src/gromacs/utility/pleasecite.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "pleasecite.h"
  41
  42 #include <cstring>
  43
  44 #include "gromacs/utility/arraysize.h"
  45 #include "gromacs/utility/baseversion.h"
  46 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  47 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  48 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  49
  50 typedef struct
  51 {
  52     const char* key;
  53     const char* author;
  54     const char* title;
  55     const char* journal;
  56     int         volume, year;
  57     const char* pages;
  58 } t_citerec;
  59
  60 void please_cite(FILE* fp, const char* key)
  61 {
  62     static const t_citerec citedb[] = {
  63         { "Allen1987a",
  64           "M. P. Allen and D. J. Tildesley",
  65           "Computer simulation of liquids",
  66           "Oxford Science Publications",
  67           1,
  68           1987,
  69           "1" },
  70         { "Berendsen95a",
  71           "H. J. C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen",
  72           "GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation",
  73           "Comp. Phys. Comm.",
  74           91,
  75           1995,
  76           "43-56" },
  77         { "Berendsen84a",
  78           "H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, A. DiNola and J. R. Haak",
  79           "Molecular dynamics with coupling to an external bath",
  80           "J. Chem. Phys.",
  81           81,
  82           1984,
  83           "3684-3690" },
  84         { "Ryckaert77a",
  85           "J. P. Ryckaert and G. Ciccotti and H. J. C. Berendsen",
  86           "Numerical Integration of the Cartesian Equations of Motion of a System with "
  87           "Constraints; Molecular Dynamics of n-Alkanes",
  88           "J. Comp. Phys.",
  89           23,
  90           1977,
  91           "327-341" },
  92         { "Miyamoto92a",
  93           "S. Miyamoto and P. A. Kollman",
  94           "SETTLE: An Analytical Version of the SHAKE and RATTLE Algorithms for Rigid Water Models",
  95           "J. Comp. Chem.",
  96           13,
  97           1992,
  98           "952-962" },
  99         { "Cromer1968a",
 100           "D. T. Cromer & J. B. Mann",
 101           "X-ray scattering factors computed from numerical Hartree-Fock wave functions",
 102           "Acta Cryst. A",
 103           24,
 104           1968,
 105           "321" },
 106         { "Barth95a",
 107           "E. Barth and K. Kuczera and B. Leimkuhler and R. D. Skeel",
 108           "Algorithms for Constrained Molecular Dynamics",
 109           "J. Comp. Chem.",
 110           16,
 111           1995,
 112           "1192-1209" },
 113         { "Essmann95a",
 114           "U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee and L. G. Pedersen ",
 115           "A smooth particle mesh Ewald method",
 116           "J. Chem. Phys.",
 117           103,
 118           1995,
 119           "8577-8592" },
 120         { "Torda89a",
 121           "A. E. Torda and R. M. Scheek and W. F. van Gunsteren",
 122           "Time-dependent distance restraints in molecular dynamics simulations",
 123           "Chem. Phys. Lett.",
 124           157,
 125           1989,
 126           "289-294" },
 127         { "Tironi95a",
 128           "I. G. Tironi and R. Sperb and P. E. Smith and W. F. van Gunsteren",
 129           "Generalized reaction field method for molecular dynamics simulations",
 130           "J. Chem. Phys",
 131           102,
 132           1995,
 133           "5451-5459" },
 134         { "Hess97a",
 135           "B. Hess and H. Bekker and H. J. C. Berendsen and J. G. E. M. Fraaije",
 136           "LINCS: A Linear Constraint Solver for molecular simulations",
 137           "J. Comp. Chem.",
 138           18,
 139           1997,
 140           "1463-1472" },
 141         { "Hess2008a",
 142           "B. Hess",
 143           "P-LINCS: A Parallel Linear Constraint Solver for molecular simulation",
