src/kernel/pgutil.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  39
  40 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  41 #include <config.h>
  42 #endif
  43 #include "string2.h"
  44 #include "pgutil.h"
  45 #include <string.h>
  46 #include "gmx_fatal.h"
  47
  48 #define BUFSIZE 1024
  49 static void atom_not_found(int fatal_errno,const char *file,int line,
  50                            const char *atomname,int resind,
  51                            const char *resname,
  52                            const char *bondtype,gmx_bool bAllowMissing)
  53 {
  54     char message_buffer[BUFSIZE];
  55     if (strcmp(bondtype,"check") != 0)
  56     {
  57         if (0 != strcmp(bondtype, "atom"))
  58         {
  59             snprintf(message_buffer, 1024,
  60                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  61                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  62                      "an interaction of type %s in that entry is not found in the\n"
  63                      "input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be\n"
  64                      "fixed.\n",
  65                      resind+1, resname, atomname, bondtype);
  66         }
  67         else
  68         {
  69             snprintf(message_buffer, 1024,
  70                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  71                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  72                      "that entry is not found in the input file. Perhaps your atom\n"
  73                      "and/or residue naming needs to be fixed.\n",
  74                      resind+1, resname, atomname);
  75         }
  76         if (bAllowMissing)
  77         {
  78             gmx_warning("WARNING: %s", message_buffer);
  79         }
  80         else
  81         {
  82             gmx_fatal(fatal_errno,file,line,message_buffer);
  83         }
  84     }
  85 }
  86
  87 atom_id search_atom(const char *type,int start,
  88                     t_atoms *atoms,
  89                     const char *bondtype,gmx_bool bAllowMissing)
  90 {
  91   int     i,resind=-1;
  92   gmx_bool    bPrevious,bNext;
  93   int natoms = atoms->nr;
  94   t_atom *at = atoms->atom;
  95   char ** const * anm = atoms->atomname;
  96
  97   bPrevious = (strchr(type,'-') != NULL);
  98   bNext     = (strchr(type,'+') != NULL);
  99
 100   if (!bPrevious) {
 101     resind = at[start].resind;
 102     if (bNext) {
 103       /* The next residue */
 104       type++;
 105       while ((start<natoms) && (at[start].resind == resind))
 106         start++;
 107       if (start < natoms)
 108         resind = at[start].resind;
 109     }
 110
 111     for(i=start; (i<natoms) && (bNext || (at[i].resind == resind)); i++) {
 112       if (anm[i] && gmx_strcasecmp(type,*(anm[i]))==0)
 113         return (atom_id) i;
 114     }
 115     if (!(bNext && at[start].resind==at[natoms-1].resind))
 116     {
 117         atom_not_found(FARGS,type,at[start].resind,*atoms->resinfo[resind].name,bondtype,bAllowMissing);
 118     }
 119   }
 120   else {
 121     /* The previous residue */
 122     type++;
 123     if (start > 0)
 124       resind = at[start-1].resind;
 125     for(i=start-1; (i>=0) /*&& (at[i].resind == resind)*/; i--)
 126       if (gmx_strcasecmp(type,*(anm[i]))==0)
 127         return (atom_id) i;
 128     if (start > 0)
 129     {
 130         atom_not_found(FARGS,type,at[start].resind,*atoms->resinfo[resind].name,bondtype,bAllowMissing);
 131     }
 132   }
 133   return NO_ATID;
 134 }
 135
 136 void set_at(t_atom *at,real m,real q,int type,int resind)
 137 {
 138   at->m=m;
 139   at->q=q;
 140   at->type=type;
 141   at->resind=resind;
 142 }