src/kernel/genalg.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35
  36 #ifndef _genalg_h
  37 #define _genalg_h
  38
  39 typedef struct {
  40   int  np;          /* Number of points           */
  41   int  atype;       /* Atom type                  */
  42   int  ptype;       /* Parameter type             */
  43   real rmin,rmax;   /* Minimum and maximum value  */
  44   real dr;
  45   real rval;        /* Current value              */
  46 } t_range;
  47
  48 typedef struct {
  49   int  NP,D;
  50   int  strategy;
  51   int  seed;
  52   int  ipop,gen;        /* Current population member and generation */
  53   int  imin;            /* Member with lowest energy */
  54   real CR,FF;
  55   real **pold,**pnew;   /* Old and new populations */
  56   real *best,*bestit,*cost,*tmp,*msf,*energy;
  57   tensor *pres;
  58   rvec *scale;
  59 } t_genalg;
  60
  61 enum { eseSIGMA, eseEPSILON, eseBHAMA, eseBHAMB, eseBHAMC,
  62        eseCELLX, eseCELLY, eseCELLZ, eseNR };
  63
  64 extern real value_rand(t_range *r,int *seed);
  65
  66 extern t_genalg *init_ga(FILE *fplog,const char *infile,int D,t_range range[]);
  67
  68 extern void update_ga(FILE *fpout_ptr,t_range range[],t_genalg *ga);
  69
  70 extern gmx_bool print_ga(FILE *fp,t_genalg *ga,real msf,tensor pres,rvec scale,
  71                      real energy,t_range range[],real tol);
  72
  73 extern real cost(tensor P,real MSF,real energy);
  74
  75 #endif