src/kernel/compute_io.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <signal.h>
  43 #include <stdlib.h>
  44 #include "typedefs.h"
  45 #include "compute_io.h"
  46
  47 static int div_nsteps(int nsteps,int nst)
  48 {
  49     if (nst > 0)
  50     {
  51         return (1 + nsteps + nst - 1)/nst;
  52     }
  53     else
  54     {
  55         return 0;
  56     }
  57 }
  58
  59 double compute_io(t_inputrec *ir,int natoms,gmx_groups_t *groups,
  60                   int nrener,int nrepl)
  61 {
  62
  63     int nsteps = ir->nsteps;
  64     int i,nxtcatoms=0;
  65     int nstx,nstv,nstf,nste,nstlog,nstxtc,nfep=0;
  66     double cio;
  67
  68     nstx   = div_nsteps(nsteps,ir->nstxout);
  69     nstv   = div_nsteps(nsteps,ir->nstvout);
  70     nstf   = div_nsteps(nsteps,ir->nstfout);
  71     nstxtc = div_nsteps(nsteps,ir->nstxtcout);
  72     if (ir->nstxtcout > 0)
  73     {
  74         for(i=0; i<natoms; i++)
  75         {
  76             if (groups->grpnr[egcXTC] == NULL || groups->grpnr[egcXTC][i] == 0)
  77             {
  78                 nxtcatoms++;
  79             }
  80         }
  81     }
  82     nstlog = div_nsteps(nsteps,ir->nstlog);
  83     /* We add 2 for the header */
  84     nste   = div_nsteps(2+nsteps,ir->nstenergy);
  85
  86     cio  = 80*natoms;
  87     cio += (nstx+nstf+nstv)*sizeof(real)*(3.0*natoms);
  88     cio += nstxtc*(14*4 + nxtcatoms*5.0); /* roughly 5 bytes per atom */
  89     cio += nstlog*(nrener*16*2.0); /* 16 bytes per energy term plus header */
  90     /* t_energy contains doubles, but real is written to edr */
  91     cio += (1.0*nste)*nrener*3*sizeof(real);
  92
  93     if ((ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp) && (ir->fepvals->nstdhdl > 0))
  94     {
  95         int ndh=ir->fepvals->n_lambda;
  96         int ndhdl=0;
  97         int nchars=0;
  98
  99         for (i=0;i<efptNR;i++)
 100         {
 101             if (ir->fepvals->separate_dvdl[i])
 102             {
 103                 ndhdl+=1;
 104             }
 105         }
 106
 107         if (ir->fepvals->separate_dhdl_file==esepdhdlfileYES)
 108         {
 109             nchars = 8 + ndhdl*8 + ndh*10; /* time data ~8 chars/entry, dH data ~10 chars/entry */
 110             if (ir->expandedvals->elmcmove > elmcmoveNO)
 111             {
 112                 nchars += 5;   /* alchemical state */
 113             }
 114
 115             if (ir->fepvals->bPrintEnergy)
 116             {
 117                 nchars += 12; /* energy for dhdl */
 118             }
 119             cio += div_nsteps(nsteps,ir->fepvals->nstdhdl)*nchars;
 120         }
 121         else
 122         {
 123             /* dH output to ener.edr: */
 124             if (ir->fepvals->dh_hist_size <= 0)
 125             {
 126                 int ndh_tot = ndh+ndhdl;
 127                 if (ir->expandedvals->elmcmove > elmcmoveNO)
 128                 {
 129                     ndh_tot += 1;
 130                 }
 131                 if (ir->fepvals->bPrintEnergy)
 132                 {
 133                     ndh_tot += 1;
 134                 }
 135                 /* as data blocks: 1 real per dH point */
 136                 cio += div_nsteps(nsteps,ir->fepvals->nstdhdl)*(ndh+ndhdl)*sizeof(real);
 137             }
 138             else
 139             {
 140                 /* as histograms: dh_hist_size ints per histogram */
 141                 cio += div_nsteps(nsteps,ir->nstenergy)*
 142                     sizeof(int)*ir->fepvals->dh_hist_size*ndh;
 143             }
 144         }
 145     }
 146     if (ir->pull != NULL)
 147     {
 148         cio += div_nsteps(nsteps,ir->pull->nstxout)*20; /* roughly 20 chars per line */
 149         cio += div_nsteps(nsteps,ir->pull->nstfout)*20; /* roughly 20 chars per line */
 150     }
 151
 152     return cio*nrepl/(1024*1024);
 153 }