src/kernel/toppush.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _toppush_h
  40 #define _toppush_h
  41
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "toputil.h"
  44 #include "gpp_atomtype.h"
  45 #include "gpp_bond_atomtype.h"
  46 #include "warninp.h"
  47
  48 typedef struct {
  49   int     nr;   /* The number of entries in the list                    */
  50   int     nra2; /* The total number of entries in a                     */
  51   atom_id *nra; /* The number of entries in each a array (dim nr)       */
  52   atom_id **a;  /* The atom numbers (dim nr) the length of each element */
  53                 /* i is nra[i]                                          */
  54 } t_block2;
  55
  56 extern void generate_nbparams(int comb,int funct,t_params plist[],
  57                               gpp_atomtype_t atype,
  58                               warninp_t wi);
  59
  60 extern void push_at (t_symtab *symtab,gpp_atomtype_t at,
  61                      t_bond_atomtype bat,char *line,int nb_funct,
  62                      t_nbparam ***nbparam,t_nbparam ***pair,
  63                      warninp_t wi);
  64
  65 extern void push_bt(directive d,t_params bt[], int nral,
  66                     gpp_atomtype_t at,t_bond_atomtype bat,char *line,
  67                     warninp_t wi);
  68
  69 extern void push_dihedraltype(directive d,t_params bt[],
  70                               t_bond_atomtype bat,char *line,
  71                               warninp_t wi);
  72
  73 extern void push_cmaptype(directive d,t_params bt[], int nral, gpp_atomtype_t at,
  74                           t_bond_atomtype bat,char *line,
  75                           warninp_t wi);
  76
  77 extern void push_nbt(directive d,t_nbparam **nbt,gpp_atomtype_t atype,
  78                      char *plines,int nb_funct,
  79                      warninp_t wi);
  80
  81 void
  82 push_gb_params(gpp_atomtype_t atype,
  83                char       *line,
  84                warninp_t wi);
  85
  86 extern void push_atom(t_symtab   *symtab,
  87                       t_block    *cgs,
  88                       t_atoms    *at,
  89                       gpp_atomtype_t atype,
  90                       char       *line,
  91                       int        *lastcg,
  92                       warninp_t  wi);
  93
  94 extern void push_bond(directive d,t_params bondtype[],t_params bond[],
  95                       t_atoms *at,gpp_atomtype_t atype,char *line,
  96                       gmx_bool bBonded,gmx_bool bGenPairs,real fudgeQQ,
  97                       gmx_bool bZero,gmx_bool *bWarn_copy_A_B,
  98                       warninp_t wi);
  99
 100 extern void push_cmap(directive d, t_params bondtype[], t_params bond[],
 101                       t_atoms *at, gpp_atomtype_t atype, char *line,
 102                       gmx_bool *bWarn_copy_A_B,
 103                       warninp_t wi);
 104
 105 extern void push_vsitesn(directive d,t_params bondtype[],t_params bond[],
 106                          t_atoms *at,gpp_atomtype_t atype,char *line,
 107                          warninp_t wi);
 108
 109 extern void push_mol(int nrmols,t_molinfo mols[],char *pline,
 110                      int *whichmol,int *nrcopies,
 111                      warninp_t wi);
 112
 113 extern void push_molt(t_symtab *symtab,int *nmol,t_molinfo **mol,char *line,
 114                       warninp_t wi);
 115
 116 extern void init_block2(t_block2 *b2, int natom);
 117
 118 extern void done_block2(t_block2 *b2);
 119
 120 extern void push_excl(char *line, t_block2 *b2);
 121
 122 extern void merge_excl(t_blocka *excl, t_block2 *b2);
 123
 124 extern void b_to_b2(t_blocka *b, t_block2 *b2);
 125
 126 extern void b2_to_b(t_block2 *b2, t_blocka *b);
 127
 128 extern int add_atomtype_decoupled(t_symtab *symtab,gpp_atomtype_t at,
 129                                   t_nbparam ***nbparam,t_nbparam ***pair);
 130 /* Add an atom type with all parameters set to zero (no interactions).
 131  * Returns the atom type number.
 132  */
 133
 134 extern void convert_moltype_couple(t_molinfo *mol,int atomtype_decouple,
 135                                    real fudgeQQ,
 136                                    int couple_lam0,int couple_lam1,
 137                                    gmx_bool bCoupleIntra,
 138                                    int nb_funct,t_params *nbp);
 139 /* Setup mol such that the B-state has no interaction with the rest
 140  * of the system, but full interaction with itself.
 141  */
 142
 143 #endif  /* _toppush_h */