 144           "J. Chem. Theory Comput.",
 145           4,
 146           2008,
 147           "116-122" },
 148         { "Hess2008b",
 149           "B. Hess and C. Kutzner and D. van der Spoel and E. Lindahl",
 150           "GROMACS 4: Algorithms for highly efficient, load-balanced, and scalable molecular "
 151           "simulation",
 152           "J. Chem. Theory Comput.",
 153           4,
 154           2008,
 155           "435-447" },
 156         { "Hub2010",
 157           "J. S. Hub, B. L. de Groot and D. van der Spoel",
 158           "g_wham - A free weighted histogram analysis implementation including robust error and "
 159           "autocorrelation estimates",
 160           "J. Chem. Theory Comput.",
 161           6,
 162           2010,
 163           "3713-3720" },
 164         { "In-Chul99a",
 165           "Y. In-Chul and M. L. Berkowitz",
 166           "Ewald summation for systems with slab geometry",
 167           "J. Chem. Phys.",
 168           111,
 169           1999,
 170           "3155-3162" },
 171         { "DeGroot97a",
 172           "B. L. de Groot and D. M. F. van Aalten and R. M. Scheek and A. Amadei and G. Vriend and "
 173           "H. J. C. Berendsen",
 174           "Prediction of Protein Conformational Freedom From Distance Constrains",
 175           "Proteins",
 176           29,
 177           1997,
 178           "240-251" },
 179         { "Spoel98a",
 180           "D. van der Spoel and P. J. van Maaren and H. J. C. Berendsen",
 181           "A systematic study of water models for molecular simulation. Derivation of models "
 182           "optimized for use with a reaction-field.",
 183           "J. Chem. Phys.",
 184           108,
 185           1998,
 186           "10220-10230" },
 187         { "Wishart98a",
 188           "D. S. Wishart and A. M. Nip",
 189           "Protein Chemical Shift Analysis: A Practical Guide",
 190           "Biochem. Cell Biol.",
 191           76,
 192           1998,
 193           "153-163" },
 194         { "Maiorov95",
 195           "V. N. Maiorov and G. M. Crippen",
 196           "Size-Independent Comparison of Protein Three-Dimensional Structures",
 197           "PROTEINS: Struct. Funct. Gen.",
 198           22,
 199           1995,
 200           "273-283" },
 201         { "Feenstra99",
 202           "K. A. Feenstra and B. Hess and H. J. C. Berendsen",
 203           "Improving Efficiency of Large Time-scale Molecular Dynamics Simulations of "
 204           "Hydrogen-rich Systems",
 205           "J. Comput. Chem.",
 206           20,
 207           1999,
 208           "786-798" },
 209         { "Lourenco2013a",
 210           "Tuanan C. Lourenco and Mariny F. C. Coelho and Teodorico C. Ramalho and David van der "
 211           "Spoel and Luciano T. Costa",
 212           "Insights on the Solubility of CO2 in 1-Ethyl-3-methylimidazolium "
 213           "Bis(trifluoromethylsulfonyl)imide from the Microscopic Point of View",
 214           "Environ. Sci. Technol.",
 215           47,
 216           2013,
 217           "7421-7429" },
 218         { "Timneanu2004a",
 219           "N. Timneanu and C. Caleman and J. Hajdu and D. van der Spoel",
 220           "Auger Electron Cascades in Water and Ice",
 221           "Chem. Phys.",
 222           299,
 223           2004,
 224           "277-283" },
 225         { "Pascal2011a",
 226           "T. A. Pascal and S. T. Lin and W. A. Goddard III",
 227           "Thermodynamics of liquids: standard molar entropies and heat capacities of common "
 228           "solvents from 2PT molecular dynamics",
 229           "Phys. Chem. Chem. Phys.",
 230           13,
 231           2011,
 232           "169-181" },
 233         { "Caleman2008a",
 234           "C. Caleman and D. van der Spoel",
 235           "Picosecond Melting of Ice by an Infrared Laser Pulse: A Simulation Study",
 236           "Angew. Chem. Int. Ed",
 237           47,
 238           2008,
 239           "1417-1420" },
