src/kernel/readadress.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2009 Christoph Junghans, Brad Lambeth.
   5  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   6  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   7  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   8  * directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36
  37 #include "readir.h"
  38 #include "names.h"
  39 #include "smalloc.h"
  40 #include "gmx_fatal.h"
  41
  42 #define MAXPTR 254
  43
  44 static char adress_refs[STRLEN],adress_tf_grp_names[STRLEN], adress_cg_grp_names[STRLEN];
  45
  46 void read_adressparams(int *ninp_p,t_inpfile **inp_p,t_adress *adress, warninp_t wi)
  47 {
  48   int     nadress_refs,i;
  49   const char *tmp;
  50   char    *ptr1[MAXPTR];
  51
  52
  53   int    ninp;
  54   t_inpfile *inp;
  55
  56   ninp   = *ninp_p;
  57   inp    = *inp_p;
  58
  59   EETYPE("adress_type",                adress->type,         eAdresstype_names);
  60   RTYPE ("adress_const_wf",            adress->const_wf,     1);
  61   RTYPE ("adress_ex_width",            adress->ex_width,     0);
  62   RTYPE ("adress_hy_width",            adress->hy_width,     0);
  63   RTYPE ("adress_ex_forcecap",         adress->ex_forcecap,     0);
  64   EETYPE("adress_interface_correction",adress->icor,         eAdressICtype_names);
  65   EETYPE("adress_site",                adress->site,         eAdressSITEtype_names);
  66   STYPE ("adress_reference_coords",    adress_refs,             NULL);
  67   STYPE ("adress_tf_grp_names",        adress_tf_grp_names,     NULL);
  68   STYPE ("adress_cg_grp_names",        adress_cg_grp_names,     NULL);
  69   EETYPE("adress_do_hybridpairs",      adress->do_hybridpairs, yesno_names);
  70
  71   nadress_refs = str_nelem(adress_refs,MAXPTR,ptr1);
  72
  73   for(i=0; (i<nadress_refs); i++) /*read vector components*/
  74     adress->refs[i]=strtod(ptr1[i],NULL);
  75   for( ;(i<DIM); i++) /*remaining undefined components of the vector set to zero*/
  76     adress->refs[i]=0;
  77
  78   *ninp_p   = ninp;
  79   *inp_p    = inp;
  80 }
  81
  82 void do_adress_index(t_adress *adress, gmx_groups_t *groups,char **gnames,t_grpopts *opts,warninp_t wi){
  83   int nr,i,j,k;
  84   char    *ptr1[MAXPTR];
  85   int     nadress_cg_grp_names, nadress_tf_grp_names;
  86
  87   /* AdResS coarse grained groups input */
  88
  89   nr = groups->grps[egcENER].nr;
  90   snew(adress->group_explicit, nr);
  91   for (i=0; i <nr; i++){
  92       adress->group_explicit[i] = TRUE;
  93   }
  94   adress->n_energy_grps = nr;
  95
  96   nadress_cg_grp_names = str_nelem(adress_cg_grp_names,MAXPTR,ptr1);
  97
  98   if (nadress_cg_grp_names > 0){
  99         for (i=0; i <nadress_cg_grp_names; i++){
 100             /* search for the group name mathching the tf group name */
 101             k = 0;
 102             while ((k < nr) &&
 103                  gmx_strcasecmp(ptr1[i],(char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]])))
 104               k++;
 105             if (k==nr) gmx_fatal(FARGS,"Adress cg energy group %s not found\n",ptr1[i]);
 106             adress->group_explicit[k] = FALSE;
 107             printf ("AdResS: Energy group %s is treated as coarse-grained \n",
 108               (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]]));
 109     }
 110         /* set energy group exclusions between all coarse-grained and explicit groups */
 111       for (j = 0; j < nr; j++) {
 112             for (k = 0; k < nr; k++) {
 113                 if (!(adress->group_explicit[k] == adress->group_explicit[j])){
 114                     opts->egp_flags[nr * j + k] |= EGP_EXCL;
 115                     if (debug) fprintf(debug,"AdResS excl %s %s \n",
 116                         (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[j]]),
 117                         (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]]));
 118                 }
 119             }
 120       }
 121   }else{
 122       warning(wi,"For an AdResS simulation at least one coarse-grained energy group has to be specified in adress_cg_grp_names");
 123   }
 124
 125
 126   /* AdResS multiple tf tables input */
 127   nadress_tf_grp_names = str_nelem(adress_tf_grp_names,MAXPTR,ptr1);
 128   adress->n_tf_grps = nadress_tf_grp_names;
 129   snew(adress->tf_table_index, nadress_tf_grp_names);
 130
 131   nr = groups->grps[egcENER].nr;
 132
 133   if (nadress_tf_grp_names > 0){
 134         for (i=0; i <nadress_tf_grp_names; i++){
 135             /* search for the group name mathching the tf group name */
 136             k = 0;
 137             while ((k < nr) &&
 138                  gmx_strcasecmp(ptr1[i],(char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]])))
 139               k++;
 140             if (k==nr) gmx_fatal(FARGS,"Adress tf energy group %s not found\n",ptr1[i]);
 141
 142             adress->tf_table_index[i] = k;
 143             if (debug) fprintf(debug,"found tf group %s id %d \n",ptr1[i], k);
 144             if (adress->group_explicit[k]){
 145                 gmx_fatal(FARGS,"Thermodynamic force group %s is not a coarse-grained group in adress_cg_grp_names. The thermodynamic force has to act on the coarse-grained vsite of a molecule.\n",ptr1[i]);
 146             }
 147
 148     }
 149   }
 150   /* end AdResS multiple tf tables input */
 151
 152
 153 }