src/kernel/add_par.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  39 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  40 #include <config.h>
  41 #endif
  42
  43 #include <string.h>
  44 #include "typedefs.h"
  45 #include "smalloc.h"
  46 #include "grompp.h"
  47 #include "toputil.h"
  48 #include "hackblock.h"
  49 #include "string2.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51
  52 static void clear_atom_list(int i0, atom_id a[])
  53 {
  54   int i;
  55
  56   for (i=i0; i < MAXATOMLIST; i++)
  57     a[i]=-1;
  58 }
  59
  60 static void clear_force_param(int i0, real c[])
  61 {
  62   int i;
  63
  64   for (i=i0; i < MAXFORCEPARAM; i++)
  65     c[i]=NOTSET;
  66 }
  67
  68 void add_param(t_params *ps,int ai,int aj, real *c, char *s)
  69 {
  70   int i;
  71
  72   if ((ai < 0) || (aj < 0))
  73     gmx_fatal(FARGS,"Trying to add impossible atoms: ai=%d, aj=%d",ai,aj);
  74   pr_alloc(1,ps);
  75   ps->param[ps->nr].AI=ai;
  76   ps->param[ps->nr].AJ=aj;
  77   clear_atom_list(2, ps->param[ps->nr].a);
  78   if (c==NULL)
  79     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
  80   else
  81     for(i=0; (i < MAXFORCEPARAM); i++)
  82       ps->param[ps->nr].c[i]=c[i];
  83   set_p_string(&(ps->param[ps->nr]),s);
  84   ps->nr++;
  85 }
  86
  87 void add_imp_param(t_params *ps,int ai,int aj,int ak,int al,real c0, real c1,
  88                    char *s)
  89 {
  90   pr_alloc(1,ps);
  91   ps->param[ps->nr].AI=ai;
  92   ps->param[ps->nr].AJ=aj;
  93   ps->param[ps->nr].AK=ak;
  94   ps->param[ps->nr].AL=al;
  95   clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
  96   ps->param[ps->nr].C0=c0;
  97   ps->param[ps->nr].C1=c1;
  98   clear_force_param(2, ps->param[ps->nr].c);
  99   set_p_string(&(ps->param[ps->nr]),s);
 100   ps->nr++;
 101 }
 102
 103 void add_dih_param(t_params *ps,int ai,int aj,int ak,int al,real c0, real c1,
 104                    real c2,char *s)
 105 {
 106   pr_alloc(1,ps);
 107   ps->param[ps->nr].AI=ai;
 108   ps->param[ps->nr].AJ=aj;
 109   ps->param[ps->nr].AK=ak;
 110   ps->param[ps->nr].AL=al;
 111   clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 112   ps->param[ps->nr].C0=c0;
 113   ps->param[ps->nr].C1=c1;
 114   ps->param[ps->nr].C2=c2;
 115   clear_force_param(3, ps->param[ps->nr].c);
 116   set_p_string(&(ps->param[ps->nr]),s);
 117   ps->nr++;
 118 }
 119
 120 void add_cmap_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am, char *s)
 121 {
 122         pr_alloc(1,ps);
 123         ps->param[ps->nr].AI=ai;
 124         ps->param[ps->nr].AJ=aj;
 125         ps->param[ps->nr].AK=ak;
 126         ps->param[ps->nr].AL=al;
 127         ps->param[ps->nr].AM=am;
 128         clear_atom_list(5,ps->param[ps->nr].a);
 129         clear_force_param(0,ps->param[ps->nr].c);
 130         set_p_string(&(ps->param[ps->nr]),s);
 131         ps->nr++;
 132 }
 133
 134 void add_vsite2_atoms(t_params *ps,int ai,int aj,int ak)
 135 {
 136   pr_alloc(1,ps);
 137   ps->param[ps->nr].AI=ai;
 138   ps->param[ps->nr].AJ=aj;
 139   ps->param[ps->nr].AK=ak;
 140   clear_atom_list  (3, ps->param[ps->nr].a);
 141   clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 142   set_p_string(&(ps->param[ps->nr]),"");
 143   ps->nr++;
 144 }
 145
 146 void add_vsite2_param(t_params *ps,int ai,int aj,int ak,real c0)
 147 {
 148   pr_alloc(1,ps);
 149   ps->param[ps->nr].AI=ai;
 150   ps->param[ps->nr].AJ=aj;
 151   ps->param[ps->nr].AK=ak;
