src/kernel/compute_io.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <signal.h>
  41 #include <stdlib.h>
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "compute_io.h"
  44
  45 static int div_nsteps(int nsteps,int nst)
  46 {
  47     if (nst > 0)
  48     {
  49         return (1 + nsteps + nst - 1)/nst;
  50     }
  51     else
  52     {
  53         return 0;
  54     }
  55 }
  56
  57 double compute_io(t_inputrec *ir,int natoms,gmx_groups_t *groups,
  58                   int nrener,int nrepl)
  59 {
  60
  61     int nsteps = ir->nsteps;
  62     int i,nxtcatoms=0;
  63     int nstx,nstv,nstf,nste,nstlog,nstxtc,nfep=0;
  64     double cio;
  65
  66     nstx   = div_nsteps(nsteps,ir->nstxout);
  67     nstv   = div_nsteps(nsteps,ir->nstvout);
  68     nstf   = div_nsteps(nsteps,ir->nstfout);
  69     nstxtc = div_nsteps(nsteps,ir->nstxtcout);
  70     if (ir->nstxtcout > 0)
  71     {
  72         for(i=0; i<natoms; i++)
  73         {
  74             if (groups->grpnr[egcXTC] == NULL || groups->grpnr[egcXTC][i] == 0)
  75             {
  76                 nxtcatoms++;
  77             }
  78         }
  79     }
  80     nstlog = div_nsteps(nsteps,ir->nstlog);
  81     /* We add 2 for the header */
  82     nste   = div_nsteps(2+nsteps,ir->nstenergy);
  83
  84     cio  = 80*natoms;
  85     cio += (nstx+nstf+nstv)*sizeof(real)*(3.0*natoms);
  86     cio += nstxtc*(14*4 + nxtcatoms*5.0); /* roughly 5 bytes per atom */
  87     cio += nstlog*(nrener*16*2.0); /* 16 bytes per energy term plus header */
  88     /* t_energy contains doubles, but real is written to edr */
  89     cio += (1.0*nste)*nrener*3*sizeof(real);
  90
  91     if ((ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp) && (ir->fepvals->nstdhdl > 0))
  92     {
  93         int ndh=ir->fepvals->n_lambda;
  94         int ndhdl=0;
  95         int nchars=0;
  96
  97         for (i=0;i<efptNR;i++)
  98         {
  99             if (ir->fepvals->separate_dvdl[i])
 100             {
 101                 ndhdl+=1;
 102             }
 103         }
 104
 105         if (ir->fepvals->separate_dhdl_file==esepdhdlfileYES)
 106         {
 107             nchars = 8 + ndhdl*8 + ndh*10; /* time data ~8 chars/entry, dH data ~10 chars/entry */
 108             if (ir->expandedvals->elmcmove > elmcmoveNO)
 109             {
 110                 nchars += 5;   /* alchemical state */
 111             }
 112
 113             if (ir->fepvals->bPrintEnergy)
 114             {
 115                 nchars += 12; /* energy for dhdl */
 116             }
 117             cio += div_nsteps(nsteps,ir->fepvals->nstdhdl)*nchars;
 118         }
 119         else
 120         {
 121             /* dH output to ener.edr: */
 122             if (ir->fepvals->dh_hist_size <= 0)
 123             {
 124                 int ndh_tot = ndh+ndhdl;
 125                 if (ir->expandedvals->elmcmove > elmcmoveNO)
 126                 {
 127                     ndh_tot += 1;
 128                 }
 129                 if (ir->fepvals->bPrintEnergy)
 130                 {
 131                     ndh_tot += 1;
 132                 }
 133                 /* as data blocks: 1 real per dH point */
 134                 cio += div_nsteps(nsteps,ir->fepvals->nstdhdl)*(ndh+ndhdl)*sizeof(real);
 135             }
 136             else
 137             {
 138                 /* as histograms: dh_hist_size ints per histogram */
 139                 cio += div_nsteps(nsteps,ir->nstenergy)*
 140                     sizeof(int)*ir->fepvals->dh_hist_size*ndh;
 141             }
 142         }
 143     }
 144     if (ir->pull != NULL)
 145     {
 146         cio += div_nsteps(nsteps,ir->pull->nstxout)*20; /* roughly 20 chars per line */
 147         cio += div_nsteps(nsteps,ir->pull->nstfout)*20; /* roughly 20 chars per line */
 148     }
 149
 150     return cio*nrepl/(1024*1024);
 151 }