src/kernel/g_x2top.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _x2top_h
  40 #define _x2top_h
  41
  42
  43 #include <stdio.h>
  44 #include "visibility.h"
  45 typedef struct {
  46   char   *elem,*type;
  47   double q,m;
  48   int    nbonds;
  49   char   **bond;
  50   double *blen;
  51 } t_nm2type;
  52
  53 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  54 extern t_nm2type *rd_nm2type(const char *ffdir,int *nnm);
  55 /* Read the name 2 type database. nnm is the number of entries
  56  * ff is the force field.
  57  */
  58
  59 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  60 extern void dump_nm2type(FILE *fp,int nnm,t_nm2type nm2t[]);
  61 /* Dump the database for debugging. Can be reread by the program */
  62
  63 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  64 extern int nm2type(int nnm,t_nm2type nm2t[],t_symtab *tab,t_atoms *atoms,
  65                    gpp_atomtype_t atype,int *nbonds,t_params *bond);
  66 /* Try to determine the atomtype (force field dependent) for the atoms
  67  * with help of the bond list
  68  */
  69
  70 #endif