 240         { "Caleman2011b",
 241           "C. Caleman and P. J. van Maaren and M. Hong and J. S. Hub and L. T. da Costa and D. van "
 242           "der Spoel",
 243           "Force Field Benchmark of Organic Liquids: Density, Enthalpy of Vaporization, Heat "
 244           "Capacities, Surface Tension, Isothermal Compressibility, Volumetric Expansion "
 245           "Coefficient, and Dielectric Constant",
 246           "J. Chem. Theo. Comp.",
 247           8,
 248           2012,
 249           "61" },
 250         { "Lindahl2001a",
 251           "E. Lindahl and B. Hess and D. van der Spoel",
 252           "GROMACS 3.0: A package for molecular simulation and trajectory analysis",
 253           "J. Mol. Mod.",
 254           7,
 255           2001,
 256           "306-317" },
 257         { "Wang2001a",
 258           "J. Wang and W. Wang and S. Huo and M. Lee and P. A. Kollman",
 259           "Solvation model based on weighted solvent accessible surface area",
 260           "J. Phys. Chem. B",
 261           105,
 262           2001,
 263           "5055-5067" },
 264         { "Eisenberg86a",
 265           "D. Eisenberg and A. D. McLachlan",
 266           "Solvation energy in protein folding and binding",
 267           "Nature",
 268           319,
 269           1986,
 270           "199-203" },
 271         { "Bondi1964a",
 272           "A. Bondi",
 273           "van der Waals Volumes and Radii",
 274           "J. Phys. Chem.",
 275           68,
 276           1964,
 277           "441-451" },
 278         { "Eisenhaber95",
 279           "Frank Eisenhaber and Philip Lijnzaad and Patrick Argos and Chris Sander and Michael "
 280           "Scharf",
 281           "The Double Cube Lattice Method: Efficient Approaches to Numerical Integration of "
 282           "Surface Area and Volume and to Dot Surface Contouring of Molecular Assemblies",
 283           "J. Comp. Chem.",
 284           16,
 285           1995,
 286           "273-284" },
 287         { "Hess2002",
 288           "B. Hess, H. Saint-Martin and H.J.C. Berendsen",
 289           "Flexible constraints: an adiabatic treatment of quantum degrees of freedom, with "
 290           "application to the flexible and polarizable MCDHO model for water",
 291           "J. Chem. Phys.",
 292           116,
 293           2002,
 294           "9602-9610" },
 295         { "Hess2003",
 296           "B. Hess and R.M. Scheek",
 297           "Orientation restraints in molecular dynamics simulations using time and ensemble "
 298           "averaging",
 299           "J. Magn. Res.",
 300           164,
 301           2003,
 302           "19-27" },
 303         { "Rappe1991a",
 304           "A. K. Rappe and W. A. Goddard III",
 305           "Charge Equillibration for Molecular Dynamics Simulations",
 306           "J. Phys. Chem.",
 307           95,
 308           1991,
 309           "3358-3363" },
 310         { "Mu2005a",
 311           "Y. Mu, P. H. Nguyen and G. Stock",
 312           "Energy landscape of a small peptide revelaed by dihedral angle principal component "
 313           "analysis",
 314           "Prot. Struct. Funct. Bioinf.",
 315           58,
 316           2005,
 317           "45-52" },
 318         { "Okabe2001a",
 319           "T. Okabe and M. Kawata and Y. Okamoto and M. Mikami",
 320           "Replica-exchange {M}onte {C}arlo method for the isobaric-isothermal ensemble",
 321           "Chem. Phys. Lett.",
 322           335,
 323           2001,
 324           "435-439" },
 325         { "Hukushima96a",
 326           "K. Hukushima and K. Nemoto",
 327           "Exchange Monte Carlo Method and Application to Spin Glass Simulations",
 328           "J. Phys. Soc. Jpn.",
 329           65,
 330           1996,
 331           "1604-1608" },
 332         { "Tropp80a",
 333           "J. Tropp",
 334           "Dipolar Relaxation and Nuclear Overhauser effects in nonrigid molecules: The effect of "
 335           "fluctuating internuclear distances",
