src/gromacs/utility/strdb.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "strdb.h"
  40
  41 #include <cstdio>
  42 #include <cstdlib>
  43 #include <cstring>
  44
  45 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  46 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  47 #include "gromacs/utility/futil.h"
  48 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  49
  50 gmx_bool get_a_line(FILE *fp, char line[], int n)
  51 {
  52     char *line0;
  53     char *dum;
  54
  55     snew(line0, n+1);
  56
  57     do
  58     {
  59         if (!fgets(line0, n+1, fp))
  60         {
  61             sfree(line0);
  62             return FALSE;
  63         }
  64         dum = std::strchr(line0, '\n');
  65         if (dum)
  66         {
  67             dum[0] = '\0';
  68         }
  69         else if (static_cast<int>(std::strlen(line0)) == n)
  70         {
  71             fprintf(stderr, "Warning: line length exceeds buffer length (%d), data might be corrupted\n", n);
  72             line0[n-1] = '\0';
  73         }
  74         else
  75         {
  76             fprintf(stderr, "Warning: file does not end with a newline, last line:\n%s\n",
  77                     line0);
  78         }
  79         dum = std::strchr(line0, ';');
  80         if (dum)
  81         {
  82             dum[0] = '\0';
  83         }
  84         std::strncpy(line, line0, n);
  85         dum = line0;
  86         ltrim(dum);
  87     }
  88     while (dum[0] == '\0');
  89
  90     sfree(line0);
  91     return TRUE;
  92 }
  93
  94 gmx_bool get_header(char line[], char *header)
  95 {
  96     std::string temp  = line;
  97     auto        index = temp.find('[');
  98     if (index == std::string::npos)
  99     {
 100         return FALSE;
 101     }
 102     temp[index] = ' ';
 103     index       = temp.find(']', index);
 104     if (index == std::string::npos)
 105     {
 106         gmx_fatal(FARGS, "header is not terminated on line:\n'%s'\n", line);
 107         return FALSE;
 108     }
 109     temp.resize(index);
 110     return sscanf(temp.c_str(), "%s%*s", header) == 1;
 111 }
 112
 113 int search_str(int nstr, char **str, char *key)
 114 {
 115     int i;
 116
 117     /* Linear search */
 118     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 119     {
 120         if (gmx_strcasecmp(str[i], key) == 0)
 121         {
 122             return i;
 123         }
 124     }
 125
 126     return -1;
 127 }
 128
 129 static int fget_lines(FILE *in, const char *db, char ***strings)
 130 {
 131     char **ptr;
 132     char   buf[STRLEN];
 133     int    i, nstr;
 134     char  *pret;
 135
 136     pret = fgets(buf, STRLEN, in);
 137     if (pret == nullptr  || sscanf(buf, "%d", &nstr) != 1)
 138     {
 139         gmx_warning("File is empty");
 140         gmx_ffclose(in);
 141
 142         return 0;
 143     }
 144     snew(ptr, nstr);
 145     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 146     {
 147         if (fgets2(buf, STRLEN, in) == nullptr)
 148         {
 149             /* i+1 because index starts from 0, line numbering from 1 and
 150              * additional +1 since first line in the file is used for the line
 151              * count */
 152             gmx_fatal(FARGS, "Cannot read string from buffer (file %s, line %d)", db, i + 2);
 153         }
 154         ptr[i] = gmx_strdup(buf);
 155     }
 156
 157     (*strings) = ptr;
 158
 159     return nstr;
 160 }
 161
 162 int get_lines(const char *db, char ***strings)
 163 {
 164     gmx::FilePtr in = gmx::openLibraryFile(db);
 165     return fget_lines(in.get(), db, strings);
 166 }