(xlfile,&lines);
  64   if (nlines > 0)
  65     snew(xl,nlines);
  66
  67   n = 0;
  68   for(i=0; (i<nlines); i++) {
  69     if (sscanf(lines[i],"%s%s%s",rbuf,abuf,repbuf) != 3)
  70       fprintf(stderr,"Invalid line '%s' in %s\n",lines[i],xlfile);
  71     else {
  72       /* Use wildcards... */
  73       if (strcmp(rbuf,"*") != 0)
  74         xl[n].res = strdup(rbuf);
  75       else
  76         xl[n].res = NULL;
  77
  78       /* Replace underscores in the string by spaces */
  79       while ((_ptr = strchr(abuf,'_')) != 0)
  80         *_ptr = ' ';
  81
  82       xl[n].atom = strdup(abuf);
  83       xl[n].replace = strdup(repbuf);
  84       n++;
  85     }
  86     sfree(lines[i]);
  87   }
  88   if (nlines > 0)
  89     sfree(lines);
  90   fprintf(stderr,"%d out of %d lines of %s converted succesfully\n",
  91           n,nlines,xlfile);
  92
  93   *nxlatom = n;
  94
  95   return xl;
  96 }
  97
  98 static void done_xlatom(int nxlate,t_xlate_atom **xlatom)
  99 {
 100   int i;
 101
 102   for(i=0; (i<nxlate); i++) {
 103     if ((*xlatom)[i].res)
 104       sfree((*xlatom)[i].res);
 105     if ((*xlatom)[i].atom)
 106       sfree((*xlatom)[i].atom);
 107     if ((*xlatom)[i].replace)
 108       sfree((*xlatom)[i].replace);
 109   }
 110   sfree(*xlatom);
 111   *xlatom = NULL;
 112 }
 113
 114 void rename_atoms(t_atoms *atoms,t_symtab *symtab,t_aa_names *aan)
 115 {
 116   int nxlate,a,i;
 117   t_xlate_atom *xlatom;
 118   char c,*res,atombuf[32];
 119   bool bRenamed;
 120
 121   xlatom = get_xlatoms(&nxlate);
 122
 123   for(a=0; (a<atoms->nr); a++) {
 124     res = *(atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].name);
 125     strcpy(atombuf,*(atoms->atomname[a]));
 126     if (isdigit(atombuf[0])) {
 127       c = atombuf[0];
 128       for (i=0; (i<strlen(atombuf)-1); i++)
 129         atombuf[i]=atombuf[i+1];
 130       atombuf[i]=c;
 131     }
 132     bRenamed=FALSE;
 133     for(i=0; (i<nxlate) && !bRenamed; i++) {
 134       if ((xlatom[i].res == NULL) || (strcasecmp(res,xlatom[i].res) == 0) ||
 135           ((strcasecmp("protein",xlatom[i].res) == 0) && is_protein(aan,res)))
 136         if (strcasecmp(atombuf,xlatom[i].atom) == 0) {
 137           /* don't free the old atomname, since it might be in the symtab */
 138           strcpy(atombuf,xlatom[i].replace);
 139           bRenamed=TRUE;
 140         }
 141     }
 142     if (strcmp(atombuf,*atoms->atomname[a]) != 0)
 143       atoms->atomname[a] = put_symtab(symtab,atombuf);
 144   }
 145
 146   done_xlatom(nxlate,&xlatom);
 147 }
 148