 336           "J. Chem. Phys.",
 337           72,
 338           1980,
 339           "6035-6043" },
 340         { "Bultinck2002a",
 341           "P. Bultinck and W. Langenaeker and P. Lahorte and F. De Proft and P. Geerlings and M. "
 342           "Waroquier and J. P. Tollenaere",
 343           "The electronegativity equalization method I: Parametrization and validation for atomic "
 344           "charge calculations",
 345           "J. Phys. Chem. A",
 346           106,
 347           2002,
 348           "7887-7894" },
 349         { "Yang2006b",
 350           "Q. Y. Yang and K. A. Sharp",
 351           "Atomic charge parameters for the finite difference Poisson-Boltzmann method using "
 352           "electronegativity neutralization",
 353           "J. Chem. Theory Comput.",
 354           2,
 355           2006,
 356           "1152-1167" },
 357         { "Spoel2005a",
 358           "D. van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark and H. J. C. Berendsen",
 359           "GROMACS: Fast, Flexible and Free",
 360           "J. Comp. Chem.",
 361           26,
 362           2005,
 363           "1701-1719" },
 364         { "Spoel2006b",
 365           "D. van der Spoel, P. J. van Maaren, P. Larsson and N. Timneanu",
 366           "Thermodynamics of hydrogen bonding in hydrophilic and hydrophobic media",
 367           "J. Phys. Chem. B",
 368           110,
 369           2006,
 370           "4393-4398" },
 371         { "Spoel2006d",
 372           "D. van der Spoel and M. M. Seibert",
 373           "Protein folding kinetics and thermodynamics from atomistic simulations",
 374           "Phys. Rev. Letters",
 375           96,
 376           2006,
 377           "238102" },
 378         { "Palmer94a",
 379           "B. J. Palmer",
 380           "Transverse-current autocorrelation-function calculations of the shear viscosity for "
 381           "molecular liquids",
 382           "Phys. Rev. E",
 383           49,
 384           1994,
 385           "359-366" },
 386         { "Bussi2007a",
 387           "G. Bussi, D. Donadio and M. Parrinello",
 388           "Canonical sampling through velocity rescaling",
 389           "J. Chem. Phys.",
 390           126,
 391           2007,
 392           "014101" },
 393         { "Hub2006",
 394           "J. S. Hub and B. L. de Groot",
 395           "Does CO2 permeate through Aquaporin-1?",
 396           "Biophys. J.",
 397           91,
 398           2006,
 399           "842-848" },
 400         { "Hub2008",
 401           "J. S. Hub and B. L. de Groot",
 402           "Mechanism of selectivity in aquaporins and aquaglyceroporins",
 403           "PNAS",
 404           105,
 405           2008,
 406           "1198-1203" },
 407         { "Friedrich2009",
 408           "M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. "
 409           "L. Ensign, C. M. Bruns, and V. S. Pande",
 410           "Accelerating Molecular Dynamic Simulation on Graphics Processing Units",
 411           "J. Comp. Chem.",
 412           30,
 413           2009,
 414           "864-872" },
 415         { "Engin2010",
 416           "O. Engin, A. Villa, M. Sayar and B. Hess",
 417           "Driving Forces for Adsorption of Amphiphilic Peptides to Air-Water Interface",
 418           "J. Phys. Chem. B",
 419           114,
 420           2010,
 421           "11093" },
 422         { "Wang2010",
 423           "H. Wang, F. Dommert, C.Holm",
 424           "Optimizing working parameters of the smooth particle mesh Ewald algorithm in terms of "
 425           "accuracy and efficiency",
 426           "J. Chem. Phys. B",
 427           133,
 428           2010,
 429           "034117" },
 430         { "Sugita1999a",
 431           "Y. Sugita, Y. Okamoto",
 432           "Replica-exchange molecular dynamics method for protein folding",
 433           "Chem. Phys. Lett.",
 434           314,
 435           1999,
 436           "141-151" },
 437         { "Kutzner2011",