 152   clear_atom_list  (3, ps->param[ps->nr].a);
 153   ps->param[ps->nr].C0=c0;
 154   clear_force_param(1, ps->param[ps->nr].c);
 155   set_p_string(&(ps->param[ps->nr]),"");
 156   ps->nr++;
 157 }
 158
 159 void add_vsite3_param(t_params *ps,int ai,int aj,int ak,int al,
 160                     real c0, real c1)
 161 {
 162   pr_alloc(1,ps);
 163   ps->param[ps->nr].AI=ai;
 164   ps->param[ps->nr].AJ=aj;
 165   ps->param[ps->nr].AK=ak;
 166   ps->param[ps->nr].AL=al;
 167   clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 168   ps->param[ps->nr].C0=c0;
 169   ps->param[ps->nr].C1=c1;
 170   clear_force_param(2, ps->param[ps->nr].c);
 171   set_p_string(&(ps->param[ps->nr]),"");
 172   ps->nr++;
 173 }
 174
 175 void add_vsite3_atoms(t_params *ps,int ai,int aj,int ak,int al, gmx_bool bSwapParity)
 176 {
 177   pr_alloc(1,ps);
 178   ps->param[ps->nr].AI=ai;
 179   ps->param[ps->nr].AJ=aj;
 180   ps->param[ps->nr].AK=ak;
 181   ps->param[ps->nr].AL=al;
 182   clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 183   clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 184   if (bSwapParity)
 185     ps->param[ps->nr].C1=-1;
 186   set_p_string(&(ps->param[ps->nr]),"");
 187   ps->nr++;
 188 }
 189
 190 void add_vsite4_atoms(t_params *ps,int ai,int aj,int ak,int al,int am)
 191 {
 192   pr_alloc(1,ps);
 193   ps->param[ps->nr].AI=ai;
 194   ps->param[ps->nr].AJ=aj;
 195   ps->param[ps->nr].AK=ak;
 196   ps->param[ps->nr].AL=al;
 197   ps->param[ps->nr].AM=am;
 198   clear_atom_list  (5, ps->param[ps->nr].a);
 199   clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 200   set_p_string(&(ps->param[ps->nr]),"");
 201   ps->nr++;
 202 }
 203
 204 int search_jtype(t_restp *rtp,char *name,gmx_bool bNterm)
 205 {
 206   int  niter,iter,j,k,kmax,jmax,minstrlen;
 207   char *rtpname,searchname[12];
 208
 209   strcpy(searchname,name);
 210
 211   /* Do a best match comparison */
 212   /* for protein N-terminus, allow renaming of H1, H2 and H3 to H */
 213   if ( bNterm && (strlen(searchname)==2) && (searchname[0] == 'H') &&
 214        ( (searchname[1] == '1') || (searchname[1] == '2') ||
 215          (searchname[1] == '3') ) ) {
 216     niter = 2;
 217   } else {
 218     niter = 1;
 219   }
 220   kmax=0;
 221   jmax=-1;
 222   for(iter=0; (iter<niter && jmax==-1); iter++) {
 223     if (iter == 1) {
 224       /* Try without the hydrogen number in the N-terminus */
 225       searchname[1] = '\0';
 226     }
 227     for(j=0; (j<rtp->natom); j++) {
 228       rtpname=*(rtp->atomname[j]);
 229       if (gmx_strcasecmp(searchname,rtpname) == 0) {
 230         jmax=j;
 231         kmax=strlen(searchname);
 232         break;
 233       }
 234       if (iter == niter - 1) {
 235         minstrlen = min(strlen(searchname), strlen(rtpname));
 236         for(k=0; k < minstrlen; k++)
 237           if (searchname[k] != rtpname[k])
 238             break;
 239         if (k > kmax) {
 240           kmax=k;
 241           jmax=j;
 242         }
 243       }
 244     }
 245   }
 246   if (jmax == -1)
 247     gmx_fatal(FARGS,"Atom %s not found in rtp database in residue %s",
 248               searchname,rtp->resname);
 249   if (kmax != strlen(searchname))
 250     gmx_fatal(FARGS,"Atom %s not found in rtp database in residue %s, "
 251               "it looks a bit like %s",
 252               searchname,rtp->resname,*(rtp->atomname[jmax]));
 253   return jmax;
 254 }
 255