 438           "C. Kutzner and J. Czub and H. Grubmuller",
 439           "Keep it Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with "
 440           "GROMACS",
 441           "J. Chem. Theory Comput.",
 442           7,
 443           2011,
 444           "1381-1393" },
 445         { "Hoefling2011",
 446           "M. Hoefling, N. Lima, D. Haenni, C.A.M. Seidel, B. Schuler, H. Grubmuller",
 447           "Structural Heterogeneity and Quantitative FRET Efficiency Distributions of Polyprolines "
 448           "through a Hybrid Atomistic Simulation and Monte Carlo Approach",
 449           "PLoS ONE",
 450           6,
 451           2011,
 452           "e19791" },
 453         { "Hockney1988",
 454           "R. W. Hockney and J. W. Eastwood",
 455           "Computer simulation using particles",
 456           "IOP, Bristol",
 457           1,
 458           1988,
 459           "1" },
 460         { "Ballenegger2012",
 461           "V. Ballenegger, J.J. Cerda, and C. Holm",
 462           "How to Convert SPME to P3M: Influence Functions and Error Estimates",
 463           "J. Chem. Theory Comput.",
 464           8,
 465           2012,
 466           "936-947" },
 467         { "Garmay2012",
 468           "Garmay Yu, Shvetsov A, Karelov D, Lebedev D, Radulescu A, Petukhov M, Isaev-Ivanov V",
 469           "Correlated motion of protein subdomains and large-scale conformational flexibility of "
 470           "RecA protein filament",
 471           "Journal of Physics: Conference Series",
 472           340,
 473           2012,
 474           "012094" },
 475         { "Kutzner2011b",
 476           "C. Kutzner, H. Grubmuller, B. L. de Groot, and U. Zachariae",
 477           "Computational Electrophysiology: The Molecular Dynamics of Ion Channel Permeation and "
 478           "Selectivity in Atomistic Detail",
 479           "Biophys. J.",
 480           101,
 481           2011,
 482           "809-817" },
 483         { "Lundborg2014",
 484           "M. Lundborg, R. Apostolov, D. Spangberg, A. Gardenas, D. van der Spoel and E. Lindahl",
 485           "An efficient and extensible format, library, and API for binary trajectory data from "
 486           "molecular simulations",
 487           "J. Comput. Chem.",
 488           35,
 489           2014,
 490           "260-269" },
 491         { "Goga2012",
 492           "N. Goga and A. J. Rzepiela and A. H. de Vries and S. J. Marrink and H. J. C. Berendsen",
 493           "Efficient Algorithms for Langevin and DPD Dynamics",
 494           "J. Chem. Theory Comput.",
 495           8,
 496           2012,
 497           "3637--3649" },
 498         { "Pronk2013",
 499           "S. Pronk, S. Páll, R. Schulz, P. Larsson, P. Bjelkmar, R. Apostolov, M. R. Shirts, J. "
 500           "C. Smith, P. M. Kasson, D. van der Spoel, B. Hess, and E. Lindahl",
 501           "GROMACS 4.5: a high-throughput and highly parallel open source molecular simulation "
 502           "toolkit",
 503           "Bioinformatics",
 504           29,
 505           2013,
 506           "845-54" },
 507         { "Pall2015",
 508           "S. Páll, M. J. Abraham, C. Kutzner, B. Hess, E. Lindahl",
 509           "Tackling Exascale Software Challenges in Molecular Dynamics Simulations with GROMACS",
 510           "In S. Markidis & E. Laure (Eds.), Solving Software Challenges for Exascale",
 511           8759,
 512           2015,
 513           "3-27" },
 514         { "Abraham2015",
 515           "M. J. Abraham, T. Murtola, R. Schulz, S. Páll, J. C. Smith, B. Hess, E. Lindahl",
 516           "GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from "
 517           "laptops to supercomputers",
 518           "SoftwareX",
 519           1,
 520           2015,
 521           "19-25" },
 522         { "Ballenegger2009",
 523           "V. Ballenegger, A. Arnold, J. J. Cerdà",
 524           "Simulations of non-neutral slab systems with long-range electrostatic interactions in "
 525           "two-dimensional periodic boundary conditions",
 526           "J. Chem. Phys",
 527           131,
 528           2009,
 529           "094107" },
 530         { "Hub2014a",
 531           "J. S. Hub, B. L. de Groot, H. Grubmueller, G. Groenhof",
 532           "Quantifying Artifacts in Ewald Simulations of Inhomogeneous Systems with a Net Charge",
 533           "J. Chem. Theory Comput.",
 534           10,
 535           2014,
 536           "381-393" },
 537         { "Spoel2018a",
 538           "D. van der Spoel, M. M. Ghahremanpour, J. Lemkul",
 539           "Small Molecule Thermochemistry: A Tool For Empirical Force Field Development",
 540           "J. Phys. Chem. A",
 541           122,
 542           2018,
 543           "8982-8988" },
 544         { "Lindahl2014",
 545           "V. Lindahl, J. Lidmar, B. Hess",
 546           "Accelerated weight histogram method for exploring free energy landscapes",
 547           "J. Chem. Phys.",
 548           141,
 549           2014,
 550           "044110" },
 551         { "Bernetti2020",
 552           "M. Bernetti, G. Bussi",
 553           "Pressure control using stochastic cell rescaling",
 554           "J. Chem. Phys.",
 555           153,
 556           2020,
 557           "114107" },
 558     };
 559 #define NSTR static_cast<int>(asize(citedb))
 560
 561     int   index;
 562     char* author;
 563     char* title;
 564 #define LINE_WIDTH 79
 565
 566     if (fp == nullptr)
 567     {
 568         return;
 569     }
 570
 571     for (index = 0; index < NSTR && (strcmp(citedb[index].key, key) != 0); index++) {}
 572
 573     fprintf(fp, "\n++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++\n");
 574     if (index < NSTR)
 575     {
 576         /* Insert newlines */
 577         author = wrap_lines(citedb[index].author, LINE_WIDTH, 0, FALSE);
 578         title  = wrap_lines(citedb[index].title, LINE_WIDTH, 0, FALSE);
 579         fprintf(fp,
 580                 "%s\n%s\n%s %d (%d) pp. %s\n",
 581                 author,
 582                 title,
 583                 citedb[index].journal,
 584                 citedb[index].volume,
 585                 citedb[index].year,
 586                 citedb[index].pages);
 587         sfree(author);
 588         sfree(title);
 589     }
 590     else
 591     {
 592         fprintf(fp, "Entry %s not found in citation database\n", key);
 593     }
 594     fprintf(fp, "-------- -------- --- Thank You --- -------- --------\n\n");
 595     fflush(fp);
 596 }
 597
 598 namespace
 599 {
 600
 601 //! Write a message to \c fp to request citation also of the source-code DOI.
 602 void writeSourceDoi(FILE* fp)
 603 {
 604     /* Check if we are in release mode or not.
 605      * TODO The check should properly target something else than
 606      * the string being empty
 607      */
 608     if (strlen(gmxDOI()) == 0)
 609     {
 610         /* Not a release build, return without printing anything */
 611         return;
 612     }
 613     gmx::TextLineWrapper wrapper;
 614     wrapper.settings().setLineLength(LINE_WIDTH);
 615     wrapper.settings().setFirstLineIndent(0);
 616     const std::string doiString = wrapper.wrapToString(gmxDOI());
 617
 618     if (fp == nullptr)
 619     {
 620         return;
 621     }
 622     fprintf(fp, "\n++++ PLEASE CITE THE DOI FOR THIS VERSION OF GROMACS ++++\n");
 623     fprintf(fp, "%s%s\n", "https://doi.org/", doiString.c_str());
 624     fprintf(fp, "-------- -------- --- Thank You --- -------- --------\n\n");
 625     fflush(fp);
 626 }
 627
 628 } // namespace
 629
 630 void pleaseCiteGromacs(FILE* fplog)
 631 {
 632     if (fplog == nullptr)
 633     {
 634         return;
 635     }
 636
 637     please_cite(fplog, "Abraham2015");
 638     please_cite(fplog, "Pall2015");
 639     please_cite(fplog, "Pronk2013");
 640     please_cite(fplog, "Hess2008b");
 641     please_cite(fplog, "Spoel2005a");
 642     please_cite(fplog, "Lindahl2001a");
 643     please_cite(fplog, "Berendsen95a");
 644     writeSourceDoi(fplog);
 645 }